5.4 Aplicaciones de microarreglos de DNA, RNA y protes

Question 1

Definición de microarreglos

Answer 1

Metodología que permite la id de moléculas de ADN o ARN x hibridación en una estructura de vidrio o silicona

Question 2

Fundamento de los microarreglos

Answer 2

• Hibridación de ác. nucleicos (ADN o ARN) (principio de complementariedad)
• Detección x fluorecencia (BN marcadas)
• Obtención de señal en donde haya hibridación
• Permite la lectura de miles de variantes en un solo ensayo

Question 3

Tipos de microarreglos

Answer 3

• ADN
• ARN
• Metilación
• Protes

Question 4

Facts de ADN

Microarreglos

Answer 4

SNPs
- detección de variantes genéticas específicas

Question 5

Facts de ARN

Microarreglos

Answer 5

Análisis de expresión genica
- Analiza el cDNA, RNA es muy inestable

Question 6

Facts metilación

Microarreglos

Answer 6

Analisis y comparación de sitios de metilación (CpG)

Question 7

Facts protes

Microarreglos

Answer 7

Análisis de protes x utilización de ab especificos

Question 8

Proceso para encontrar microarreglos

Microarreglos

Answer 8

1. De manera ordenada se distribuyen oligonucléotidos (15-25 nt) sintetizados en lab sobre estructura de sílice o silicona (portaobjetos)
2. Cada oligont contiene miles de copias
3. Se agg fragmentos de DNA derivado de librerias
4. Variantes se analian simultaneamente
5. Resultado se verá reflejado por medio de fluorescencia

Question 9

Facts de librerias

Microarreglos

Answer 9

• Colecciona clonas de DNA
• Para generarlas se necesitan cél del organismo a estudiar (leucocitos) -> extracción DNA
• Corte con enzimas de restricción (digestión controlada)
• Generará fragmentos de restricción de distinto tamaño que se traslapan
• Unión al vector y clonar en bact o levaduras

Question 10

Función de microarreglos ADN (SNPs CHIP)

Answer 10

Son diseñados para id un polimorfismo específico en cada celda
- Actualidad: se usan chips de 50,000 variantes

Question 11

Proceso de microarreglo ADN (SNPs CHIP)

Answer 11

1. En cada celda se encuentra un oligont específico para cada SNP
2. Oligo: variante con flróforo diferente
3. Polimorfismo bialélicos: genotipos: CC (+fluorecencia verde) CA (florecencia amarilla) AA (+florecencia roja)

Question 12

Usos: forense y ciencia de la salud

microarreglo ADN

Answer 12

• Forense: perfil genético permite la id de individuos mediante amplificación de microarreglos SNPs
• Ciencias de la salud: análisis de polimorfismos en enfermedades metabólicas

Question 13

Facts de microarreglos de ARN

Answer 13

• Extracción de ARN
• Amplificación de cDNA
• Adherencia al microarreglo del cDNA

Question 14

¿Qué hacen los microarreglos de ARN?

Answer 14

• Un análisis comparativo entre perfiles de expresión de cél sanas vs cél de px enfermo
• Id rutas metabólicas implicadas en enfermedades (cáncer)

Question 15

Facts de RNA

Microarreglos

Answer 15

• Permite conoces la expresión diferencial entre un px y otro
• La intensidad de la fluorescencia es directamente proporcional al nivel de expresión del gel

Question 16

Usos: ciencias de la salud y microbiología

Microarreglos de RNA

Answer 16

• Ciencias de la salud: análisis comparativo de cél sanas y enfermas; análisis comparativo entre tejidos
• Microbiología: estudios de patogenicidad y resistencia bacteriana

Question 17

Posibles aplicaciones

Microarreglos de RNA

Answer 17

• Dx temprano de enfermedades
• Estudios de cáncer
• Guías de tratamiento
• Estudio de nuevos fármacos

Question 18

Facts de microarreglos de metilación

Answer 18

• Metilación= transferencia gpos metilo en C5 de C en islas CpG
• S-adenosil metionina (donante metilos)
• Metilado por ADN metiltransferasas
• Metilación silencia o inactiva genes
• Altamente asociado a desarrollar cáncer

Question 19

Facts de Beadchip

Microarreglos de metilación

Answer 19

• Human Methylation 450 Beadchip
• Illumina
• Cubre 99% de genes referenciados y 250,000 islas CpG