38b. DNA Flashcards
Hvorfor kan DNA polymerase III ikke syntetisere ‘the lagging strand’ i et langt ryk, som den ellers kan i ‘th’e leading strand?
Leading strand: 5’–>3’
Lagging strand: 3’–>5’
Fordi DNA syntese kun sætter nye nukleotider på i 3’enden
Derimod bliver ‘the lagging strand’ syntetiseret i Okazaki fragmenter.
Okazaki fragmenter er 1000-5000bp lange som bliver dannet af DNA polymerase III
DNA polymerase I sætter Okazaki fragmenter fast på ‘the lagging strand’
DNA polymerase I har reparationsegenskaber kaldet ‘exonuklease aktiviteter’, der tillader den at fjerne én nukleotid af gangen og erstatte den med en rigtig nukleotid på DNA template strengen
DNA polymerase I fjerner RNA primere og erstatter den med DNA som syntetiseringen foregår –> herefter kommer DNA ligase og limer strengene sammen igen
Hvis nukleotiderne som indeholder aminer (Cytosine og Adenosine) kan spontant deaminere til Uracil, Hypoxanthin (det er noget lort, da vi har med DNA at gøre).
Hvilket enzym fjerner dem igen?
N-glycosylases.
Den manglende base som er blevet fjernet bliver repareret med DNA polymerase I og DNA ligase
N-glycosid bindinger er særlig labile (undergår let ændringer).
f
Forklar hvordan mismatch kan opstå og hvordan mismatch repair sættes igang?
Fejl der ikke bliver rettet ved proofreading kan ordnes ved mismatch repair.
Efter DNA syntese tilsættes en methylgruppe.
Hvis der ikke sidder en methylgruppe på en af baserne på DNA er det en mismatch og det skal repareres ved excision-repair.
Typisk coloncancer eller autosomal dominant sygdom.
Forklar DNAs vigtigste elementer
Antiparallel dimer
Holdt sammen af FosforDiEster bindinger mellem hver gruppe.
Hydrogenbindinger (non-kovalente bindinger) holder de to strenge tæt sammen.
A–T
C—G
Forklar major- og minor groove
Major groove:
- Mere åben
- Eksponeret til nukleotidpar så DNA binding kan opstå
Minor groove:
- Mere lukket pga. deoxyribosyl bindinger
Beskriv histoner, hvilke der findes og hvad funktionen af histoner er
H1 H2A H2B H3 H4
Positive ioner som pakker DNA pga. DNAs negative ladning.
Beskriv kromatin, dannelse og hvad det består af
Kromatin er dannet af nukleosomer
Består af DNA, RNA, proteiner, uorganisk fosfat og organisk fosfat
Findes EU og heterokromatin
Hvad sker der med DNAs naturlige form når dens procent kommer under 75%?
B-form:
- Naturlig DNA form
- Højredrejning
Komformationsændring sker ved under 75% B-form –> A-form
A-form:
- Nukleotider i 20° vinkel –> giver nukleosomfri DNA = Histon udpakning
Dvs. ved 75% B-form DNA ændres DNA konformation til A-form, da vi gerne vil have prolifereret mere DNA.
Forklar Z-DNAs funktion
Z-DNA: Ligner et zigzak
- Baserne flipper 180°
- Venstre DNA formation
- Viser sukker- + fosfat gruppe til omgivelserne
Forklar telomers funktion
Telomerer tilføjer en Cap på 3’enden af kromosomerne der sker ved:
- Telomerase tilføjer Hexanukleotid på 3’enden som forlænger telomer
Hvordan er cellecykluskontrol styret?
Styret af Cyclin-Dependant Kinase, CDK
Forklar DNA replikation
DNA replikation er reguleret af Licensed factor som forhindrer proliferation ophobning
- Dna-A binding protein bindes i rigt A–T region.
- Dna-B protein binder separate DNA strenge og spalter DNA med Helikase og DNA Gyrase
- DNA protein bindingen coat = % klistring af DNA strenge
- DNA primase sættes på replikationsgaffelsted på DNA –> danner et Primosome Komplex ved replikationsgaffel
- Primosom Kompleks syntiserer RNA oligonukleotider på parental streng
- RNA oligonukleotider fungerer som primere for DNA syntese
- For én RNA primer samles to DNA polymerase III
- En subunit på DNA polymerase III laver proofreading
Forklar Origins of replication og hvordan det reguleres
Origins of replication er styret af Licensed factor.
Origins of replication er de steder på en DNA streng hvor de forskellige DNA primere sætter sig.
Licensed factor forhindrer at en DNA primer sættes sig på en anden DNA streng og syntetiserer en ny DNA streng før at alle de andre DNA primere på samme streng er færdige.
Først når alle er færdige må de rykke videre.
Hvordan foregår der hyppigst DNA skade?
Hyppigst ved ROS (oxidativt stress)
Men også ved: RICE
- ROS
- Ionizing radiation (UV- eller radioaktiv stråling)
- Carcinogener
- Endogenous
- Exogenous
