Tentamenvragen Flashcards
Waardoor kan een dicentrisch chromosoom ontstaan?
mutatie in het Trf1 gen
Op basis van welke eigenschap worden fosfaatgroepen op een eiwit gedetecteerd door massaspectrometrie?
vergroting van de massa
Hoe kan de humane genoomsequentie gebruikt worden om mogelijke bijwerkingen van Imatinib te voorspellen?
Door alle genen voor eiwitten met een tyrosine kinase domein te identificeren.
Noem de belangrijkste reden om toch het hele genoom te sequencen in plaats van alleen maar de exonen.
- Niet alle oncogene mutaties liggen in exonen.
- Om mutaties/translocaties buiten exonen te vinden is sequencen van het hele
genoom de aangewezen weg.
Welke 3 mutaties leiden tot spontane tyrosine-fosforylering van de TPO-R?
- Mutaties in MPL, het gen dat codeert voor de thrombopoietine receptor (TPO-R).
- Mutaties in JAK2, het gen dat codeert voor het JAK2 tyrosine kinase.
- Mutaties in CALR, het gen dat codeert voor het calreticuline eiwit.
Geef drie mogelijke veranderingen in de circadiane klok in tumorcellen asynchroon delingsgedrag van de tumorcellen
kunnen verklaren.
- De tumor cellen hebben hun circadiane klok verloren
- De circadiane klok van de tumorcellen is intact en gekoppeld aan de celcyclus, maar reageert niet meer op klok-synchroniserende prikkels
- De circadiane klok van de tumorcellen is intact, maar ontkoppeld van de celcyclus
Colontumoren worden in de tijd voorafgegaan door twee typen adenomen. Welke twee typen adenomen zijn dit?
(tubulo villeus)adenomen en serrated of sessiele adenomen
Bij FAP (polyposis coli) is het dikke darmslijmvlies bezaaid met honderden poliepen.
Wat is de meest waarschijnlijke histopathologische diagnose van deze poliepen? (
tubulair of tubulovilleus adenoom (met laaggradige of hooggradige dysplasie).
Welk histologisch kenmerk heeft een tubulair adenoom in het colon met laaggradige dysplasie?
pseudostratificatie van kernen
Wat is het werkingsmechanisme van anthracyclines?
Ze remmen topoisomerase
Hoe werken DNA methyltransferase remmers zoals Decitabine?
Het leidt via hypomethylering van de genpromotor tot reactivering van tumorsuppressorgenen, inductie van celdifferentiatie en apoptose.
Noem drie redenen waarom voor WES (whole exome sequencing) gekozen wordt.
- De exonen bevatten het coderend deel van het genoom, hierin zijn de oncogene mutaties aanwezig.
- Het ‘exoom’ beslaan maar 1.5% van het genoom. Met WGS gebruik je 98.5% van de data niet.
- Met WES kun je daarom dieper sequencen waardoor je ook oncogene mutaties die niet in alle cellen voorkomen kan detecteren.
Een ‘hallmark of cancer’ is deregulering van de energievoorziening.
Welk verschijnsel komt vaak voor in tumoren?
De tumor krijgt zijn energie uit glycolyse en niet uit oxidatieve fosforylering
Wat is het effect van behandeling met een DNA methyltransferase remmer zoals Decitabine bij patiënten met myelodysplastisch syndroom?
Het methyleringspatroon normaliseert zich, de conditie van veel patiënten verbetert.
Leg uit waarom in geval van een aangetoond Lynch syndroom screening op kanker van de
urinewegen niet wordt geadviseerd
Lage frequentie, geen goede screeningsmethode/vroegdiagnostiek, geen bewezen effect op kanker gerelateerde sterfte
Hoe ontstaat een Replication Error (RER) fenotype?
Replicatie slippage op dinucleotide repeats in microsatellites worden niet door Mismatch Repair gerepareerd. Leidt tot
heterogeniteit in microsatelliet lengte
In normale cellen en onder normale omstandigheid is de hoeveelheid P53 eiwit laag.
Door welke proces/mechanisme wordt dit bereikt?
