Cours Bio mol INTRA Flashcards
1
Q
Que signifie monogénique, oligogénique et polygénique?
A
- Monogénique : 1 seul gène
- Oligogénique : Quelques gènes
- Polygénique : Plusieurs gènes
2
Q
La majorité des maladies sont ________ (monogénique, oligogénique et polygénique?)
A
La majorité des maladies sont monogéniques
3
Q
Que signifie hémizygote?
A
Lorsqu’un gène en particulier n’est présent qu’à un seul allèle
4
Q
Qu’est-ce que le génotype?
A
Composition génétique d’un individu codé dans notre génome
5
Q
Qu’est-ce qu’un phénotype?
A
Ensemble des traits observables d’un organisme. Manifestation physique ou clinique du génotype
6
Q
Nommer différents types de transmission
A
- Autosomal dominant
- Autosomal dominant (mutation spontanée) (RARE)
- Codominance (Ex: groupes sanguins)
- Autosomal récessif
- Lié au chromozome X (récessif)
- Lié au chromosome X (dominant)
- Lié au chromosome Y
- Lié au génome mitochondrial
7
Q
Quelles informations importantes peut nous fournir l’arbre généalogique?
A
- Décès
- Conditions médicales
- Histoire familiale positive de multiples membres de la famille atteints de la même condition
- Histoire familiale de perte foetale ou infertilité
8
Q
Qu’est-ce qu’un cas index ou probant?
A
C’est le premier membre de la famille à rechercher des soins médicaux pour une maladie génétique
- Analyse moléculaire pour un cas index atteint d’une maladie génétique
- Dx d’un cas index soulève l’indice de suspicion pour les membres de famille (certains peuvent être à risque ou être atteints)
9
Q
Que sont les membre de famille?
A
Membres apparantés d’un cas index
10
Q
Nommer des conditions/contextes qui soulèvent la possibilité d’une maladie génétique dans la famille d’après l’arbre généalogique (red flags)
A
- Multiples membres de la famille avec la même condition (ou condition similaire)
- Manifestation de la condition à un âge plus jeune qu’attendu
- Présence de la condition en absence de facteurs de risque connus
- Présentation de la condition chez le sexe généralement non affecté
- Relation biologique proche entre les parents (cosanguinité)
- Ethnicités spécifiques
11
Q
Nommer des facteurs qui contribuent à la complexité des conditions génétiques
A
Les maladies génétiques peuvent être/présenter :
- Pénétrance incomplète
- Manifestations variables
- Multifactorielle
- Hétérogène
- 1 gène peut causer plusieurs conditions
- Le taux de détection causale (parfois faible)
12
Q
Qu’est-ce que la pénétrance incomplète?
A
- Individus porteurs de la mutation peuvent présenter aucun signe de l’affection
- Sujet apparamment sain peut être porteur du gène muté
13
Q
Qu’est-ce qu’une condition génétique avec des manifestations variables?
A
Lorsqu’un gène atteint peut s’exprimer par des signes cliniques différents d’un individu à l’autre
14
Q
Qu’est-ce qu’une condition génétique multifactorielle?
A
Lorsque l’apparition d’une maladie est dépendante d’une combinaison de facteurs génétiques et environnementaux (Ex: facteurs de risque, diabète type 2)
15
Q
Que signifie “hétérogénéité lorsqu’on parle de conditions génétiques?
A
Plusieurs gènes peuvent causer la même maladie/condition
16
Q
Vrai ou faux : Un gène peut causer plusieurs conditions
A
VRAI (Ex : Laminopathies)
17
Q
Vrai ou faux : Certaines conditions sont associées à un faible taux de détection de mutation causale
A
VRAI
18
Q
Nommer des facteurs pouvant confondre d’histoire familiale
A
- Petite famille
- décès en bas âge
- Disproportion homme/femme
- Tx médical
- Pénétrance incomplète (ASx)
- Manifestations tardives ou variables
- Formes de transmission inattendues
- Parenté mal identifiée ou consanguinité
- Manque d’info en raison de facteurs sociaux ou géographiques
19
Q
Quels sont les buts des tests génétiques?
A
- Diagnostic
- Test prédictif ou prédisposition
- État de porteur
- Dépistage néonatal
- Test prénatal
- Test pré-implantatoire
- Test forensique (médico-légal)
20
Q
Quels sont les différents types de tests génétiques?
A
- Biochimiques
- Chromosomiques
- Moléculaires
21
Q
Quels sont les types d’analyse moléculaire pour les tests génétiques?
A
- Mutations : uniques, panel de mutation
- Séquençage : gène complet, panel de gène (NGS)
- Exome complet (WES)
- Génome complet (WGS)
22
Q
Quelles sont les implications d’un résultat de test génétique POSITIF?
A
- Risque de manifester la condition confirmé
- Surveillance et prévention ciblées
- Tests à offrir aux autres membres de sa famille
23
Q
Quelles sont les implications d’un résultat de test génétique NÉGATIF?
A
- Risque non-augmenté de manifester la confition
- Surveillance et prévention de routine
- Test non-nécessaire pour les enfants du patient
24
Q
Nommer des particularités/des faits associées à des données génétiques (à considérer quand on doit prendre la décision de faire le test ou pas)
A
- Condition héréditaire peut être apparente (Dx), latente (pré-Sx) ou de susceptibilité
- Informations pour toute la durée de vie
- Informations familiales
- Décisions médicales importantes
- Résultat pas nécessairement déterminant
25
Quelles informations peut-on obtenir d'un test génétique positif?
* Confirmer de Dx suspecté
* Aide à compréhension de l'apparition de la condition
* Soins et Tx appropriés mis en place
* Facilite l'analyse génétique et la prise en charge de la parenté
* Infos pertinentes pour plannification familiale de la descendance
26
Quelles sont les limites d'un test génétique positif? (qu'est-ce qu'un test génétique ne peut pas préciser?)
* Si la condition se manifeste présentement
* Si la condition se manifestera
* Le niveau de sévérité auquel la condition peu se manifester
* Si la condition a été ou sera transmise aux descendants
27
Quels sont les 4 principes de la bioéthique?
* Bienfaisance
* Autonomie
* Justice
* Non-malfaisance
28
Nommer des enjeux associés aux test génétiques
* Enjeux pour le patient
* Enjeux pour la famille
* Enjeux pour les labos
* Enjeux pour les professionnels de la santé
* Enjeux pour la société
29
Nommer différents enjeux associés aux tests génétiques **pour le patient**
* Consentement éclairé
* Impact psychosocial
* Impact médical
* Confidentialité
* Assurabilité
30
_Vrai ou faux :_ Le résultat d'un test génétique peut être utilisé par une compagnie d'assurance
**FAUX**
Il existe une **loi fédérale sur la non-discrimination génétique (Loi S-201)** : La discrimination basée sur des traits génétiques est interdite. Au même titre qu'on ne peut pas se faire demander de passer un test génétique ni de fournir un résultat de test antérieur. Les employeurs ne peuvent pas utiliser les résultats génétiques (congédiement/embauche)
31
De quoi est-il question dans le consentement éclairé du patient qui s'apprête à faire un test génétique?
