Week 4 ZO's/VO's Flashcards
Wat zijn truncerende mutaties en in welk eiwit komen ze vaak voor?
Ze bevatten o.a. grotere en kleinere deleties en mutaties die leiden tot een te kort eiwit. Die zie je veel in p53
Wat zijn de 3 domeinen waar p53 uit is opgebouwd?
- TAD: het transcriptie aciterende domein
- DBD: het DNA bindende domein
- OD: het oligomerisatie domein
Hoe bindt p53 aan zijn DNA herkenningssequentie?
Als tetrameer
Hoe word tde tetramerisatie van p53 bewerkstelligd?
Door het oligomerisatiedomein
Noem 3 voorbeelden van genen die p53 via transcriptie toe kan laten nemen
- p21
- MDM2
- Bax
Wat is de functie van p21?
Remming van de celcyclus, zodat DNA herstel plaats kan vinden
Wat is de functie van Bax?
Het stimuleert de apoptose
Wat zijn de 2 functies van MDM2?
- Het bindt aan het transcriptie activerend domein (TAD) van p53 en remt de het domein -> negatieve feedback
- Het zorgt voor snelle afbraak van p53
Wat gebeurt er met MDM2 als p53 is gemuteerd?
Het kan dan niet meer goed binden, waardoor er te veel p53 in de cel aanwezig is
Hoezo is p53 een oncogen?
Omdat mutaties die MDM2 activeren de werking van p53 kan onderdrukken (geen p21 en Bas meer) en zo tot tumoren kan leiden
Wat is de meest voorkomende mutatie in MDM2?
Een missense mutatie in het DNA-bindend domein, met als gevolg dan p53 niet meer als transcriptiefactor kan werken waardoor p21 en Bax niet meer worden geactiveerd
Waardoor wordt bij longkanker vaak mutaties in p53 door veroorzaakt?
Door benzo[a]pyreen
Waarom is in veel tumoren een p53 mutatie een slechte prognose?
Omdat deze cellen minder gauw in apoptose gaan
Hoezo is testiskanker goed te genezen met chemo?
Het heeft vrijwel nooit een p53 mutatie
Hoezo is in een hooggradig blaascarcinoom veel p53 te zien?
Het p53 eiwit wordt door een mutatie niet meer afgebroken
Wat zijn de belangrijkste typen effectorcellen die betrokken zijn bij een anti-tumor immune respons?
- Cytotoxische T-lymfocyten
- Natural killer cellen
- Macrofagen
Beschrijf hoe een antigeen-specifieke T cel antigeen herkent.
Een T-cel brengt een antigeenspecifieke T-cel receptor op de celmembraan tot expressie. De T-cel herkent door middel van deze receptor een peptide fragment van een eiwit antigeen dat in de doelwitcel tot expressie wordt gebracht. Het peptidefragment is gebonden aan een MHC-molecuul op de celmembraan van de doelwitcel
Wat wordt verstaan onder MHC-restrictie?
De herkenning foor T-cellen van peptidefragmenten in de context van memrbaangebonden MHC-moleculen.
Dat wil zeggen dat een influenzavirusspecifieke T-cel van persoon A wel infuenzageïnfecteerde cellen van persoon A kan herkenne, maar niet influenzavirusgeïnfecteerde cellen van persoon B, terwijl persoon A en B overeenkomstige MHC-antigenen hebben
Waarin verschilt de T cel – antigeen herkenning van de B cel/ immunoglobuline –antigeen herkenning?
T-cellen herkennen uitsluiten membraan-gebonden antigenen in de context van MHC moleculen. B-cellen/immunoglobulines herkenne naïeve eiwitten in opslossing op membraangebonden, zonder een associatie met MHC moleculen
Wat is de rol van antigeen presenterende cellen in T cel activatie?
APC’s kunnen exogene antigenen opnemen, deze bewerken en peptidefragmenten hiervan presenteren in de context van MHC-moleculen op de celmembraan
Wat wordt verstaan onder immune surveillance?
Immuuncellen zijn continu alle cellen in het lichaam aan het screenen op de expressie van lichaamsvreemde antigenen om deze cellen direct te kunnen elimineren
Wat wordt bedoeld met immunogene tumoren en onder zwak- of niet-immunogene tumoren?
Immunogene tumoren hebben het vermogen om een anti-tumor immuunrespons op te wekken
Zwak/niet immunogeen: hebben een zwak of geen vermogen om anti-tumor immuunrespons op te wekken
Wat zijn twee voorbeelden van immunogene tumoren die mensen met een verzwakt immuunsysteem kunnen krijgen?
