1.2 Proyecto del genoma humano

Question 1

Generalidades del HGP

Answer 1

• De 1990 a 2003 (13 en vez de 15)
• Supervisación: National Institutes of Health and the US Deparment of Energy
• Participo: USA, UK, Francia, Alemania, Japón y China
• Costo: 3 mill
• Para estandarizar el protocolo de secuenciación Dostrophila melanogaster

Question 2

Objetivos del HGP

Answer 2

• Conocer, caracterizar y clasificar totalidad de genes en genoma humano
• Determinar secuencia de 3000 mill de nucleotidos
• Organiza y almacena info de base de datos
• Desarrollar tecnología que permiten secuenciar ADN de manera rápida y efectiva
• Desarrollar herramientas adecuadas para analizar de manera rápida y precisa la info
• Establecer leyes que regulen comportamiento ético y legal con respecto al uso de datos obtenidos

Question 3

Etapas del HGP

Answer 3

1. Obtención de muestras y métodos de secuenciación
2. Estrategia y caracterización de ensamblaje
3. Predicción y anotaciones
4. Estructura del genoma
5. Evolución del genoma
6. Examinación a nivel del genoma completo de variaciones
7. Predicción

Question 4

Facts de muestras biológicas

Answer 4

• Donadas, 21 donadores anonimos
• Sangre y semen
• Clonas de fragmento y, tomando en cuenta la calidad de material genetico, se tomo la decisión de que muestras se utilizarían

Question 5

Facts de Bac-based , clone by clone

Answer 5

• Librerias: técnica de almacenamiento de fragmentos de ADN fue la bac (cromosomas bacterianos artificiales) → se puede almacenar ADN de 100 a 200 kb → CLONACIÓN
• Ensamblaje: unión fragmentos superpuestos

Question 6

Facts de HGP (métodos de secuenciación)

Answer 6

• Método de secuenciación
• Técnica se Sanger (ABI PRISM 3700 ADN analyzer)
• Control de calidad
• Errores no identificados podrían reducir efectividad de ensamblaje

Question 7

Parámetros de control de calidad en la técnica de sanger aplicada en el HGP

Answer 7

• Longitud de secuencia 543 pb
• Especificidad: 99.5%
• Verificaban contaminación con E. coli o ADN mitocondrial

Question 8

Facts de la estrategia de caracterización del ensamblaje del genóma

Answer 8

→ Dos conjuntos de datos: Celera genomics (priv): 27.77 mill de lectura de 543 pb de 16 librerias; HGP (públicos): librerias de BAC
- Ensamblaje: compara fragmentos de librerias y sobrepone mín 40 pb y no más de 6% de error

Question 9

Facts de predicción y anotación de genes

Answer 9

→ Predicción de genes codificantes
- 30, 000 - 40,000 genes
- Ambos sectores calculan aprox 142,000 genes (basandose en marcadores de secuencia expresada e islas CpG

Question 10

Facts de estructura del genoma

Answer 10

→ Mapeo citogenético
→ Mapeo de ligamiento: tasas de recombinación mayores en mujeres que en hombres; generación mapa físico
→ Islas CpG: regiones de ADN con muchas C y G, 30,000 a 45,000
→ Elementos repetitivos: 35% genoma con contenido repetitivo; el chr 19 tiene mas elementos repetitivos (57%)