2A1 week 5 HC 7 Tumor evolutie

Question 1

Welke veranderingen kunnen gevonden worden in tumorcellen?

Answer 1

• DNA mutaties (genomisch)
• Hoeveelheid mRNA en non coding RNA’s (transcriptieniveau)
• DNA methylering en histon modificaties (epigenetisch)
• Expressie en activiteit van eiwitten

Question 2

Welke typen genomische afwijkingen zijn er?

Answer 2

• Specifiek: oorzakelijk betrokken bij transformatie en/of progressie van tumorcel (driver)
• Niet specifiek: geen direct effect en verdwijnen (passenger/hitchhickers en age related genomic abberations)

Question 3

Wat is een proto-oncogen?

Answer 3

1 activerende mutatie die leidt tot een tumor fenotype

Question 4

Wat is een tumor suppressor gen?

Answer 4

2 inactiverende mutaties/deleties die leiden tot tumor fenotype

Question 5

Wat is clonaliteit?

Answer 5

Tumorcellen die exact dezelfde mutaties bevatten

Question 6

Wat is het gevolg van de genomische instabiliteit in tumoren

Answer 6

Ongecontroleerd ontstaan van mutaties wat leidt tot intratumor heterogeniteit

Question 7

Welke allel frequentie van mutant tumorsuppressor DNA verwacht je bij 100% tumorcellen?

Answer 7

100%, want 2 gemuteerde allelen nodig

Question 8

Welke allel frequentie van mutant tumorsuppressor DNA verwacht je bij 80% tumorcellen?

Answer 8

80x mutant allel (want 1 deletie, 1 mutatie)
20x2 normaal allel (want geen deletie)
-> 80 / (80+40) = 67%

Question 9

Wat is de covarge?

Answer 9

Aantal herhalingen/bepalingen
- Leidt tot deeper sequencing

Question 10

Wat kun je met immunokleuring bepaling?

Answer 10

Of een tumor homogeen/clonaal of heterogeen/niet clonaal is
- DNA, RNA of eiwit kleuren

Question 11

Welke allel frequentie van mutant oncogen DNA verwacht je bij 100% tumorcellen?

Answer 11

50% want 1 allel gemuteerd

Question 12

Welke allel frequentie van mutant oncogen DNA verwacht je bij 80% tumorcellen?

Answer 12

80x mutant allel
80x + 20x2 normaal allel
-> allel frequentie = 80 / (80+80+40) = 40%

Question 13

Wat is erlotinib?

Answer 13

Een TKI dat EGFR remt

Question 14

Wat geef je bij resistentie tegen erlotinib?

Answer 14

Osimertinib

Question 15

Wat is het gevolg van (intratumor) heterogeniteit?

Answer 15

Progressie, metastasering en resistentie

Question 16

Wat is het Vogelstein model?

Answer 16

De relatie tussen het morfologische veranderingen en moleculaire veranderingen tijdens het proces van ontwikkeling van darmkanker

Question 17

In wat voor soort gen zit de mutatie bij FAP en Lynch syndroom?

Answer 17

Tumorsuppressorgen

Question 18

Hoe ziet LOH eruit bij microsatelliet analyse?

Answer 18

1 piek ipv 2 pieken

Question 19

Hoe ziet microsatelliet instabiliteit eruit bij microsatelliet analyse?

Answer 19

2 pieken, waarvan de grootste bij een lagere hoeveelheid bp tov de hoeveelheid bp in een normale analyse

Question 20

Wat zijn microsatellieten?

Answer 20

Korte, repeterende DNA sequenties

Question 21

Hoe kun je defect in DNA repair mechanismen aantonen?

Answer 21

Immunohistochemische aankleuring buiten de kern