2.3 The ENCODE project Flashcards
En este año se creo el proyecto
En 2003
¿Qué hizo el proyecto?
- Cataloga elementos funcionales del genoma humano
- Investiga la regulación de la expresión génica y la salud
¿Qué pretende el proyecto?
→ Genes codificantes para protes
→ Genes que no codifican para protes
→ Elementos reguladores de transcripción
→ Secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
Fases del proyecto
Facts de fase piloto
→ Evaluación estrategias para id regiones en genoma
→ Fase de desarrollo tecnológico: id o crea nuevas estrategias (computacionales y lab) que caracterizan secuencias previamente id (22); además de descubrir nuevas regiones (22)
→ 44 regiones (30 Mb; 1% genoma)
→ Id regiones de ADN que transcriban ARN
Metodología utilizada ENCODE
→ Hibdricación ChiP-chip
→ Inmunoprecipitación de cromatina
→ Técnica que permite identificar los sitios de unión de las proteínas que se unen al ADN
- Factores de transcripción
- Histonas
- Reguladores de la cromatina
→ En un chip
¿Cuántos organismos se analizaron y por qué?
10 que fueron seleccionadas por su posicionamiento filogenética
→ Secuenciación de regiones ortólogas
→ Querían encontrar elementos conservados a nivel evolutivo
→ Desarrollar herramientas computacionales para utilizar secuencias comparativas para inferir funciones biológicas
Diferentes fases y cosas impo
→ Piloto (2003-2007)
→ 2 (2008-2012)
→ 3 (2013-2016)
→ 4 (2011-2021)
Cosas impo que se hicieron durante la fase piloto
→ 1%, producción de datos (humano)
→ desarrollo tecnología 1 y 2
Cosas impo que se hicieron durante la fase 2
→ Producción de datos (humano) (Data Coordination Center & Data Analysis Center)
→ Model ENCODE (mosca fruta y gusano nematodo)
→ ENCODE de raton (tmb modelo)
→ Desarrollo de tecnologías 3
Facts del ENCODE 2
→ Borrador: Volume 489, Issue 7414, 6 september 2012
→ Oficial: Se publico en Nature Enero 2019
- Colección consta de 13 artículos, abordando diferentes acercamientos a estructura y funcionamiento de información genómica
ENCODE 2: 1. motivos de los factores de transcripción
→ Mapearon 119 regiones donde se observan unión de protes a ADN
→ Componentes de ARN polimerasa en 72 tipos de células (ChiP-Seq)
→ 87 fueron secuencia especifica de factores de transcripción
→ 8.1% de genoma tiene regiones de ADN con unión a protes
→ FACTORBOOK: catálogo de sitios de unión a factores de transcripción
ENCODE 2: 2. Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción
→ Los sitios de unión a factores de transcripción ayudan a explotar propiedades de la cromatina
→ Evalúan unión de H3K27me3 → modificación epigénetica en histona H3, trimetilación de la lisina 27
ENCODE 2: 3. Caracterización de regiones intergénicas y definición de un gen
→ Regiones intergénicas: partes que regulan expresión génica (enhancers, silencers y promotoras)
→ Definición de gen: se dio una deficnición donde se incluían exones, intrones y regiones reguladoras
ENCODE 2: 4. Arns y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
→ Realizaron modelos de predicción que exploran la interacción entre modificacionesd e histonas y promotores