* Informations sur le test
* Résultats
* Risques familiaux
* Divulgation des résultats des apparentés à risque
* Enjeux de confidentialité
* Implication psychosociale des résultats
* Options sans test génétique : Options de surveillance, limites de la surveillance et prévention
32
Quels sont les bénéfices potentiels d'un test génétique identifiés dans les formulaire de consentement?
* Bénéfice à la société
* Informations sur :
* Causes de la maladie
* Rx
* Tx
* Px
* Autres maladies
* Pour décisions reproductives (grossesse)
33
Quels sont les risques potentiels des tests génétiques identifiés dans le formulaire de consentement?
* _Considérations médicales :_
* Risques associé au **prélèvement**
* Informations possiblement imprécices (**non-concluant**)
* **Risques inconnus**
* _Considérations personnelles :_
* **Tensions** entre les membres de la famille (divergence d'opinion)
* **Coûts** financiers à long terme (Rx...)
* **Anxiété** (patient et famille)
* Détresse causée par la discussion des aspects très personnels
* Détresse associés à **l'incertitude**
* Atteinte à la vie privée
* Discrimination génétique
34
Quelles peuvent être les motivations du patient à opter **POUR** un test génétique?
* **_Considérations médicales_**
* Assurer la **surveillance/prévention ciblée**
* Aide à prendre des **décisions** reliées au **suivi/prévention** et au **mode de vie**
* Explication de l'**incidence** (peut prévenir un Dx erroné chez des apparentés)
* **_Considérations personnelles_**
* Plannifier l'avenir
* Réassurance
* Diminue l'anxiété (certaines personnes)
* **_Considérations familiales_**
* Apprendre le **risque** pour ses enfants et autre parenté
* **Plaire** aux apparentés
* **Conséquences positives** sur les relations entre les membres de famille
* Informations peuvent être **utiles** pour d'autres membres de la famille (options de suivi de Tx)
* Autre : Avancement de la recherche
35
Quelles peuvent être les motivations du patient à opter **CONTRE** un test génétique?
* **_Considérations cliniques :_**
* **Précision** des tests
* **Manque de confiance** en la médecine
* **Médecin** traitant
* Manque de conviction que cette info permettera de prévenir la maladie
* **Informations limités** sur l'efficacité du suivi, du Tx et de la prévention
* **_Considération personnelles :_**
* **Assurances**
* Augmentation de l'**anxiété** (certaines personnes)
* Trop d'anxiété si résultat positif
* Possibilité que les résultats ne restent pas complètement **confidentiels** (famille/amis) peut affecter les assurances ou la situation d'emploi
* **_Considérations familiales_** :
* **Réaction négative** de la famille
* Révélation de **secrets familiaux** inattendus
* Conséquences négatives sur les **relations** entre les membres de famille
36
Nommer différents enjeux associés aux tests génétiques **pour la famille**
Un résultat de test génétique peut affecter la vie de tous les membres de famille :
* Implications de grossesse
* Implications pour la pratique de sports
* Droit de ne pas connaitre leurs risques
* Risque pour les enfants des autres? (neveux/nièce)
* Culpabilité (cas-index, parent du cas-index)
* Jeunes enfants (droits de test par les parents?)
À quel point le patient a-t-il le devoir de communiquer?
37
Nommer différents enjeux associés aux tests génétiques pour les enfants des cas-index
**Faut-il tester les enfants si résultat positif d'un parent?**
* Prendre la décision pour eux?
* Décision basée sur les meilleurs intérêts de l'enfant
* Décision parentale avec l'accord de l'enfant (idéalement)
* Test à reporter si la condition se présente en âge adulte sauf si
* Interventions possibles
* Facteurs psychosociaux
* Quand informer les enfants ? (âge approprié)
* Implication pour les générations futures
38
Quels sont les différents enjeux associés à un test génétique positif et une grossesse future?
**Plusieurs options à considérer**
* Avoir des grossesses sans dépistage
* Avoir des grossesses avec dépistage prénatal
* Avoir des grossesses par voie de dépistage pré-implantatoire
* Avoir des grossesses par don de gamètes
* Adoption
* Opter pour ne pas avoir d'enfants
39
Identifier différents enjeux associés aux tests génétiques pour les laboratoires
* Interprétation des résultats génétiques
* Utilité des arbres génétiques pour l'interprétation
* Confirmer la co-ségrégation
* Confirmer l'absence de mutation et de phénotype
* Nécessite la collaboration entre la clinique et le labo
* Interprétation des variants (peut être subjectif)
* Réévaluation des variants
* Fréquence
* Nouveau rapport
* Communication et rapports
* Clair, concis, effectifs (demandeur n'est pas nécessairement un expert en génétique)
* Procédure de réévaluation
40
Identifier différents enjeux associés aux tests génétiques pour les professionnels de la santé
* Importance de "l'enquête" avant de proposer un test génétique
* Phénotype
* Condition médicale
* Histoire familiale
* Choix des tests
* Adresser les aspects psychocociaux
* Infos personnelles hors de notre contrôle
* Implications pour les autres membre de famille
* Confidentialité vs devoir de divulguer aux membres de famille
* Responsabilité médicale d'avertir la famille (Ex : cancer héréditaire)
* Responsabilité d'encourager la communication des membres de famille
* Respecter les limites définies par la loi et en éthique de la médecine
* **Équilibre entre confidentialité et devoir de soigner**
41
Identifier différents enjeux associés aux tests génétiques pour les **professionnels de la santé** dans le cadre de **résultats de recherche**
* Devoir éthique de communiquer les résultats individuels
* Basé sur le principe de bienfaisance, réciprocité et respect
* Sujet aux preuves de validité, signification et bénéfices
* Droit du participant de ne pas connaitre ses résultats
* Considértion de la re-confirmation de l'accord ou du refus de divulguer les résultats
42
Dans le cas d'un résultat non-concluant ou pour lequel il n'y avait pas beaucoup d'évidence dans le passé, quels sont les enjeux associés au devoir de recontacter les familles pour le professionnel de la santé dans le cas de nouvelles informations?
**Co-responsabilité d'informer et de s'informer (professionnels de la santé \<---\> patient/famille)**
* Pour le patient / la famille
* Bénéfices pour meilleurs soins, diminution de l'incertidute et espoir pour l'avenir
* Désavantages : anxiété, intrusion et inquiétudes (assurance santé/vie, ...)
* Pour le MD
* Bénéfice pour meilleurs soins, organisation du travail, diminution des riques de litiges/poursuite
* Désavantages : temps, coût de garder/gérer les infos, égalité, patient non joignable
43
Identifier différents enjeux associés aux tests génétiques **pour la société**
* Stigmatisation et discrimination
* Disponibilité et utilité des tests et services
44
Quels sont les enjeux éthiques associés aux tests génétiques offerts directement aux consommateurs (DTC)?
