Épidémio intra Flashcards
Lors de l’épidémie de choléra survenue à Londres en 1854, William Farr présente ce tableau afin de prouver que les miasmes sont la cause des morts. Quelle information cruciale est manquante dans le tableau, limitant l’interprétation des données?
a. La date exacte de survenue des mortalités
b. Le nombre de personnes à risque
c. L’âge des personnes malades
d. Aucune de ces réponses
b. Le nombre de personnes à risque
Le nombre de personnes à risque permet de tenir compte de l’influence de la taille de la population sur le nombre de mortalité, en calculant par exemple le taux de mortalité par 1000 personnes à risque. Cela permet d’avoir un indicateur permettant de comparer la mortalité selon l’élévation. L’âge des personnes malades et la date exacte de survenue des mortalités sont pertinents pour décrire l’épidémie, mais ne permet pas de répondre à la question de l’association avec les miasmes.
John Snow - une histoire de choléra
Quelle était la source la plus probable de contamination à cette pompe?
a. Une couche de bébé souillée
b. Une infiltration d’eau entre les égouts et la pompe
c. Un puits de surface
d. Toutes ces réponses
d. Toutes ces réponses
John Snow - une histoire de choléra
Quel breuvage a permis de prévenir plusieurs cas de choléra?
a. De la bière
b. Du lait de chèvre
c. Du whisky
d. Du thé anglais (avec un nuage de lait)
a. De la bière
Eh oui! La pompe contaminée était située près d’une fabrique de bière employant plusieurs personnes, et ces personnes buvaient principalement cette bière, qui n’était pas contaminée.
Au Canada, Campylobacter est la cause la plus fréquente de gastro-entérite bactérienne aiguë chez l’humain. Cette bactérie zoonotique se transmet principalement par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés, la viande de volaille insuffisamment cuite représentant une source importante, ou par contact direct avec des animaux infectés. Toutefois, certains auteurs ont émis l’hypothèse que la transmission de la bactérie par la mouche domestique serait une cause non négligeable d’infections chez l’humain. Voici un passage tiré d’un article scientifique à ce sujet :
“Shigella is a strict human pathogen, while the major source of Campylobacter is the faeces of both humans and animals such as chickens, cattle and pigs, which are often kept in close proximity of humans. Stanley and Jones have previously shown the importance of cattle and sheep farms as reservoirs of Campylobacter. Campylobacter is also common in the droppings from wild birds, and ubiquitous in the environment. Campylobacter spp have been isolated from sewage contaminated water, contaminated soil and aquatic sediments, and in sand from bathing beaches. There are therefore likely considerably more Campylobacter than Shigella in the close vicinity of humans. Since flies have been shown to be an important mechanical vector of shigellosis, it would be surprising if they could not also be so for campylobacteriosis. Direct transmission from the soil could probably account for some of the cases in children, but less likely for adult cases.”
Parmi les critères de causalité de Hill suivants, lequel est utilisé par les auteurs pour supporter la causalité entre l’exposition aux mouches et la campylobactériose?
a. Force d’association
b. Gradient biologique
c. Analogie
d. Temporalité
c. Analogie
En décrivant les connaissances acquises sur la shigellose et en faisant des comparaisons avec la campylobactériose, l’auteur utilise l’analogie. Voici des exemples fictifs pour illustrer les autres critères:
Force d’association: L’exposition à des mouches est associée à 20 fois plus de risque de développer une campylobactériose.
Temporalité: La campylobactériose survient quelques jours après l’exposition à des mouches contaminées.
Gradient biologique: Plus le nombre de mouches est élevé, et plus le risque de campylobactériose est augmenté.
Une étude a été réalisée afin d’estimer les performances d’un test diagnostique (T) pour le diagnostic d’une maladie (M). La distribution des résultats positifs (+) et négatifs (-) est présentée dans le tableau suivant.
a. Quelle est la sensibilité du test en % (par ex., 10) ?
b. Quelle est la spécificité du test en % (par e bb x., 10) ?
a. 100 %
La sensibilité est la proportion d’animaux malades détectés par le test. Dans ce cas, nous avons 40 animaux malades, est les 40 sont détectés par le test, ce qui donne une sensibilité de 40/40=100%. Il faut toujours porter attention au sens du tableau. Certains auteurs mettent en colonnes le statut réel de l’animal alors que d’autres utilisent les rangées; il n’y a pas de convention.
b. 90 %
La spécificité est la proportion d’animaux sains qui reçoivent un test négatif. Dans ce cas, nous avons 100 animaux sains, est 90 ont un test négatif, ce qui donne une spécificité de 90%. Il faut toujours porter attention au sens du tableau. Certains auteurs mettent en colonnes le statut réel de l’animal alors que d’autres utilisent les rangées; il n’y a pas de convention.
Vous travaillez en pratique des petits animaux dans une région fortement à risque pour le ver du coeur. Un test de dépistage annuel est recommandé à tous les clients propriétaires d’un chien. Vous avez accès à un test sérologique rapide qui possède une sensibilité de 76% et une spécificité de 97%. La prévalence moyenne de chiens atteints du ver du cœur est de 5%. Environ 400 chiens sont testés chaque année à votre clinique.
Veuillez remplir le tableau 2x2 à partir des informations fournies dans l’énoncé.
Combien de tests erronés prévoyez-vous obtenir en moyenne par année (arrondir à l’unité)?
