!! Génomique (traits complexes) COMPLET Flashcards
Un trait complexe est-il polygénique ou monogénique?
Polygénique
V ou F
Il y a un spectre des maladies (et leur causes)
Vrai
Dans le spectres de la maldie, les traits compkxes se situent à mi chemin entre quoi et quoi?
Entre les traits 100% mendéliens et les traits 100% environementaux
Dans quel cas est-ce que les gène mène directement à la maladie?
Une maladie mendélienne ou dit “gène casual”
Dans quel cas le mode de transmission d’une maladie est il identifiable?
Une maladie mendélienne ou dit “gène casual”
Es-ce que les maladie mendélienne ou dit “gène causal” sont rares ou communs?
Rares (6 000+ maladies dont 50 d’entre elles causent 80% des maladies courantes)
Qu’est ce qui est défini comme “gène modifiant le risque, sans mener directement à la maladie” ?
Maladie complexe ou gène de susceptibilité
Quel est “l’origine” des maladies communes dans la population (ex cancer, troubles cardiovasculaires etc)?
Maladie complexe ou gène de susceptibilité
Quel ratio de garçons nés développant la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD)?
1 malade / 3 500 mâles nés
Quel ratio de nés développant la fibrose kystique (CFTR)?
1 malade / 2 000 naissances
Quel ratio de filles nés développant le cancer du sein héréditaire (BRCA1)?
1 femme / 9
________ gènes + ___________ = maladie
Plusieurs gènes + enviroennement = maladie
5 exemples de maladies complexes
- Cardiovasculaire
- Diabète
- Asthme
- Déficiences mentales
- Cencer
Les familles permettent de faire des _____ ______.
Ceci à un ______ impact et représente une _____ fréquence des cas.
Les familles permettent de faire des LIAISONS GÉNÉTIQUES.
Ceci à un GRAND impact et représente une BASSE fréquence des cas.
Les populations permettent de faire des _____ ______.
Ceci à un ______ impact et représente une _____ fréquence des cas.
Les populations permettent de faire des ÉTUDES D’ASSOCIATIONS.
Ceci à un BAS impact et représente une GRANDE fréquence des cas.
Quelle taille de famille est meilleur pour faire un suivi sur une maladie de type mendélienne?
Grandes familles
_________________ = L’utilisation des familles pour suivre la coségrégation de la maladie et des variantes génétiques particulières.
Analyse de liaison (linkage)
_______________ = Détection d’une association entre variantes génétiques et la maladie à travers des familles.
Étude d’association
L’étude d’association est plus approprié pour une étude de quoi?
Maladies complexes
Les études d’associations on 3 designs. Que sont-ils?
- Cas contrôle
- Cohorte
- Familial (trio parental : père-mère-enfant atteint : TDT)
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Libre d’hypothèse (mode découverte)
PANGÉNOMIQUE
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Basée sur une hypothèse
GÈNE CANDIDAT
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Coute cher : grand besoin en génotypage
PANGÉNOMIQUE
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Plusieurs faux positifs, peu de cibles sont manqués
PANGÉNOMIQUE
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Coute moins cher, petit besoin en génotypage
GÈNE CANDIDAT
Étude d’association : PANGÉNOMIQUE ou GÈNE CANDIDAT?
-> Moins de faux positifs, certaines cibles manqués
GÈNE CANDIDAT
V ou F
Les maladies commune portent aussi des variantes communes
Vrai
C’est le “Common disease common variants theory” (CDCV)
Maladie commune est attribuable à des variantes alléliques présentes à + de ____% de la population
5%
Si la modification d’un gène apporte une modification quantitative (dans la région régulatrice), on parle alors quoi?
Un polymorphisme fonctionnel
Si la modification d’un gène apporte une modification qualitative (dans la région codante), on parle alors quoi?
Un polymorphisme fonctionnel
Si la modification d’un gène apporte une modification en désiquilibre de liaison avec le polymorphisme fonctionnel non identifié on parle alors quoi?
Un polymorphisme non fonctionnel (marqueur)
Qu’est ce qu’une étude d’association?
Étude des maladies complexes en comparant cas et contrôles
Qu’est ce que le principe d’une analyse pan-génomique (type GWAS)?
- Besoin de 30 000 à 1M SNPs pour couvrir génome
- Association entre un (ou des) SNP et allèle causant la maladie= niveau de déséquilibre de liaison
Étapes de stratégie pour étude pangénomique (GWAS)?
Échantillons (cas contrôles)
Génotypage avec chips commerciaux
Analyse statistique pour chaque SNP et valeur p
Trouver les gènes avec forte association
Erreurs fréquentes dans les études d’association
- Taille petit échantillons
- Analyses multiples
- Mauvais groupe “contrôle”
- Pas réplication
- Surinterprétation des résultats
- Biais positif de publication
Comment caractérisé la contribution des variants rares… (3)
- Séquencage ciblé du génome
- Génotypage des variants communs et rares identifiés précédemments
- Études du génom entier
State of the art outils aujourd’hui…
Séqunceage de nouvelle génération
Étude pangénomque (GWAS)