* Validité analytique et clinique des tests
* Taux de faux positif?
* Pas d'interprétation par un spécialiste
* Analyse confirmatoire dans un labo accrédité
* Consentement éclairé?
* Publicité
* Tests pour enfants
* Usage pour la recherche ou commerciales des données?
* Adressé en clinique
* Informations inattendues
45
_Vrai ou faux :_ Le résultat d'un test génétique est final et sans appel
**FAUX**
* Nécessité de rester à jour dans un milieu évoluant
* Nouvelles études/évidences, nouveaux variants
46
Nommer les 5 champs d'application de la médecine de laboratoire
* Biochimie
* Microbiologie
* Hématologie/banque de sang
* Anatomopathologie et cytologie
* Génétique moléculaire
47
Décrire le champ d'application de la génétique médicale dans la médecine de laboratoire (population cible, mission, analyses)
* S'intéresse au bien-être des **peronnes** qui présentent ou qui sont à risque de présenter une **maladie génétique**
* La génétique médicale inclut **l'évaluation**, **l'investigation**, le **conseil génétique** et le **traitement** de ces personnes
* Analyse biomédicale : Analyse de la **structure moléculaire** de l'**ADN nucléaire ou mitochondrial** ou l'**ARN** associé à une maladie ou à une condition pathologique d'origine génétique
48
Qu'est-ce que le diagnostic moléculaire?
Analyse qualitative ou quantitative des acides nucléiques (ARN et ADN) dans un spécimen biologique à des fins de prévention, de dépistage, de Dx, de Px ou de suivi de l'état de santé des individus
## Footnote
**\*\*Inclut tout type d'analyse reposant sur l'étude directe des acides nucléiques dans un spécimen biologique : cytogénétique/génétique/microbiologie/pathologie/oncologie/pharmacogénétique MOLÉCULAIRE**
49
Quel est la théorie fondamentale de la biologie moléculaire par James Watson?
ADN -\> ARN -\> Protéines
50
Nommer différentes techniques de biologie moléculaire (amplification d'acides nucléiques)
**TAAN : Test d'amplification des acides nucléiques**
* PCR semi quantitatif
* PCR en temps réel
* PCR isotherme
51
Nommer des techniques de génotypage et de séquençage
* Spectrométrie de masse
* Micropuce
* Séquençage Sanger
* Séquençage NGS
* Séquençage de 3e génération
52
Quel est le principe de base du PCR (Polymerase chain reaction)?
* Dénaturation
* Hybridation
* Extension
3 étapes effectuées à des températures différentes
53
Qu'est-ce que le PCR semi-quantitatif?
PCR traditionnel ou PCR en point final
* Amplicifation de l'ADN et mesure de la quantité à la fin
* Migration sur gel pour visualiser l'ADN
* Quantification semi-quantitative si des standards de concentration connue sont appliqués sur gel
54
Quelles sont les caractéristiques analytiques du PCR semi-quantitatif?
* Faible précision
* Faible sensibilité
* Non-automatisé
* Grande composante manuelle
* PCR en point final : LONG
* Bromure d'éthidium toxique
* Semi-quantitatif
**Pas approprié pour la routine dans un laboratoire clinique**
55
Quel est le principe analytique du PCR en temps réel?
* Amplification PCR traditionnelle, mais avec quantitifation de l'ADN durant la phase exponentielle du PCR lorsque la quantité de produit d'ADN est directement proportionnelle à la quantité d'acide nucléique "matrice"
56
Quelles sont les caractéristiques analytiques du PCR en temps réel?
* Meilleur précision
* Meilleur sensibilité
* Possibilité de standardisation
* Automatisable
* Rapide
* Peu de manipulations nécessaires
* S'adapte facilement à un laboratoire médical
57
Comparer le PCR en point final et le PCR en temps réel
* Le PCR en point final est semi-quantitatif alors que le PCR en temps réel est quantitatif
* L'analyse est plus longue pour le PCR en point final
* Le PCR en point final ne peut pas être automatisé
* Utilisation d'un agent intercallant cancérigène pour le PCR en point final
* PCR en point final ne peut pas être utilisé de routine
58
De quels facteurs dépend l'efficacité de la PCR?
* Du **design** des oligonucléotides (primers)
* Des **conditions** et **températures** des cycles
* De la présence d'**inhibiteurs** pouvant limiter l'amplification (efficacité pas toujours 100%)
59
Comment le design des oligonucléotides affecte-il l'efficacité de la PCR?
* **Distance** plus courte **entre les primers** = plus petits produits = amplification plus efficace et plus rapide
* Éviter l'**auto-appariement** des primers
* S'assurer de la **spécificité**
* Éviter séquences répétitive et s'assurer d'éviter les séquences similaires non-voulues (Outil BLAST du NCBI)
* **Longueur** optimale : 18-25 bases
* Choisir des primers avec des **températures de dénaturation similaire**
60
Comment les conditions/températures des cycles affectent-ils l'efficacité de la PCR?
* Performance suppérieure si on évite les plateaux de température ou les pauses
* L'efficacité de la PCR augmente si on effectue une amplification rapide
* Processus extrêmement rapides (dénaturation/appariement en 1 seconde suivant l'obtention de la température)
* Vitesse d'élongtion : typiquement de 50 à 100 bases/sec
61
_Vrai ou faux_ : L'amplification PCR est un processus qui comporte 3 phases (Dénaturation, hybridation, extension) qui impliquent des plateaux de température pour chaque phase
**FAUX**
Il est vrai de dire que des "braquettes" de températures sont associées aux différentes phases de la PCR, mais la PCR est un processus dynamique où on peut retrouver les différentes phases aux mêmes températures!
Beaucoup de développement actuellement pour éviter les plateaux de température et augmenter la spécificité de la PCR
62
Compléter la phrase :
La spécificité de la PCR augmente lorsque les cycles sont plus \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_
La spécificité de la PCR augmente lorsque les cycles sont plus **_COURTS_**
63
Comment la présence d'inhibiteurs peut affecter l'efficacité de la PCR? (mécanismes)
Des inhibiteurs de PCR peuvent interagir directement avec l'ADN ou d'autres composantes et bloquer l'activité de la polymérase
64
Nommer des exemples d'inhibiteurs qu'on peut retrouver dans différents types de matrice biologique
* Urine :
* Sang, urée, mucine, bilirubine
* Sang :
* Hème, IgG
* Nasopharyngé :
* Différents Rx, mucine
* Selles :
* Sels biliaires
* Tubes et préservatifs :
* Héparine, formaline, swabs avec gel ou charbon
* Endocervicaux/vaginaux :
* Sang, mucine, poudre
65
Quel est le principe analytique du PCR isotherme?
_Méthode d'amplification isotherme_ : L'étape de dénaturation thermique a été remplacée par des protéines accessoires (hélicase, recombinase) ou par déplacement de brin
* Méthode non limitée par les contraintes du cyclage thermique
66
Quels sont les avantages de l'amplification isothermale par rapport à la PCR?