MDM2 bindt aan P53 eiwit en zorgt voor snelle afbraak van P53 eiwit
Welk -oom is kwaadaardig?
Melanoom
Uitzaaiingen van mammacarcinomen manifesteren zich meestal het eerste in lymfklieren.
Wat is hiervoor de meest aangewezen verklaring?
Verhoogde weefseldruk in het carcinoom faciliteert verplaatsing naar lymfebaan
Naar welke twee lymfekliergroepen kan een mammatumor metastaseren?
Axillair en inframammair
Noem drie organen die behoren tot de belangrijkste doelwitten bij haematogene verspreiding van een mammacarcinoom?
hersenen, lever/viscera, skelet
Noem drie redenen wanneer een echo abdomen kan worden gebruikt in de oncologie bij follow up.
- Testiscarcinoom :zoeken naar pathologische klieren (para-aortaal/iliacaal), levermetastasen.
- Niertumor : zoeken naar pathologische klieren (para-aortaal/iliacaal), nieren voor recidief.
- Leverrcirrose : op zoek naar hepatocellulair carcinoom.
Hoe wordt de effectiviteit van adjuvante behandeling bepaald?
ziektevrije overleving en totale overleving
Wat betekent een necrotisch gedeelte voor het effect op de radiotherapie?
Een verminderde gevoeligheid voor radiotherapie.
Welke 3 soorten myeloproliferatief neoplasma zijn er?
- Polycythemia Vera (PV)
- Essentiële Trombocytose
- Primairy Myelofibrose
Welke soorten mutaties kunnen er optreden bij myeloproliferatief neoplasma?
JAK2 (polycythemia vera), CALR (Essentiële trombocytose) en MPL
Waarin hebben mensen een mutatie bij een JAK2 mutatie?
V617F, in het pseudokinase domein
Wat is het effect van een V617F mutatie?
Remming JH2 domein en kinase activiteit JH1 domein -> JAK2 te sterk geactiveerd
Waar leidt een V617F mutatie tot op cellulair niveau?
Verlaagde of afwezige EPO/TPO-afhankelijkheid bij rode bloedcelvorming
Wat wordt bij NGS bedoeld met ‘Single Molecule’?
De DNA sequentie van een groot aantal individuele DNA moleculen wordt bepaald
Wat is chromosomale imbalance?
de situatie dat (delen van) chromosomen meer of minder dan normaal aanwezig zijn in de kernen van tumorcellen
Welke morfologische methode is geschikt voor pathologie onderzoek om eiwitlokalisatie in de cel lichtmicroscopisch aan te tonen?
In Situ Hybridisatie
Welk type receptor is verantwoordelijk voor de bewegelijkheid van cellen in de ECM?
intregrine receptor
Welke type tumor komt ook vaak voor bij niet-rokers?
adenocarcinoom
Wanneer zal schade aan het ruggenmerg door bestraling manifest worden?
vanaf 6 maanden na afloop van de bestralingsserie
Noem drie celtypen die in normaal bronchiolair epitheel voorkomen
Trilhaarcellen, slijmbekercellen, basale cellen, clubcellen (voorheen ‘Claracellen’) en neuroendocriene cellen
Beschrijf hoe deletie van (een deel van) een chromosoomarm ontstaat in een tumorcel.
Een DNA dubbelstrengs breuk leidt in de mitose tot een acentrisch fragment, wat niet aan de mitotische tubulinedraden wordt vastgemaakt en dus niet correct wordt verdeeld over de dochtercellen
Wat is het gevolg van een MDM2 genamplificatie in een tumor op de regulatie van p53 en de reactie op DNA-beschadigende chemotherapie?
Genamplificatie zorgt voor verhoogde MDM2 eiwit concentratie waardoor geen vrije of lage concentratie p53 aanwezig is in de kern waardoor p21 en BAX niet tot expressie komen en apoptose niet plaats vindt.
Wat is de curatieve behandeling voor AML?
Intensieve chemotherapie
Wat zijn de twee belangrijkste histologische karakteristieken van hyperplasie?
