Métabolisme énergétique Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que la bioénergie?

A

La bioénergétique est la partie du métabolisme qui s’intéresse aux sources d’énergie pour la cellule ou l’organisme et à leur utilisation.

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2
Q

Les types d’énergies sont:

A
  1. L’énergie cinétique associée au mouvement
  2. L’énergie potentielle associée par exemple à la hauteur d’un poids
  3. L’énergie chimique
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3
Q

Les réactions chimiques peuvent être classifiées en deux catégories:

A

Les réactions exergoniques qui dégagent de l’énergie Ex: A + B → C + D + énergie (chaleur)

Les réactions endergoniques qui nécessitent de l’énergie Ex: A + B + énergie (chaleur) → C + D

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4
Q

delta G < 0: la réaction est ____ et se produit de façon ____

A

la réaction est exergonique et elle se produit spontanément.

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5
Q

delta G > 0: la réaction est ____ et se produit de façon ____

A

la réaction est endergonique et ne se produit pas spontanément.

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6
Q

delta G = 0: la réaction est ____

A

la réaction est en équilibre, c’est-à-dire qu’elle se fait aussi vite dans un sens que dans l’autre.

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7
Q

Qu’est-ce-que le delta G^0?

A

delta G0 = deltaG dans des conditions standards

concentration des tous les composés = 1 mol/L
température = 298 K
pH = 0

(Marche pas en conditions physiologiques (corps humain) pcq tout doit etre a pH 0 et temperature de 298K – donc en biochimie on utilise un delta G prime pour faire des calculs a pH = 7)

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8
Q

Pour une séquence de réactions, le delta G global correspond à quoi?

A

Pour une séquence de réactions, le delta G global correspond à la somme des delta G individuels.

Ainsi, pour la réaction « A → B → C → D », le delta G pour la transformation de A en D est égal à: : deltaG A→B + deltaG B→C + deltaG C→D.

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9
Q

Quelle est la relation entre delta G et la constante d’équilibre?

A

Soit la réaction A → B
k = [B]/[A]
ex:
- si deltaG = -30 kJ/mol pour A → B, on aura 100 000
fois plus de molécules B que de molécules A
- si deltaG = 0 kJ/mol pour A → B, on aura autant de molécules B que de molécules A
- si deltaG = 30 kJ/mol pour A → B, on aura 0,00001 molécule B pour chaque molécule A

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10
Q

Est-ce que les enzymes modifient les concentrations finales des composés à l’équilibre?

A

NON
Les enzymes ne modifient jamais les concentrations finales des composés à l’équilibre, elles ne font qu’accélérer la réaction.

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11
Q

Si une réaction à un delta G > 0, comment la réaction aura-t-elle lieu?

A

Les réactions endergoniques (deltaG > 0) ne peuvent se produire sans un apport d’énergie suffisant, correspondant à l’énergie d’activation.

L’énergie nécessaire est obtenue par couplage avec une réaction exergonique qui libèrera suffisamment d’énergie pour activer la réaction endergonique.
Si la somme des deltaG est < 0, la séquence de réactions peut avoir lieu.

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12
Q

Les composés riches en énergie sont des sources d’énergie chimique pour la cellule. De quel type de composé s’agit-il?

A

Ce sont des composés chimiques qui contiennent au moins un lien covalent avec un surplus d’énergie.
Le surplus d’énergie peut être utilisé ou transféré à une autre molécule

Les principaux composés riches en énergie sont:
Certains dérivés phosphates, dont l’ATP et la créatine phosphate
Les acyls-coenzyme A

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13
Q

Quel est le deltaG de ATP→ ADP + Pi ?

A

-30.5 kJ/mol

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14
Q

À quoi sert l’ATP?

A

L’adénosine triphosphate (ATP) est la source d’énergie pour les réactions biochimiques de la cellule.

  • Synthèse des protéines, hormones, cholestérol
  • Contraction musculaire
  • Transport actif à travers les membranes
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15
Q

De quoi est composé la structure de l’ATP?