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Voici une illustration des distributions des populations saine et malade en fonction de leur réponse à un test continu (ex. température corporelle), ainsi que le seuil choisi pour l’interprétation.
a. À combien estimez-vous la sensibilité (approximativement)?
b. À combien estimez-vous la spécificité de ce test (approximativement)?
c. Si vous déplacez légèrement le seuil vers la gauche, quel sera l’impact sur la sensibilité?
d. Quel sera l’impact de ce changement de sensibilité sur la spécificité?
1) Augmentation équivalente de la spécificité
2) Augmentation non-équivalente de la spécificité
3) Réduction équivalente de la spécificité
4) Réduction non-équivalente de la spécificité
5) Aucun impact sur la spécificité
a. La sensibilité est la proportion d’animaux qui recevront un test positif parmi tous ceux qui sont malades. Dans ce cas, il s’agit de la proportion de l’aire sous la courbe jaune située à droite du seuil, soit environ 50%.
b. La spécificité est la proportion d’animaux qui recevront un test négatif parmi tous ceux qui sont sains. Dans ce cas, il s’agit de la proportion de l’aire sous la courbe hachurée située à gauche du seuil, soit environ 95%.
c. En déplaçant le seuil vers la gauche, une plus grande proportion de l’aire sous la courbe jaune, représentant les animaux malades, recevra un test positif. Il y aura donc une augmentation de la sensibilité.
d. En déplaçant le seuil vers la gauche, une moins grande proportion de l’aire sous la courbe hachurée, représentant les animaux sains, recevra un test négatif. Cela se traduira par une réduction de la spécificité. Toutefois, étant donné la forme la courbe, cette réduction de spécificité sera moindre que le gain de sensibilité. -> 4)
Un collègue désinfecte un bâtiment où il y avait des porcs infectés par le virus du syndrome respiratoire et reproducteur porcin (SRRP), une maladie causant des pertes économiques majeures pour l’industrie. Pour s’assurer d’une bonne désinfection, il soumet à la PCR (détection de l’ARN viral) un prélèvement de l’environnement et obtient un résultat positif. Il vous dit qu’il a des doutes sur ce résultat, car la PCR est trop sensible.
Que lui répondez-vous?
a. Un test diagnostic ne peut pas être trop sensible
b. Ce test pourrait plutôt manquer de spécificité pour la détection d’un virus vivant
c. Les tests diagnostiques sont souvent imparfaits
d. Toutes ces réponses
d. Toutes ces réponses
Un test diagnostique ne peut pas être trop sensible (en fait, la situation idéale est d’avoir un test sensible à 100%). Dans ce cas, le test pourrait plutôt manquer de spécificité si la PCR ne permet pas de faire la distinction entre un virus vivant et mort. En effet, nous pouvons déduire ici que le statut réel recherché est la présence de contamination environnementale par un virus vivant à risque d’infecter les porcs.
Vous partez en mission dans un pays en voie de développement avec Vétérinaires sans frontières. Vous travaillez surtout avec des moutons, et vous soupçonnez d’importants problèmes d’haemonchose, un parasite hématophage se localisant dans la caillette. Votre seul test diagnostique disponible pour cette condition est une mesure indirecte de l’hématocrite (évaluation visuelle de la muqueuse de l’œil). Voici ce que vous trouvez dans la littérature (situation fictive).
Pour chacun des énoncés suivants, veuillez indiquer quel seuil (A, B, C ou D) devrait être choisi pour interpréter le résultat.
a. Pour vous, l’important est surtout de limiter le traitement aux moutons réellement malades, car la moitié de vos réserves d’anthelminthiques n’ont pas réussi à passer les douanes
b. Ce seuil permet de maximiser la spécificité du test.
c. Pour les éleveurs de la région, perdre un mouton représente une très grande perte, nettement supérieure au coût du traitement.
d. Pour vous, le risque de contribuer au développement de résistance aux anthelminthiques en traitant des animaux non affectés par le parasite est équivalent aux conséquences pour une famille de perdre un animal affecté qui n’a pas été traité.
e. Avec ce seuil, il n’y aura aucun faux positif.
a. Le seuil A permet de traiter uniquement des animaux malades (spécificité de 100%). Toutefois, pratiquement la moitié des animaux malades ne seront pas considérés positifs par le test et ne seront donc pas traités.
b. Avec le seuil A, la spécificité du test sera de 100%. Tous les animaux sans haemonchose (courbe hachurée) recevront un test négatif.
c. Le seuil D permettra de maximiser la sensibilité, pour détecter un maximum d’animaux malades. Toutefois, cette sensibilité de presque 100% se traduira par un grand nombre d’animaux sains qui seront également traités.
d. Le seuil B représente le meilleur compromis entre la sensibilité et la spécificité (c’est-à-dire qu’il s’agit du seuil permettant d’avoir des valeurs similaires pour la sensibilité et la spécificité).
e. Le seuil A permet d’obtenir une spécificité d’environ 100%, se traduisant en une absence de tests faussement positifs.