* Ne nécessite pas de thermocycleur
* Peut être très rapide!
67
Nommer différentes techniques d'amplification isothermale
* Amplification basée sur la transcription *(Transcription-mediated amplification, **TMA**)*
* Amplification basée sur le déplacement de brin *(Strand displacement amplification, **SDA***)
* Amplification hélicase dépendante *(Helicase dependant amplification, **HDA**)*
* Amplification médiée par boucle (*Loop-mediated amplification, **LAMP**)*
68
Quel est le principe analytique de l'amplification basée sur la transcription (TMA) (PCR isotherme)?
* Amplification **à partir d'ARN**
* Méthode basée sur la réplication des rétrovirus
* Utilise les activités combinées de la
* Reverse transcriptase (Transcriptase inverse + RNAse H)
* ARN polymérase
* **Aucune variation de température**
_Principe_ :
* 2 amorces utilisées, dont 1 qui contient la séquence promotrice pour l'ARN polymérase
* Amplification par la reverse transcriptase : hybride ARN-ADN
* Brin d'ARN dégradé par la RNAse H
* Liaison de la 2e amorce à l'ADN sb
* Élongation de la reverse transriptase pour produire ADN db (avec promoteur)
* Promoteur reconnu par l'ARN polymérase : Production de 100-1000 copies d'ARN à partir d'un brin d'ADN
* Chaque brin d'ARN lie l'amorce pour production de l'hybrtide **ARN-ADN... RNAse H... ds DNA... Production d'ARN... ARN-ADN.....**
69
Quel est le principe analytique de l'amplification basée sur le déplacement de brin (SDA) (PCR isotherme)?
* Technique d'amplification d'ADN
* Requiert la génération de matériel de départ
* Dénaturation initiale par chauffage
* 4 amorces :
* 2 pour le déplacement
* 2 internes pour l'ajout d'un site de restriction
* Utilise d'activité d'une enzyme de restriction qui coupe d'ADN simple brin
_Principe_ :
* Dénaturation en amplification des ADN double brin avec un site de restriction
* Clivage sp (nick)
* Extension du site entaillé avec déplacement du brin
* Amorçage du brin déplacé avec l'amorce interne d'origine qui comprend le site de restriction
* Extension à la fois de l'amorce et du brin déplacé, formant un nouveau produit double brin avec le site de restriction
70
Quel est le principe analytique de l'amplification hélicase dépendante (HDA) (PCR isotherme)?
* Utilisation de l'activité ADN hélicase en présence d'ATP
* Séparation des 2 brins, ligation des primers et amplification
* Pas de température d'initiation requise
* Amplification asynchrone avec cinétiques semblables au PCR
* Utilise une polymérase à déplacement de brin
* Très spécifique
* Très rapide
71
Quel est le principe analytique de l'amplification médiée par boucle (LAMP) (PCR isotherme)?
* Au lieu de produire de longs fragments, production de fragments de longueurs différentes avec des branches et des boucles
* Requiert un minimum de 4 amorces (recommandé d'en utiliser 6 : très spécifique)
* Les amorces contiennent des séquences complémentaires à des sites amplifiés pour faciliter la formation des boucles
* Structures «en boucle» facilitent les cycles ultérieurs d'amplification par extension sur les boucles et hybridation supplémentaire des amorces
* Forme une structure "dumbblle" (altère)
* Détection colorimétrique par changement de pH
72
Quelles sont les applications potentielles, les avantages et les inconvénients de la technologie LAMP?
* Fréquemment utilisé pour la détection des pathogènes
* Performances peuvent excéder la PCR, les immunoessais et la culture
* Très robuste (résistant aux interférences)
* Mise au point complexe
73
Comparer les méthodes d'amplification isothermales (TMA, SDA, HDA et LAMP) pour :
* Matériel de départ
* Type d'amplification
* Nombre de primer
* La nécessité d'une température d'initiation
* Sensibilité analytique
* TMA:
* ARN, amplification ARN, 2 amorces
* Pas de T° d'initiation requise
* Sensib : 1 copie
* SDA :
* ADN, amplification ADN, 4 amorces
* T° d'initiation requise (95°C)
* Sensib : 10 copies
* HDA :
* ADN, amplification ADN, 2 amorces
* Pas de T° d'initiation requise
* Sensib : 1 copie
* LAMP :
* ADN, amplification ADN, 4-6 amorces
* Pas de T° d'initiation requise
* Sensib : 5 copies
74
Quel est le principe analytique du séquençage Sanger?
**Repose sur le principe de terminaison de chaîne avec d'utilisation de ddNTP**
* Amplification de l'ADN avec les 4 dNTP classiques
* Échantillon réparti dans 4 contenants différents
* Ajout de ddNTP modifié avec fluorochrome qui stop l'amplification (1 type de ddNTP par contenant)
* L'amplification stop à différents endroit dans la séquence d'ADN
* Migration sur gel d'acrylamide pour visualiser la différence d'une pb entre chaque amplicon
* Séquençage obtenu
75
_Vrai ou faux_ : Le séquençage Sanger n'est pratiquement plus utilisé aujourd'hui depuis l'arrivée du séquençage nouvelle génération
**FAUX**
Sanger reste le gold standard du séquençage.
Encore utilisé couramment, notamment pour valider les résultats du séquençage de nouvelle génération
76
Qu'est-ce que le séquençage nouvelle génération (NGS)?
* Séquençage à haut débit
* Séquençage en parallèle (millions/milliard de séquence en même temps)
77
Quel est le principe analytique du séquençage nouvelle génération (NGS)?
* Préparation de la librairie
* Fragmentation aléatoire du génome
* Ligature avec des adaptateurs appropriés
* Génération des groupes (**_clusters_**)
* Hybridation des adapteurs de la librairie
* Amplification sur un support solide
* Génération d'ADN sb
* Séquençage (Ex du Illumina)
* Utilisation de dNTP ayant chacun leur signal fluorescent (fluorophore)
* 1 dNTP ajouté à la fois et signal enregistré/lu
* Fluorophore clivé et dNTP suivant incorporé
* Analyse de données
78
Qu'est-ce que le séquençage "Exome"?
* Méthode de séquençage ciblée la plus utilisée
* Séquence moins de 2% du génome humain, mais contient la majorité des variants connus pour causer des pathologies
* Au lieu de se concentrer sur les gènes candidats, **toutes les régions codantes du génome sont ciblées** pour un criblage non biaisé des variantes codantes
79
Quels sont les avantages et les inconvénients du séquençage "Exome"?
