2A1 week 3 HC 3 Cytogenetica Flashcards
Hoe kun je cellen in mitose verkrijgen voor onderzoek?
- Bloed vermengen met kweekmedium
- Na 1-2 dagen colchicine/colcemid toevoegen zodat cel in prometafase stopt (remming microtubuli)
- Zwelling en fixatie (hypotoon)
- Kleuring (trypsine/giemsa)
Wat is chromosome painting?
Groot aantal probes die specifiek zijn voor eenzelfde chromosoom met FISH laten oplichten
Wat is multicolor analyse/SKY?
Probe mengsel voor verschillende chromosomen met verschillende kleurstoffen
Wat is het nut van chromosomale rearrangements opsporen?
- Relevant voor diagnose
- Relevant voor prognose
- Gerelateerd aan reactie op chemotherapie
- Identificatie betrokken genen
Hoe kun je structurele chromosomale afwijkingen indelen?
- Gebalanceerd: netto geen winst of verlies (translocatie, inversie, insertie)
- Niet gebalanceerd: netto winst of verlies (deletie, amplificatie, translocatie, mutatie)
Waar kunnen deleties plaatsvinden?
Eindstondig/terminaal of interstitieel
Waar kunnen inversies plaatsvinden?
Paracentrisch (in arm) of pericentrisch (rond centromeer)
Wat is een monosomaal karyotype?
Verlies van 1 of 2 autosomen (met structurele afwijking bij 1)
- Slechte overleving
Hoe werkt FISH?
Fluorisentie in situ hybridisatie
- Probe met label maken voor target
- In metafase of in interfase (snel)
Wat zijn de voor en nadelen van FISH?
- Voordelen: kleine dingen aantonen, translocaties aantonen, kleine hoeveelheden, breekpunten aantonen
- Nadelen: lage sensitiviteit, target moet bekend zijn, weinig targets tegelijk mogelijk
Welke typen probes zijn er?
- Fusion probe: fusie bij translocatie (1 translocatie aantonen)
- Break apart probe: 2 signalen bij translocatie (meerdere translocaties aantonen)
Waarom is onderzoek naar multiple myeloom ingewikkeld?
- Weinig cellen in aspiraat, weinig deling
- Sommige afwijkingen zijn niet zichtbaar
-> plasmacellen zuiveren (CD138)
Wat kun je aantonen met arrays?
Single nucleotide polymorfisms
- Hoeveelheid (verlies of gain)
- SNIP informatie (AA, AB of BB)
Hoe worden de korte en lange arm van chromosomen ook wel genoemd?
Korte arm: p
Lange arm: q
Met welke technieken kun je kleine mutaties waarnemen?
Moleculaire cytogenetica: FISH en array
Welke typen bandering zijn er?
G: helder veld
R en Q: fluoricerend (reverse is feller/scherper)
Hoe ziet een normale array analyse eruit?
LogR: 2
B allel frequentie: lijn bij AA, AB en BB
Hoe ziet een array analyse van een deletie eruit?
LogR: 1
B allel frequentie: lijn bij A of B
Hoe ziet een array analyse van een gain eruit?
LogR: 3
B allel frequentie: lijn bij AAA, BBB, AAB of BBA
Hoe ziet een array analyse van een LOH eruit?
LogR: 2
B allel frequentie: lijn bij AA of BB (geen AB)
Welke afwijkingen kun je niet zien met FISH en array?
FISH: geen LOH
Array: geen translocaties
- beide wel gains, deleties en hele chromosoom afwijkingen
Wat is nodig voor PCR?
- DNA substraat
- Primer
- Polymerase enzym
- De vier bouwstenen in trifosfaat vorm
Welke typen mutaties zijn er?
- Nonsense: coderend codon wordt stopcodon
- Missense: verandering codon naar ander codon
- Stille: geen verandering aminozuurvolgorde
- Splice: verandering splice donor of splice acceptor sequentie, wat leidt tot foute mRNA splicing
Wat zijn overige technieken om chromosoom afwijkingen op te sporten?
- Comparative genomic hybridization (CGH): gains en losses opsporen
- Microsatelliet analyse: LOH opsporen met primers van polymorfisms
Welke typen instabiliteit zijn er?
- Chromosomale instabiliteit: makkelijk verlies of verdubbeling chromosomen of chromosoom delen
- Microsatelliet instabiliteit: defect DNA mismatch repair zorgt voor kleine fouten in het DNA
Wat is FACS?
Fluoresence activated DNA sorting
- Celcyclus analyse door kwantificering DNA gehalte
Hoe werkt FACS?
- Propidium jodide toevoegen
- Langs laser bewegen
- Analyse fluorescent signaal (meer DNA, hogere intensiteit)
Wat is het lastige van FACS?
Cellen moeten allemaal los van elkaar zijn, wat bij tumoren vaak niet zo is
Met welke kleuring kun je mitotische cellen aantonen?
Phospho-histon H3
Met welke kleuring kun je cellen in S/G2 fase aantonen?
Geminin of cycline A kleuring
Wat doet aphidicolin?
DNA polymerase remmer
- Cellen in G1 of S fase
Wat doet Ethynyl deoxy Uridine (EdU)?
Wordt ingebouwd in het DNA ipv thymidine
- Markeert cellen in S fase
Welk cycline antilichaam zou EdU kunnen vervangen?
Cycline A
Wat is moleculaire hybdridisatie?
Vorming dubbele helix uit twee enkelstrengige nucleinezuren met homologe volgorde (vaak met gebruik van probe)
