HC 14 Sequentie analyse en mutatie detectie Flashcards
Wat is de relevantie van genetische mutatieanalyse bij PID?
- Exacte diagnose
- Behandeling en prognose
- Gentherapie
- Lange termijn preventiestrategie
- Genetic counseling
Welke technieken worden het meest gebruikt voor mutatieanalyse?
Sanger sequencing of next generation sequencing
Hoe werkt sanger sequencing?
- PCR: amplificatie van exonen (2 richtingen)
- Sequencen PCR producten (coding exonen + splice sites)
Hoe vindt de terminatie van sanger sequencing geinduceerd?
ddNTP ipv dNTP inbouwen
Hoe wordt sanger sequencing zichtbaar gemaakt?
- Kleuren: ddA/T/C/G
- Scheiden op lengte van fragmenten
Welke mutaties komen het meest voor?
Single nucleotide: missense/nonsense, splicing of regulatoir
Welke single nucleotide mutaties zijn er?
- Silent: geen effect
- Missense: verandering aminozuur
- Nonsense: introductie stopcodon
Hoe heeft een X gebonden aangedaan allel?
Hemizygoot
Wat is compound heterozygoot?
Beide allelen aangedaan maar door verschillende varianten
Welke mutaties kunnen gemist worden door PCR?
Large stretch inserties/deleties
Waardoor ontstaat het hyper IgM syndroom?
Mutatie in CD40L gen
Wat is een splice site mutatie?
Mutatie in donor (GT) of acceptor (AG) splice site
- Leidt tot verlies exon of toevoeging intron
Hoe kun je onderscheid maken tussen en ziekmakende variant en een onschuldig polymorfisme?
- Database analyse
- Klinische presentatie
- Flowcytometrie / Western blot
- Functionele assay
Wanneer gebruikt je welke genetische analyse?
- Sanger sequencing: 3-4 kandidaatgenen bij specifiek klinisch beeld, bevestiging gendefect of dragerschapsanalyse
- NGS: > 3-4 kandidaatgenen en/of geen specifiek klinisch beeld