_Avantages_ :
* Coût-efficace comparativement au whole-genome
* Identifie la plupart des variants causant les pathologies
* Amélioration récente mène à des TAT rapides
_Inconvénients_ :
* Technique non-standardisées et couverture hautement variable
* Problématique pour régions réfractaires (pseudo-gènes, régions codantes hautement répétitives, grandes délétions et duplications)
* Régions GC-riches et GC-faibles plus difficiles à séquencer = couverture diminuée
* Variation importante d'un labo à l'autre pour la profondeur et l'identification des variants
80
Discuter du séquençage "Genome" (avantages/inconvénients)
La méthode la plus efficace de déterminer 3.2 milliards de base du génome humain
* **Avantages** :
* Préparation simple
* Peut identifier les variants structuraux et cassures de chromosomes dans les régions non-codantes
* **Inconvénients** :
* Coût significativement plus élevé que le séquençage "exome"
* Technique avec couverture non-standardisée et hautement variable
* Nombre élevé de variants de signification inconnue
81
Qu'est-ce que le séquençage ciblé?
Un sous-groupe de gènes ou régions du génome sont isolés et séquencés
82
Quels sont les avantages et les inconvénients du séquençage ciblé?
_Avantages_ :
* Niveaux de couverture plus élevés ??
* Paneaux de couverture peuvent être pré-déterminés ou peuvent être modulés
* Plus facile à analyser, TAT plus rapide
* La sensibilité clinique peut être suppérieure au séquençage de l'exome ou du génome
* Pas de trouvailles non voulues
_Inconvénients_:
* Limité à certaines pathologies particulières
* Le choix du paneau de gène peut être difficile à choisir pour lse cliniciens (phénotype moins bien défini)
83
Nommer des applications cliniques du séquençage NGS
* Dépistage/Dx de pathologies diverses
* Non-invasive prenatal testing
* Dépistage de risque de cancer
* Dépistage de maladies génétiques
* Réponse aux Rx
Court/moyen terme :
* Détection de cancer aux stades les plus précoces
* Séquençage du génome entier
84
Pourquoi le NGS révolutionne les laboratoires médicaux?
* Démocratise les analyses génétiques et permet de connaitre :
* Prédispositions à souffrir de maladies
* Prédispositions à transmettre ces maladies à la génération suivante
* Rsiques de développer un cancer
* Présence d'anomalie génétique foetale de façon non-invasine
85
Qu'est-ce que le séquençage de 3e génération?
Les technologies de troisième génération ne fragmentent pas et n'amplifient pas l'ADN: **elles séquencent directement une seule molécule d'ADN**
* Très rapide
* Cadence très élevée
* Produit des lectures très longues
* Haut taux d'erreur
* Potentiel virutellement illimité (très prometteur)
* Microbiome, maladie infectieuse, analyse de l'eau, science judicière....
_Ex Nanopore :_
* Modifications d'un courant électrique lorsque les acides nucléiques passent à travers une protéine membranaire "nanopore".
* Le signal résultant est décodé pour fournir la séquence d'ADN ou d'ARN spécifique.
86
Quelle est la différence entre "séquençage" et "génotypage"?
**_Génotypage_** :
* Processus de détermination des variantes génétiques qu'un individu possède
**_Séquençage_** :
* Méthode utilisée pour déterminer la séquence exacte d'une certaine longueur d'ADN
* Peut être utilisé pour génotyper quelqu'un pour des variantes connues, ainsi que pour identifier des variantes qui peuvent être uniques à cette personne.
87
Nommer des technilogies utilisées pour le génotypage
* Technologie BeadArray Microarray
* Technologie MassArray
88
Quel est le principe analytique de la technologie "BeadArray Microarray"?
* Billes de silicone de 3µm couverte avec des centaine de millier de copies d'oligonucléotide spécifique
* Fragment d'ADN passe dans la région des billes et se lie à la séquence complémentaire
* La liaison se fait juste avant la région d'intérêt
* La spécificité allélique est conférée par une seule extension de base qui incorpore l'un des quatre nucléotides marqués
* Lorsqu'il est excité par un laser, le marqueur nucléotidique émet un signal. L'intensité de ce signal transmet des informations sur le rapport allélique à ce locus.
* **IDENTIFICATION DE VARIANT**
89
Qu'est-ce que la technologie "MassArray"?
Utilisation de la **MS (MALDI-TOF)** pour la détection d'amplicons produits par PCR
* Amplification de fragment spécifique d'ADN
* Transfert sur le support pour la désorption-onisation laser assistée par matrice
* Détection par TOF (**séparation basée sur la masse des amplicons**)
* **IDENTIFICATION DE VARIANTS**
90
Qu'est-ce ce qu'une biopsie liquide?
Les «biopsies liquides» sont basées sur l'**analyse des cellules tumorales circulantes (CTC)**, de l'**ADN tumoral circulant (ctDNA)** ou des vésicules extracellulaires dérivées de tumeurs, qui ont été **rejetées par les tumeurs et leurs sites métastatiques dans le sang**
91
_Vrai ou faux :_ Pour les biopsie tumorales, une meilleure sensibilité est obtenue en utilisant de ctDNA (ADN circulant tumoral) plutôt que les CTC (cellules tumorales circulantes)
**VRAI**
92
Quelles pourraient être les implications des biopsie liquides?
* Peut permettre ID d'un Tx spécifique à une mutation d'un gène spécifique
* Peut permettre de détecter un cancer au stade précoce
* Association entre ctDNA et survie a été associé dans certains cancers
* Pourrait être utile pour repérer les récidives de cancer (médecine personnalisée)
* Pourrait être utilisé en première intention avant biopsie solide? Moins invasif. Pourrait permettre d'orienter le patient vers le bon Tx en fonction de la signature génétique de la tumeur
93
Quels sont les difficultés rencontrés pour l'implantation des biopsies liquides en médecine?
* Les processus pathologiques sont hétérogènes
* Microenvironnement dynamique : % ctDNA très variable d'un invidivu et d'une condition à l'autre
* % ctDNA souvent \< 4% (vs ADN foetal circulant = environ 10%)
* Difficile à standardiser
94
Est-ce utile de détecter les tumeurs de façon précoce?? (utilité des biopsies liquides)
* Non...
* Plus on détecte des tumeurs petites, plus on fait du sur diagnostic (Ex du cancer du sein)
* Peut prendre plusieurs années avant qu'un cancer soit significatif
* Si trop petit, imagerie inutile. Confirmation?
* Coût de dépistage précoce élevé pour peu d'avantages...
95
Combien avons-nous de chromosomes?
22 paires de chromosomes autosomes
1 paire de gonosomes (chromosomes sexuels)
96
Discuter des chromosomes mitochondriaux
* Sous forme circulaire
* Encodent 37 gènes
* Exclusivement transmis par la mère
* Variants dans les gènes mitochondriaux associés à des maladies à transmission maternelle
97
Par définition, qu'est-ce qu'un variant rare?
