Aula 16 - Domínios Funcionais De Proteínas Flashcards
Major grooves
Exposição de bases azotadas
Proteínas reguladoras
Estabelecem ligações com as bases expostas no sulco maior do DNA
A sua ligação com o DNA é muito frágil
Efeito Velcro
DNA binding proteins
Contém domínios de ligação ao DNA (ex: fatores de transcrição atiradores ou repressores)
O reconhecimento de seqs resulta de interações não covalentes entre hélice alpha e vasos azotadas no sulco maior
Helix-turn-helix
Hélice alpha de reconhecimento q liga ao sulco maior e outra hélice alpha no terminal amino
Formam ângulo fixo
Formam Dimeros simétricos (homodimeros) - 2 subunidades iguais
Homeodomain (Eucarioticas)
Caso das helix turn helix
Hélice alpha de reconhecimento
Ex: proteínas hox: possuem 3 hélices alpha
A 3 hélice é de reconhecimento e liga-se ao sulco maior por pontes de hidrogénio
Terminal amina: estabelece ligações a pbs através de resíduo de arginina
Zinc finger
Domínio mais abundante
Interagem com o DNA através de átomos de zinco, que estabelecem ligação com aminoácidos tipo cisteina e histidina
Átomo de zinco faz ligação entre alpha hélice e cadeias beta
Encontrados em tandem
Temos:
Zinc finger C2H2
Zinc finger C4
Zinc finger C2H2
GL1 contém 5 zinc fingers c2h2
Finger 1 nao interage com dna
finger 3 interage
finger 2 interage com zinco
Finger do tipo C4
Pertencem a superfamilies dos recetores nucleares (hormonas esteroides)
Cisternas nas duas extremidades vão interagir com os átomos de zinco
Formam homo ou heterodimeros q se ligam de forma simétrica
Recetor de glucocorticoide: proteína de zinc finger homodimerica C4
Leucin zipper
Duas hélices alpha interagem entre si próximo da extremidade carboxilo e com o DNA na amina
Através de aminoácidos de leucina
Formação de homodimeros ou heterodimeros
Domínio de dimerisation estabilizado por inserções hidrofobicas
Varia
Proteínas bHLH
Proteínas bHLH
Variante de leucin zipper em que existem andas no meio das alpha hélices
Beta sheet como domínio de ligação
Proteína depressora da mentionina na bactéria
+ metionina - + S-adenosil-metionina que se liga ao repressor expondo beta sheet que se liga ao DNA
Não são tao comuns
Duas beta sheets ligam ao major groove
Andas polipeptidicas como domínios de ligação
Não são estruturas organizadas em estrutura secundária
Proteína 53 (repressor tumoral)
Regiões hélice alpha e beta sheet não estão envolvidas na ligação ao DNA
Arginina 248 liga-se ao DNA
Heterodimeros de homeodomains
Diferentes combinações nos heterodimeros dos fatores de transcrição aumentam as alternativas de regulação genética
NFAT e AP1
Regulam a transcrição do gene que codifica a interleucina-2 após lig cooperativa
SAP-1 e SRF
Regulam a transcrição do gene EGR1