A

Base azotée (Adénine)
Sucre (Ribose)
3 Phosphates

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16
Q

Où se fait la synthèse d’ATP?

A

La biosynthèse d’ATP s’effectue dans la mitochondrie, plus précisément par la chaîne respiratoire mitochondriale.

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17
Q

À quoi l’ATP s’associe-t-elle? Pk cette association est-elle nécessaire?

A

L’ATP s’associe aux ions magnésium et cette association est nécessaire pour son
hydrolyse par les enzymes.

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18
Q

L’énergie libérée par l’hydrolyse de l’ATP varie selon quels deux facteurs?

A

le pH du milieu

la concentration en ions Mg2+

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19
Q

Quelle est la somme des concentrations intracellulaires en ATP, ADP et AMP?

A

La somme des concentrations intracellulaires en ATP, ADP et AMP est de l’ordre de 2 à 10 mmol/L et elle demeure approximativement constante.

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20
Q

Qu’est ce que la créatine?

A

La créatine est un acide aminé qui peut être phosphorylé par l’ATP pour former la créatine phosphate, un composé riche en énergie.

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21
Q

Qu’arrive-t-il à la créatine phosphate?

A

La créatine phosphate est une forme de mise en réserve d’énergie pour la cellule.
Cette réserve d’énergie est immédiatement utilisable par la cellule, sans autres réactions du métabolisme.

Si l’organisme est dans des conditions de surplus d’énergie (concentration d’ATP élevée), la réaction de formation de créatine phosphate se produit:
créatine + ATP -> créatine phosphate

Lorsqu’il y a une dépense énergétique (baisse de l’ATP), la réaction inverse se
produit et la formation d’ATP est favorisée:
créatine phosphate -> créatine + ATP

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22
Q

La créatine phosphate constitue donc quel type de système pour l’ATP?

A

La créatine phosphate constitue donc un système de tampon pour l’ATP.

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23
Q

Où se trouve la plupart de la crétine? Sous quelle forme se trouve-t-elle?

A

95% de la créatine de l’organisme est dans le muscle.

Environ 1/3 de la créatine est sous forme libre, tandis que les 2/3 sont phosphorylés en créatine phosphate.

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24
Q

Décrit la synthèse et l’élimination de la créatine.

A

La créatine est synthétisée dans le fois, le pancréas et les reins avant d’être acheminée aux muscles.
- Synthèse à partir d’acides aminés, tels l’arginine, la glycine et la méthionine.

L’apport par synthèse est d’environ 1 g/jour et la diète amène environ 1 g/jour de créatine déjà
synthétisée.
- La synthèse endogène s’ajuste à l’apport alimentaire (viandes).
- Les végétariens font de la synthèse endogène.

La créatine est transformée en créatinine (environ 2 g/jour) qui est éliminée par les reins dans les urines.

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25
Q

Nomme trois autres composés riches en énergie

A
  1. Les acyls-coenzyme A
    Ce sont des intermédiaires de la bêta-oxydation.
  2. Le phosphoénol pyruvate et le 1,3-biphosphoglycérate
    Ce sont des intermédiaires de la glycolyse.
  3. Le carbamoyl phosphate
    Il fait partie du cycle de l’urée
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26
Q

La phosphorylation du glucose est facilité par quelle enzyme?

A

Ce couplage est facilité (grandement accéléré) par une réaction enzymatique catalysée soit par la glucokinase ou l’hexokinase.

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27
Q

Toute réaction d’oxydoréduction est caractérisée par quoi/quelle mesure?

A

Toute réaction d’oxydoréduction est caractérisée par un potentiel standard d’oxydoréduction (E0).

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28
Q

Comment le potentiel standard d’oxydoréduction (E0) est-il mesuré?

A

E0 est mesuré par rapport au potentiel de l’électrode d’hydrogène (2 H+ -> H2) dont le potentiel est arbitrairement fixé à 0 V, à 25 degré celcius et pH = 0.

Pour pH = 7, le potentiel standard est noté E’0.

