Proyecto ENCODE Flashcards
¿Cuándo se creó el Proyecto ENCODE y cuál es su objetivo principal?
El Proyecto ENCODE se creó en 2003 con el objetivo de catalogar todos los elementos funcionales del genoma humano para comprender mejor la regulación de la expresión génica y su relación con la salud y las enfermedades.
¿Qué tipo de elementos pretende identificar el Proyecto ENCODE en el genoma humano?
ENCODE busca identificar:
1. Genes codificantes para proteínas. 2. Genes no codificantes. 3. Elementos reguladores de la transcripción. 4. Secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica.
¿En qué consistió la fase piloto del Proyecto ENCODE?
La fase piloto consistió en evaluar estrategias para identificar regiones funcionales del genoma, con el desarrollo de nuevas estrategias tecnológicas y computacionales. Se estudiaron 44 regiones, equivalentes a 1% del genoma.
¿Qué técnicas clave se utilizaron en la fase piloto de ENCODE?
Se utilizaron:
1. RT-PCR para transcripción reversa. 2. ChIP-chip para inmunoprecipitación de cromatina, que identifica sitios de unión de proteínas al DNA.
¿Qué busca identificar la metodología ChIP-chip en el Proyecto ENCODE?
ChIP-chip busca identificar los sitios de unión de:
1. Factores de transcripción. 2. Histonas. 3. Reguladores de la cromatina.
¿Cuáles fueron los principales hallazgos de ENCODE 2 ?
- Motivos de los factores de transcripción
- Estudio en los patrones de sitios de unión de factores de transcripción
- Caracterización de regiones intergenicas y definición de un gen
- RNAs y patrones de modificaciones de cromatina alrededor de regiones promotoras
- Regulación epigenetica del procesamiento del RNA
- Caracterizacion de RNAs no codificantes
- Descubrimiento y caracterización de enhancers
- Conexiones 3D a lo largo del genoma
- Caracterización de la red topologica
- Machine learning in genomics
- Entendiendo la variación con base en el impacto de la información funcional
- Impacto de la selección evolutiva en regiones funcionales
¿Qué porcentaje del genoma humano tiene regiones de DNA con unión a proteínas, según ENCODE 2?
Según ENCODE 2, el 8.1% del genoma tiene regiones de DNA con unión a proteínas.
¿Qué es FACTORBOOK y cuál es su propósito?
FACTORBOOK es un catálogo de sitios de unión a factores de transcripción que fue creado en el Proyecto ENCODE para mapear los sitios donde las proteínas interactúan con el DNA.
¿Qué modificaciones epigenéticas importantes se evaluaron en ENCODE 2?
Se evaluó la trimetilación de la lisina 27 en la histona H3 (H3K27me3), una modificación epigenética clave.
¿Qué técnica utilizó ENCODE 2 para identificar sitios de inicio de la transcripción (TSSs)?
ENCODE 2 utilizó la técnica CAGE-seq para identificar sitios de inicio de la transcripción (TSSs). Identifica 5’
¿Cuáles fueron los dos tipos de promotores encontrados en ENCODE 2?
Los dos tipos de promotores encontrados fueron:
1. Promotores con islas C-G. 2. Promotores con caja TATA.
¿Qué tipo de RNA no codificantes fueron identificados en el Proyecto ENCODE?
ENCODE identificó RNAs no codificantes menores de 200 nucleótidos asociados a la regulación epigenética.