La lymphadénite caséeuse est une maladie causée par la bactérie Corynebacterium pseudotuberculosis. Elle est caractérisée par le développement d’abcès externes et internes. Une étude a comparé deux tests ELISA pour son diagnostic chez les moutons (Binns et al). Les animaux considérés comme réellement positifs présentaient tous des abcès positifs en culture pour Corynebacterium pseudotuberculosis. Les animaux considérés comme réellement négatifs provenaient de 4 troupeaux fermés n’ayant jamais eu de cas diagnostiqué de lymphadénite caséeuse. La courbe ROC suivante illustre les résultats. Chaque point de ces deux courbes correspond à une valeur seuil différente de dilution du test ELISA utilisé pour classifier les animaux séropositifs (test +) et séronégatifs (test-).
a. En fixant le seuil pour obtenir une spécificité de 100%, quelle sensibilité maximale peut être obtenue (approximativement) avec le test IgG?
b. En fixant le seuil pour obtenir une sensibilité de 100%, quelle spécificité maximale peut être obtenue (approximativement) avec le test K67?
c. Globalement, quel test est le plus performant pour le diagnostic de la lymphadénite caséeuse basé sur ce graphique?
a. Selon le graphique, la sensibilité maximale sera d’environ 80% pour le test IgG pour une spécificité fixée à 100%.
b. Une spécificité maximale d’environ 53% pourra être obtenue avec le test K67 en fixant sa spécificité à 100%.
c. Le test IgG possède la plus grande aire sous la courbe, soit 98.7%.
Le test californien de la mammite (CMT) est un test rapide permettant d’évaluer le niveau de cellules somatiques dans le lait. Il s’agit en fait d’un détergent avec indicateur de pH. Le détergent, lorsque mélangé à du lait, brise la membrane cellulaire des leucocytes et libère l’ADN, formant un gel dont la consistance sera influencée par le nombre de cellules. Une étude vise à évaluer la capacité de détecter les infections intra-mammaires chez les brebis (races de boucherie) avec le CMT utilisé à la ferme. La sensibilité et la spécificité du CMT sont évaluées en utilisant la culture bactériologique du lait comme test de référence. Le CMT peut prendre 4 valeurs différentes selon l’intensité de la réaction (0, 1+, 2+, 3+).
Un échantillon de lait est prélevé chez un total de 550 brebis en lactation choisies au hasard, puis ces prélèvements sont testés avec le CMT et soumis en bactériologie pour culture. Voici les résultats:
a. Parmi les 550 brebis, combien ont une infection intra-mammaire selon le résultat de la culture?
84
Le test californien de la mammite (CMT) est un test rapide permettant d’évaluer le niveau de cellules somatiques dans le lait. Il s’agit en fait d’un détergent avec indicateur de pH. Le détergent, lorsque mélangé à du lait, brise la membrane cellulaire des leucocytes et libère l’ADN, formant un gel dont la consistance sera influencée par le nombre de cellules. Une étude vise à évaluer la capacité de détecter les infections intra-mammaires chez les brebis (races de boucherie) avec le CMT utilisé à la ferme. La sensibilité et la spécificité du CMT sont évaluées en utilisant la culture bactériologique du lait comme test de référence. Le CMT peut prendre 4 valeurs différentes selon l’intensité de la réaction (0, 1+, 2+, 3+).
Un échantillon de lait est prélevé chez un total de 550 brebis en lactation choisies au hasard, puis ces prélèvements sont testés avec le CMT et soumis en bactériologie pour culture. Voici les résultats:
b. Quelle est la sensibilité et la spécificité du CMT pour détecter la présence d’infection intra-mammaires (IIM) dans cette population aux différents seuils d’interprétations possibles en clinique? Pour vérifier votre réponse, veuillez indiquer la sensibilité du test au seuil d’interprétation ≥ 2+ pour définir un CMT +, en arrondissant à l’unité près.
Sensibilité: (9+15) / 84 = 28.6%
Spécificité: (400 + 31) / 466 = 92.5%
Le test californien de la mammite (CMT) est un test rapide permettant d’évaluer le niveau de cellules somatiques dans le lait. Il s’agit en fait d’un détergent avec indicateur de pH. Le détergent, lorsque mélangé à du lait, brise la membrane cellulaire des leucocytes et libère l’ADN, formant un gel dont la consistance sera influencée par le nombre de cellules. Une étude vise à évaluer la capacité de détecter les infections intra-mammaires chez les brebis (races de boucherie) avec le CMT utilisé à la ferme. La sensibilité et la spécificité du CMT sont évaluées en utilisant la culture bactériologique du lait comme test de référence. Le CMT peut prendre 4 valeurs différentes selon l’intensité de la réaction (0, 1+, 2+, 3+).
Un échantillon de lait est prélevé chez un total de 550 brebis en lactation choisies au hasard, puis ces prélèvements sont testés avec le CMT et soumis en bactériologie pour culture. Voici les résultats:
c. Parmi les courbes ROC suivantes, laquelle illustre le mieux la performance de ce CMT chez les brebis?
La courbe B est la bonne réponse. Les points sur cette courbe correspondent aux valeurs pairées de sensibilité et de spécificité pour chaque seuil d’interprétation, calculés à la question précédente. Les seuils ≥0+ et >3+ sont ajoutés pour la représentation graphique, même si ces seuils n’ont pas d’intérêt clinique.
