Week 2 colleges Flashcards
Wat is een transitie in het DNA?
Purine → purine of pyrimidine → pyrimidine
Wat is een transversie in het DNA?
Purine → pyrimidine of pyrimidine → purine
Wat houdt spontane hydrolyse in?
Binding tussen base en suiker verbreekt, je houdt een suiker zonder base over → depurinatie
Waar leidt spontane hydrolyse tot?
1 basepaar deletie
Wat houdt deaminatie van basen in?
Aminogroep verdwijnt, leidt tot omzetting van cytosine naar uracil (die hoort niet in DNA)
Waar leidt deaminatie van basen tot?
Verandering van complementariteit
Hoe zorgen zuurstofradicalen voor DNA schade?
Radicalen zetten guanine om tot 8-oxoguanine, dit paart met adenosine. Tijdens replicatie vindt de omzetting van G → T plaats.
Hoe zorgt benzo[a]pyreen voor DNA schade?
- Metabool geactiveerd: wordt omgezet in benzo[a]pyreen dial epoxide (BPDE)
- Veroorzaakt chemische adducten die DNA dubbelhelix verstoren
- BPDE reageert voornamelijk met guanine residu
- Tegenover G-BPDE wordt een A residu ingebouwd - verandering complementariteit
Welke chemische adducten verstoren de DNA dubbelhelix niet?
- Spontane hydrolyse
- Deaminatie
- Oxidatieve DNA schade
Wat wordt door base excisie reparatie (BER) gerepareerd?
Kleine adducten
Wat herkent DNA schade?
Specifieke DNA glycosylases
Wat zijn de stappen van BER?
- DNA glycosylase herkent schade
- Endonuclease herkent AP site en maakt knip in DNA; AP site wordt verwijderd
- Herstel: DNA polymerase en ligase
Waartoe dient nucleotide excisie reparatie (NER)
Herstel van grote adducten
Waar dient globaal genoom NER voor?
Schadeherstel om kanker te voorkomen
Wat doet de scanning bij globaal genoom NER?
XPC/RAD23B complex
Wat doet de scanning bij transcriptie gekoppeld NER?
RNA pol II complex
Wat zijn de stappen van NER?
- Herkenning van schade
- Openen van omringend DNA
- Verwijderen van schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng
- Herstel
Welke DNA glycosylase herkent deaminatie?
Uracil DNA glycosylase (UNG)
Hoe werkt uracil DNA glycosylase (UNG)?
- UNG verwijdert ongewenst uracil
- Creëert een abasische plaats (AP)
Wat is een abasische plaats?
Plaats zonder purine of pyrimidinebase
Welke glycosylase herkent oxidatieve DNA schade?
8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)
Wat is er defect bij xyoderma pigmentosum?
Het globaal genoom NER
Wat is er mis bij cockayne?
Transcriptie-gekoppeld NER
Wat gebeurt er bij XP?
Extreme zongevoeligheid, huidkankerontwikkeling
Wat gebeurt er bij cockayne?
Versnelde veroudering
Wat zijn 3 mogelijke ‘templates’ tijdens DNA herstel?
- Complementaire streng
- Zusterchromatide
- Homologe chromosoom
Welke 2 manieren bestaan er om dubbelstrengse DNA breuken te herstellen?
- Niet-homologe DNA eindverbinding
- Homologe recombinatie
Waarom is NHEJ onnauwkeurig?
Het gebruikt geen ‘template’
Waarom is homologe recombinatie nauwkeurig?
Het gebruikt een ‘template’, het zusterchromatide
Wat doet NHEJ?
Direct aan elkaar ligeren van de twee uiteinden van een DNA breuk
Wat doet homologe recombinatie?
Het uitwisselen van DNA strengen tussen DNA moleculen
Waar gaat celdeling ten koste van bij NHEJ?
Nauwkeurigheid in DNA code. Er vindt een kleine deletie plaats
Waarom is de onnauwkeurigheid bij niet-homologe DNA eindverbinding positief voor antilichamen?
Het vergroot de diversiteit
Wat zijn homologe chromosomen?
Twee vergelijkbare maar niet identieke kopieën van elk chromosoom
Wat is het nut van RAD51 eiwitten?
Ze identificeren en bevorderen baseparing tussen het gebruiken en intacte zusterchromatide
Wat gebeurt en bij recombinatie als de zusterchromatide gemuteerd is?
Dan wordt de beschadigde streng ook gemuteerd
Welke 3 mechanismen dragen bij aan de nauwkeurigheid van de DNA replicatie?
- Baseselectie
- Proofreading
- Mismatchreparatie
Hoe werkt mismatchreparatie?
Eiwitten herkennen de mismatch, roepen EX01 op die een deel van de foute strand wegneemt en dan komt een polymerase om het op te lossen
Wat ligt ten gronde van Lynch syndroom?
Een defecte mismatch reparatie
Wat zijn 2 manieren van het aantonen van een mismatch reparatie defect?
- Immunohistochemische kleuring
- Microsattelite instability assay
Wat zijn microsattelieten?
Microsatellieten bestaan uit korte repeterende sequenties, meestal di-, tri- of tetranucleotide repeats
Waarom heeft bij mismatch reparatiedefecten een miscosattelite assay nut?
Defect mismatch reparatie leidt tot microsatelliet instabiliteit
Wat maakt het moeilijk om Lynch syndroom te vinden?
Tumoren van Lynch zitten meestal rechts in de colon
Wat wordt geadviseerd bij Lynch-geassocieerd colorectaal carcinoom?
een totale colectomie met een ileorectale anastomose (IRA)
Welk herstelmechanisme wordt bij ioniserende straling, zuurstofradicalen, alkylerende stoffen en spontane reacties gebruikt?
BER
Welk herstelmechanisme wordt bij UV licht en polycyclische aromaten gebruikt?
NER
Welke herstelmechanisme wordt bij antikanker medicatie gebruikt?
Recombinationele reparatie
Welk herstelmechanisme wordt bij replicatiefouten gebruikt?
Mismatch repair
Wat is de functie van topoisomerase?
Enzym dat zorgt dat 2 DNA strengen die door elkaar lopen door elkaar heen getrokken kunnen worden en los van elkaar kunnen komen
Wat is het nut van het remmen van topoisomerase?
Remmer laat breuk wel toe, maar het doortrekken niet; allemaal breuken ontstaan en leiden tot chromosomale afwijkingen en cellen plegen apoptose.
Wat houdt synthetische letaliteit in?
- Bepaalde reparatie uitzetten die in tumorcellen voorkomt
- Zowel tumorcellen en normale cellen kunnen reparatie 1 niet meer gebruiken, maar normale cellen kunnen reparatie 2 nog gaan gebruiken
Waarom werkt NHEJ niet als er een enkelstrengs breuk is?
Omdat er geen tweede DNA uiteinde is
Hoe wordt een replicatie-geassocieerd enkelstrengs breuk opgelost?
dmv homologe recombinatie
In hoe veel van de gevallen is borstkanker erfelijk?
5-10%
Waar hebben mensen met een gemuteerd BRCA gen meer kans op?
Borst- en ovariumkanker
Hoe zorgt een PARP inhibitor ervoor dat BRCA tumorcellen dood gaan?
Het zorgt voor replicatie en ophoping van dubbelstrengs breuken, normale BRCA cellen of HR proficiënte cellen kunnen dit wel oplossen, tumorcellen niet
Waarom werken PARP1 remmers niet voor borstkanker?
Naast BRCA wordt POLQ ook gebruikt om het DNA te repareren