3.2 La structure secondaire des protéines. Flashcards
Une structure secondaire a deux buts principaux. Lesquels ?
Satisfaire les HBONDS du squelette amide et carbonyl.
Former une structure compacte.
La séquences des AA affecte la stabilité de l’hélice. Pourquoi ?
Les résidus très hydrophobes sont très bon pour former des hélices.
D’un autre côté, la proline casse les hélices car sa liaison N-Ca est non-rotatoire. De même pour la glycine, dont le R groupe est trop petit.
Est-ce que c’est possible d’avoir des hélices alpha sans liaison hydrogène ?
Oui : des polymeres de proline et glycines peuvent former des hélices left handed sans liaison hydrogène (important pour protéine comme collagène)
Qu’est-ce qui maintient la forme beta sheet ?
Liens hydrogenes entre les amides du squelette.
Comment sont organisées les chaines latérales dans une beta sheet ?
Alternance en haut/en bas.
Qu’est-ce qu’un beta turn ?
Il s’agit d’une strucure faisant un angle total de 180° impliquant 4 acides aminés, avec le groupe carbonyl du premier aa faisant un lien hydrogene avec le N-terminus du 4e aa. Généralement trouvé en surface des protéines.