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29
Q

Une réaction d’oxydoréduction implique aussi quoi?

A

Une réaction d’oxydoréduction implique aussi un changement d’énergie libre.

La relation entre le changement d’énergie libre et le changement de potentiel est
donnée par l’équation suivante:

deltaG0’ = -nF (deltaE’0)

30
Q

En présence de deux couples d’oxydoréduction, celui qui a le E’0 le plus élevé sera ___ tandis que l’autre sera ____.

A

En présence de deux couples d’oxydoréduction, celui qui a le E’0 le plus élevé sera réduit tandis que l’autre sera oxydé.
– Les électrons vont du couple avec le plus faible E’0 vers le couple avec le E’0 plus élevé.

Pour: EB > EA
A = réducteur (qui sera oxydé)
B = oxydant (qui sera réduit)

31
Q

Est ce que les delta E’0 sont additifs?

A

oui

Tout comme l’énergie libre, les deltaE’0 sont additifs.

32
Q

le transfert des électrons du NADH + H+ et du FADH2 vers l’oxygène est favorable ou défavorable?

A

le transfert des électrons du NADH + H+ et du FADH2 vers l’oxygène est très favorable (très exergonique):

Par contre, le transfert d’électrons ne se fait pas directement entre le NADH + H+ et l’oxygène.
la variation d’énergie libre entre les deux (deltaG0’ = - 219 kJ/mol) est trop importante et la réaction serait presqu’explosive, ce qui entraînerait une trop grande perte d’énergie sous forme de chaleur.

Pour augmenter le rendement de récupération de l’énergie, la cellule transfert les électrons du NADH + H+ vers l’oxygène de façon graduelle et contrôlée en utilisant les divers transporteurs d’électrons de la chaîne respiratoire mitochondriale.

33
Q

Les déshydrogénases nécséssitent quel type de molécule?

A

des co-facteurs

Ce sont de petites molécules que l’on retrouve en petite quantité.
Ils participent à la réaction, mais sont souvent recyclés.
Les co-facteurs doivent se lier à l’enzyme et sont nécessaires à l’activité.

34
Q

Quels sont les principaux co-facteurs des oxydoréductases ? (4)

A

NAD (nicotinamide adénine dinucléotide)
NADP (nicotinamide adénine dinucléotide phosphate)
FMN (flavine mononucléotide)
FAD (flavine dinucléotide)

35
Q

L’organisme puisent son énergie du catabolisme des nutriments (glucides, lipides, protéines) via les voies métaboliques appropriées.
Quelles sont-elles?

A

Glycolyse
beta-oxydation
Protéolyse

36
Q

Quel est le rôle du cycle de Krebs? Et celui de la chaîne de respiration mitochondriale?

A

Le cycle de Krebs sert de point d’intégration des différentes voies et fourni la plus grande partie de l’énergie sous formes de molécules énergétiques réduites (équivalent réducteurs).

La chaîne de respiration mitochondriale joue un rôle capital dans le métabolisme énergétique en permettant de convertir les équivalents réducteurs en ATP.

37
Q

Quel est le bilan pour 1 mole de glucose?

A
2 moles d’ATP
(4 produites – 2 pour activation)
2 moles de NADH + H+
2 moles de pyruvate
(qui donneront 2 moles d’acétyl-CoA  et 2 moles de NADH + H+ dans la  mitochondrie)

Bilan total:
(avec chaîne respiratoire):

38 moles d’ATP

38
Q

Quel est le bilan pour 1 mole de lipides?

A

(Acide gras saturé, 16 carbones)

– 2 moles d’ATP
(pour la synthèse de l’acyl-CoA)
7 moles de NADH + H+
7 moles FADH2
8 moles d’acétyl-CoA
(qui passerons au cycle de Krebs)

Bilan total:
(avec chaîne respiratoire):

129 moles d’ATP

39
Q

Les protéines sont dégradées en quoi?

A

Les protéines sont dégradées en acides aminés.

40
Q

Le catabolisme des acides aminés fournit ensuite quoi?

