2A1 week 5 HC 7 Tumor evolutie Flashcards
Welke veranderingen kunnen gevonden worden in tumorcellen?
- DNA mutaties (genomisch)
- Hoeveelheid mRNA en non coding RNA’s (transcriptieniveau)
- DNA methylering en histon modificaties (epigenetisch)
- Expressie en activiteit van eiwitten
Welke typen genomische afwijkingen zijn er?
- Specifiek: oorzakelijk betrokken bij transformatie en/of progressie van tumorcel (driver)
- Niet specifiek: geen direct effect en verdwijnen (passenger/hitchhickers en age related genomic abberations)
Wat is een proto-oncogen?
1 activerende mutatie die leidt tot een tumor fenotype
Wat is een tumor suppressor gen?
2 inactiverende mutaties/deleties die leiden tot tumor fenotype
Wat is clonaliteit?
Tumorcellen die exact dezelfde mutaties bevatten
Wat is het gevolg van de genomische instabiliteit in tumoren
Ongecontroleerd ontstaan van mutaties wat leidt tot intratumor heterogeniteit
Welke allel frequentie van mutant tumorsuppressor DNA verwacht je bij 100% tumorcellen?
100%, want 2 gemuteerde allelen nodig
Welke allel frequentie van mutant tumorsuppressor DNA verwacht je bij 80% tumorcellen?
80x mutant allel (want 1 deletie, 1 mutatie)
20x2 normaal allel (want geen deletie)
-> 80 / (80+40) = 67%
Wat is de covarge?
Aantal herhalingen/bepalingen
- Leidt tot deeper sequencing
Wat kun je met immunokleuring bepaling?
Of een tumor homogeen/clonaal of heterogeen/niet clonaal is
- DNA, RNA of eiwit kleuren
Welke allel frequentie van mutant oncogen DNA verwacht je bij 100% tumorcellen?
50% want 1 allel gemuteerd
Welke allel frequentie van mutant oncogen DNA verwacht je bij 80% tumorcellen?
80x mutant allel
80x + 20x2 normaal allel
-> allel frequentie = 80 / (80+80+40) = 40%
Wat is erlotinib?
Een TKI dat EGFR remt
Wat geef je bij resistentie tegen erlotinib?
Osimertinib
Wat is het gevolg van (intratumor) heterogeniteit?
Progressie, metastasering en resistentie
Wat is het Vogelstein model?
De relatie tussen het morfologische veranderingen en moleculaire veranderingen tijdens het proces van ontwikkeling van darmkanker
In wat voor soort gen zit de mutatie bij FAP en Lynch syndroom?
Tumorsuppressorgen
Hoe ziet LOH eruit bij microsatelliet analyse?
1 piek ipv 2 pieken
Hoe ziet microsatelliet instabiliteit eruit bij microsatelliet analyse?
2 pieken, waarvan de grootste bij een lagere hoeveelheid bp tov de hoeveelheid bp in een normale analyse
Wat zijn microsatellieten?
Korte, repeterende DNA sequenties
Hoe kun je defect in DNA repair mechanismen aantonen?
Immunohistochemische aankleuring buiten de kern