1 afhankelijkheid van controle door signaalstoffen
2 toename van het aantal cellen
Hoeveel single nucleotide polymorphisms (SNPs) worden meestal gevonden
als je de complete genoomsequenties van twee willekeurige individuen met
elkaar worden vergeleken?
tussen de 500.000 en 5.000.000 (ongeveer 3000000)
Welke functie heeft de RNA component en welke functie heeft de eiwitcomponent van telomerase?
Het RNA is de template om de telomeer te verlengen en het eiwit heeft RNAafhankelijke DNA polymerase activiteit.
Wat is het effect van miR-16 overexpressie op het Cdc25 gen in de leukemiecellen?
Cdc25 expressie zal lager zijn.
Wat voor straling wordt bij PET/SPECT gebruikt?
Gammastraling
Wat gebeurt er met de positief voorspellende waarde als de afkapwaarde van een test hoger wordt?
Deze wordt hoger
Wetenschappelijk onderzoek naar kloning is in Nederland niet zonder meer toegestaan. Waarom niet?
er is sprake van een onaanvaardbare schending van de intrinsieke waarde van het proefdier
Waarom zijn dicentrische chromosomen instabiele chromosomale afwijkingen?
ze breken vaak in een volgende mitose en worden dan omgezet in deleties en translocaties
Op welke manier(en) draagt of dragen tumor-geassocieerde macrofagen bij aan de progressie van tumoren?
- ze produceren groeifactoren voor tumorcellen
- ze stimuleren nieuwvorming van capillairen
- ze remmen de werking van anti-tumor immuuncellen
- ze faciliteren metastasering van tumorcellen
- Dimeer vorming van de receptor ketens
- Binding van signaaleiwitten met een SH2 domein
- Fosforylering van de receptor ketens
- Activering van de JAK kinase eiwitten
Wat is de volgorde van gebeurtenissen die ten gevolge van de W515L mutatie in MPL spontaan worden geactiveerd?
1, 4, 3, 2
Waarom zijn BRCA-gemuteerde tumoren gevoelig voor POLQ-remmers?
POLQ-remmers verhinderen end-joining met gebruik van microhomologie
Wat zal waargenomen worden als cellen chromothrypsis ondergaan hebben?
aanwezigheid van veel translocaties bij whole genome sequencing
Je bent patholoog en ziet een uitzaaiing in het lymfebaan gebied van een tumor. Er zijn geen kenmerken van een lymfklier aanwezig.
Noem twee mogelijke verklaringen.
- Overgroei van de lymfklier, waarbij de structuur is weggevaagd
- Uitgroei in een lymfebaan, waarbij er nooit een lymfklier is geweest
Beschrijf twee mogelijkheden wat je met de echo van het abdomen kunt opsporen en beschrijf ook tenminste één nadeel
van de echo.
. Met de echo kunnen levermetastasen, hepatomegalie, splenomegalie, kliermetastasen, vrijvocht, eventueel hydronefrose van de nieren,
vasculaire afwijkingen, dilatatie galwegen worden opgespoord
Nadeel: echo is minder nauwkeurig dan CT; bij de aanwezigheid van levermetastasen kun je eventuele kliermetastasen minder goed zien
Wanneer wordt anti-hormonale therapie ingezet?
antihormonale therapie wordt ingezet wanneer geen snelle antitumorrespons noodzakelijk is
Noem drie voordelen van RNA-seq in vergelijking met micro-array of RT-qPCR analyses
- Geen selectie vooraf, al het RNA wordt gesequenced.
- Genexpressie wordt precies bepaald door moleculen te tellen. Enorm dynamisch bereik.
- Vinden van fusiegenen.
Bij welk(e) fase(n) van de mitose bestaan de chromosomen uit één chromatide?
Anafase, telofase
Hoe werkt siRNA?
Korte stukjes enkelstrengs RNA, microRNA’s (miRNA) of de iets andere small interfering RNAs (siRNA), binden aan stukken mRNA met een complementaire nucleotidenvolgorde. Dit zorgt ervoor dat geen translatie kan plaatsvinden, of zelfs dat enzymen in de cel dit mRNA afbreken.
