Secuenciacion Masiva De Genomas Flashcards
1
Q
- Basado en la replicación de la molécula de ADN con ayuda de la ADN polimerasa
- Adición de dideoxinucleotidos (ddNTPs) no cuenta con el OH en 3 ‘ de la ribosa → TERMINADORES
- Provoca la terminación de la cadena de manera aleatoria
- La cadena de DNA debe ser sencilla
- Se puedes leer fragmentos de 50-300 nucleotidos
- Permite amplificar hasta 96 muestras en una sola corrida, pero solamente fragmentos de 20-60k
A
Sanger
2
Q
Se refiere al promedio de numero de lecturas que se alinean una secuencia de referencia
A
Cobertura
3
Q
Se refiere al numero de veces que ha sido secuenciado una base del genoma
A
Profundidad
4
Q
- Secuenciación por hibridacion
- 454 pirosecuenciacion SOLID (Roche)
- Solexa (illumina)
- Secuenciación de una sola molécula en tiempo real
- SMRT
EN ESCALA MASIVA
- SMRT
A
Next Generation Sequencing
5
Q
- No utiliza gel de acrilamida
- Secuencia fragmentos de 200-400 pb
- Al adicionar el nucleotido a la cadena de DNA, se libera pirofosfato (Ppi)
- Los ddNTPs que no se unan serán degradados por la apirasa
- La luz sera detectada mediante reacciones enzima ticas secuenciales
- Ppi → ATP → Luz sensible
- Solamente posible en la presencia de pirofosfato ya que se tiene que liberar.
A
Pirosecuenciacion
6
Q
- Amplificación “en puente” o cluster PCR
- Se cuentan con fragmentos de DNA adheridos a una célula de flujo. Se agregan adaptadores que permiten que se unan y crean un puente que crea muchas copias. Después se eliminan las cadenas reversas.
A
Illumina: SOLEXA
7
Q
- Los adaptadores se unen a los extremos de los fragmentos de ADN para facilitar su acoplamiento a las perlas de emulsión.
- La PCR en emulsión ocurre en un solo tubo que contiene fragmentos de ADN, perlas y mezcla de PCR, donde cada perla actúa como un microreactor.
- Durante la PCR, los fragmentos de ADN se amplifican dentro de las gotas de emulsión.
A
PCR en emulsion Ion Torrent
8
Q
Sensibilidad
A
Porcentaje de muestras positivas
9
Q
Límite
A
Menor frecuencia de variante
10
Q
Especificidad
A
Detecta controles negativos
11
Q
Exactitud
A
Concordancia de mutaciones detectadas
12
Q
Precision
A
Reproducibilidad de datos