Fréquence allélique de \< 0,1%
Peuvent être associés au développement de maladies
98
Nommer les types de variants associés à la maladie humaine
* **Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) : 68%**
* Variants synonyme
* Variants faux-sens
* Variants non-sens
* Variants affectant les sites d'épissage
* Variants non-codants
* **Petites insertions et/ou délétions : 24%**
* **Variants structuraux : 8%**
* Copy number variants (CNVs)
* Anomalies chromosomiques
99
Nommer les différents types de mutation ponctuelle (SNP)
* Variants synonyme
* Variants faux-sens
* Variants non-sens
* Variants affectant les sites d'épissage
* Variants non-codants
100
Qu'est-ce qu'une mutation faux-sens (variant faux-sens)?
Variant qui entraîne le changement d'un codon spécifique d'un aa pour un autre aa
101
Qu'est-ce qu'une mutation non-sens (variant non-sens)?
Variant qui entraîne l'introduction d'un **codon stop prématuré**
102
Qu'est-ce qu'une mutation synonyme (variant synonyme)?
Changement d'un nt qui n'entraine pas de modification du codon, donc ne change pas l'aa
103
Qu'est-ce qu'une mutation qui affecte le site d'épissage (variant site d'épissage)?
Variant qui affecte les sites donneur 5' ou accepteur 3'
104
Qu'est-ce qu'une mutation non-codante (variant non-codant)?
Une mutation dans un intron
105
Qu'est-ce que les ***indels*** (courte insertion et/ou délétion)?
Courtes insertions/délétions (\<50 nt)
* Si multiple de 3nt pas de changement de cadre de lecture
* Si pas de multiple de 3 : changement du cadre de lecture
***\*Les indel de \> 50 nt peuvent être plus difficilement détectées par les techniques de séquençage usuelles***
106
Quels peuvent être les effets fonctionnels des différents types de variants (mutations)?
* Faux-sens
* Perte de fonction
* non-sens
* changement du cadre de lecture
* site d'épissage
* large délétion
* Gain de fonction
107
Qu'est-ce qu'une anomalie chromosomique de nombre? Nommer 2 types d'anomalie
Anomalie affectant le nombre total de chromosomes présents chez un individu.
* **Monosomie** : Aneuploïdie par défaut (absence d'un chromosome)
* **Trisomie** : Aneuploïdie par excès (gain d'un chromosome)
108
Nommes des anomalies chromosomiques de structure impliquant 1 ou 2 chromosomes
* 1 chromosome impliqué :
* Délétion
* Duplication
* Inversion
* 2 chromosomes impliqués
* Insertion (délétion sur 1 chromo insérée dans un autre chromo)
* translocation (échange fragments de chromo entre 2 chromosomes)
109
Qu'est-ce que l'épigénétique?
Fait référence à tout facteur pouvant affecter le fonctionnement des gènes sans modification du génotype
110
Nommer les 3 principaux mécanismes épigénétiques
1. **Méthylation de l'ADN**
* Méthylation des dinucléotines CpG
* Associé à la _répression_ génique
2. **Modification des histones**
* Modifications a/n des queues des histones
* Associées à la fois à la _répression_ **_et_** à l'_expression_ des gènes
3. **Variants localisés au niveau des histones**
* Variants qui affectent des régions spécifiques dans le génome
* Associés à une _instabilité génomique_
111
Lorsqu'un nouveau variant est identifié, comment le caractérise-t-on (selon les lignes directrices de l'ACMG/AMP)?
**_De façon générale :_**
* Faire une revue de littérature
* Identifier la fréquence dans les bases de données populationnelles
* Utiliser des outils bio-informatiques pour prédire la pathogénicité du variant
112
Quels sont les critères proposés pour la caractérisation d'un nouveau variant (selon les lignes directrices de l'ACMG/AMP)? Quel est le but de l'étude de caractérisation?
**_But_ : On cherche à dépister une maladie rare (fréquence allélique \< 0,1%)**
* _Fréquence allélique (FA) du variant dans la population_
* FA \> 5% : Critère bénin fort
* FA \< 0,1% : Associé aux maladies rare
* FA \< prévalence de la maladie : possiblement associé à la maladie
* Variant retrouvé parmis plusieurs cas index clairement maladies et absent des contrôles : possiblement associé à la maladie
* _Données bio-informatiques_
* Conservation de l'aa dans l'évolution?
* Changement de polarité?
* _Données fonctionnelles_
* Études fonctionnelles (Attention à la pertinence des études)
* _Données de ségrégation familiale_
* Association avec la maladie possible si variant ségrège avec la maladie dans une famille et son absence corrèle avec les individus non-atteints
* Attention à la pénétrance qui n'est pas tjrs de 100%
* _Phénotype (maladies monogétiques)_
* _Données alléliques (cis vs trans)_
* Si un variant clairement pathogénique est également retrouvé dans le gène, l'association avec la maladie est plus faible
* _Variant rapporté pathogénique par une/des source/s fiable/s_
113
Qu'est-ce l'hypercholestérolémie familiale? Quel est le mode de transmission?
**Désordre génétique du métabolisme des lipides associé à une élévation des concentrations plasmatiques de LDL-C**
* LDL-C élevé entraine le développement prématuré de maladies cardiovasculaires athérosclérotiques
* MCVA aparraissent tôt dans la vie du patient si non traité
**_AUTOSOMIQUE DOMINANT_**
114
Quels gènes sont principalement impliqués dans l'hypercholestérolémie familiale et quel est leur mode de transmission et leur effet sur la fonction?
* **LDLR** : Autosomique dominant (Perte fct)\*\*
* **ApoB** : Autosomique dominant (Perte fct)
* **PCSK9** : Autosomique dominant (Gain fct)
* **LDLRAP1** : Autosomique récessif (Perte fct)
\*\* 85-90% de prévalence
115
Expliquer le mécanisme normal du transport des LDL dans les hépatocytes
1. LDL lie le récepteur des LDL à la surface des hépatocytes
* ApoB fait parti de la composition des LDL
2. Intermalisation du complexe LDL-LDLR dans la cellule et formation d'une vésicule avec l'aide de la protéines adaptatrice LDLRAP1
3. PCKS9 est responsable de la dégradation du récepteur (ralentissement du captage des LDL)
116
Quel est l'impact d'une mutation de perte de fonction dans le gène APOB pour l'hypercholestérolémie familiale?
Réduction de la clairance plasmatique des LDL
117
Quel est l'impact d'une mutation de perte de fonction dans le gène PCSK9 pour l'hypercholestérolémie familiale?
Perte de fonction = pas de récepteurs LDL dégradés = plus de LDL captés = Protection contre l'hypercholestérolémie
**_Ce qui est pathologique c'est le gain de fonction_**
118
Quelles sont les implications cliniques du diagnostic moléculaire pour l'hypercholestérolémie familiale?