- Epstein-Barr Virus geassocieerde lymfomen in mensen met een recente allogene beenmergtransplantatie
- Kaposi sarcomen bij HIV patiënten
Noem 4 soorten tumorantigenen
- Tumorspecifieke antigenen
- Weefsel- en differentieatiespecifieke antigenen
- Gemuteerde oncoproteïnen/fusie-eiwitten/overgeëxpresseerde antigenen
- Virale antigenen
Wat zijn tumorspecifieke antigenen?
Antigenen die wel door tumorcellen maar niet door normale cellen tot expressie worden gebracht
Noem 2 soorten tumorspecifieke antigenen
- Cancer-testis antigenen
- Het idiotype antistoffen bij B cel tumoren
Wat zijn weefsel- en differentiatiespecifieke antigenen?
Deze antigenen komen tot expressie in tumorcellen en in normale cellen van hetzelfde weefsel en/of hetzelfde diffferentiatiestadium als de tumorcellen
Wat zijn gemuteerde oncoproteïnen/fusie-eiwitten/overgeëxpresseerde antigenen?
Antigenen die ontstaan door mutaties is de tumor die normaal niet worden geëxpresseerd. Ook kan het zijn dat ze overgeëxpresseerd worden maar verder niet afwijken
Waarom zijn gemuteerde oncoproteïnen/fusie-eiwitten/overgeëxpresseerde antigenen zwak immunogeen?
Omdat ze niet tumorspecifiek zijn of de verschillen met de normale eiwitten te klein zijn om de bestaande immunologische tolerantie tegen deze antigenen te doorbreken
Wat zijn virale antigenen?
Dit zijn antigenen afkomstig van oncogene virussen die door getransformeerde tumorcellen tot expressie worden gebracht
Waarom zijn virale antigenen sterk immunogeen?
Omdat ze in tumorcellen vaak een hoge expressie hebben terwijl ze in normale cellen niet tot expressie worden gebracht. Er is dus geen immunologische tolerantie tegen deze cellen die doorbroken moet worden om een antitumor respons op te wekken
Noem 4 mechanismen waarop een tumorcel kan ontsnappen aan T-cel gemediëerde immuniteit
- HLA expressie uitschakelen
- Expressie van immunogeen peptide uitschakelen
- Productie van immunosuppressieve factoren
- Expressie van FAS-ligand
Wat is het FAS-ligand?
Het induceert apoptose in T-cellen die een interactie met de tumorcellen aangaan
In welke 2 hoofdgroepen kan immunotherapie worden onderverdeeld?
- Actieve immunotherapie: waarbij het doel is om in het lichaam een anti-tumor immuunrespons op te wekken, bijvoorbeeld vaccinaties
- Passieve immunotherapie: De geïnfundeerde cellen of antistoffen hebben zelf een directe anti-tumor werking
Hoeveel baseparen telt het het linker DNA gemiddeld?
53
200bp (totale lengte nucleosoom) – 147bp (lengte DNA dat om histon-octameer is gewikkeld) = 53bp (lengte van linker DNA)
Hoeveel nucleosomen zijn er nodig om ons genoom in te pakken?
Ons diploïde genoom bevat 6 x 109 bp. Per nucleosoom worden 200 basenparen ingepakt. Dus:
6 miljard / 200 = 30x106 per cel
Welke compactie wordt bereikt door verpakking van het DNA in nucleosomen?
3x
Welke compactiegraad is nodig voor een chromosoom tijdens de mitose?
10.000x
Wat zal de acetylering van lysines (positieve lading wordt gereduceerd) voor invloed hebben op de structuur van de 30nm draad?
De interacties tusssen de nucleosomen in de 30 nm draad zullen hierdoor minder sterk worden. Dat zal een meer open chromatinestructuur bevorderen.
Wat is een belangrijk verschil tussen de genetische en epigenetische status van een cel?
De genetische status ligt gefixeerd in de DNA-volgorde. Die zal niet gemakkelijk veranderen. De epigenetische status kan veranderd worden bijvoorbeeld door histonmethylases te remmen.
Waardoor kunnen histonmodificerende enzymen worden verwijderd?
histondeacetylases en histondemethylases.
Noem 3 dingen die een belangrijke bijdrage leveren aan de specificiteit van transcriptiefactoren
Transcriptiefactoren kunnen:
1. Weefsel-specifiek tot expressie komen
2. Geactiveerd worden door binding van ligand (kernreceptoren zoals de oestradiolreceptor en de vitamine a receptor).
3. Via signaal-transductie relocaliseren van cytoplasma naar kern.
Welk type chromatine verwacht je als de histoncode zorgt voor uitlezing van de activerende danwel represserende eiwitcomplexen?
