HC. 3 - Cytogenese en afwijkingen Flashcards
Waarom wil je chromosomale afwijkingen ontdekken bij leukemie?
- Ze belangrijk zijn voor diagnose
- Ze je wat kunnen vertellen over de prognostische score
- Van sommige afwijkingen weten artsen in hoeverre het effect gaat hebben op bepaalde therapie (zoals chemo)
- Afwijkingen geven ons inzichten in de epidemiologie van leukemie en hoe we deze patiënten moeten behandelen.
Wat is cytogenetica?
Zaken die te maken hebben met lokalisatie van chromosomen, erfelijke eigenschappen in de celkern en overdracht erfelijke materiaal
Verband chemo en cytogenetica?
Cytogenetica kan respons van chemo voorspellen
Verschil genetica en cytogenetica?
Cyto: chromosomaal ingezoomd
Genetica: DNA ingezoomd
Wat is er te zien bij 50% vd patienten met AML in hun chromosomen?
Geen afwijking, normale karyotype
Hoe kun je chromosomale afwijkingen detecteren en identificeren?
- Klassieke cytogenetica banderingstechnieken
- Moleculaire cytogenetica:
- FISH (Fluorescente In Situ Hybridisatie)
- Array (SNP array) - Moleculair diagnostiek
- RQ-PCR
- Q-PCR
- Sequencing
Waarom is beenmerg de voorkeur bij kweken van materiaal voor cytogenetisch materiaal?
Naast stamcellen zitten er hier ook voorloperscellen in
Wat heb je nodig om karyotypering te kunnen uitvoeren?
Delende cellen, en de enige moment dat de chromosomen goed zichtbaar zijn in de kern is de metafase
Hoe werkt het kweken van materiaal om te kijken naar de bandering/kleuren?
- bloed/beenmerg met blasten kweken met of zonder groeifactoren
- Kweken 1-2 dagen
- Mitoseremmer geven (colecemid)
- Hypotone oplossing (zodat kernmembraan oplost) en fixeren
- Cel op glaasje laten vallen en banderen/ kleuren.
Welke 3 banderingen zijn er?
G-bandering= helderveld microscopie
R-bandering= fluorescerende, reverse bandering
Q-bandering= fluorescerende, quinquina mosterd: kleurt oranje
Waar bestaat een chromosoom normaal gesproken uit?
Een centromeer met daarbij boven een korte arm (p-arm) en daar onder een lange arm (q-arm)
Welke chromosomen hebben in principe geen korte arm?
Chromosoom 13 14 15 20 en 21, maar hebben op deze plek een repetitieve DNA sequentie voor het ribosomale DNA. Dus als hier een mutatie komt is dit geen probleem, wamnt er zijn op meerdere plekken deze DNA sequentie beschikbaar
Welke 2 soorten chromosomale afwijkingen zijn er?
- Numerieke (winst en verlies)
- Structurele afwijkingen
Welke structurele chromosomale afwijkignen zijn er?
- Gebalanceerd
Translocatie:
Inversie: Paracentrisch: stuk chromo 180 graden gedraaid en Pericentrisch: binnen chromo, stukje p naar q-arm en vice-versa - Niet-gebalanceerd
Deletie: terminaal of interstitieel
AMplificatie: duplicaie
Niet-gebalanceerde translocatie:
Genmutatie: basepaar niveau
Hoe wordt een karyogram beschreven?
Eerst chromosoom aantal, dan geslacht en aan het eind de bijzonderheden, zoals:
45, XY, -7 [10]
45 chromosomen, man, verlies van een chromosoom in 7, dus -7 en dit is gedetecteerd in 10 andere cellen, vandaar [10]
Slechte risico afwijkingen bij AML?
- Wanneer slechte prognose bij AMl in een complex karyotype?
- Wanneer bij monosomaal slechte surival?
- overig
- bij meerdere afwijkingen
- bij verlies 2 autosomen (2 monosomieen) OF 1 autosoom (monosomie) & een structurele afwijking
- als onbekende afwijking is
Hoe werkt FISH (fluorescence in situ hybridization)
- Methode om mutaties zichtbaar te maken
- Techniek met specifieke target, dus bv p53 op het chromosoom 17
- werkt dmv verhitting
- 2 soorten FISH:
Metafase (gekweekte en delende) vs Interfase (slecht delen)
Voordelen FISH?
- Detectie microdeleties
- Breukpunt detectie
- Detectie cryptische translocaties en complexe genoom veranderingen
- Snelle diagnostische detectie in interfase
- Demonstratie van klein hvlheid afwijkende cellen
Nadelen FISH?
- Gelimiteerde sensitivteit
- Je vindt alleen wat je zoekt, heel erg specifiek zoeken
- Beperkte target locaties om te onderzoeken
Wat zijn fusie-probes?
Manier om translocaties aan te tonen, normaal zijn er 2x rood en 2x groen. Bij translocatie is het dan geel. Het gele heet dan een fusie-signaal
Hoe kan er false positive zijn bij fusie-probes?
Door 3d structuur DNA kan groen en rood op elkaar liggen en onterecht geel maken, drm belangrijk om in genoeg kernen te kijken
Wat is een probe uberhaupt?
Probe wordr gebruikt om te bepalen of een stuk DNA wel aanwezig is in patient
Wat zijn break-apart probes?
Probes wnr er geen translocatie is zie je 2 fusies, en als er wel transloca is zie je 1 fusie met ook rood en groen signaal
Is bij ziekte MM (multiple myeloom) chromosomaal onderzoek makkelijk of moeilijk?
Moeilijk
Waarom is bij MM chromosomaal odnerzoek moeilijk?
Dit komt onder
andere door het lage percentage afwijkende cellen in het beenmergaspiraat en omdat de afwijkende
cellen zich nauwelijks delen onder de omstandigheden in het laboratorium. Het aantal
chromosoomafwijkingen is daardoor ook vaak niet zichtbaar.
Om toch wat te kunnen onderzoeke bij MM moet je?
Om toch iets hierover te kunnen zeggen, is daarom een hoger percentage plasmacellen nodig. Het monster moet bovendien gezuiverd worden. Dit gebeurt door het lyseren van alle erytrocyten in het mengsel en de isolatie van plasmacellen met anti-CD138.W
Wat is SNP-arraytechniek?
Methode om meerdere doelwitgenen te bestuderen, terwijl FISH slechts 1 target per keer kan kijken, kan SNP-array wel 850.000 targets tegelijk bekijken
Hoe heten de targets bij SNP-array?
SNP’s
Wat is specifiek alleen te vinden bij FISh en alleen bij SNP-array?
FISH: translocaties
SNP-array: LOH (loss of hetrozygositeit)
