2A1 week 3 HC 3 Cytogenetica

Question 1

Hoe kun je cellen in mitose verkrijgen voor onderzoek?

Answer 1

• Bloed vermengen met kweekmedium
• Na 1-2 dagen colchicine/colcemid toevoegen zodat cel in prometafase stopt (remming microtubuli)
• Zwelling en fixatie (hypotoon)
• Kleuring (trypsine/giemsa)

Question 2

Wat is chromosome painting?

Answer 2

Groot aantal probes die specifiek zijn voor eenzelfde chromosoom met FISH laten oplichten

Question 3

Wat is multicolor analyse/SKY?

Answer 3

Probe mengsel voor verschillende chromosomen met verschillende kleurstoffen

Question 4

Wat is het nut van chromosomale rearrangements opsporen?

Answer 4

• Relevant voor diagnose
• Relevant voor prognose
• Gerelateerd aan reactie op chemotherapie
• Identificatie betrokken genen

Question 5

Hoe kun je structurele chromosomale afwijkingen indelen?

Answer 5

• Gebalanceerd: netto geen winst of verlies (translocatie, inversie, insertie)
• Niet gebalanceerd: netto winst of verlies (deletie, amplificatie, translocatie, mutatie)

Question 6

Waar kunnen deleties plaatsvinden?

Answer 6

Eindstondig/terminaal of interstitieel

Question 7

Waar kunnen inversies plaatsvinden?

Answer 7

Paracentrisch (in arm) of pericentrisch (rond centromeer)

Question 8

Wat is een monosomaal karyotype?

Answer 8

Verlies van 1 of 2 autosomen (met structurele afwijking bij 1)
- Slechte overleving

Question 9

Hoe werkt FISH?

Answer 9

Fluorisentie in situ hybridisatie
- Probe met label maken voor target
- In metafase of in interfase (snel)

Question 10

Wat zijn de voor en nadelen van FISH?

Answer 10

• Voordelen: kleine dingen aantonen, translocaties aantonen, kleine hoeveelheden, breekpunten aantonen
• Nadelen: lage sensitiviteit, target moet bekend zijn, weinig targets tegelijk mogelijk

Question 11

Welke typen probes zijn er?

Answer 11

• Fusion probe: fusie bij translocatie (1 translocatie aantonen)
• Break apart probe: 2 signalen bij translocatie (meerdere translocaties aantonen)

Question 12

Waarom is onderzoek naar multiple myeloom ingewikkeld?

Answer 12

• Weinig cellen in aspiraat, weinig deling
• Sommige afwijkingen zijn niet zichtbaar
  -> plasmacellen zuiveren (CD138)

Question 13

Wat kun je aantonen met arrays?

Answer 13

Single nucleotide polymorfisms
- Hoeveelheid (verlies of gain)
- SNIP informatie (AA, AB of BB)

Question 14

Hoe worden de korte en lange arm van chromosomen ook wel genoemd?

Answer 14

Korte arm: p
Lange arm: q

Question 15

Met welke technieken kun je kleine mutaties waarnemen?

Answer 15

Moleculaire cytogenetica: FISH en array

Question 16

Welke typen bandering zijn er?

Answer 16

G: helder veld
R en Q: fluoricerend (reverse is feller/scherper)

Question 17

Hoe ziet een normale array analyse eruit?

Answer 17

LogR: 2
B allel frequentie: lijn bij AA, AB en BB

Question 18

Hoe ziet een array analyse van een deletie eruit?

Answer 18

LogR: 1
B allel frequentie: lijn bij A of B

Question 19

Hoe ziet een array analyse van een gain eruit?

Answer 19

LogR: 3
B allel frequentie: lijn bij AAA, BBB, AAB of BBA

Question 20

Hoe ziet een array analyse van een LOH eruit?

Answer 20

LogR: 2
B allel frequentie: lijn bij AA of BB (geen AB)

Question 21

Welke afwijkingen kun je niet zien met FISH en array?

Answer 21

FISH: geen LOH
Array: geen translocaties
- beide wel gains, deleties en hele chromosoom afwijkingen

Question 22

Wat is nodig voor PCR?

Answer 22

• DNA substraat
• Primer
• Polymerase enzym
• De vier bouwstenen in trifosfaat vorm

Question 23

Welke typen mutaties zijn er?

Answer 23

• Nonsense: coderend codon wordt stopcodon
• Missense: verandering codon naar ander codon
• Stille: geen verandering aminozuurvolgorde
• Splice: verandering splice donor of splice acceptor sequentie, wat leidt tot foute mRNA splicing

Question 24

Wat zijn overige technieken om chromosoom afwijkingen op te sporten?

Answer 24

• Comparative genomic hybridization (CGH): gains en losses opsporen
• Microsatelliet analyse: LOH opsporen met primers van polymorfisms

Question 25

Welke typen instabiliteit zijn er?

Answer 25

• Chromosomale instabiliteit: makkelijk verlies of verdubbeling chromosomen of chromosoom delen
• Microsatelliet instabiliteit: defect DNA mismatch repair zorgt voor kleine fouten in het DNA

Question 26

Wat is FACS?

Answer 26

Fluoresence activated DNA sorting
- Celcyclus analyse door kwantificering DNA gehalte

Question 27

Hoe werkt FACS?

Answer 27

• Propidium jodide toevoegen
• Langs laser bewegen
• Analyse fluorescent signaal (meer DNA, hogere intensiteit)

Question 28

Wat is het lastige van FACS?

Answer 28

Cellen moeten allemaal los van elkaar zijn, wat bij tumoren vaak niet zo is

Question 29

Met welke kleuring kun je mitotische cellen aantonen?

Answer 29

Phospho-histon H3

Question 30

Met welke kleuring kun je cellen in S/G2 fase aantonen?

Answer 30

Geminin of cycline A kleuring

Question 31

Wat doet aphidicolin?

Answer 31

DNA polymerase remmer
- Cellen in G1 of S fase

Question 32

Wat doet Ethynyl deoxy Uridine (EdU)?

Answer 32

Wordt ingebouwd in het DNA ipv thymidine
- Markeert cellen in S fase

Question 33

Welk cycline antilichaam zou EdU kunnen vervangen?

Answer 33

Cycline A

Question 34

Wat is moleculaire hybdridisatie?

Answer 34

Vorming dubbele helix uit twee enkelstrengige nucleinezuren met homologe volgorde (vaak met gebruik van probe)