A

des molécules pouvant entrer dans le cycle de Krebs.

41
Q

Quel est le bilan du cycle de Krebs pour 1 mole d’acétyl-CoA?

A

Bilan pour 1 mole d’acétyl-CoA:
1 mole d’ATP
3 moles de NADH + H+
1 moles de FADH2

Bilan total:
(avec chaîne respiratoire):

12 moles d’ATP

42
Q

La chaîne respiratoire mitochondriale est un ensemble de transporteurs d’électrons localisés dans la membrane interne de la
mitochondrie qui incluent….

A
  • Trois complexes multiprotéiques transmembranaires fixes (complexes I, III et IV)
  • Un complexe membranaire qui ne traverse pas la membrane (complexe II)
  • Deux transporteurs d’électrons mobiles (ubiquinone et cytochrome c)
43
Q

La chaîne respiratoire mitochondriale est responsable de quoi?

A

Elle est responsable de recueillir et d’oxyder les équivalents réducteurs formés durant le métabolisme des glucides, des lipides et des protéines.
La chaîne transporte graduellement les H+ et les électrons du FADH2 et du NADH + H+ vers l’oxygène moléculaire, tout en pompant des protons dans l’espace intermembranaire.

44
Q

La glycolyse se produit où?

A

dans le cytosol

45
Q

Le cycle de Krebs se produit où?

A

dans la mitochondrie

46
Q

La chaine respiratoire mitochondriale se produit où?

A

localisée sur la membrane interne des mitochondries

47
Q

Au final, les équivalents réducteurs de la chaine respiratoire mitochondriale sont transformés quoi? À l’aide de quelle enzyme?

A

Au final, les équivalents réducteurs sont transformés en ATP avec l’aide de l’ATP synthase.

48
Q

le NADH se trouvent à l’extérieur nécessite quoi pour rentrer dans la cellule?

A

Nécessite une voie d’évitement (un sytème de transport)

Quand c dans le cytosol, le NADH doit entrer dans la mitochondrie avant de pouvoir aller dans la chaine respiratoire
Tous les transfert a travers la membrane mitochondriale nescessitent des voies d’evitement ou des transporteurs specifiques pcq la membrane interne des mitochondries est impermeable a tout ce qui est ionisé

49
Q

Contrairement à la membrane externe, la membrane interne des mitochondries
est relativement imperméable aux métabolites ionisés.De nombreux systèmes d’échanges (transporteurs) permettent néanmoins de
faire traverser les ions. Nomme en 3 des voies d’évitement.

A

Un transporteur de pyruvate (avec H+)

La voie d’évitement du malate
- (transporteurs de malate et d’aspartate)

Un système de transporteur pour l’ATP
- (Co-transporteur ATP-ADP et transporteur de Pi)

50
Q

Les équivalents réducteurs provenant de la beta-oxydation des lipides ou du cycle de Krebs sont produit où? Qu’est ce que cela implique?

A

dans la mitochondrie

Ils peuvent donc accéder directement à la chaîne
respiratoire.

51
Q

Quelle est la voie d’évitement qui permet l’entrée du NADH cytosolique dans la mitochondrie?

A

C’est la voie d’évitement du malate qui permet l’entrée du NADH cytosolique dans la mitochondrie

52
Q

Les différents complexes (I – IV) de la chaîne respiratoire mitochondriale sont composés de plusieurs protéines qui participent au transport des équivalents réducteurs.
Ces protéines comportent un site réactif pouvant accepter les équivalents réducteurs
(pouvant être réduit). Nomment en 3 types.
Quelle autre molécule joue également un rôle important?

A

Citons:

  • les flavoprotéines
  • les protéines fer-souffre
  • les cytochromes

La coenzyme Q joue aussi un rôle important dans le transport des équivalents réducteurs.

53
Q

Que sont les flavoprotéines?

A

Ce sont des enzymes à co-facteur FMN ou FAD.

54
Q

Que sont les protéines fer-souffre?

