Génome 2: Chromatine et ADN Flashcards
Reste à faire: finir les FC
Qui et quand la structure en double hélice de l’ADN à était découverte ?
Elle a était découverte en 1953 par WATSON et CRICK principalement par un travail aux rayons X. Ils ont reçu le prix nobel en 1962. (ça leur a pris 3ans)
Quelles sont les paire de base de l’ADN ?
L’ADN est formé de 4 paire de base qui sont complémentraires:
AT et CG
Ou se situe les base planes dans la double hélice de l’ADN ?
Ils sont hydrophobes et sont à l’intérieur .
Quelles sont les deux grandes familles de nucléotides?
Les deux grandes familles de nucléotides sont les bases pyrimidiques et les bases puriques.
Quelle est la structure de l’ADN?
L’ADN est organisé en une double hélice, où deux brins de nucléotides s’enroulent l’un autour de l’autre.
Qu’est-ce qu’une isoforme de l’ADN?
Les isoformes de l’ADN se réfèrent aux différentes formes de l’ADN qui peuvent exister, notamment en fonction de la séquence de bases et de la conformation.
Quelle est l’isoforme la plus répandue chez les eucaryotes ?
L’ ADN B est l’isoforme la plus répandue chez les eucaryotes. C’est une hélice dont le pas est à droite , il s’agit de la forme la plus hydratée de la molécule native d’ADN.
A quoi correspond un PAS ?
Il correspond à la distance qu’il faut à l’hélice pour faire un tour complet, il lui faut 10,4 paires de bases par tour d’hélice. Chaque paire de bases fais un angle de 34°6 avec le précédent.
Quelles sont les caractéristiques/propriétes de l’ADN B ?
- Le diamètre de l’hélice est de 2,4 nm, le nombre de paires de base par tour d’hélice est de 10,4 (360/34,6).
2.chaque plateau de base tourne de 34,6° par rapport au précédent (360/nb de paires de bases par tour d’hélice).
3.Le pas d’hélice est la hauteur d’un tour complet, ici il est de 3,4 nm.
- l’hélice est rallongée de 0,33 nm (3,4/10,4) par chaque paire de bases formée correspond à ce que gagne l’hélice par chaque paire
de base. À chaque tour de 34°6, la base s’élève de 0,33nm par rapport
à la précédente.
Qu’est-ce qu’un topoisomère?
Les topoisomères sont 2 molécules d’ADN circulaire ayant exactement la même séquence de bases, mais qui différent que par le nombre d’enlacements (même formule, topologie différente) s’appellent des topoisomères .
Quelle est la différence entre la thymine et l’uracile?
La thymine est une 5-méthyluracile, différenciée par un groupement méthyl en position 5.
Quelles sont les bases puriques?
Les bases puriques incluent l’adénine et la guanine.
Comment les bases s’associent-elles dans l’ADN?
La guanine et la cytosine , forment 3 liaison hydrogène tandis que l’adénine et la thymine forment 2 liaisons hydrogènes
Quelle est la structure de base de l’ADN ?
L’ADN est constitué de nucléotide unis par des laisons 3’-5’ phosphodiester
Chaine à configuration hélicoïde
La molécule d’ADN est une double hélice
s’enroulant autour d’un axe central imaginaire.
Qu’est qu’une liaison hydrophobe ?
Elle se situe entre partie hydrophobe des bases contigues . Empilées à l’intérieur de la double hélice et font appel à des forces de Van der Waals. Il s’agit de liaisons faibles mais très nombreuses et elles suivent l’axe de la double hélice (parallèle). (base hydrophobes à l’intérieur de la double hélice)
Comment se forme les liaisons hydrogènes ?
Elles s’effectuent entre bases appariées qui sont faibles mais très nombreuses. Elles sont perpendiculaires à l’axe de la double hélice et dans le même plan que les bases.
Les liaisons ionoiques
entre le squelette phosphodiester porteur de charge négative à pH 7 (elles se repoussent entre elles), et des cations avec en général le magnésium qui crée des liaisons ioniques (neutralise les charges négatives). Ces liaisons stabilisent fortement la double hélice et empêchent la répulsion des charges négatives des groupements phosphodiester entre eux. (En conformation ANTI).
