Svære ord Flashcards
Pleiotropi
ét gen påvirker to eller flere fænotypiske træk.
Genetisk redundans
Flere gener udfører den samme funktion
Koblingsanalyse procedure (8)
Koblingsanalyse procedure
1. arvegang bestemmes
2. markører
3. koblignsanalyse
4. identifikation af gener nær markør
5. undersøgelse af geners ekspression
6. Sekventering af kandidatgener
7. Sammenligning = sekvensforskelle
8. Vurdering af sekvensforskelles konsekvens
Forklar i hovedtræk – fx i punktform - hvad der sker med kromosomerne i løbet af den meiotiske
deling. Du behøver ikke angive navne på faserne.
(1) Forud for meiosen replikeres kromosomerne, så hvert kromosom består af 2 identiske søsterkromatider.
(2). De homologe kromosomer synapser (holdes tæt sammen) og overkrydser. Dvs kromosomstykker
udveksles mellem de homologe.
(3) I første meiotiske deling trækkes de homologe kromosomer fra hinanden og havner i hver sin
dattercelle.
(4) I anden meiotiske deling trækkes de to søsterkromatider fra hinanden og havner i hver sin
dattercelle/gamet. Der er nu potentielt dannet 4 gameter ud fra 1 kimcelle.
En markørbaseret test for en hjertedefekt hos en katterace har været brugt i en årrække med stor succes.
Desværre har det vist sig på det seneste, at markørtesten ikke er så god til at udpege de sygekatte. Genet og den kausative mutation for defekten kendes ikke.
Hvad vil du anbefale, at der gøres for at udvikle en bedre test? Beskriv de vigtigste trin i dette arbejde.
Der kan findes en markør, som er tættere associeret med sygdomsallelen og på sigt kan der udvikles en test baseret på den kausative mutation. Der kunne eksempelvis genotypes nye
SNP-markører i området omkring det gamle markørlokus og herefter kunne det undersøges om alleler i de nye markører var tæt associeret med hjertedefekten.
Når nye tæt associerede markører er blevet identificeret, så kan de bruges til en ny markørbaseret test og samtidig kan de bruges som udgangspunkt til at søge efter den kausative mutation for hjertedefekten.
En anden tilgang kunne være at kigge efter et kandidatgen i regionen omkring markøren. Her kunne det undersøges om der findes gener hos andre arter, som er involveret i lignende
hjertedefekter. Såfremt der findes et kandidatgen, så kan det undersøges for mutationer i exons, splejsesites og regulatoriske sekvenser. Mutationer i exons og splejsesites kan findes ved sekventering af cDNA. Indikationer på ændring i genreguleringen kan undersøges ved qPCR og sammenligning af ekspressionsniveauet hos syge og raske.
I forbindelse med et studie af retinal dystrofi hos Bengalkatte bliver du kontaktet af raceforeningen, som ønsker at finde frem til den mutation, som er skyld i denne recessive arvelige
sygdom.
a) Nævn to mulige måder, hvorpå du kan finde frem til den ansvarlige mutation for retinal dystrofi hos Bengalkatte. For hver af de to måder skal du kort beskrive dyremateriale og metode.
Vi antager nu, at studiet er delvist afsluttet, og at der er fundet 3 mutationer (i forskellige gener), som kan være involveret i sygdommen.
b) Hvordan kan du finde ud af, hvilken af de tre mutationer, der er ansvarlig for retinal dystrofi? Beskriv kort to metoder, du vil bruge for at afklare dettespørgsmål.
a) Sekventering af kandidatgener vha. oplysninger fra andre pattedyrarter med retinal dystrofi.
Sammenligning af sekvenser mellem syge og raske Bengalkatte. Eller GWAS af urelaterede syge og
raske Bengalkatte med efterfølgende analyse af kandidatregioner. Koblingsundersøgelse i familier,
hvor sygdommen nedarves er også en mulighed.
b) Der kan kigges på om mutationerne sidder i kodende regioner, og om de er silent, missense
eller nonsense.
Yderligere kan det undersøges vha. af qPCR om det gen som indeholder mutationen er udtrykt i øjet hos katte og om mutationen findes i raske katte. Det endelig bevis for
at mutationen er ansvarlig for sygdommen vil være at introducere mutationen i en rask kat f.eks.
vha. CRISPR og herefter se om den udvikler retinal dystrofi.