Activerend: euchromatine
Represserend: heterochromatine
Wat is de specifieke rol van “de novo” DNMT’s in de epigenetische status?
Deze kunnen nieuwe methyleringspatronen neerzetten. Ze worden gerecruteerd door transcriptiefactoren die aan specifieke DNA volgordes binden, bijvoorbeeld in een promotor of enhancer.
Wat zijn hemi-gemethyleerde 5’-5mCG-3’ volgordes en hoe ontstaan ze?
Deze onstaan na DNA-replicatie omdat bij de DNA-synthese alleen ongemethyleerde cytosine basen worden ingebouwd.
Wat is de functie van “maintenance” DNMT’s?
Deze zorgen ervoor dat na celdeling de cytosine basen in beide strengen van hemi-gemethyleerde 5’-5mCG-3’ volgordes weer worden gemethyleerd. Zo blijft een eenmaal vastgelegd methyleringspatroon behouden na celdeling.
Welke histoncodes zijn naar verwachting geassocieerd met DNA-methylering?
Histoncodes die zorgen voor uitlezing door represserende eiwitcomplexen
DNA-methylering volgt de histoncode; DNA-methylering is heel stabiel en wordt gezien als een belangrijke factor in het vastzetten van de inactieve status van het chromatine.
Wat is het effect van hypermethylering CpG islands?
Heterochromatinisering, dus promoter van gen inactief.
Waarom zouden baby’s juist tijdens het eerste trimester bijzonder gevoelig zijn voor stoffen die epigenetische veranderingen teweeg brengen?
Omdat in die periode de epigenetische status van de verschillende celtypes neergelegd wordt. Als dit niet op het juiste moment in de juiste cellen gebeurt, kunnen er afwijkingen in de ontwikkeling ontstaan.
Veroorzaakt DES veranderingen in het DNA?
Nee, door de epigenetische veranderingen worden de randvoorwaarden beter voor het uitgroeien van tumorcellen nadat er mutaties in het DNA zijn opgetreden.
Hoeveel tijd zit er tussen het gebruik van DES door de moeder, en het ontstaan van CCA bij de dochters?
20 jaar
Welke histoneiwit zorgt voor de 30 nm draad?
H1
Wat zijn histontails?
N-terminale staarten van histonen
Wat zijn lezer/schrijver complexen?
De histoneiwitten die beide de histoncode kunnen uitlezen maar ook enzymen aan de code kunnen brengen. Ze zorgen voor overerving van epigenetische status van de moeder- naar de dochtercel
Waar kunnen we de promotor van een gen vinden?
Direct op het punt waar de transcriptie van een gen begint
Waaruit bestaat een enhancer element?
Een basenvolgorde in het DNA
Hier binden specifieke transcriptiefactoren aan
Waar in het DNA kunnen de enhancer van een gen vinden?
Overal behalve in de promotor
Ergens in het gen is een mutatie plaatsgevonden waardoor het mRNA langer is maar het eiwit korter wordt. Welke mutatie is dit?
Een splice donor mutatie
→ Splice donor markeert begin van intron, acceptor markeert het einde van een intron
→ Het extra stuk is een intron stuk, tijdens mutatie is het niet in frame en daardoor krijg je een korter eiwit
In welke richting gaat DNA polymerase?
van 5’ naar 3’
Wat voor primers heb je nodig voor PCR?
Altijd een forward en een backwards primer
Wat is een probe?
- Dit is een uitgekozen stukje DNA en als je het enkelstrengs hebt, is het in staat te hybridiseren op een gegeven sequence
- Helpt een positie van een gen te bekijken
Welke 3 soorten info krijg je uit een Western blot?
- Grootte eiwit (plaats op band)
- Hoeveel eiwit (dikte band)
- Modificaties (bv fusie-eiwitten door chromosomale translocaties)
Welke 2 soorten translocaties zijn er?
- 2 coderende genen wisselen om
- Coderend gen komt onder invloed van een andere, nieuwe enhancer
Welke 3 probes worden gebruikt bij FISH analyse van BCR-ABL?
- c-abl (normaal alleen op chromosoom 9),
- 5’-bcr: bindt aan gebied in het begin van het bcr gen
- 3’-bcr: bindt aan gebied aan het einde van het bcr gen
Wat is cDNA?
CopyDNA of complement DNA (afgekort als cDNA) is DNA dat door reverse-transcriptie uit mRNA is verkregen
Wat is het probleem op DNA niveau bij folliculair B-cel lymfoom?
De enhancer van IgH komt voor het BCL2-gen te liggen, waardoor BCL2 te veel wordt afgeschreven in de B-cel