À partir de ce tableau, les performances du CMT au seuil ≥ 1+ peuvent être calculées:
Sensibilité: (7 + 9 + 15) / 84 = 36.9%
Spécificité: 400 / 466 = 85.3%
À partir de ce tableau, les performances du CMT au seuil ≥ 2+ peuvent être calculées:
Sensibilité: (9+15) / 84 = 28.6%
Spécificité: (400 + 31) / 466 = 92.5%
À partir de ce tableau, les performances du CMT au seuil ≥ 3+ peuvent être calculées:
Sensibilité: (15) / 84 = 17.9%
Spécificité: (400 + 31 + 22) / 466 = 97.2%
Le test californien de la mammite (CMT) est un test rapide permettant d’évaluer le niveau de cellules somatiques dans le lait. Il s’agit en fait d’un détergent avec indicateur de pH. Le détergent, lorsque mélangé à du lait, brise la membrane cellulaire des leucocytes et libère l’ADN, formant un gel dont la consistance sera influencée par le nombre de cellules. Une étude vise à évaluer la capacité de détecter les infections intra-mammaires chez les brebis (races de boucherie) avec le CMT utilisé à la ferme. La sensibilité et la spécificité du CMT sont évaluées en utilisant la culture bactériologique du lait comme test de référence. Le CMT peut prendre 4 valeurs différentes selon l’intensité de la réaction (0, 1+, 2+, 3+).
Un échantillon de lait est prélevé chez un total de 550 brebis en lactation choisies au hasard, puis ces prélèvements sont testés avec le CMT et soumis en bactériologie pour culture. Voici les résultats:
d. Quel seuil permet de maximiser le pourcentage de brebis bien classifiées dans cette population ?
≥3+
Une étude a évalué la capacité de différentes mesures de l’obésité chez le chien pour prédire le risque de maladie cardiaque (Thengchaisri et al). Voici certains résultats bruts pour l’obésité estimée d’après la mesure du ratio entre la taille et la longueur du tronc du chien.
a. Quelles sont les valeurs de sensibilité et de spécificité pour les différents seuils d’interprétation possibles? Pour vérifier votre réponse, veuillez indiquer la spécificité au ratio ≥1.2 pour définir un chien positif, en arrondissant à l’unité près.
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Ratio (définition de la positivité) - Sensibilité (%) - Spécificité (%)
≥1.0 100 16.3
≥1.1 86.4 51.2
≥1.2 63.3 67.4
≥1.3 54.5 81.4
≥1.4 31.8 88.4
Une étude a évalué la capacité de différentes mesures de l’obésité chez le chien pour prédire le risque de maladie cardiaque (Thengchaisri et al). Voici certains résultats bruts pour l’obésité estimée d’après la mesure du ratio entre la taille et la longueur du tronc du chien.
b. Quel ratio est à privilégier si on désire obtenir une valeur de sensibilité qui approche celle de la spécificité ?
En reprenant le tableau des sensibilités et spécificités aux différents seuils, on remarque que le seuil qui permet d’obtenir les valeurs les plus similaires de sensibilité et de spécificité est le ≥1.2.
Une étude a évalué la capacité de différentes mesures de l’obésité chez le chien pour prédire le risque de maladie cardiaque (Thengchaisri et al). Voici certains résultats bruts pour l’obésité estimée d’après la mesure du ratio entre la taille et la longueur du tronc du chien.
c. Quelle est la valeur approximative de l’aire sous la courbe ROC? Veuillez accompagner votre réponse d’une illustration de la courbe ROC pour ce test.
Voici le graphique ROC basé sur le tableau. Chaque point représente la sensibilité et la spécificité à un seuil d’interprétation. L’aire sous la courbe est de 73%. Pour l’estimer, il est possible de compter le nombre de carrés sous la courbe, considérant que chacun représente 1% de l’aire.
Le test californien de la mammite (CMT) est utilisé pour détecter les infections intra-mammaires (IIM) chez des vaches en début de lactation. D’après la littérature, ce test a une sensibilité d’environ 82% et une spécificité d’environ 81% (Dingwell et al).
a. Veuillez remplir le tableau suivant et calculer les valeurs prédictives positives, négatives ainsi que l’efficience pour un troupeau de 100 animaux ayant une prévalence réelle d’infections intra-mammaires de 2%.
Pour vérifier votre réponse, veuillez indiquer la valeur prédictive positive en %, en arrondissant à l’unité près.
8 %
La valeur prédictive positive est la proportion de vaches ayant une infection intra-mammaire parmi celles qui ont un test CMT positif. Elle est de 1.6 / 20.2 = 7.9%, soit 8% en arrondissant.
La valeur prédictive négative est la proportion de vaches n’ayant pas d’infection intra-mammaire parmi celles qui ont un test CMT négatif. Elle est de 79.4 / 79.8 = 99.49%, soit 99% en arrondissant.
L’efficience est la proportion de vaches classifiées correctement par le CMT dans cette population. L’efficience est de (1.6 + 79.4) / 100 = 81%
Le test californien de la mammite (CMT) est utilisé pour détecter les infections intra-mammaires (IIM) chez des vaches en début de lactation. D’après la littérature, ce test a une sensibilité d’environ 82% et une spécificité d’environ 81% (Dingwell et al).
b. Veuillez remplir le tableau suivant et calculer les valeurs prédictives positives, négatives ainsi que l’efficience considérant une prévalence réelle d’infections intra-mammaires de 2%, mais une population de 1000 animaux.
1) Augmentation de la valeur prédictive positive
2) Augmentation de la valeur prédictive négative
3) Augmentation de l’efficience
4) Aucune de ces réponses
4) Aucune de ces réponses
Il n’y aura pas d’impact sur les valeurs prédictives et sur l’efficience lorsque seule la taille de population est modifiée.
Le test californien de la mammite (CMT) est utilisé pour détecter les infections intra-mammaires (IIM) chez des vaches en début de lactation. D’après la littérature, ce test a une sensibilité d’environ 82% et une spécificité d’environ 81% (Dingwell et al).
c. Veuillez remplir le tableau suivant et calculer la valeur prédictive positive, la valeur prédictive négative ainsi que l’efficience considérant maintenant une prévalence réelle d’infections intra-mammaires de 30% et une population de 100 vaches.