Forekomsten af monogene/mendelsk nedarvede sygdomme er større blandt racehunde end blandt
slagtesvin.
a) Nævn 3 vigtige årsager til denne forskel
De fleste hunderacer er grundlagt på baggrund af få individer og derfor er indavl uundgåeligt i raceavlen.
Indavl øger som bekendt risikoen for, at recessivt nedarvede sygdomme kommer fænotypisk til udtryk.
Mange hunderacer er antalsmæssigt små, hvilket også øger risikoen for avl mellem beslægtede individer.
Slagtesvin er 3-race krydsninger (LY x D) og er dermed ikke indavlede.
Svineavlen er centralt styret, og det er dermed nemt at holde indavlsgraden nede.
Det er nemmere at implementere DNA-tests i svineproduktionen, da man kan vedtage, at teste samtlige
avlsdyr og dermed udrydde sygdommen.
Det er sværere at implementere DNA-tests i hundeavlen, da det er frivilligt, om man vil lade sin hund
teste
Reperationstyper ved problemer på den ene streng
- Base excision repair
- Methyl directed mismatch repair
- Nukleotid excision repair
Reparerer fejl, der fx hindrer dobbelthelixstrukturen
Thymin dimerer eks hvor UV lys danner stive thymin dimer form. UvrB og C endonuclease enzymer detekrerer bindingen og klipper i DNA sekvenense og frigiver omkringlgigende stykke DNA. POluymerase kan sætte nye nukleotider på og lipase limer dem fast igen
To typer af homolog reperation af dobbeltstrengsbrud
Enten bruges identiske søsterkromatid eller også bruges det andet homologe kromosoms kromatid som template.
Mutagener
Baseanaloger: opfører sig som en base (fx. T) men baseparrer forkert (fx. G). Stoffer der opfører sig som baser og sidder på nukletodierne men baseparrer forkert.
Stoffer, der ændrer en bases struktur og egenskab (fx. G → G*) => forkert baseparring (fx. A)
Kloningsprocess: Forklar kort ligering, transformering og selektion
1) Ligeringen indsættes DNA-fragmentet i vektoren. Først åbnes vektoren med et
restriktionsenzym, og DNA-fragmentet/insertet og vektoren sammenføjes med ligase.
Vektor + insert = rekombinant.
2) Transformering: vektor indsættes i værtscelle – typisk E.coli. Vektormolekyler og bakterier blandes, og bakterierne gøres permeable (CHOK/STRØM), så de kan optage vektormolekylerne.
3) Bakteriekolonierne opformeres til sidst på en agarplade med x-gal. Vektoerer uden insert vil forårsage at bakteiren kan nedbryde stof på pladen og farves blå. I de rekombinante vektorer er lac-Z genet ufunktionelt og kolonien forbliver hvid.
Forklar betydning af genetiske test i svineavl
ARSPOP
Avlspyramide, renavlende linjer, stor selektion af gode egenskaber, produktionsegnskaber, opformeringsbesætninger og produktionsbesætninger
Fejlkilder i genealogiske diagrammer
FULGHI
Fænokopier
Usikker diagnostik
Late onset sygdomme
Genetisk heterogenitet
Heterogenitet
Inkomplet penetrans
Vurdering af genetiske test
VØPUDA
Valid - er testen valid
Økonomi - kan det betale sig
Population - hvor stor er populationen
Udbredelse - hvor meget fylder sygdommen i populationen
Dyreart - hvad er muligt
Anlægsbærer - har man genetisk varians nok til at udlukke anlægsbærere?
Hvilke tre måder kan der dannes en Calico Hankat (XOXSY) på?
1) Hunkat XoXs får nondisjunktion i MD1 -> ved befrugtning dannes XoXsY
2) Hunkat XoXs får nondisjunktion i MD2, men der er sket overkrydsnign af farvegener til hvert kromatid på det ene kromsom så ved overkrydsnign fås igen XoXsY
3) Hankat laver nondisjunktion i MD1 og danner XY som befrugtes til Xy. Så skal hunkatten bare være calico eller have det andet X farvegen end hannen.
