Proteinas Flashcards
¿Qué es la proteómica?
Expresión, función y regulación del conjunto de prot cod por un organismo
Técnicas de la proteómica para estudiar a las prot
Electroforesis mono y bidimensional
Espectometría de masas
Técnicas in silico (análisis de bases de datos)
¿Qué requiere la proteómica pasa el análisis?
Fraccionar mezclas de prot o péptidos
¿Qué busca la separación en la proteómica?
Reducir complejidad y tiempo de análisis
Interacciones prot-prot
Purificacion por afinidad-MS
Prot en estudio se aisla por afinidad que tiene con a.c. y las prot que estan pegadas a ellas
MS
Espectometría de masas
Pasos para analizar prot
1 Homogenización / extracción
2 Desalinización / diálisis y concentrac
3 Intercambio iónico y cromatograf de filtración en gel
4 SDS-PAGE
5 Degradación proteolítica
6 Purificación y secuenciación de a.a.
¿Como extraigo prot?
Con a.c. específicos
Electroforesis bidimensional ¿Cuando?
1995 O’Farrel et al.
¿Que es la electroforesis bidimensional?
Utiliza geles de poliacrilamida dos dimensiones:
- Carga: Isoelectroenfoque (IEE)→punto isoeléctrico(PI)
- Masa mol
En electroforesis bidimensional el gel se tiñe normalmente con…
Plata
Identificación de prot
Manchas individuales se identifican mediante tinción, despues se dirigen con proteasas
¿Después de la identificación de prot como se secuencian?
Mediante espectrometría de masas → se identifica prot
¿Cuando se hace la identificación de proteinas en espectometria bidim
Se hace una vez corrido el gel bidim
Espectrometria de masas
Corta y muestra cada aminoácido de la prot
¿Qué enzima se utiliza comúnmente para digerir muestras proteicas antes del análisis por espectrometría de masas?
Tripsina
¿Qué significa “huella dactilar” en el contexto de la espectrometría de masas?
Combinación única de a.a. en un péptido que permite identificar prot específicas a través de sus masas características
SDS-PAGE
Gel bidimensional
Huella peptídica
Capacidad que se tiene de identificar una prot
¿Cómo se determina la masa de un péptido en espectrometría de masas?
Mediante relación masa/carga de los iones generados durante la ionización
¿Cuál es el primer paso en el proceso de espectrometría de masas?
Ionización
Moléculas→iones
¿Que se obtiene a partir del análisis por espectrometría de masas?
Características de las prot, sus mod quimicas y estructura
¿Con que se comparan los fragmentos de prot analisados en espectrometría de masas?
Con bases de datos
Pasos de la espectometría de masas
1 Extracción de muestra
2 Agregamos tripsina
3 Espectometría
4 Análisis in silico
5 Id de proteina
¿Para que es la espectometría de masas?
Id de proteina
