Microbiologie Flashcards
Principaux pathogènes des voies respiratoires supérieures
- Streptococcus pneumoniae
- Streptocoque B-hémolytique
- Moxarella catarrhalis
- Haemophilus influenzae
- Neisseria spp.
Principaux pathogènes de la bouche
- Streptocoques groupe viridans
- Anaérobes
Principaux pathogènes de la peau
- Streptocoques B-hémolytiques
- Staph aureus
Principaux pathogènes grêle + côlon
- Entérobactéries
Pathogènes génito-urinaire (possibles, pas d’emblée)
Femmes : lactobacillus, anaérobes, streptocoques, levures
Quand prescrire le SMU-DCA
Habituellement chez tous les patients qui se présentent avec sx urinaires compatibles
Quand peut-on éviter de prescrire le SMU-DCA
On peut l’éviter chez les jeunes femmes
- non enceintes
- avec sx typiques
- sans fièvre
- sans facteur de risque d’infection résistante
Votre patient asx vous demande de lui prescrire une analyse d’urine, quoi faire ?
On ne prescrit pas une culture d’urine chez un patient asx, sauf exceptions
Quelles flores peuvent contaminer le SMU-DCA
Flores digestive, génito-urinaire, cutanée
Quels pathogènes peuvent contaminer le SMU-DCA
- Streptocoques groupe viridans
- Staph à coagulase négative (sauf S. saprophyticus)
- Corynébactéries
- Gardnerella vaginalis
- Levures
Principales bactéries causant l’infection urinaire la plupart du temps
- Entérobactéries, dont Escherichia coli, Klebsiella sp., Proteus mirabilis
- Cocci gram + : Staphlococcus saprophyticus (classique dans l’infection urinaire chez la jeune femme)
- Streptocoque B-hémolytique du groupe B
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus faecalis
V/F
La bactérie retrouvée en infection urinaire dans un mi-jet sera identifiée par le laboratoire seulement si elle est un pathogène reconnu en quantité suffisante
Vrai
La quantité retrouvée en infection urinaire dans un mi-jet est supérieure à 10^7-8 UFC/L
Demander la culture d’expectorations dans le cas d’une pneumonie acquise en communauté ?
Non
En externe, habituellement pas recommandée
Demander la culture d’expectorations dans le cas d’une pneumonie nosocomiale ?
Oui, recommandée
Culture d’expectorations recommandée si ?
- pneumonie nécessitant hospitalisation/sévère
- Histoire de colonisation par des germes plus résistants
- Détérioration sous abx
- Hospitalisation récente et utilisation d’abx dans les 3 derniers mois
Principaux pathogènes flore buccale et ORL
Colonisants potentiellement pathogènes
VRS
- Streptococcus pneumoniae
- Streptocoques B-hémolytiques
- Moraxella catarrhalis
- Haemophilus influenzae
Bouche
- Strep groupe viridans
- Anaérobes
Patient se présente pour toux, expectorations, fièvre et DEG
À la culture d’expectorations
- > 25/champ polynucléaires
- < 10/champ cellules épithéliales
- Bacilles gram nég en quantité ++
- Culture démontre Haemophilus influenzae
Conclusion ?
Probablement pneumonie sur Haemophilus influenzae
Peu de cellules épithéliales et beaucoup de bacilles gram -/polynucléaires : peu de salive dans l’échantillon d’expectoration et bon échantillon
De quoi dépend l’interprétation de la culture d’urine
Dépend du SMU, de la bactérie identifiée et de la quantité (décompte) retrouvée
De quoi dépend l’interprétation de la culture d’expectorations
Dépend de la qualité du spécimen et de l’examen microscopique
Utilités de la culture des expectos
- Surtout utile pour les pneumonies bactériennes à germe « typique »
- Si culture positive, peut identifier le germe responsable
- L’antibiogramme fait sur la culture permet de donner un tx ciblé
- Permet de connaître l’épidémiologie
Limites de la culture des expectos
- Il faut pouvoir expectorer
- Il faut interpréter en fonction du fait que la flore peut être retrouvée sans être en cause
- Idéalement, il faut obtenir le spécimen avant les abx
- Le résultat de la culture peut prendre quelques jours à sortir
Quand demander les hémocultures si probabilité élevée de bactériémie
Demander de routine
Dans quelles pathologies la probabilité de bactériémie est élevée ?