Cette augmentation de prévalence aura l’effet le plus marqué sur lequel de ces paramètres?
1) Valeur prédictive positive
2) Valeur prédictive négative
3) Efficience
4) Sensibilité
5) Spécificité
1) Valeur prédictive positive
Valeur prédictive positive = 24.6 / 37.9 = 64.9%
Valeur prédictive négative = 57.4 / 62.8 = 91.3%
Efficience = (24.6 + 56.7) / 100 = 81.3%
Cette augmentation de prévalence se traduira par une augmentation très marquée de la valeur prédictive positive (de 8% à 65%), et par une réduction moindre de la valeur prédictive négative (de 99% à 91%). En effet, l’augmentation de prévalence permettra d’augmenter grandement le nombre de VP tout en réduisant le nombre de FP. La valeur prédictive négative sera réduite par l’augmentation des FN et la réduction des VF, mais de façon moindre. L’efficience sera très peu influencée. En effet, étant donné que la sensibilité et la spécificité sont très similaires, l’augmentation dans le nombre brut de FN engendré par une augmentation de prévalence se traduira par une réduction très similaire du nombre brut de FP, résultant en un effet presque neutre.
Une étude sur les causes de mortalité des agneaux entre 10 jours et le sevrage est réalisée dans 30 troupeaux du Québec. Les agneaux morts sont soumis en nécropsie afin d’obtenir un diagnostic de la cause de mortalité. Parallèlement, les éleveurs tiennent un registre, où ils notent leurs observations ainsi que la cause soupçonnée de mortalité. Voici les résultats.
a. Quelle est la sensibilité du diagnostic de l’éleveur concernant les pneumonies chez les agneaux, en arrondissant à l’unité près?
29 %
La sensibilité du diagnostic de l’éleveur est de 10/35=28.6%, arrondi à 29%.
Une étude sur les causes de mortalité des agneaux entre 10 jours et le sevrage est réalisée dans 30 troupeaux du Québec. Les agneaux morts sont soumis en nécropsie afin d’obtenir un diagnostic de la cause de mortalité. Parallèlement, les éleveurs tiennent un registre, où ils notent leurs observations ainsi que la cause soupçonnée de mortalité. Voici les résultats.
b. Si un éleveur de mouton vous appelle pour un agneau mort de pneumonie, à combien estimez-vous la probabilité que ce soit le bon diagnostic, en arrondissant à l’unité près ?
67 %
La valeur prédictive positive est de 10/15=66.7%. Parmi les animaux morts de pneumonie selon l’éleveur, 67% sont réellement atteints de pneumonie selon la nécropsie (test de référence).
Une étude sur les causes de mortalité des agneaux entre 10 jours et le sevrage est réalisée dans 30 troupeaux du Québec. Les agneaux morts sont soumis en nécropsie afin d’obtenir un diagnostic de la cause de mortalité. Parallèlement, les éleveurs tiennent un registre, où ils notent leurs observations ainsi que la cause soupçonnée de mortalité. Voici les résultats.
c. Globalement, à partir de ces résultats, croyez-vous que la problématique des mortalités dues aux pneumonies au Québec est sous-estimée ou surestimée par les éleveurs?
1) Surestimée
2) Sous-estimée
3) Estimée correctement
2) Sous-estimée
La prévalence réelle de pneumonie (basée sur la nécropsie) est de 35/187=19%, alors que la prévalence apparente (basée sur le diagnostic de l’éleveur) est de 8%. La problématique pourra donc être sous-estimée par les observations des éleveurs.
Un test ELISA possède une sensibilité de 99.7% et une spécificité de 92.7% pour détecter la présence d’anticorps contre Actinobacillus pleuropneumoniae (sérotype 2) chez le porc (Enøe et al). Le test est utilisé dans deux troupeaux A et B, qui comportent tous deux 400 animaux. La séroprévalence réelle de l’infection est de 60% dans le troupeau A, tandis qu’elle est de 10% dans le troupeau B.
Dans quel troupeau peut-on conclure avec le plus de certitude que les animaux testant négatifs n’ont jamais été infectés par la bactérie ? Expliquer brièvement.
1) Troupeau A
2) Troupeau B
3) Aucune différence entre les deux
4) Il n’est pas possible de répondre à cette question
2) Troupeau B
Il s’agit du troupeau B. La valeur prédictive négative est légèrement plus élevée dans cette population B (99.5% vs. 99.9%). En effet, en raison de la plus faible prévalence, il y a moins de faux négatifs (et plus de vrais négatifs) dans la population B.
Un test sérologique de microagglutination a été décrit en Ontario pour tester les moutons pour la lymphadénite caséeuse. Ce test a une spécificité de 21.7% et une sensibilité de 89.7%. Par la suite, un test sérologique ELISA a été évalué par les mêmes chercheurs, possédant une spécificité de 82.1% et une sensibilité de 60%. Vous avez accès à ces deux tests. Un producteur possédant 150 animaux vous demande de tester les animaux de son troupeau.
Le producteur réforme tous les animaux positifs au test. Il vous demande de signer un formulaire pour qu’il puisse vendre ses autres animaux, qui ont tous reçu un test négatif, à meilleur prix à son voisin basé sur le fait qu’ils sont exempts de cette maladie.
