Week 2 colleges Flashcards
Wat is een transitie in het DNA?
Purine → purine of pyrimidine → pyrimidine
Wat is een transversie in het DNA?
Purine → pyrimidine of pyrimidine → purine
Wat houdt spontane hydrolyse in?
Binding tussen base en suiker verbreekt, je houdt een suiker zonder base over → depurinatie
Waar leidt spontane hydrolyse tot?
1 basepaar deletie
Wat houdt deaminatie van basen in?
Aminogroep verdwijnt, leidt tot omzetting van cytosine naar uracil (die hoort niet in DNA)
Waar leidt deaminatie van basen tot?
Verandering van complementariteit
Hoe zorgen zuurstofradicalen voor DNA schade?
Radicalen zetten guanine om tot 8-oxoguanine, dit paart met adenosine. Tijdens replicatie vindt de omzetting van G → T plaats.
Hoe zorgt benzo[a]pyreen voor DNA schade?
- Metabool geactiveerd: wordt omgezet in benzo[a]pyreen dial epoxide (BPDE)
- Veroorzaakt chemische adducten die DNA dubbelhelix verstoren
- BPDE reageert voornamelijk met guanine residu
- Tegenover G-BPDE wordt een A residu ingebouwd - verandering complementariteit
Welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?
- Spontane hydrolyse
- Deaminatie
- Oxidatieve DNA schade
Wat wordt door base excisie reparatie (BER) gerepareerd?
Kleine adducten
Wat herkent DNA schade?
Specifieke DNA glycosylases
Wat zijn de stappen van BER?
- DNA glycosylase herkent schade
- Endonuclease herkent AP site en maakt knip in DNA; AP site wordt verwijderd
- Herstel: DNA polymerase en ligase
Waartoe dient nucleotide excisie reparatie (NER)
Herstel van grote adducten
Waar dient globaal genoom NER voor?
Schadeherstel om kanker te voorkomen
Wat doet de scanning bij globaal genoom NER?
XPC/RAD23B complex
Wat doet de scanning bij transcriptie gekoppeld NER?
RNA pol II complex
Wat zijn de stappen van NER?
- Herkenning van schade
- Openen van omringend DNA
- Verwijderen van schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng
- Herstel
Welke DNA glycosylase herkent deaminatie?
Uracil DNA glycosylase (UNG)
Hoe werkt uracil DNA glycosylase (UNG)?
- UNG verwijdert ongewenst uracil
- Creëert een abasische plaats (AP)
Wat is een abasische plaats?
Plaats zonder purine of pyrimidinebase
Welke glycosylase herkent oxidatieve DNA schade?
8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)
Wat is er defect bij xyoderma pigmentosum?
Het globaal genoom NER
Wat is er mis bij cockayne?
Transcriptie-gekoppeld NER