* Diagnostic précoce essentiel
* **Tx** par Rx hypocholestérolémiants afin de **prévenir** les maladies cardiovasculaires athérosclérotiques
* **Dépister** les membres de la **famille du premier degré**
* Pronostic chez les individus traités
* Hétérozygotes : vie normale
* Homozygotes : Survenue des **maladies cardiovasc athérosclérotiques repoussée dans le temps** par aphérèse plasmatique (dialyse pour enlever les lipides du sang)
* Contribution majeure de la gététique :
* Impact profond pour le **Tx** (*_ciblé!_*)
* Développement d'une classe de **statine** qui cible la synthèse de novo du cholestérol
* Développement d'**Ab monoclonaux vs PCSK9**
119
Nommer des maladies cardiovasculaires héréditaires
* Cardiomyopathie hypertrophique
* Syndrome du QT long
* Syndrome de Marfan
* Mort subite cardiaque inexpliquée
120
Qu'est-ce que la cardiomyopathie hypertrophique? Quel est son mode de transmission?
**Épaississement (hypertrophie) du muscle cardiaque (cardiomyocarde)**
* Maladie fonctionnelle (maladie du sarcomère cardiaque)
* 1ere cause de mort subite chez \< 40 ans
* Peut se développer à tout âge
**_AUTOSOMIQUE DOMINANT_**
121
Quelle est la présentation clinique de la cardiomyopathie hypertrophique?
* Fatigue
* Essoufflement à l'effort
* Angine
* Palpitations, arythmies
* Étourdissements, syncopes (perte de connaissance brutale)
* Oedème aux jambes
* **Souvent ASx (1er Sx = mort subite)**
122
Quels sont les gènes impliqués dans la cardiomyopathie hypertrophique?
Maladie sarcomérique
* **MYH7** (myosine) 15-25%
* **MYBPC3** (prt liaison myosine)
* **TNNT2** (troponine T) 4-15%
* **TNNI3** (troponine I) 2-7%
123
Quelle est l'implication clinique du diagnostic moléculaire de la cardiomyopathie hypertrophique?
* **Confirmation du Dx :**
* ID d'un variant pertinent chez 30-50% des individus CMH
* **Dépistage familial :**
* ID des membres de la famille à risque de mort subite
* **Indication sur le Tx :**
* Selon le résultat et si le risque de mort subite est considéré significatif, un défibrillateur peut être implanté de façon préventive
124
Qu'est-ce que le syndrome du QT long? Quel est le mode de transmission?
**Anomalies électriques sur l'électrocardiogramme (allongement du segment QT et anomalies de l'onde T)**
* Risque d'arythmie ventriculaire, de syncope et d'arrêt cardiaque
* Structure et fonctionnement cardiaque sont normaux
* **Activité électrique du coeur est altérée**
**_AUTOSOMIQUE DOMINANT_**
125
Quelle est la présentation clinique d'un patient atteint de syndrome de QT long?
* Parfois **ASx**
* Allongement segment QT découvert de manière fortuite
* D'autres ont des **Sx** qui sont causés par des **arythmies ventriculaires**
* Palpitations, tachyarythmie
* Syncopes
* Lipothymies (faiblesse sans perte de conscience)
* Mort subite
* Anomalies électriques sont **déclenchées** par certaines situations :
* Activité physique
* Stimuli auditif
* Émotion intense
* Post-partum
* repos
* Certains Rx
126
Quels sont les principaux gènes impliqués dans le syndrome du QT long?
**_Gènes codant pour des canaux sodiques/potassiques_**
* LQT1 et LQT2 : Perte de fonction (55-75%)
* LQT3 : Gain de fonction (5-10%)
127
Quelle est l'implication clinique du diagnostic moléculaire pour les patients atteints du syndrome de QT long?
* **Confirmation du Dx**
* 30% des patients ont un intervalle QT dans les valeurs de référence...
* ID d'un variant cliniquement pertinant chex 80% des individus atteint
* **Dépistage familial :**
* ID membres de la famille à risque de mort subite
* **Prévention**:
* Défibrillateur peut être implanté (selon résultat et le risque de mort subite)
* Limitation de certaines activités physiques intenses
* Arrêt de certains emploi
* Éviter Rx allongeant le segment QT
128
Qu'est-ce que le syndrome de Marfan? Quel est son mode de transmission?
**Désordre génétique multisystémique qui affecte le tissus conjonctif**
* Systèmes atteints : Squelettique, oculaire, pulmonaire, cardiovasculaire et peau
* Caractérisé par un dysfonctionnement de la **fibrilline-1** (glycoprotéine de la **matrice extracellulaire** distribuée de façon **ubiquitaire**)
**_AUTOSOMIQUE DOMINANT_**
129
Quelle est la présentation clinique du syndrome de Marfan?
* Grande taille dysproportionnée (anomalies du squelette)
* Subluxation du cristallin
* Luette bifide
* Hyperlaxité ligamentaire
* Anévrisme de l'aorte initiale et dissection aortique
* Prolapsus de la valve mitrale
* Pneumothorax spontanné
130
Quel est le principal gène responsable du syndrome de Marfan? Quelle est la particularité des mutations associées à la maladie?
Gène **FBN1** (code pour la fibrilline-1)
* Faux-sens 65%
* Non-sens 8%
* Variant **de novo** : 25-35%
* **Variants uniques à chacune des familles atteintes**
* Affectent synthèse, processing, sécrétion, polymérisation et stabilité de la protéine
131
Quelle est l'implication du diagnostic moléculaire dans le syndrome de Marfan?
* Golden standard pour Dx du syndrome de Marfan : **séquençage du gène FBN1**
* **Dx** si ID d'un variant pathogénique/probablement pathogénique
132
Quelles sont les implications cliniques du diagnostic moléculaire pour la mort subite cardiaque?
* **Étiologie variable** selon l'âge
* Anomalies structurelles et non structurelles
* Beaucoup de mort restent inexpliquées (même après l'autopsie)
* **_AUTOPSIE MOLÉCULAIRE :_**
* Analyse génétique post-mortem qui permet d'ID des modificationd dans l'ADN des gènes associés à la mort subite cardiaque
* ID déterminants génétiques pouvant expliquer la cause du décès
* ID des membres de famille à risque de complication pouvant être fatales
133
Qu'est-ce que la dystrophie musculaire de Duchenne? Quel est son mode de transmission?
Maladie neuromusculaire caractérisée par une **atrophie et une faiblesse musculaire progressive** dues à une **dégénérescence progressive** des muscles squelettiques, lisses et cardiaques
* Défaut de la protéine **dystrophine** (prt musculaire exprimée dans muscle squelettique, lisse et cardiaque ainsi que ds neurones)
**_RÉCESSIF LIÉ À L'X_**
134
Quelle est la présentation clinique de la dystrophie musculaire de Duchenne?
* Naissance à 2 ans :
* Relativement normaux
* **CK élevée** (10-100 LSN)
* 3-5 ans :
* Faiblesse musculaire
* Chutes fréquentes
* Pseudohypertrophie des mollets
* **Signe de Gowers**
* Vers 12 ans :
* **Garçon** se déplace en chaise roulante
* Légère déficience intellectuelle
* Complications cardiaques et pulmonaires (95% cas)
* Incurable : décès jeune adulte
135
Quels sont les principaux variants associés à la distrophie musculaire de Duchenne?