Je hebt dus de complementaire volgorde
Met welk begrip beschrijven we ‘volledig verlies van architectuur kenmerken’ in de histologie van een tumor?
Anaplasie
Wat zijn tumordeposits?
kankercellen los in het vetweefsel rondom de tumor zitten
Wat gebeurt er als gevolg van een breuk in het MLL-gen?
Het SET-domein gaat verloren, waardoor er geen epigenetische modificaties kunnen worden aangebracht op histon 3 lysine 4 (H3K4)
Waarom zouden baby’s juist tijdens het eerste trimester bijzonder gevoelig zijn voor stoffen die epigenetische veranderingen teweeg brengen?
Omdat in die periode de epigenetische status van de verschillende celtypes neergelegd wordt.
Waarom komen Lynch (HNPCC) syndroom coloncarcinomen (die microsatelliet instabiel zijn) gemiddeld op jongere leeftijd voor dan sporadische, microsatelliet instabiele, coloncarcinomen?
Lynch syndroom wordt veroorzaakt door inactivering van beide allelen van een MMR gen
(waarvan er al één gemuteerd is in de kiembaan)
Mutatie van het tweede allel is veel vaker het geval dan inactivering van beide allelen, wat nodig zou zijn voor sporadische tumoren
Wat is de kinetochoor en hoe speelt die een rol bij de mitose?
Het aanhechtingspunt van tubulinedraden
op het chromosoom bij de centromeer
Het dient voor de juiste uitverdeling van chromosomen tijdens de mitose.
Waardoor wordt multidrug resistentie (MDR) van tumorcellen veroorzaakt?
Verhoogde expressie van P-glycoproteïne
Wanneer zijn immuuncheckpoint remmer standaard behandeling?
- Immuuncheckpoint remmers zijn standaardbehandeling voor patiënten met een gemetastaseerd melanoom.
- Immuuncheckpoint remmers zijn standaardbehandeling voor patiënten met een gereseceerd melanoom.
Welk DNA reparatiesysteem wordt door het PARP1 eiwit gestimuleerd om enkelstrengs DNA breuken te herstellen?
Base excisie reparatie (BER)
Welke twee hoofdtypen hematogene metastasering zijn er bij coloncarcinoom en naar welke organen metastaseren de uitzaaiingen?
Vena cava type en vena porta type
Naar resp. long en lever
Wat houdt een driver mutatie in?
DNA afwijking die causaal/oorzakelijk bijdraagt aan het ontstaan of de progressie van de tumor
Wat houdt een passenger mutatie in?
Tumoren zijn genomisch instabiel met als gevolg dat ze DNA afwijkingen accumuleren.
Passengers zijn afwijkingen die
geen rol spelen in het tumorigene proces maar het gevolg zijn van genomische instabiliteit. De passenger afwijkingen leveren geen voor- of nadeel voor de cel in het tumorigene proces, zij “liften” mee met de driver mutaties.
Wat zijn Age-related mutaties?
Tumoren zijn klonaal, ontstaan uit 1 cel. Afzonderlijke normale cellen hebben per cel unieke DNA afwijkingen (zeker in oudere individuen)
In de tumor kunnen dus DNA afwijkingen gevonden worden die al aanwezig waren in de normale cel waaruit de tumor is ontstaan. Dit zijn de age-related DNA afwijkingen.
Noem drie voordelen van gedeelde besluitvorming.
- Meer kennis (bij de patiënt)
- Meer patiënttevredenheid
- Betere arts-patiënt verhouding
- Minder herhaalconsulten
- Betere therapietrouw
- Goed geïnformeerde patiënt neigt tot minder invasieve behandeling
Wat wordt bedoeld met posterior-kans op een ziekte?
Positief voorspellende waarde
Vanuit welke twee invalshoeken is gezamenlijke besluitvorming ontstaan?
Praktijkvariatie en ethiek
Welke twee determinanten van gedragsverandering spelen een belangrijke rol om van de contemplatiefase in de preparatiefase
te geraken?
attitude en bewustzijn
