14. DNA Test Flashcards
Kandidatgens strategi
Kandidatgenstrategien:
Identificerer gener der har indflydelse på sygdommen/mutationens fænotype (som pelstab). El. hvis andre racer med samme fænotype har lign mutationer i et gen.
Undersøgelse af kodende regioner (c-dna) el. analysere genetisk sekvens (introns, exons og regulerende regioner)
Mutationer i kandidatgenerne behøver ikke være årsagen til sygdommen, og derfor skal man videre undersøge om der er tale om en missense, nonsense eller silent mutation som er sket i genet.
Koblingsundersøgelser
Koblingsundersøgelser bruges til at undersøge sygdomme, hvor der ikke er nogen forhåndsviden om potentielle kandidatgener.
Metoden bruger polymorfe markører med kendt position i genomet, der nedarves sammen med sygdommen.
Koblingsundersøgelsen identificerer ikke nødvendigvis selve sygdomsgenet, men kan bringe os tættere på den relevante region af genomet, hvor man kan gå videre med flere markører og lede efter relevante kandidatgener.
Nogle gange kan markører bruges i en diagnostisk test, selvom den sygdomsfremkaldende mutation ikke er identificeret, men der er altid en risiko for, at koblingen mellem markør og sygdomslocus brydes på grund af overkrydsning under meiosen.
genetisk heterogenitet i populationen
to eller flere genetisk forskellige former for mutation
Associationsstudier (en koblingsundersøgelsestype)
Associationsundersøgelse: GWAS (genome wide assosiation studies) benytter også markører, men modsat koblingsundersøgelser, benyttes der som hovedregel ikke
beslægtede individer, og man undersøger 2 grupper individer, raske og syge. Her benytter man sig af en stor andel SNP’er, og undersøger vha computerberegning om der er stor afvigelse i markører blandt syge og raske individer. På den måde kan man lokalisere og identificere sygdomsgenet, hvis man er heldig.
Fordele og ulemper ved genetisk testing
Fordele og ulemper ved genetisk testing
Fordele
Bærene kan testes
Simpel procedure ved blodprøve/celleskrab
Kun testes 1 gang
Testen er specifik - kan også være en ulempe da den kun kan diagnosticerer en type sygdom - selvom der er flere.
Ulemper
Testen er specifik - kan også være en ulempe da den kun kan diagnosticerer en type sygdom - selvom der er flere.
Markørtest: ikke specifikke som mutationstest pga mulighed for overkrydsning ml markør og sygdomslokus.
Ikke nøjagtig hvis der er flere varianter af mutationer til sygdommen
Manglende markører for at finde mutation
Udelukkelse af individer fra avl = konsekvens for genetisk variation i populationen
Allel- og locus heterogenitet og deres konsekvenser for genetiske tests
Lokus heterogenitet
Mutationer i forskellige gener giver samme sygdom
Allel heterogenitet
Forskellige mutationer i samme gen (alleler) giver samme sygdom
Kende de populationsmæssige konsekvenser af indførelsen af avlsrestriktioner på basis af DNA-tests
Hvis der findes en mutation som fænotypisk gør individer syge, bliver der taget
forholdsregler for at sikre sig den genetiske variation i populationen. Derfor vil man
ikke altid udelukke bærere eller individer som er syge, men man vil begynde at avle
mod den syge allel. Dette kan dog tage en del år
Avls og betydning af genetiske test: Hundeavl
Registreres i dansk hunderegister
Stamtavler = Dansk Kennel Klub.
Mindre organisationer: Dansk Racehunde Union, Dansk Jagthunde Registrering og specialklubber som tager sig af de enkelte racer.
Da ikke alle hunde inden for en given race nødvendigvis er registreret i den samme organisation, er det ikke muligt at tage en beslutning om at genteste samtlige avlsdyr.
Avls og betydning af genetiske test: Svineavl
Avlspyramide
Rendyrkede racer
Selektion
Produktionsegenskaber
Opformeringsbesætninger
Produktiuonsbesætninger = slagtesving
Avls og betydning af genetiske test: Køer
Organisationen VikingGenetics
Lille genetisk varians.
Få tyre = mange kavle (matador avl)
For at sikre den genetiske variation, benyttes anlægsbærere dog stadig i en periode, og derfor kan det tage en del år før at sygdoms allelen er udryddet.
Avls og betydning af genetiske test: Heste
Den nationale komite for hesteavl - stambøgerne bliver registreret i Videncenter for Landbrug.
▪% genetiske test for sygdomme hos heste, men
en del test for at undersøge en hests performance
Avls og betydning af genetiske test: ALLE
Det er de produktionsøkonomiske forhold der afgør om en test bliver taget i brug hos husdyrene, hvor det hos familiedyr er frivilligt, og man kigger altid på om populationen er stor nok til at man kan udelukke dem der er syge eller bærere af
sygdommen.
Vide at der for hunde både findes avlsrestriktioner og avlsanbefalinger samt hvordan
disse danner grundlag for de to typer stambøger i Dansk Kennel Klub: Basis og Basis
plus
Avls- restriktioner / anbefalinger: Kravene er dem som hannen og tæven skal
opfylde for at få stambog hos DKK, og anbefalingerne skal overholdes for at kunne
få Basis plus stambog.
Have kendskab til hvordan man foretager forældreskabs bestemmelse ved hjælp af mikrosatellitte
antallet af mikrosattelittelns gentagelser
Forstå hvorfor anvendelse af de fleste DNA-tests til hunde er begrænsede til en enkelt race
Fordi at der i forsøget bruges renavlende linjer af cavialer king charles da individer af samme linje har samme placering af haplotypeblokke i genomet. Da der allerede er identificeret de SNP er der karakteristiske for den kendte haplotypeblok, bruges disse i (GENETISK TEST)
