3.5 Rearreglos genómicos Flashcards
Facts de rearreglos genómicos
Definen como cambios en el DNA, van de miles de bases hasta regiones completas de cromosomas
- Duplicaciones, inversiones, inserciones, deleciones.
- Las enf generadas por estos sin desordenes genéticos
Mecanismos de los rearreglos genómicos
- NAHR > recombinación homologa no alelica > mediada por LCRs (low copy repeats)
- NHEJ > Non-homologous end-joining
- FoSTeS > Fork Staling and Template Striching
Mutaciones vs rearreglos
- Mutaciones puntuales se originan por errores durante la replicación o reparación de DNA
- Rearreglos genómicos están causados por características genómicas estructurales
Delimitan a los rearreglos recurrentes (NAHRs)
NAHR
LCRs
En vez de LCRs, ¿qué tienen los rearrgelos no recurrentes?
Regiones cortas de sobrelapamiento (SRO)
Facts de lugares donde ocurren la recombinación homológa no alélica
NAHR
Hot spot (regiones de los LCRs)
- La recombinación puede tener un alineamiento erróneo por presencia de LCR (gran similitud entre secuencias)
- Cuando los LCRs están en diferentes cromosomas, se generan translocaciones
¿Qué pasa cuando los LCRs están en mismo chr, diferentes cromatidas y en misma orientación?
Se generan deleciones o duplicaciones
¿Qué pasa cuando los LCRs están en mismo chr pero en orientación opuesta?
Se generan inversiones
Facts de NAHR (5)
- Ocurre en Hot spots
- Ocurrre en mitosis y meiosis
- Eficiencia
- Deleciones y duplicaciones no ocurren en la misma frecuencia
- Mecanimso se puede utilizar como predictor de desórdenes genómicos
Facts de NAHR: 1. hot spots
NAHR (recombinación homólogoa no alélica)
- Regiones donde se encuentran los LCRs
- Estudios demuestran que recombinación de alelos homologos puede tener hot spots adyacentes a los que NAHR
Facts de NAHR: 2. ocurre en mitosis y meiosis
NAHR
- Meiosis: si arreglos se presentan en células germinales se puede manifestar en desorden genético
- Mitosis: resultado en mosaicos de poblaciones de células que portan el rearreglo genómico > CÁNCER
Facts de NAHR: 3. Eficiencia
NAHR
Influida por sig facts
- Longitud LCR
- Cercanía entre LCR
- Mayoria de rearreglos se han observado en regiones con LCR con una longitud de 10 a 400kb y tienen un porcentaje de identidad >96%
Facts de NAHR: 4. Deleciones y duplicaciones no ocurren en la misma frecuencia
NAHR
En meiosis NAHR puede llevarse en:
- Misma cromátida (intracromátida)
- Cromátidas hermanas (intercromátida)
- Cromosoma homólogo (intercromosomal)
Facts de NAHR: 5. Mecanismo se puede utilizar como predictor de deórdenes genómicos
NAHR
Estudio de los mecanismos junto con los análisis bioinformáticos permite la predicción de regiones propensas a estabilidad genómica y por el tanto el posible desarrollo de nuevos desórdenes genómicos
Uso y por qué se dan los NHEJ (Non-homolohous end-joining)
NHEJ
Utilizado para reparación de DSB (doble strand breaks)
- Provocado por errores en la recombinación, por radiación o por ROS
Pasos del proceso de NHEJ
NHEJ
- Detección de DSB
- Punteo de los extremos dañados (Ku)
- Modificación de los extremos para compatibilidad (artemis, DNA-Pkcs, polimerasa mu y lambda)
- Ligación de los extremos (XRCC, ADN ligasa IV)
Facts de NHEJ
- No es tan específica como NAHR, pero son estimuladas y reguladas por arquitectura genómica
- Estudio: observó que duplicaciones surgen en primer paso de rearreglo, post los extremos rotos invaden y copian a la cromátida hermana, formando la duplicación
- Este mecanismo es el más común en las translocaciones cromosómicas vistas en cáncer
Mecanismo derivado de replicación
FoSTeS
FoSTeS
(Siguen estudiandolas)
Algunas estructuras pueden favorecer la formación de FoSTeS
FoSTeS
- ADN palindrómico
- Estructuras de stemloop
- Estructuras cruciformes
