15. GWAS Flashcards
Definition af GWAS
Associationsstudie for hver snp genotypes association og kobling til pågældende egenskab. 50-1.000.000 snp-markører.
96 felter, hvert felt = genotyping til over 100.000 markører.bruges syge og raske
SNP genotyping:
SNP genotyping:
Genotyper der sammenholdes med fønotype. er der høj association kommer der topper på SNP for en given markør. Homozygot AA vil lyse på i A felter, heterozygot AC vil lyse på o AC feltet. hvert felt består af X/X som A/C eller A/A, A/a, b/b.
Det kommer derfor ar microarray med flouriserende stof der bindes til specifikt sekvens.
Princippet i GWAS
Princippet i GWAS
Der genotypes mange SNP-markører i både syge (cases) og raske (controls). Der testes for overrepræsentation af SNP-allel for hver SNP i de syge
SIMPEL AUTOSOMAL RECESSIV: Alle syge er TT alle raske er AT eller AA.
Kvantitativ egenskab: SNP1s G-allel er associeret med sygdom. ER der ern overrepræsentation af et bestemt allel.
De SNAP alleler som hænger sammen med sygdomsallelen siges at være i (BLANK)
koblings uligevægt = linkage disequibrilirium LD) Høj LD = alllelerne vil formentlige følges af i nedarvning.
Koblings uligevægt
Koblingsuligevægt (engelsk: Linkage disequilibrium, LD) beskriver den statistiske sammenhæng mellem to eller flere genetiske variationer (f.eks. SNP’er) på samme kromosom. Det vil sige, at hvis to genetiske variationer på samme kromosom ikke er uafhængige af hinanden, men i stedet er mere eller mindre tilbøjelige til at forekomme sammen (dvs. i samme haplotype), så siges der at være en koblingsuligevægt mellem dem.
Haplotype blokke
Haplotypeblokke (engelsk: LD blocks) beskriver områder af kromosomer, hvor der er høj grad af koblingsuligevægt mellem de genetiske variationer. Med andre ord er haplotypeblokke områder, hvor bestemte genetiske variationer optræder sammen mere hyppigt end forventet ud fra deres individuelle forekomst i befolkningen.
Haplotypeblokke kan have betydning i genetisk forskning og diagnostik, fordi de kan anvendes til at identificere områder af kromosomer, der er ansvarlige for bestemte egenskaber eller sygdomme. Haplotypeblokke kan også anvendes til at forudsige, om en person har øget risiko for at udvikle en bestemt sygdom, baseret på de genetiske variationer, der er til stede i haplotypeblokkene.
Forklar hvordan størrelsen af haplotypeblokke mindskes over generationer
Størrelsen af haplotypeblokke i en population kan mindske over tid på grund af rekombination og genetisk drift. Jo flere generationscykler, jo mere rekombination vil der ske, og jo mere genetisk drift vil der være, hvilket kan føre til en mindskning af størrelsen af haplotypeblokke.
Grundlaget for GWAS er rekombination gennem mange generationer. Over generationer sker rekombination så det beværede kromsomstykke omrking sygdomsmutaionen bliver mindre.
Det bevarede kromosomstykke har en unik allelbesætning i flere loci = specifikt haplotype.
Beskrive brugen af SNP-markører til at identificere haplotyper, som deles af individer med en bestemt nedarvet egenskab (minimal shared haplotypes).
Hver enkel plet i GWAS diagrammet er en SNP markør.
Ved at identificere Haplotypenlokkene kan området for sygdomsmutationen uderligerer afgrænses. PÅ BILLEDE 2: des gøjerer markørern kommer des større association må der være. Husk på at en mutation i en intergen (ikke genom fyldt region) kan have betydning for udtrykkelsena f omkringlgigende gener selvom der ikke association.
Kunne afgøre hvornår det er relevant at lave koblingsanalyse og hvornår det er relevant at lave GWAS
Koblingsanalyse: Bruges når man har adgang til stort familie materiale, dvs 3 eller
flere generationer.
GWAS: Bruges når man vil undersøge populationer af fjernt beslægtede individer
Have kendskab til eksempler hvor GWAS er blevet brugt til identifikation af mutationer for nedarvede egenskab hos husdyr.
Eksempler på GWAS i husdyr
Diskusprolaps hos gravhunde.
Mælkydelse hos kvæg.
Gangarter hos heste.
Pelsfarve og længde hos katte
Tilvækst hos grise.
