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BIOLOGÍA MOLECULAR > IVd. Secueciación de proteínas y cristalografía > Flashcards

IVd. Secueciación de proteínas y cristalografía Flashcards

1
Q

Aportación de Frederick Sanger

A

determinar la secuencia de AA de las cadenas polipeptídicas de la hormona insulina

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Q

Si una proteína se aisla…

A

puede analizarse para encontrar la secuencia de AA que la conforman

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3
Q

Flujo de trabajo

A
  1. extracción de proteínas
  2. separación de las proteínas
  3. procesamiento para secuenciación
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4
Q
  1. extracción de proteínas
A

cuantificacióon

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5
Q
  1. separación de las proteínas
A

SDS PAGE
2D-criterio de pureza- cromatografía de exclusión molecular, de afinidad, de intercambio iónico

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6
Q

Procesamiento para secuenciación

A
  • agentes reductores
    -alquilación de cisteínas
    -hidrólisis
    -digestiones
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7
Q

aliminan los puentes disulfuro

A

agentes reductores

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8
Q

evitar puentes disulfuro

A

alquilación

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9
Q

Qué permite la hidrólisis completa

A

determinar cuales AA están presentes y en qué proporción

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10
Q

Digestiones ondividuales con dos diferentes agentes para obtener…

A

péptidos menos 3KDa
purificación de los fragmentos y secuenciación
determinación de la secuencia global por traslape de los fragmentos individuales

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11
Q

En la especificidad de algunos métodos para la fagmentación de cadenas polipeptídicas, todos son protesas excepto…

A

el bromuro de cianógeno

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12
Q

Dónde puede ocurrir la ruptura

A

en el extremo carboxilo C o en el amino N del aa indicado

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13
Q

Secuenciación de proteínas

A

reacciones para identificar el aminoácido N-t

espectrofotometría de masas

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14
Q

reacciones para identificar el aminoácido N-t

A

sanger
edman

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15
Q

Espectrofotometría de masas

A

MALDI
ESI
MS/MS

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16
Q

Secuenciación de Sanger

A

reactivo 2,4-dinitro-fluoro-fenilo

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17
Q

Degradación de Edman

A

reactivo de Edman: fenilisotiocianato

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18
Q

De dónde se obtiene la feniltiohidantoína

A

del aa N-terminal y queda el resto del péptido intacto

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19
Q

Dónde se empleó la degradación de Edman

A

en secuenciadores automáticos

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20
Q

Los secuenciadores automáticos solo pueden secuenciar…

A

los primeros 40 aa del extremo N-t

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21
Q

Por qué solo se pueden secuenciar 40aa

A

porque el rendimiento de la reacción no es del 100% y se pierde péptido poco a poco, al final no queda nada

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22
Q

En la degradación de Edman, se puuede hidrolizar la proteína original y…

A

realizar la secuenciación de cada fragmento por separado

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23
Q

En el perfil de alución de los PTH-aa

A

entre + pico, hay + aa

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24
Q

Se origina cuando la secuencia de la proteína es cortada

A

un péptido específico

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25
Q

Los valores exactos del conjunto de las masas moleculares de los péptidos es…

A

la representación única de la estructura primaria de una determinada proteína

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26
Q

Espectro de masas

A

información BIDIMENSIONAL que representa la abundancia de los diferentes tipos de iones en función de la relación masa/carga

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27
Q

Qué evidencia el espectro de masas

A

la relación masa/carga de los péptidos analizamos y se convierte en una huella digital de la proteína analizada

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28
Q

Si la muestra inicial analizada no esta constituida únicamente de una sola proteína sino de una mezcla…

A

permite identificar cuales serían esas proteínas que conforman la mezcla

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29
Q

Espectrofotometría de masas

A

ionización de los componentes de la muestra en fase gaseosa

30
Q

Separación de las especies iónicas resultantes de acuerdo a su…

A

relación masa/xarga eléctrica utilizando campos electromagnéticos en el vacío

31
Q

La espectrofotometría de masas permite…

A

deducir la masa de la molécula con mucha precisión

32
Q

m/z no se podía aplicar para…

A

macromoléculas ya que el calentamiento para transitar a fase gaseosa las descomponía