- Sepsis
- Ostéomyélite/discite vertébrale/abcès épidural
- Méningite
- Arthrite septique (non traumatique)
- Suspicion d’endocardite et autre infection intravasculaire
- Infection de cathéter
Quand demander les hémocultures si probabilité modérée de bactériémie (dans quelles pathologies)
Le plus souvent, dans les pathologies suivantes :
- PNA
- Cholangite
- Abcès du foie
- Pneumonie acquise en communauté sévère
- Pneumonie acquise sous ventilateur
- Cellulite chez l’immunosupprimé
Pathogènes les plus fréquents qui doivent toujours être considérés comme significatifs dans une hémoculture
- Staph aureus
- Strep. B hémolytique
- Strep pneumoniae
- Entérobactéries (E. coli)
- Haemophilus influenzae
- Bacteroides (bacille Gram - anaérobie)
- Pseudomonas aeruginosa
- Candida (levure)
Ne doivent jamais être considérés comme des contaminants
Bactéries le plus souvent significatives, mais peuvent parfois être des contaminants dans l’hémoculture
- Entérocoque
- Strep groupe viridans
Bactéries souvent (mais pas exclusivement) contaminants dans l’hémoculture
- Staphylocoques à coagulase neg
- Corynébactéries
- Cutibacterium acnes
- Bacillus sp
- Micrococcus sp
Ce sont des bactéries de la peau
V/F
Concernant l’hémoculture, plus l’inoculum est grand, plus le temps de positivité est petit
Vrai
Sur quels éléments repose l’interprétation des hémocultures ?
- Le nombre de bouteilles positives p/r au nombre total de bouteilles prélevées
- Le temps de positivité
- Le site de prélèvement (cathéter vs périphérie)
- La probabilité de bactériémie selon le tableau clinique
Comment prescire les hémocultures ?
Hémocultures (x2)
Prélèvement sur 2 sites de ponctions veineuses, souvent en périphérie
2 bouteilles par ponction (aérobie et anaérobie) = 4 bouteilles au total
Comment prescrire la PL ?
Analyse à faire sur le LCR
Quelles sont les analyses qu’on peut prescrire sur le LCR ?
- Biochimie sur le LCR (glucose et protéines)
- Gram STAT et culture bactérienne
- Décompte cellulaire
- Autres analyses, telles que le PCR méningite multiplex et le PCR spécifique herpès types I et II
Sur quoi repose l’interprétation de la PL
Dépend de la biochimie, du décompte cellulaire, de la bactérie identifiée et du tableau clinique
Quoi faire si on ne peut pas procéder en urgence à la PL ?
Hémocultures x2 STAT (en urgence)
PL dès que possible
Principaux microorganismes de la flore cutanée pouvant contaminer le LCR ?
- Streptocoques B hémolytiques
- Staph aureus
Autres : Corynebacterium sp, Staphylocoques à coagulase négative
Principales bactéries à ne jamais considérer comme contaminants dans le LCR ?
Selon l’âge et le statut immunitaire
- Streptococcus pneumoniae (méningite à pneumocoque)
- Neisseria méningitidis (méningocoque)
- Haemophilus influenzae
- Streptocoque B-hémolytique de groupe B (chez les plus jeunes enfants)
- Escherichia coli (chez les plus jeunes enfants)
- Listeria monocytogenes
À quoi ressemble l’infection lors de l’analyse du LCR ?
- GR : 0
- GB augmentés
- Glucose diminué
- Protéines augmentées
- PCR : positif à E. coli par ex. ou autre pathogène
Principaux virus à ne jamais considérer comme contaminants dans le LCR
- Herpès type I et II (encéphalite herpétique)
- Varicella zoster
- Entérovirus
Quelles investigations microbiologiques doit-on demander avant les abx ?
- SMU-DCA
- Culture des expectos (si possible)
- Hémoculture (à tout prix)
- PL (si ça ne retarde pas le tx)
Qu’est-ce qu’un pathogène potentiel ?
Microorganismes de la flore qui peuvent, lorsque certaines conditions chez
l’hôte le permettent (bris cutané, infection, etc.), devenir pathogène
Exemples:
- Streptococcus pneumoniae causant une pneumonie après un rhume
- Staphylococcus aureus dans le sang d’un patient avec cathéter veineux
central
Investigations microbiologiques en ambulatoire
- Requête pour SMU-DCA
- Culture des expectorations (si recommandée et facteurs de risque en externe, mais pas la norme)
Autres investigations (pas microbiologiques) : RxP, prise de sang
Investigations microbiologiques à l’urgence/hôpital
- PL
- Hémocultures
- Culture expectorations