Signez-vous le formulaire, et quel serait un bon argument pour appuyer votre décision?
1) Oui, car aucun animal n’est positif au test
2) Non, car la spécificité du test n’est pas de 100%
3) Non, car la sensibilité du test n’est pas de 100%
3) Non, car la sensibilité du test n’est pas de 100%
La sensibilité du test n’étant pas de 100%, il est très probable que des animaux atteints n’aient pas été détectés. En effet, un manque de sensibilité fera en sorte que certains animaux seront des faux négatifs (FN), puisque le test ne sera pas en mesure de détecter tous les animaux réellement malades. Ainsi, les animaux ayant reçu un test négatif (T-) comprendront des animaux sains (VN), mais également des animaux malades (FN).
Il faut toujours être prudent dans ce contexte ; même si le test avait une sensibilité rapportée de 100%, il peut y avoir une incertitude autour de cette estimation. Par exemple, les animaux inclus dans les études de validation excluent souvent ceux récemment infectés, alors qu’ils peuvent être présents dans cette population et être plus difficiles à détecter par le test.
Un outil a été développé afin d’évaluer de façon objective le bien-être des chevaux gardés dans des écuries (Czycholl et al). Cet outil comporte plusieurs indicateurs devant être évalués en observant le cheval et son environnement, couvrant des signes de douleur, la présence de conditions pathologiques, les opportunités d’interaction sociale et la qualité de l’hébergement. Afin d’évaluer la répétabilité de ces indicateurs, une étude a été réalisée. Deux observateurs formés et expérimentés ont évalué les indicateurs indépendamment au même moment et chez les mêmes animaux, sans aucun interférence ou échange entre eux pendant l’évaluation. Voici les résultats pour un des indicateurs de douleur, soit l’évaluation de la dilatation des nasaux qui est un des critères pour le score d’expression faciale de la douleur chez le cheval.
a. Quel est l’accord attendu par la chance entre les deux évaluateurs, en arrondissant à l’unité près?
90 %
Un outil a été développé afin d’évaluer de façon objective le bien-être des chevaux gardés dans des écuries (Czycholl et al). Cet outil comporte plusieurs indicateurs devant être évalués en observant le cheval et son environnement, couvrant des signes de douleur, la présence de conditions pathologiques, les opportunités d’interaction sociale et la qualité de l’hébergement. Afin d’évaluer la répétabilité de ces indicateurs, une étude a été réalisée. Deux observateurs formés et expérimentés ont évalué les indicateurs indépendamment au même moment et chez les mêmes animaux, sans aucun interférence ou échange entre eux pendant l’évaluation. Voici les résultats pour un des indicateurs de douleur, soit l’évaluation de la dilatation des nasaux qui est un des critères pour le score d’expression faciale de la douleur chez le cheval.
b. Quel est le coefficient kappa?
c. Comment interprétez-vous cet accord?
1) Accord faible
2) Accord passable
3) Accord modéré
4) Accord important
5) Accord parfait
kappa = 0.61
4) Accord important
Kappa Interprétation
< 0.2 Accord faible
0.2 - 0.4 Accord passable
0.4 - 0.6 Accord modéré
0.6 - 0.8 Accord important
> 0.8 Accord presque parfait
Vous travaillez dans un chenil où les cas de giardiose sont relativement fréquents. Étant donné que ce parasite est considéré comme étant potentiellement zoonotique, vous décidez de tester tous les chiens avant qu’ils soient offerts en adoption. Les chiens négatifs pourront donc être adoptés directement, alors que les positifs seront traités avant l’adoption. Pour tester les animaux, vous avez le choix entre trois tests, dont les performances ont été évaluées (Rishniw et al.). Voici les sensibilités et spécificités rapportées (en utilisant un test immunofluorescence directe sur les fèces comme test de référence), incluant leurs intervalles de confiance (IC) à 95% :
a. Pour un des tests, les intervalles de confiance semblent incorrectement rapportés. Lequel?
1) ELISA
2) SNAP
3) Flottation au ZnSO4
4) Aucun
b. Quelle stratégie diagnostique permettrait d’obtenir le plus faible risque d’exposition pour les familles adoptives, tout en utilisant au maximum deux tests? Veuillez calculer la sensibilité et la spécificité de cette stratégie.
1) Tests ELISA et SNAP, interprétés en parallèle
2) Tests ELISA et SNAP, interprétés en série
3) Tests ELISA et flottation, interprétés en parallèle
4) Tests ELISA et flottation, interprétés en série
5) Tests SNAP et flottation, interprétés en parallèle
6) Tests SNAP et flottation, interprétés en série
c. Quelle sera la sensibilité obtenue en %, arrondie à l’unité près (par ex. 10)?
d. Quelle sera la spécificité obtenue en %, arrondie à l’unité près (par ex., 10)?
2) SNAP
Il s’agit du test du SNAP. Pour ce test, les intervalles de confiance autour des estimations de sensibilité et de spécificité ne comportent pas les valeurs estimées, ce qui est impossible.
1) Tests ELISA et SNAP, interprétés en parallèle
Afin de limiter le risque d’exposition, la stratégie permettant la meilleure sensibilité devrait être choisie. En choisissant les deux tests les plus sensibles (ELISA et SNAP) et en les interprétant en parallèle, la sensibilité sera maximisée.