Gène de la **dystrophine (DMD)** (gène le plus long du génome humain!)
* Larges délétions 65%
* Larges duplications 10%
* petites insertions/délétions ou SNPs 25%
136
Quelle est l'implication du diagnostic moléculaire dans la distrophie musculaire de Duchenne?
Gène avec une grande variété de variants!
* Analyse du gène requiert méthode qui permet l'analyse de larges délétions et duplications
* Délétion de 2 exons distancés = Caractéristique!
* Si larges variations génétiques négatives, séquençage complet du gène
* Dx moléculaire moins invasif que les autres méthodes Dx (études morphologiques et immunohistochimiques)
* Dépistage familial = 1ere indication du Dx moléculaire
137
Qu'est-ce que la fibrose kystique? Quel est son mode de transmission?
**Désordre multisystémique qui affecte principalement les systèmes pulmonaires, gastro-intestinal et reproductif**
* Maladie autosomique récessive fatale la plus connue dans la population caucasienne
* Caractérisée par le dysfonctionnement du canal chlore CFTR
**_AUTOSOMIQUE RÉCESSIVE_**
138
Quelle est la présentation clinique de la fibrose kystique?
* Troubles respiratoires
* Toux chronique
* Obstruction des voies respiratoires
* bronchites
* Dyspnée
* Colonisation du tractus respiratoire
* Production insuffisante d'enzymes digestives
* Stéatorrhée
* Malabsorption des protéines et des graisses
* Insuffisance du pancréas
* Intolérance au glucose (puis diabète)
* Maladies biliaires
* Infertilité
139
Quels variants sont responsables de la fibrose kystique?
* \> 1600 mutations du gène CFTR divisées en 6 classes
* Classe I : pas de protéine
* Classe II : Pas de transport de la protéine à la membrane
* Classe III : Pas de fonction
* Classe IV : Protéine moins fonctionnelle
* Classe V : Moins de protéine
* Classe VI : Protéine moins stable
* Variant deltaF508 = délétion de 3 aa menant à la perte d'une phénylalanine en position 508
* Génotype le plus commun chez les caucasiens
140
Quelles sont les implications du diagnostic moléculaire pour la fibrose kystique?
* Test de confirmation :
* Établir le Dx
* Test de dépistage :
* Connaitre le **statut de porteur**
* Dx **pré-natal**
* Dépistage **néo-natal**
* **_Contribution majeure_** de la génétique à la FK :
* Impact profond sur le Tx et amélioration de la qualité et l'espérance de vie via le développement de diverses interventions thérapeutiques
141
Qu'est-ce que la maladie d'Alzheimer ? Quel est son mode de transmission génétique?
Maladie neurodégénérative mortelle caractérisée par une défaillance subtile et mal reconnue de la mémoire et devient lentement plus grave et éventuellement incapacitante
* Cause la plus fréquente de démence chez les personnes âgées
* Responsable de plus de la moitié de tous les cas de démence
* Perte chronique et progressive de mémoire et autres fonctions intellectuelles associées avec la mort des neurones corticaux
* Facteurs de risques importants : âge, sexe, ATCD familiaux
Multifactoriel (tardif)
**_AUTOSOMIQUE DOMINANT (formes rares de la maladie)_**
142
Quelle est la présentation clinique de la maladie d'Alzheimer?
* Confusion
* Manque de jugement
* Troubles du langage
* Plaintes visuelles
* Agitation
* Retrait
* Hallucinations
143
Quel est le diagnostif définitif de l'Alzheimer?
Post-mortem : évaluation clinique-neuropathologique
144
Quel est le principal variant associé à la maladie d'Alzheimer (forme multifactorielle)?
**_Gène APOE_**
* Gène de prédisposition
* Apolipoprotéine E : Constituant des plaques amyloïdes
* Trois allèles : Epsilon 2-3-4
* Allèle 4 = Le plus fréquent chez les individus ayant développer la maladie d'Alzheimer (vs individus non-atteints)
145
Quel est le principal variant associé à la maladie d'Alzheimer (forme rare autosomique dominant)?
_Gènes_
* **PSEN1** : Préséniline 1 (20-70%)
* **PSEN2** : Préséniline 2
* **APP** : Protéine précurseur de l'amyloïde (10-15%)
146
Quelles sont les implications du Dx moléculaire pour la maladie d'Alzheimer?
* Limitées
* Permet ID la cause génétique de la maladie précoce et dépister les membres de la famille
* Aide au conseil génétique
* **Génotypage APOE non recommandé**
147
Quels sont les 2 types d'équipements disponibles pour un laboratoire de Dx moléculaire? Quelles sont leur principales caractéristiques?
1. Système fermé
* Conception technique du système empêche tout contact avec des produits de réaction intermédiaires ou finaux
* Appareils automatisés en système fermé (cassettes)
* Circuit unidirectionnel non nécessaire
2. Système ouvert
* Système ouvert impliquant au moins une étape d'amplification d'acides nucléiques
* Comporte en général 3 ou 4 zones permettant la séparation des activités et d'éviter la contamination de l'échantillon
* Circuit unidirectionnel **_essentiel!_**
* **\*\*Amplicons volatils : Zone de préparation des réactifs, de préparation des éch et d'amplifiation distinctes pour éviter les contaminations**
148
Quels sont les éléments à considérer pour établir un laboratoire de diagnostic moléculaire?
_Prévenir les contaminations, les aérosols et la rémanence :_
* Centrifuger brièvement les tubes avant de les ouvrir
* Ouverture et fermeture minutieuse des tubes
* Embouts de pipette avec filtre
* Refermer chaque éch avant d'en ouvrir un autre
* Aliquoter les réactifs
* Porter des gants
* Respecter le flux unidirectionnel
* Préparation et distribution du mélange réactionnel avant l'ajout de l'ADNg
* Limiter les travaux des locaux au minimum
* Bonnes pratiques de pipettage cas très petits volumes sont pipettés
149
Quel est le matériel de référence en Dx moléculaire? Quelle est son utilité?
Important pour la validation et le CQ interne et externe
**_ADNs Corriel_** :
* ADNg provenant de lignées cellulaires
* Lignées cellullaires caractérisées par la CDC
* L'ensemble de leur séquence génomique est facilement téléchargeable à partir de bases de données publiques
*\*\*\*Difficile d'obtenir une grande qté d'ADN génomique d'un individu pour le long terme (même si ADNg extrait de sang total = stable)*
150
Que sont les CQ internes et externes en Dx moléculaire?
**_Contrôles internes_ :** 2 types
* Positif : faible qté d'ADN pour éviter rémanence
* Négatif : Tous les réactifs saug ADNg
* Effectués à chaque essai
* Idéalement, chacune des étapes du processus à son contrôle interne
**_Contrôles externes :_**
* Programmes offerts : CAP et EQMN
* Effectués sur une base périodique
* Doivent être traités comme des échantillons patient