Combien de liaison d’hydrogène, il y a entre les base complémentaires ?
- Entre les bases A = T il y a 2 liaisons hydrogènes ;
- Et entre les bases G ≡ C il y a 3 liaisons hydrogènes.
Pour quelle raison la concentration en base puriques et en base pyrimidiques sont égales ?
En raison de leur complémentarité absolue, c’est une obligation pour la double hélice
Donner les caractéristiques de la double hélice :
- Les bases hydrophobes (purique ou pyrimidique) sont à l’intérieur de cette double hélice
- Les chaînes des désoxyriboses phosphates sont à l’extérieur de la double hélice.
- Les base appariées sont perpendiculaire à laxe des chaine des désoxyriboses phosphates qui sont eux paralléle à l’axe de la double hélice.
- Elle a une grand et un petit sillon
- Conformation hélicoïdale c-àd que la molécule d’ADN est une double hélice s’enroulant autour de son axe imaginaire .
- Les 2 chaines sont anti-parallèle c-à-d qu’elle sont parallèle mais dans le sens inverse. Une chaine est dans le sens 5’-3’ (toujours lu dans ce sens-là) et l’autre est dans le sens 3’-5’
Donner les 2 configuration hélicoïdales possibles :
- Soit, le pas (de bas vers le haut) de l’hélice est à droite (en
considérant l’hélice d’en bas),
→ Et il s’agira alors d’une conformation horaire. - Soit, le pas de l’hélice est à gauche,
→ Et il s’agira alors d’une conformation antihoraire.
Quelle est l’hélice qui prédomine dans l’ADN ?
C’est l’hélice à droite qui est prédominante.
Qu’est ce qu’apporte les différents types de liaison à la double hélice ?
Ces liaisons stabilisent fortement la double hélice et empêchent la répulsion des groupements phosphodiester entre eux.
Quels sont les différents isoformes de l’ADN qui existe ?
Il existe également les isoformes A et Z mais on s’intéresse à la forme la plus répandue : l’isoforme B.
Quelles sont les différentes étapes dans le fonctionnement des enzymes topoisomérase ?
On distingue 3 étapes dans le
fonctionnement de ces enzymes :
- 1ère étape : Clivage d’1 seul ou des 2 brins d’ADN.
- 2ème étape : Passage d’1 segment d’ADN à travers la brèche.
- 3ème étape : Recèlement ou fermeture de la brèche.
Quels sont les 2 types d’enzyme topoisomérase ?
La Topoisomérase de Type 1
La Topoisomérase de Type 2
Quel est le rôle de la topoisomérase de type 2 ?
- Il clive les 2 brins d’ADN
- Il démêler les nœuds de l’ADN en présence d’ATP. (L’énergie est apportée par l’hydrolyse de l’ATP) .
- Elle peut introduire des super tours, soit positifs soit négatifs,
en maintenant fermement l’ADN pour qu’il ne puisse pas
tourner → elle n’est donc pas forcément relâchante ! - Elle coupe les 2 brins d’ADN puis fait passer 1 brin à travers cette brèche et referme les 2 brins.
Quelles sont les conventions internationale de la topoisomérase de type 2 ?
À l’état physiologique:
- Lorsque le brin à l’avant remonte (de gauche à droite),
→Il s’agit une super hélice POSITIVE.
- Lorsque le brin à l’avant descend,
→Il s’agit d’une super hélice NEGATIVE.
Quel est le rôle de la topoisomérase de type 1 ?
- Ne peut cliver qu’1 seul brin d’ADN
- Etant des enzymes relachante, elle ramènent l’ADN surenroulé à sa conformation initiale relâchée
- Fonctionne sans sources d’énergie (ATP) et ne peuvent donc que favoriser la configuration normale de l’ADN. Spontanément les liaisons, qui donnent cette conformation en double hélice à
l’ADN, vont se former. - Il y a coupure d’1 seul brin d’ADN, l’autre va passer à travers la brèche pour se dérouler.