33
Q

Componentes básicos de la espectrofotometría de masas

A

sistema de ionización
analizador de masas
detector de iones

34
Q

Sistema de ionización

A

vaporización e ionización a partir de moléculas NEUTRAS

35
Q

Analizador de masas

A

separación de los iones en función de su relación masa/carga

36
Q

Deterctor de iones

A

detección de los iones formados y registro adecuado de la información

37
Q

MALDI

A

muestras ne fase sólida

38
Q

MALDI fases

A

1.irradiación
2.disrupción
3.ionización y desolvación

39
Q

ESI

A

muestras en fase líquida

40
Q

Analizadores de masas

A

TOF
TOF-TOF
Trampa de iones tridimensional
Q

41
Q

TOF

A

La muestra de iones se acelera antes de entrar al tubo de tiempos de vuelo

42
Q

en TOF, para una energía determinada, los iones pesados…

A

se deslizan lento, el tiempo que tardan en atravesar el tubo nos dice su masa

43
Q

TOF-TOF

A

se puede abrir y cerrar rápidamente la compuesta de paso entre el primer tubo y el TOF tube

44
Q

En el TOF-TOF, el aislamiento …

A

no funciona cuando es espectro demasiado congestionado

45
Q

Trampa de iones

A

iones atrapados aplicando una radiofrecuencia en la dirección radial y un potencial continuo repulsivo en lente de salida

46
Q

Cómo salen los iones de la trampa

A

por un voltaje auxiliar

47
Q

Quadrupolo

A

cuatro barras matálicas de sección circular o hiperbólica, rectas y paralelas

48
Q

En Quadrupolo, por pares alternos…

A

se aplica un potencial constante V que origina un movimiento lateral iscilante de los iones

49
Q

Funciona como un verdadero filtro de masas

A

Qudrupolo

50
Q

Arreglos MALDI

A

TOF

51
Q

Arreglos ESI

A

Q
trampa de iones

52
Q

MS/MS

A

dos espectrómetros en tandem

53
Q

Detección de iones e interpretación

A

se detecta el flujo iónico, se amplifica y se transmite a la computadora

54
Q

En el eje abscisas (X)

A

la masa de los iones

55
Q

En el eje de las ordenadas (Y)

A

la intensidad (abundancia)

56
Q

El espectro de masas evidencia…

A

el número de componentes en la muestra y el peso molecular de cada componente

57
Q

Cristalografía de rayos X

A

para determinar la estructura TRIDIMENSIONAL de una macromolécula mediante análisis del patrón de difracción de los rayos X por un compuesto cristalino

58
Q

La cristalografía de rayos X determina…

A

la separación de los átomos de una red cristalina midiendo ubicaciones de manchas producidad en una película fotográfica

59
Q

Resolución de forma general

A

distancia mínima a la cual el equipo puede mostrar dos puntos como entidades separadas

60
Q

De qué depende la resolución

A

de la longitus de onda de la luz

61
Q

A menor longitud de onda de la luz…

A

mayor resolución

62
Q

Un haz de luz de una longitud de onda determinada no puede utilizarse para…

A

examinar detalles estructurales más pequeños que su propia longitud de onda

63
Q

El espectro electromagnético lo podemos ver entre

A

400 - 750 nm

64
Q

Los rayos X tienen longitudes de onda comparables a las…

A

distancias atómico-moleculares a 10 picómetros

65
Q

Se producen al someter una carga eléctrica a una aceleración

A

rayos X

66
Q

Cómo es la emisión de los e de la macromolécula

A

en todas direcciones

67
Q

Interferencia constructiva

A

en la pantalla aparece una mancha

68
Q

Interferencia destructiva

A

en la pantalla NO hay señal

69
Q

La amplitus de onda aumenta cuando…

A

se encuentran en fase

70
Q

Regiones brillantes

A

interferencias constructivas

71
Q

Regiones oscuras

A

interferencias destructivas

72
Q

Las distancias de las manchas son…

A

inversamente proporcional a las distancias en la red real

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