A

Protéines qui possède un atome de Fe3+ non hémique dans leur structure, qui sera réduit en Fe2+ au cours du transport d’équivalents réducteurs dans la chaîne respiratoire.

Relié à des serines
Fer2+ = fer ferreux (ca rime: deux et ferreux)
Fer3+ = fer ferrique
Dans corps a surtout du fer 3+ ex: transferrine ou l hème

55
Q

Que sont les cytochromes?

A

Les cytochromes sont des protéines possédant une porphyrine (noyau tétrapyrrole) dans lequel on retrouve généralement un atome de fer, mais parfois un atome de cuivre.

56
Q

Q’est-ce-que la coenzyme Q?

A

La coenzyme Q, ou ubiquinone, est un constituant mobile dans les lipides mitochondriaux qui participe au transport des équivalents réducteurs.

57
Q

Complexe I

A

Pas a retenir: Complexe le plus large de la chaîne
Plus de 40 protéines
Au moins une flavoprotéine et 7 protéines fer-souffre
L’entrée des équivalents réducteurs du NADH + H+ se fait au niveau du complexe I.
Le complexe I oxyde le NADH + H+ en NAD+ et transfert les électrons vers l’ubiquinone.

Retenir: Cette étape s’accompagne d’un pompage de protons de la matrice mitochondriale vers l’espace intermembranaire.

58
Q

Complexe II

A

Aussi impliqué dans le cycle de Krebs
(Complexe II = Succinate déshydrogénase)
Petit complexe ancré à la membrane (ne la traverse pas)
Au moins 4 protéines
Deux types de groupement prosthétique (FAD et fer-souffre)
L’entrée des équivalents réducteurs du FADH2 se fait au niveau
du complexe II.
Le complexe II oxyde le succinate en fumarate (produisant du
FADH2) et réoxyde ensuite le FADH2 en FAD.
Les électrons sont ainsi transférés du FADH2 vers l’ubiquinone

PAS TRANSMEMBRANAIRE DONC AUCUN POMPAGE DE H+

59
Q

Complexe III

A

Complexe dimérique
Chaque monomère possède au moins 11 polypeptides
Contient 3 groupements hème et 1 centre fer-souffre par monomère
À ce stade, l’ubiquinone (Q) a été réduite en
ubiquinol (QH2) par les complexes I ou II.

RETENIR: Le complexe III accepte les électrons de l’ubiquinol et les transfert au cytochrome c.

RETENIR: Cette étape s’accompagne d’un pompage de protons.

60
Q

Complexe IV:

A

Complexe dimérique
Chaque monomère possède 13 polypeptides
Contient deux cytochromes et deux atomes de cuivre
Le cytochrome c migre du complexe III vers le
complexe IV.

RETENIR: Le complexe IV accepte les électrons un à un du cytochrome c et les transfert à l’oxygène moléculaire en bloc de quatre.
C’est la dernière étape de la chaîne respiratoire

RETENIR: Cette étape s’accompagne également d’un pompage de protons.

61
Q

Qu’est-ce que la phosphorylation?

A

La phosphorylation est l’introduction d’un groupement phosphate dans une molécule par formation d’un lien covalent.

62
Q

Le couplage entre la respiration cellulaire (l’oxydation) et la synthèse d’ATP (la
phosphorylation) est ce que l’on nomme ________

A

la phosphorylation oxydative

63
Q

Qu’est ce que la Théorie chimiosmotique de Mitchell

A

Les complexes I, III et IV de la chaîne respiratoire agissent comme des pompes à protons qui expulsent des ions H+ de la matrice vers l’espace intermembranaire.
- Le nombre de protons pompés par chaque complexe n’est pas connu avec certitude.

La membrane interne mitochondriale étant imperméable aux ions, les protons s’accumulent dans l’espace intermembranaire.

Cette accumulation de protons entraîne:

  • Un gradient de pH entre l’espace intermembranaire et la matrice (delta pH)
  • Une différence de potentiel membranaire (delta V)

L’ATP synthase (ou F0F1 ATPase) est une protéine transmembranaire localisée dans la membrane interne des mitochondries.
- La partie F0 est une canal transmembranaire
transporteur de H+.
- La partie F1 ATPase est la sous-unité
phosphorylante.

