MHC och antigen-presentation Flashcards
Vilka interaktioner gör att en aktiverad CD8 TC attackerar en infekterad cell när den binder infekterade cellen?
Virusinfekterad cel uttrycker virusproteiner på MHC-1. CD8 TC binder med CD8 och TCR till virusinfekterad cell och dödar.
Beskriv MHC-1 proteinstruktur och hur ett antigen binder.
- hur många aa är antigenpeptiden?
- vad krävs för specifika aminosyror för att ag-bindning ska ske och i vilka specifika positioner sitter dessa på antigenpeptiden?
En transmembrandomän som innehåller den antigenbindande fickan
- består av alfa 1 + 2 + 3 domäner.
En domän som inte binder antigen - beta 2 mircoglobulin
Antigenbindning
- Pitabröd-struktur = ag sticker inte ut på sidorna från fickan mellan alfa 1 och 2.
- ag är vanligen 9 aa stor
- krävs ankar-aminosyror i nyckelpositioner peptiden som binder komplementärt till fickan. Dessa ankar-aa finns i antingen variant 1 av peptid : pos 2,3 och 9. Variant 2 - ankar aa i pos 2 och 9.
- aa i Pos 9 två måste vara hydrofob!
Hur ser ett antigen ut som bundit till MHC-1 rent bildmässigt talat? Och vad har det för betydelse till att en TCR på CD8 ska kunna binda till antigenet?
Peptiden sitter fast med sina ankar-aa i “golvet! av fickan. Sedan uppstår en utbuktning av aminosyrorna mellan ankar-aa som gör att TCR på Cd8+-TC kan interagera lätt
Beskriv strukturen av MHC-2.
- Hur binder ag i fickan och mellan vilka domäner binder ag?
- Hur många aa är ag och vilka aa i antigenet binder i ag- fickan?
- Varför kan fler ag visas på MHC-2 jämfört med MHC-1?
Består av 2 stycken transmembran-polypeptider
- b1-b2
- a1-a2
- mellan a1 och b1 finns antigenbindande ficka.
Fickan
- är som ett korvbröd - ag-peptid sticker ut på sidorna och ag är klistrat helt i golvet av MHC-2.
Antigen peptid
- 13-18 aa lång
- de 13 centrala aa binder i fickan
- mindre konservering av aa-bindande ficka = högre variation i hur många antigen som kan presenteras. Pga ankar-aa måste finnas för MHC-1.
På vilken kromosom finns MHC-lokuset? kuggis
Kromosom 6
beta-2 mikroglobulin som finns i MHC-1 finns på kromosom 15
Beskriv MHC-lokuset hos människa.
Generna ligger i lokuset enligt ordning
- HLA 2,3,1
HLA 2
- HLA-DP, DQ och DR. Var av dessa innehåller alfa 1-2 och beta 1-2
HLA 3
- innehåller komplement-gener och TNF-lymfotoxin
HLA 1
- HLA-B, C och A. Innehåller alfa-globulinerna kedjan.
- (beta2 mikroglobulin på kromosom 15)
MHC-lokuset innehåller också icke klassiska MHC-molekyler. Vad betyder det?
- ge exempel på två sådana proteiner. Kommer mer i detalj i annat flashcard.
Dessa gener har en indirekt funktion i antigenpresentation.
t-ex- HLA-DO och HLA-DM
Varför är det liten sannolikhet för rekombinering av MHC-gener vid nedärvning?
Pga alla MHC-gener (förutom beta 2 mikroglobulin) ligger mycket nära varandra inom samma lokus i kromosom 6. Därför ärvs alla MHC-gener ner direkt från den ena av de två kromosomerna.
MHC-gener är mycket polymorfa i en population. Var i MHC-molekylen finns polymorfismen?
Polymorfismen sitter i den antigen bindande fickan i MHC-molekylerna.
Det är vanligt att man i utavlade populationer har en heterozygot haplotyp av MHC-gener. Vad menas med det?
Haplotyp = den uppsättning av MHC-gener man har ärvt från mamma och pappa Heterozygot = man ärver olika MHC-varianter från mamma jämfört med pappa
Generna för alla MHC-klasser är co-dominanta. Om man är heterozygot för alla MHC-gener, hur många MHC-1 / 2 varianter kan man då uttrycka?
MHC-1
- tre loki - HLA a b och c.
- vi har totalt 2 st kromosomer som har dessa.
2X3 = 6 olika MHC-1 molekyler kan uttryckas
MHC-2
- tre loki: DP, DQ och DR per förälder ärvs. Varje D innehåller 1 alfa och 1 beta.
- Totalt från båda föräldrar ärver man 6 olika D. Totalt kan 12 olika kombinationer fås av MHC-2.
Förutom att man kan uttrycka 12 olika MHC-2 om man är heterozygot för MHC-2, kan man få ytterligare variation kan finnas i en population för en specifik MHC-2 gen.
Vilken gen?
MHC-2
- DR-genens betakedja kan finnas i en population i flera olika polymorfismer.
Hur många olika alleler för MHC 1 inom populationen har man hittat?
Hur många möjliga haplotyper kan detta ge i en population?
15000 olika alleler finns kända inom populationen. Ger en mölighet till 40 miljarder MHC-1 haplotyper.
Vad är fördelen med att många olika polymorfismer av MHC molekyler finns i en population?
Att inom en population kan många olika antigen presenteras. Därför minskar man känslighet för infektioner (intracell och extracell). Därför kan man skydda en population. Men specifika individer kommer naturligtvis dö.
Vilka celler uttrycker
- MHC1
- MHC2
MHC-1
- uttrycks av alla celler med cellkärna (inte trombocyter eller RBC)
MHC-2
- uttrycks av APC (inte bara pAPC) och B-celler