Características de DNA Flashcards
Cómo están formados los ésteres
por un ácido y un alcohol
Cómo se agrupan las moléculas de agua polares
alrededor de iones y moléculas polares
Punto de fusión NaCl
801°
Energía de un enlace puente de hidrógeno
energía = 1/20 de un enlace covalente
Diferencias en la electronegatividad atómica origina:
-distribución electrónica asimétrica
-polaridad molecular
Longitud de un enlace de hidrógeno
0.28 nm
Longitud de un enlace covalente
0.104 nm
Longitud de un enlace O-H
puente de hidrógeno
0.176 nm
Qué son las bases
compuestos cíclicos con N, ya sean purinas o pirimidinas
Nucleósido
base + azúcar
Nucleótido
base + azúcar + fosfato
Por qué los números de los carbonos del azúcar se designan como “prima”
porque el anillo de la base nitrogenada también se enumera
Principal nucleótido existente en las células
ATP
Qué transporta el ATP
energía en sus enlaces anhídrido de ácido
Qué es el fosfato inorgánico
Ión estable formado a partir del ácido fosfórico H3PO4
Cómo se forma un ester de fosfato
alcohol + fosfato
Cómo se forma un anhídrido ácido
ácido carboxílico + fosfato
Cómo se forma un anhídrido ácido
fosfato + fosfato
Cómo se lleva a cabo la polimerización
en el extremo 3’ a partir de dNTPs no así de dNDPs o dNMPs
Qué parte porta la sal
en O-
Qué parte porta el ácido
el H+
En qué consiste el modelo de Pauling y Corey
en 3 cadenas entrelazadas, con los fosfatos cerca del eje de axil y las bases hacia afuera
En el modelo de Pauling y Corey…
-material que daba los rayos X es la sal, no el ácido
-algunas fuerzas de Van Der Waals parecen ser muy cercanas
-el contenido de agua es muy alto
2 átomos muestran una débil interacción de enlace debido a
sus cargas electrónicas fluctuantes
2 átomos se repelen si se acercan demasiado
verdadero
Átomos se atraen hasta que…
la distancia iguala la suma de sus radios
Las bases en la estructura ocurren de mejor manera en…
ceto que en enol
Regla de Chargaff
la proporción de purinas es igual a la de pirimidinas
adeninas=timinas
citocinas=guaninas
Es probablemente imposible construir esta estructura con _________ en lugar de _____________
ribosa
desoxirribosa
En qué consiste cada cadena
grupo fosfato diéster unidos por medio de enlaces 3´5´ a la B-D-deoxyribofuranosa
Porqué las cadenas corren en direcciones opuestas
por la díada (par de bases) que las relaciona
2 cadenas helicoidales…
cada una enrrollada en su propio eje
El azúcar es…
aproximadamente perpendicular a la base a la que se une
Cómo se encuentras los fosfatos y las bases
fosfatos-exterior
bases-interior
Los planos de las bases son…
perpendiculares al eje de la fibra
Cómo debe de ser la unión entre las bases para que haya unión
purina+pirimidina
Un residuo en cada cadena cada…
3.4 A
Un ángulo de_______ entre residuos adyacentes en la misma cadena, de modo que la estructura se repita después de ________ residuos en cada cadena, es decir, después de _______
36º
10
34A
El DNA es una molécula muy…
flexible
La confromación de un nucleótido se ve afectada por la…
rotación de diferentes enlaces
Cuántos enlaces rotan libremente
6
En qué conformación se encuentran estables las pirimidinas
solo en la anti
Conformación más común que adopta el ADN
doble hélice dextrógira
Forma del DNA más estable en condiciones fisiológicas
la forma B
Conformación A
doble hélice dextrógira más ancha que la B
Pares de bases por vuelta de la A
11
Ángulo de las bases con respecto al eje de la hélice está más desplazado que en B
conformación A
20°
Cómo son los surcos en A
surco mayor es más estrecho y profundo
surco menor es menos profundo
El DNA tiende a cristalizar así
corformación A
Conformación Z
doble hélice levógira más delgada y alargada que B
Pares de bases por vuelta en Z
12
Tiene apariencia de zigzag
conformación Z
Lugares donde encontramos corformación Z
en segmentos ricos en CGs o en los que las bases han sido modoficadas por metilación
Las purinas en conformación … alternando con pirimidinas en conformación ….
syn
anti
Como son los surcos en Z
surco mayor es poco aparente
surco menor es más angosto y profundo
Sentido de las hélices en las 3 conformaciones
A: derecha
B:derecha
Z:izquierda
Diámetro de las 3 formas
A: 26 A
B: 20A
Z:18A
Número de pares por vuelta en la 3
A: 11
B:10.5
Z:12
Conformación del enlace glucosídico en las 3
A: anti
B:anti
Z:anti pirimidinas y syn purinas
Qué producen 4 adeninas seguidas
curvatura moderada, seis adeninas curvan 18°
Qué son las regiones palindrómicas
secuencias de ácidos nucleicos bicatenarios con simetría doble
Que son las regiones repetidas en espejo
secuencia simétrica dentro de cada cadena
Las regiones palindrómicas de unas pocas o hasta de miles de bases pueden formar:
horquillas y estructuras cruciformes
