5.6 Huellas peptídicas y motivos estructurales

Question 1

Facts del genoma humano

Answer 1

• Da información acerca de las variaciones del genoma
• Descubrir los elementos funcionales de la secuencia (ENCODE)
• Se identificaron 22,000 genes podrían originar en una sola cél 500,000 protes diferentes (splicing alternativo)
• Las modificaciones post-traduccionales sirven para regular la act, estabilidad y localización subcelular de una prote, asó como sus interacciones con otras protes
• Protes efectoras del trabajo cél

Question 2

Facts de proteómica

Answer 2

“Principal objetivo es entender la expresión, función y regulación del conjunto completo de protes codificadas por un organismo”
- Este estudio permitira´comprender procesos biológicos y su variación en la enfermedad vs. estado de salud; ya que se evalúan interacción entre protes, modificaciones post-traduccionales, funciones y localización

Question 3

La proteómica es

Answer 3

una ciencia que nos ayuda a realizar un análisis sistemático a las protes
Estudio x técnicas como:
- electroforesis mono y bidimensional
- Espectrometría de masas
- Técnicas in silico (análisis en bases de datos)

Question 4

Estrategias de estudio de la proteómica

Answer 4

• Fracciona mezclas de protes o péptidos para análisis
• Separación
• Estrategias para separación buscan reducir la complejidad y el tiempo de análisis
• Interacción prote-prote: purificación x afinidad-MS

Question 5

Facts de interacciones prote-prote: purifiación por afinidad-MS

Proteómica

Answer 5

La proteína de estudio se aisla por la afinidad que tiene con un ab y las protes q están pegadas a ellas se analizan por espectrometría de masas (MS)

Question 6

Facts de análisis de la estructura proteica

Answer 6

• Estrategia para la purificación de protes.
• Purificación de prote supone una secuencia de etapas en las que las proteínas contaminantes se eliminan a partir de las diferencias de tamaño, carga e hidrofobicidad
• Purificación se monotoriza mediante SDS-PAGE

Question 7

Proceso de espectometria de masas

Answer 7

1. Extraigo
2. Separo distintas protes con gel bidimensional (isoelectrico, peso molecular)
3. Degradas
4. Secuencias

Question 8

Facts de gel bidimensional

Answer 8

SDS-PAGE: es un detergente que desnaturaliza la prote para leerla, el gel se debe de teñir, usualmente con plata
- Punto isoelectrico: por carga, cuando llega a carga neutra se deja de mover
- Peso molecular

Question 9

Facts de electroforesis bidimensional

Answer 9

• 1995 O´Farrel et al
• Desarrollan la técnica de separación de protes utilizando geles de poliacrilamida dos dimensiones
• Isoelectroenfoque (IEE) -> punto isoeléctrico (PI)
• Masa molecular

Question 10

Identificación de protes

Answer 10

• Una vez realizada la corrida del gel bidimensional
• Las manchas individuales se id x tinción, después se digieren con proteasas
• Se secuencian mediante espectometría de masas -> se id la prote

Question 11

Facts de espectometría de masas

Answer 11

• Muestras proteícas digeridas (tripsina)
• Péptidos + pequeños
• Una determinada combinación de aa puede dar una determinada masa
• Se llama huella dactilar, debido a que hay péptidos que son específicos en algunas protes
• Cada aa tiene masa específica

Question 12

Proceso de espectometría de masas

Answer 12

• Fragmentos de protes analizados son comparados con las bases de datos genomicos y así poder inferir la prote
• Ensayo in silico
• Las caract únicas nos permitirán id la prote

Question 13

Facts de huella peptídica

Answer 13

• Técnica x la cual es posible id protes
• Utiliza espectometría de masas (MS)
• MS utiliza la relación masa/carga para calcular los componentes que forman una prote