HC 17 Whole exome sequencing

Question 1

Wanneer gebruik je sanger sequencing?

Answer 1

Bij hoge verdenking op 1 bepaalde ziekte

Question 2

Waar kan je DNA uit verkrijgen?

Answer 2

Bloed, fibroblasten, vruchtwaker, speeksel en tumoren

Question 3

Waarmee begint next generation sequencing?

Answer 3

Exoom capture met probes en targeted enrichment

Question 4

Wat is mapping?

Answer 4

Computer bepaalt waar reads thuishoren op referentie

Question 5

Hoe vindt je de ziekterelevante variant?

Answer 5

• Filteren
• Classificeren
• Interpreteren

Question 6

Waaruit bestaat de 5 klassen classificatie systeem?

Answer 6

• Klasse 1: benigne variant
• Klasse 2: waarschijnlijk benigne variant
• Klasse 3: onbekende klinische betekenis
• Klasse 4: waarschijnlijk pathogene variant
• Klasse 5: pathogene variant

Question 7

Hoe interpreteer je de gevonden genvarianten?

Answer 7

Past het bij het fenotype, overerving en gen specifieke zaken?

Question 8

Wat is het doel van het dragerschapsonderzoek bij de ouders?

Answer 8

Compound heterozygotie bevestigen

Question 9

Wat zijn kenmerken van het hyper IgD syndroom?

Answer 9

• Mevalonzuur verhoogd
• Mevalonaat kinase activiteit verlaagd

Question 10

Wat kun je wel en niet aantonen met WES?

Answer 10

• WEL: single nucleotide varianten, kleine deleties/duplicaties (tot 5 baseparen)
• NIET: grotere deleties/duplicaties, complexe varianten, varianten buiten de exonen, mozaïek varianten

Question 11

Wat doe je als je niks vindt met WES?

Answer 11

Analyse van copy number varianten
- SNP array of separaat algoritme

Question 12

Wat zijn nevenbevindingen bij WES?

Answer 12

Pathogene varianten die geen verklaring geven voor het ziektebeeld

Question 13

Wat betekent een negatief exoom onderzoek?

Answer 13

Niet veel, genetische oorzaak kan niet uitgesloten worden

Question 14

Waarom is exoom onderzoek belangrijk?

Answer 14

• Stellen diagnose
• Prognose
• Aanknopingspunten therapie
• Risico voor nakomelingen en familieleden