La sensibilité obtenue sera de 89% :
Sensibilité parallèle = Sensibilité ELISA + Sensibilité SNAP - (Sensibilité ELISA x Sensibilité SNAP)
Sensibilité parallèle = 0.51 + 0.77 - (0.51 x 0.77)
Sensibilité parallèle = 0.887, soit 89% lorsque arrondi.
La spécificité obtenue sera de 88% :
Spécificité parallèle = Spécificité ELISA x Spécificité SNAP
Spécificité parallèle = 0.96 x 0.92
Spécificité parallèle = 0.883, soit 88% lorsque arrondi.
Vous travaillez dans un chenil où les cas de giardiose sont relativement fréquents. Étant donné que ce parasite est considéré comme étant potentiellement zoonotique, vous décidez de tester tous les chiens avant qu’ils soient offerts en adoption. Les chiens négatifs pourront donc être adoptés directement, alors que les positifs seront traités avant l’adoption. Pour tester les animaux, vous avez le choix entre trois tests, dont les performances ont été évaluées (Rishniw et al.). Voici les sensibilités et spécificités rapportées (en utilisant un test immunofluorescence directe sur les fèces comme test de référence), incluant leurs intervalles de confiance (IC) à 95% :
e. Pour des raisons pratiques et de coût, vous décidez d’utiliser uniquement le test du SNAP. Au cours de l’année, 200 chiens sont adoptés. Vous estimez qu’environ 25% des chiens dans votre chenil sont colonisés par Giardia. À combien estimez-vous le nombre de familles adoptives exposées au parasite pendant l’année (assumant que le traitement est très efficace)? Veuillez arrondir votre réponse à l’unité près.
f. À combien estimez-vous le nombre de chiens qui seront traités inutilement? Veuillez arrondir votre réponse à l’unité près.
e. 12 familles
Parmi les 50 chiens colonisés par Giardia, les 38.5 chiens positifs au SNAP seront traités efficacement. Il restera 11.5 chiens colonisés par Giardia qui ne seront pas traités, posant un risque pour leur famille adoptive.
f. 12 chiens
Les 50.5 chiens positifs au SNAP seront traités. Parmi ceux-ci, 12 chiens ne sont pas colonisés et n’auraient pas eu besoin d’un traitement.
Un petit troupeau de chèvres laitières est suivi pendant 20 mois afin de déterminer la fréquence de mammite pendant leur lactation. Les chèvres entrent dans l’étude lorsqu’elles débutent une lactation ou lorsqu’elles sont introduites dans le troupeau pendant leur lactation (achats), et en ressortent lorsqu’elles sont taries, réformées ou décèdent. Le tableau suivant illustre la période à risque (ligne pointillée) pour les chèvres A à H. Une chèvre qui présente une mammite n’est plus considérée à risque jusqu’à ce que la guérison complète soit confirmée (par exemple, la chèvre D n’est pas considérée à risque pendant le mois suivant sa mammite).
a. Quel est ce devis d’étude ?
1) Cohorte
2) Transversale
3) Cas-témoin
4) Revue systématique
b. Quel est le qualificatif applicable à cette population?
1) Ouverte
2) Fermée
3) Cible
4) Maskoutaine
c. Combien y a-t-il eu de cas incidents de mammite?
d. Quelle est la prévalence de mammite au début du 11e mois ?
1) 14.3%
2) 12.5%
3) 37.5%
4) Aucune de ces réponses
e. Quel est le nombre total d’animaux-mois à risque ?
f. Quel est le risque d’incidence de mammite?
1) 3/8 = 37.5%
2) 4/115 = 3.5%
3) 4/8 = 50%
4) Aucune de ces réponses
g. Quel est le taux d’incidence de mammite?
1) 3/8 = 37.5%
2) 4/8 = 50%
3) 4/115 = 3.5 cas par chèvre-mois à risque
4) 4/8 = 0.5 cas par chèvre à risque
h. De quelles façons alternatives pourriez-vous exprimer ce taux d’incidence de mammite (en arrondissant) ?
1) 3.5 cas par 100 chèvres-mois à risque
2) 0.42 cas par chèvre-année à risque
3) 1.1 cas par 1000 chèvres-jour à risque
4) Toutes ces réponses
a. 1) Cohorte
Il s’agit d’une étude où des animaux à risque sont sélectionnés et suivis dans le temps pour noter l’incidence d’une condition (i.e., mammite dans ce cas).
b. 1) Ouverte
Une population ouverte est une population où les animaux peuvent entrer ou sortir de la population pendant la période d’étude, ce qui est le cas ici.
c. 4 cas
Il y a bien eu 4 cas incidents de mammite survenus chez 3 chèvres différentes.
d. 1) 14.3%
Au début du 11e mois, il y a 1 cas de mammite parmi les 7 chèvres présentes dans le troupeau à ce moment.
e. 15 animaux-mois
Les chèvres A à H vont contribuer respectivement à 4, 16, 20, 16, 17, 10, 14 et 18 mois à risque.
f. 4) Aucune de ces réponses
Comme il s’agit d’une population ouverte avec plusieurs introductions et sorties en cours d’étude, il n’est pas possible de calculer un risque d’incidence.
g. 3) 4/115 = 3.5 cas par chèvre-mois à risque
Il y a bien eu 4 cas incidents de mammite parmi les 115 chèvre-mois à risque.
h. 4) Toutes ces réponses
Vous désirez estimer la prévalence de mammite sous-clinique dans une population de 90 chèvres en lactation réparties dans 12 fermes. Votre budget vous permet de vous déplacer dans 6 fermes et de sélectionner un total de 18 chèvres. Pour vous simplifier la tâche, vous décidez de sélectionner au hasard 6 fermes, puis de prélever au hasard 3 chèvres par ferme. Voici une illustration de la situation.
a. Quelle est la prévalence réelle de mammite sous-clinique chez les chèvres de cette population (en %, en arrondissant à l’unité près)?
b. Quelle est la prévalence estimée (en %, en arrondissant à l’unité près) à partir de votre échantillon ?
c. Comment expliquez-vous cette différence ?
