03. classificazione di Baltimore Flashcards
su cosa si basa la classificazione di Baltimore?
“cosa devono fare i virus per produrre mRNA”
ssRNA+
ganoma classe I
dsDNA
genoma classe II
ssDNA
ganoma classe III
dsRNA
ganoma classe IV
ssRNA+
ganoma classe V
ssRNA-
ganoma classe VI
ssRNA+
ganoma classe VII
dsDNA parzialmente monocatenario
enzimi duplicazione classe I-II
DNA polimerasi DNA dipendenti
enzimi duplicazione classe III-IV-V
RNA polimerasi RNA dipendente
enzimi duplicazione classe VI
il genoma viene convertito da ssRNA+ a dsDNA. RNA polimerasi DNA dipendente
enzimi duplicazione classe VII
intermedio genomico a RNA. DNA polimerasi RNA diependente (HBV)
enzimi trascrizione classe I-II
RNA polimerasi DNA dipendente
enzimi trascrizione classe III-IV-V
RNA polimerasi RNA dipendente
enzimi trascrizione classe VI-VII
RNA polimerasi DNA dipendente
In che gruppi si diviiide la classe I
replicazione nucleare
replicazione citoplasmatica
virus a replicazione nucleare della classe I
usano la RNApol DNAdip dell’ospite. Usano TF sia virali che cellulari, sia ss che ds. Possono avere introni.
- papillomaviridae
- adednoviridae
- herpesviridae
virus a replicazione citoplasmatica di classe I
Poxiviridae, codifica per la propria RNA polimerasi DNA dipendente
virus di classe I che codificano per il macchinario replicativo
Herpesviridae, Adenoviridae, Poxiviridae. Svincola la fase S del ciclo
Virus che non codificano il macchinario replicativo, classe I
Poliomaviridae, Papillomaviridae
Geni precocissimi
codificano per proteine necessarie nelle primissime fasi dell’infezione, in quanto preparano l’ambiente cellulare per la replicazione e fungono da innesco a cascata per la trascrizione delle proteine precoci
geni precoci
replicazione del genoma
geni tardivi
proteine strutturali
Qual’è l’unica famiglia di virus di Classe II di interesse clinico?
Parvoviridae
agente della V malattia
virus nudi, provocano lisi cellulare negli eritroblasti
Caratteristiche comuni ai virus a RNA
- usano lo stesso enzima per replicazione e trascrizione (RpRd)
- codificano per la RpRd
- lavorano velocemente
- error prone
- enzimi per cap, splicing e teil
- fase intermedia di dsRNA
Unica famiglia di Classe III di interesse clinico
Reoviridae
Respiratory Enteric Orphan.
Rotavirus, provoca diarrea e disidratazione.
Genoma segmentato, ad ogni segmento è associata una Rp, la trascrizione avviene nel capside.
Presentano 2/3 capsidi, dentro la cellula perdono il primo e trascrivono all’interno
Caliciviridae
virus nudo
trascritti senza Cap, ma con PolyA.
Le proteine precoci sono tutto il trascritto, quelle tardive sono RNA subgenici
comprende Norovirus e HEV
Picornaviridae
non hanno Cap ma sequenzaa IRES che permette la trascrizione senza Cap.
Blocca la trascrizione dei trascritti con cap
comprende:
- Poliovirus
. Enterovirus
- HAV
Flaviviridae
IV classe. Contiene IRES, e tutti gli Arbovirus. Con envelope, traducono l’inttero genoma in un unica poliproteina poi tagliata
- Dengue
- Zika
- West Nile
- Yellow fiver
- Japanese Encaphalitis
- Meningoencefalite da zecche
- HCV
Mantonaviridae
IV classe.
Comprende solo la rosolia, che causa malattie esantematiche infantili ed è un teratogeno.
Envelope
genoma a RNA con cap e poliA
Coronaviridae
IV classe
raffreddori stagionali e virus emergenti (SARS e MERS)
Zoonosi
Genoma molto grande, replicazione readthrough: l’RNA+ viene tradotto il poliproteina e poi, con frameshift in proteina lab, formando le proteine strutturali tra cui RpRd, che trascriverà il filamento stampo come ssRNA- (antigenoma), che viene utilizzato come stampo per la replicazione
V classe replicativa
ssRNA-, non infettivo
Nel citoplasma deve essere trascritto a ssRNA+ da una RpRd, proteina strutturale.
Tra i trascritti c’è il genoma full-lenght, stampo per il ssRNA+
Contiene virus a genoma segmentato e non
Virus di V classe a genoma segmentato
Orthomixoviridae, Bunyaviridae
Virus di V classe a genoma non segmentato
Pneumoviridae, Rhabdoviridae, Filoviridae.
Replicazione tramite trascrizione a gradiente
Paramyxoviridae
Contiene il Morbillo (R0: 12-18)
Pneumoviridae
Virus non segmentati simili ai Paramixoviridae, come il Virus Respiratorio Sinciziale, che da Bronchite Neonatale
Rhabdovirus
Non segmentato, comprende il virus della rabbia, il più letale conosciuto.
Colpisce il SNC. è una zoonosi.
Polarità negativa.
Trascrizione a gradiente
Trascrizione a gradiente
I geni hanno regioni intrageniche e una sequenza leader al 3’, partenza della polimerasi. Questa trascrive fino alla prima sequenza genica, dove la maggior parte delle volte si dissocia, ma una piccola percentuale continua. Ripetendo per più frammenti, si ha una grande concentrazione dei primi prodotti genici, che cala più si va avanti nel genoma.
Contraddistingue tutti i virus di V classe con genoma non segmentato
Filoviridae
V classe, genoma non segmentato.
Contiene virus Marburg ed Ebola.
Zoonosi da scimmie–> pipistrelli
Orthomyxoviridae
V classe, segmentato
Virus influenzali a potenziale epidemico
due gruppi:
- A: danno pandemie, causato da zoonosi
- B: epidemie annuali
Quale famiglia a RNA fa replicazione nucleare?
Orthomyxoviridae
Antigenic shift
scambio di materiale tra virus simili, facilitato dal genoma segmentato
Antigenic drift
Mutazione delle proteine dell’envelope, che causa influenze stagionali (orthomyxoviridae)
Bunyaviridae
V classe, genoma segmentato.
Hantavirus, causa febbre emorragica trasmessa da roditori
VI classe
ssRNA+, che si replicano passando per un intermedio a DNA.
Il genoma viene retrotrascritto e si integra nella cellula ospite.
Usa le proteine strutturali retrotrascrittari e integrasi, e la RNApolII ospite.
Espressione regolata tramite RNA subgenomici spliced o unspliced
Retroviridae
Unici della VI classe,
Producono virioni immaturi, che subiscono maturazione a carico di proteasi virali.
Comprende HIV (1 e 2) e HTLV1 (orthoretrovirinae) che causa leucemia T-cellulare
VII classe
dsDNA parzialmente monocatenario.
Dopo l’ingersso, viene completata la parte a ssDNA, e generati ssRNA+.
Questi comprendono degli RNA subgenomici e un RNA full-lenght.
Quest’ultimo viene inserito nel capside e retrotrascritto prima ad ibrido poi a dsDNA parzialmente monocatenario.
Necessitano di RpDd e di Dp(R/D)d
Hepadnaviridae
Componente principale della VII classe. Comprende HBV.
Genoma molto piccolo da 5 proteine, che viene espanso tramite varie strategie.
Le proteine S dell’envelope sono importanti per l’adsorbimento e il vaccino
