PGH Flashcards
Duración y en que años se realizó el PGH
13 años (1990 - 2003)
Por quien fué supervisao el PGH
National Institute of Health & US Department of Energy
Que paises formaron parte del PGH
Francia
Estados Unidos
Japón
Alemania
China
Inglaterra
Cuando fué publicado el PGH y en donde
2001 Nature & Science
Cual fué la proyección y presupuesto del PGH
15 años con presupuesto de 3 billones de dólares
Cual fué el % del GH que se logró secuenciar en el PGH
5%
Estandarización del protocolo de secuenciamiento con el genoma de…
Drosophila melanoganster
Objetivos del PGH
- Conocer, caracterizar y clacificar GH (CCC)
- Determinar secuencia de los 3000 mill nc
- Organizar y almacenar datos
- Desarrollar tecnologias
- Desarrollar herramientas de análisis
- Establecer leyes éticas
Descubrimiento de cromosomas homólogos
1903
Descubrimiento de entrecruzamiento
1909-1911
Etapas del PGH
1 Obtención muestras y métodos de secuenciación
2 Estrategia y caracterización de ensamblaje del G
3 Predicción y anotación de genes
4 Estructura del G
5 Evolución del G
6 Examinación a nivel G completo de variaciones
7 Predicciones
Etapa 1 PGH
- Muestras de 21 donadores (sangre y semen)
- Se hicieron clonas y posteriormente decidir la muestras que serían utilizadas
Tecnología utilizada en etapa 1 PGH
Librerias = especificamente BAC (cromosomas bacterianos artificiales)
Bacteria replica tu hebra de DNA el meterselo
Clonación de 100 - 200 kb
Máquina para ANALIZAR DNA
Sanger ABI PRISM 3700 DNA Analyzer
Control de calidad de muestras secuanciadas (E 1 PGH)
Especificidad de 99.5% (con profundidad y cobertura)
Longitud de secuencia promedio 543 pb
Verificar contaminación por E.coli o DNA mitocondrial
Etapa 2 PGH
2 bases de datos
- Fondos privados = Celera Genetics (16 lib)
- Fondo público = Human Genome Project (lib BAC)
Ensamblaje: sorelape de 40 pb con no más de 6% de diferencia
Etapa 3 PGH
Predicción de genes codificantes
Al final de la secuenciación descubrieron que hay aprox. 142,000 genes en general
Predicción basada en marcadores de secuencia expresada (EST) e islas CpG en reg. promotora
Etapa 4 PGH
Mapeo citogenético (que hay en cada cr / partes)
Mapeo de ligamento (Mapa físico de donde estan los genes especificos en cr)
Islas CpG 30,000 - 45,000
Elementos repetitivos (35% del G / cr 19 es el que más tiene)
Cuanto % del cr 19 es repetitivo
57%
Primer gen mapeado
BRCA-1 (cancer de mama) 1990
Primer genoma bacteriano secuanciado
H. influenzae (1995)
Primer mapa genético humano establecido
1996
Comienza la secuenciación humana a gran escala
1999
Reacción de cadena de la polimerasa
80’s y desencadenó el desarrollo de tecnologías para la secuenciación en masa