Les protons dans l’espace intermembranaire retournent dans la matrice en empruntant le canal F0 de l’ATP synthase, ce qui entraîne la synthèse d’ATP par la sous-unité F1.

64
Q

Structure de l’ATP synthase

A

Les sous-unités a et b de la partie F0 sont fixes par rapport à la membrane et sont reliés aux sous-unités epsilon et gamma de F1.
Le cylindre de 12 sous-unités c dans F0
est mobile et il est relié aux sous-unités
epsilon et gamma de F1. L’ensemble forme le rotor.
Lorsque les protons passes à travers la
F0, le cylindre tourne et les sous-unités
beta de F1 changent de conformation au fur et à mesure que la sous-unité gamma s’associe à elles.
C’est ce changement de conformation qui induit la synthèse d’ATP.

(Pas apprendre noms exactes des sous unité – c le concept qui est important
H fait tourner la sous unité membranaire ce qui fait tourner le rotor et engendrer un changement de comformation)

65
Q

Combien y a-t-il de sites de liaison sur l’ATP synthase?

A

Il y a trois site de liaison pour les nucléotides
(À l’interface des sous-unités alpha et beta)
En tournant, la sous-unité gamma occasionne un changement de conformation menant à la synthèse d’ATP

66
Q

Rendement de la phosphorylation oxydative

A

Classiquement, on considère que la phosphorylation oxydative mène à la formation d’ATP avec un rendement de :
3 molécules d’ATP par NADH + H+
2 molécules d’ATP par FADH2

67
Q

Quels sont les facteurs qui influencent la vitesse de la respiration cellulaire? (4)

A

La disponibilité en ADP (rapport ATP/ADP)
- Si la concentration d’ADP augmente, la vitesse de la chaîne respiratoire augmente très rapidement

La disponibilité des substrats

La capacité des enzymes

La disponibilité de l’oxygène
- Oxygénation et circulation sanguine

68
Q

Plusieurs agents chimiques pouvant inhiber de façon spécifique certaines étapes de la chaîne
respiratoire sont connus.
Ce sont évidemment des poisons puisqu’ils bloquent la respiration cellulaire et la production d’ATP.
Donne deux exemplea d’inhibiteus du complexe IV.

A

Inhibiteurs du complexe IV:

  • Cyanure
  • Monoxyde de carbone

(donc empechent le transfert du cytochrome C à l oxygene moleculaire)

69
Q

D’autres molécules empêchent la synthèse d’ATP en faisant quoi?

A

soit en inhibant l’ATP synthase ou en découplant la phosphorylation et l’oxydation.

70
Q

Que sont les agents découplants?

A

Les agents découplants sont des molécules qui permettent aux protons de revenir dans la
matrice mitochondriale sans passer par l’ATP synthase.
Ces produits empêchent la formation d’ATP mais n’affectent pas la respiration cellulaire.

71
Q

Quels sont des exemples d’agents découplants et d’inhibiteurs de l’ATP synthase?

A

Inhibiteurs de l’ATP synthase:
Oligomycine

Agents découplants:
Dinitrophénol

72
Q

Explique le processus de la thermogenèse

A

La présence des graisses brunes est particulièrement abondante chez les animaux capables
d’hibernation et chez les enfants.
- Il en existe peu chez les adultes.

Caractérisées par une grande concentration de mitochondries, leur rôle serait de produire de
la chaleur pour maintenir la température corporelle pendant les périodes de grand froid.

Dans les graisses brunes, il existe une protéine découplante (UCP1) dont le rôle, lorsqu’elle est activée par le froid, est de rendre la membrane interne perméable au protons.
- Il en résulte une consommation d’oxygène sans synthèse d’ATP.

Pour parer à ce gaspillage de réducteurs, le métabolisme serait activé, ce qui provoquerait
un dégagement de chaleur.