39+40. RNA Flashcards
Hvilket er det first macromolecular complex i protein syntesen og hvilket er det second?
First:
- rRNA
Second:
- Proteasome
Når det store og lille ribosom sættes sammen i cytosol hvad danner de så?
A cid
P eptidyl
E xit
APE site
Beskriv A P og E sites funktion
A site:
- Acid = Donor tRNA site
P site:
- Peptidkæden vokser vha. tRNA
E site:
- Exit site, overtaget af deacylated tRNA site
- Sammenkobler tRNA og mRNA
Et af A, P eller E sites er essentielle for læserammen, hvilket?
E site er essentiel for læserammen pga. sammenkobling af tRNA og mRNA
Hvilket enzym styrer dannelsen af A-P sited og hvordan?
Peptidyl-transferase danner peptidbinding mellem A-P site
Forklar Elongering
f
eEF - 1A fører elektrisk ladet tRNA til ribosom vha. GTP
1B fraspalter GDP fra tRNA og sørger for at GTP føres sammen til GTP, så vi kan få 1A til at fungere igen på ny
2 rykker mRNA og ribosomerne, således at A rykkes til P og P til E
Hvad skal et nysyntetiseret protein gennemgå for at blive funktionelt aktivt og med hvilken hjælp (hvordan)?
Et nysyntetiseret protein skal foldes i en 3-dimensionel struktur vha. Chaperoner
Chaperoner sørger for korrekt foldning og organisering af proteiner og makromolekyliske strukturer. inkl. nukleosomer og elektrontransport complekserne vha. ATPase
Chaperoner findes i ER, hvor de bindes til hydrofobe regioner af ufoldet proteiner
Hvad er funktionen af chaperoner og hvor findes de?
Chaperoner sørger for korrekt foldning og organisering af proteiner og makromolekyliske strukturer. inkl. nukleosomer og elektrontransport complekserne vha. ATPase
Chaperoner findes i ER, hvor de bindes til hydrofobe regioner af ufoldet proteiner
Hvad er funktionen af GRP78/BiP)
Er en type chaperone.
Glucose Regulated Protein 78 / Binding Immunoglobulin Protein binder og fanger forkert foldede proteiner i ER –> så de ikke transporteres og udskilles fra cellen
Proteinerne sendes til ER-associated degradation pathway (ERAD) og dør vha. proteasomer
Forklar ER stress (Endoplasmatisk Reticulum stress)
ER stress udvikles hvis Chaperoner og ERAD har for mange ukorrekt foldede proteiner.
De ukorrekt foldede proteiner ophober sig i lumen af ER (måske pga. mutation i GRP78/BiP).
ER stress aktiverer UPR (unfolded protein response) som udtrykker højere ekspression af chaperoner og ERAD proteiner. –> PERK (Protein ER Kinase) fosforylerer eIF-2 –> hæmmer initiering
Hvis det ikke er nok at hæmme initieringen vil cellen gå i apoptose.
Hvis ikke cellen går i apoptose kan cellen udvikle insulin resistance (type 2 diabetes mellitus)
Hvordan føres proteiner ud fra ER?
- Først genkendes det nysyntetiseret protein vha. et signal kaldet SRP (Signal Recognition Particle) på ERs membran
- Proteinet føres til Golgi apparatet og derefter til dets destination
Mitokondriel proteiner er specielle, hvordan og hvordan kan proteinerne permere mitokondrie membranen?
Hvis proteinerne skal til mitokondrierne skal de have 2 signal sekvenser på N-terminal enden, alt efter om de skal til matrix eller IMM.
Mitokondriel proteiner må IKKE være foldede før de kan transportere gennem IMM og OMM
Mannose-6-P bruges som et signal, hvor og hvorfor?
I Høj-mannose oligosaccharider bruges man-6-P som signal til at styre nogle glykoproteiner til lysosomerne.
Hvordan hænger strukturen af proteasomerne og ubiquitin (U) rolle i proteinnedbrydningen?
Proteasomer nedbryder proteiner. Jo flere ubiquitin der findes i cellen, jo flere proteiner nedbrydes, da Ubiquitin viser hvilke proteiner der er mål for nedbrydning.
Hvordan aktiveres Ubiquitin (U) og hvad er funktionen af U?
Ubiquitin aktiveres af et enzym kaldet E1.
Det sker når et thioester bånd sættes på C-terminalen af Ubiquitin.
Herefter sættes Ubiquitin, E1 på et Ubiquitin-transport molekyle, kaldet E2
Ubiquitin protein ligase, kaldet E3, transporteres Ubiquitin fra E2 til målproteinet og danner et isopeptid bånd på C-terminalen.
Ubiquitin frigives fra proteasomet via 19 S subunit.
Kort fortalt:
- Ubiquitin aktiveres af E1 via thioester bånd på C-terminal –> E1 erstattes på E2 –> E2 fører U over til E3 –> E3 transporterer U til målprotein på C-terminal vha. isopeptid bånd til proteasomet –> 19 S subunit på proteasomet frigiver Ubiquitin til cytosol på ny
Denaturering og oxidation er primær nedbrydningsmetoden af et protein.
E1 aktiverer U, så E2 kan transportere U til E3. E3 sætter U på protein.