1) La probabilité d’échantillonnage d’une chèvre varie selon la taille des troupeaux.
2) La prévalence varie selon la taille des troupeaux.
3) Les chèvres des gros troupeaux sont sous-représentées dans l’échantillon.
4) Toutes ces réponses.
d. Cet échantillonnage est-il représentatif de la population source?
a. 67 %
La prévalence réelle est de 60 (points jaunes) /90 (points) =67%
b. 50 %
La prévalence estimée à partir de l’échantillon est de 9 (points jaunes encerclés) /18 (points encerclés) =50%
c. 4) Toutes ces réponses.
La probabilité d’échantillonnage varie selon la taille du troupeau:
Petits troupeaux: 3/6 x 3/5=30%
Gros troupeaux: 3/6 x 3/10=15%
Puisque les chèvres des gros troupeaux sont à la fois sous-représentées (i.e., leur probabilité de sélection est plus petite) et plus à risque d’être infectées, la prévalence est sous-estimée.
d. non
Cet échantillon n’est pas représentatif de la population source. La prévalence réelle est de 67% alors que la prévalence estimée selon l’échantillon est de 50%. Cette différence découle du fait que toutes les chèvres n’ont pas la même probabilité d’être sélectionnés. Il conduit à une prévalence non représentative de la population source, à moins d’ajuster cette prévalence pour tenir compte des différentes probabilités de sélection.
Vous désirez estimer la prévalence de mammite sous-clinique dans une population de 90 chèvres en lactation réparties dans 12 fermes. Dans un premier temps, 6 troupeaux sont sélectionnés au hasard, puis 40% des animaux sont choisis aléatoirement dans chaque troupeau.
a. Quelle est la prévalence réelle de mammite sous-clinique chez les chèvres de cette population (en %, arrondi à l’unité près) ?
b. Quelle est la prévalence estimée (en %, en arrondissant à l’unité près) à partir de votre échantillon ?
c. Quelle est la probabilité d’échantillonnage pour les chèvres provenant des petits et des gros troupeaux?
d. Cet échantillon est-il représentatif de la population ?
a. 67 %
La prévalence réelle est de 60 (points jaunes) /90 (points) =67%
b. 67 %
La prévalence estimée à partir de l’échantillon est de 12 (points jaunes encerclés) /18 (points encerclés) =67%
c. Petits troupeaux : 20%
Gros troupeaux : 20%
La probabilité d’échantillonnage est de 20%, autant pour les gros troupeaux (3/6 x 4/10 = 20%) que pour les petits troupeaux (3/6 x 2/5 = 20%).
d. Oui
Cet échantillonnage est représentatif de la population. Chaque chèvre a la même probabilité d’être choisie pour l’étude. On remarque que la prévalence estimée à partir de l’échantillon (12/18=67%) est la même que celle dans la population (60/90=67%).
Au Canada, la population de bisons du Parc national Wood Buffalo est considérée comme un réservoir de la bactérie Mycobacterium bovis, agent causal de la tuberculose bovine. La présence de cette bactérie est préoccupante pour des raisons liées à la conservation de la faune, à la santé économique de l’industrie bovine située à proximité et à la santé publique. En tant que vétérinaire travaillant pour Parcs Canada, vous être chargés d’évaluer la prévalence d’infection à Mybobacterium bovis dans cette population. Vous arrivez à capturer 235 bisons. Vous effectuez un test intradermique qui a une sensibilité estimée à 50% et une spécificité estimée à 88%. Vous trouvez 108 animaux positifs au test.
a. Quelle est la prévalence apparente d’infection par M. bovis dans cette population ?
b. À combien estimez-vous la prévalence réelle (en utilisant la formule)?
c. Veuillez compléter le tableau pour vérifier vos calculs. Parmi les bovins qui ont reçu un test négatif, quel pourcentage sont probablement infectés par M. bovis?
d. Selon votre expérience, les bisons capturés sont les plus faibles et présentent un risque accru d’être atteints de tuberculose. Quel biais risque alors de survenir?
1) Biais d’information
2) Biais de mémoire
3) Biais de non réponse
4) Biais d’entrée sélective
a. 46 %
La prévalence apparente est la probabilité qu’un animal testé dans la population ait un résultat positif au test, soit 108/235=0.46=46%
b. 89,5 %
La formule est:
Prévalence réelle = (Prévalence apparente + Spécificité - 100%) / (Sensibilité + Spécificité - 100%)
Prévalence réelle = (108/235*100 + 88% - 100%) / (50% + 88% - 100%)
Prévalence réelle = (34%) / (38%) = 89.5%
c. voir tableau
82,6 %
Cette probabilité correspond à p(M+|T-) soit 105/127=82.6%. Il s’agit de 1-VPN.
d. 4) Biais d’entrée sélective
Dans cet exemple, les bisons plus faibles semblent avoir à la fois une probabilité plus élevée d’être sélectionnés pour l’étude et d’être atteints de tuberculose.
