MOLECULAR BIOLOGY 3 Flashcards

Question

מהו התהליך האיניציאציה של השיעתוק החיידקי?

Answer 1

אר אן פולימראז מורכב: מקור אינזים (אינזים ליבה) מה שמהווה את הכוח הקטליטי ע"ג תבנית די אן איי לאינזים הזה מצטרף הסיגמא מה שמביא את האפינים לרצפי בקרה שנמצאים על הדי אן איי ונקראים פרומוטורים, תת היחידה סיגמא מייצרת אינטראקציה בין הקצוות החשופים של הדי אן איי לבינה, האינקארציה מאפשרת לפתוח את הדי אן איי ולייצר בועה בת 10 בסיסים שנקראת בועת שיעתוק שמיוצבת עי בסיסים לא מזווגים +סיגמא זה קומפלקס פתוח

Answer 2

המורכב מ-2 יחידות אלפא, יחידה בטא, יחידה בטא-טאג ויחידה אומגה

Answer 3

hollow enzyme

Answer 4

עי סקראנשינג ששם מה שקורה הפולימראז נשאר ע"ג הפרומוטור, מושך את הדי אן איי ומגדיל את בועת השיעתוק- זה גורם ללחץ שגורם לדי אן אי פולימרז להתחבר ולהתנתק זה נקרא Abortive initiations לבסוף הפולימראזה מתנתקת מהפרומוטור ולהתנתק מתת יחידה סיגמא ולהתקדם על התבנית

Answer 5

כעת הפולימראז ממשיך בסינתזה, כל פעם מתקדם בקצב של נוקלאוטיד אחד כל פעם ומרחיב את בועת השעתוק. הקצב הכללי הוא 50 בסיסים בשניה.

Answer 6

הפולימראז ממשיך בתהליך עד שהוא מגיע לסיגנאל נוסף המצוי על הרצף – זהו הטרמינטור. כאשר הפולימראז מגיע אליו הוא נעצר, משתחרר ומשחרר את מולקולת ה- RNA מהתבנית. לאחר ההתנתקות הפולימראז יכול להתחבר מחדש לפרומוטר, בלוויה של תת היחידה סיגמא כמובן, ולהתחיל מחזור נוסף.

Answer 7

אם מסיבה כלשהי רנ"א פולימראז מתנתק לפני הגעה לרצף הטרמינציה, הוא לא יכול להתחבר מחדש בנקודה בה הוא עצר והוא חייב להתחבר תמיד לתת יחידה סיגמא ולהגיע לפרומוטר על מנת להיקשר מחדש לדנ"א.

Answer 8

רצף הטרמינציה הוא בעצם רצף המצוי על הדנ"א ומכיל ריבוי בסיסים מסוג A ו- T שלפניהם רצף דנ"א סימטרי.

Answer 9

אשר הרצף הסימטרי משועתק הוא יוצר מבנה שניוני של רנ"א דמוי סיכת ראש – Hairpin אשר חיונית לניתוק הרנ"א מהאתר הפעיל של הפולימראז

Answer 10

מרבית הפרומוטרים החיידקיים ניתן למצוא רצף, המכונה רצף הקונצנזוס, שמהווה אתר קישור לתת היחידה סיגמא איתו היא יוצרת קשרי דנ"א-חלבון.

Answer 11

הוא כן נוטה להשתנות אך שומר על מסגרת כללית

Answer 12

ההבדלים ברצף בין פרומוטר לפרומוטר משפיעים על עוצמת הביטוי של הגן שאחריהם

Answer 13

באיזור מינוס 10 ניתן למצוא בוקס מינוס 10 : tataat באיזוא מינוס שלוש וחמש ניתן למצוא בוקס מינוס שלושים וחמש TTGACA המרחק בינהם הוא 17 בסיסים בדרכ הם הקסאמרים

Answer 14

sense במעלה הזרם

Answer 15

רנ"א פולימראז 2

Answer 16

במקום תת היחידה סיגמא, את האינטראקציה עם הפרומוטר מתווכים אוסף של חלבונים הקרויים General Transcription Factors או בקיצור TFII\_. שעתוק חייב להתייחס למצבו של הכרומטין ולדרגת האריזה, בניגוד לחיידקים בהם אין בכך צורך. הוא מכיל 12 תת יחידות (לעומת 5 של החיידקים) בדומה לחיידקים הוא מכיל יון מגנזיום אך בנוסף לכך מכיל גם יון Zn2+.

Answer 17

TF2D, B, F, E, H

Answer 18

פקטורי השעתוק הכלליים מסייעים לפולימראז לזהות ולהתחבר אל הפרומוטר, לעבור מאיניציאציה לאלונגציה לפתוח את שני הגדילים. השם "כלליים" נועד לסמן לנו שהם נדרשים כמעט לכל תהליכי השעתוק של פולימראז 2.

Answer 19

1. הפקטור TFIID המכיל בתוכו את היחידה TBP ויחידות נוספות בשם TAF נקשר לפרומוטר 2. תת היחידה TBP מזהה רצף שמור בפרומוטר המכיל חזרות של T ו- A וקרוי TATA box. 3. TBP הנקשר לרצף ה TATA דרך התעלה הקטנה ולא דרך התעלה הגדולה כפי שעושים חלבונים מזהי רצף בדרך כלל. זה מעיין עיוות חשוב שמיד תבינו את תפקידו. 4.הקישור של TFIID גורם לעיוות במבנה הדו גדיל באזור הפרומוטר, מה שגורם לרצפי דנ"א חשובים לשעתוק להגיע בסמוך לאזור העיוות. 5.לאחרמכן יגיע פקטור השעתוק TFIIB אשר מזהה רצף בשם BRE וחיוני למקם את הפולימראז בנקודה הנכונה לתחילת השעתוק 5. הפקטור TFIIF מגייס את הפולימראז לאתר הקישור של TFIIB 6. TBp של הקומפלקס TFIID ומייצב את האינטראקציה ביניהם 7.הפקטור TFIIF חיוני לגיוס פקטורי השעתוק הכללים TFIIE ו- TFIIH. 8.הפקטור TFIIE מתגייס וחיוני לגיוס של TFIIH 9. הפקטור TFIIH מגלה פעילות של הליקאז ומבצע פרימה של אתר תחילת השעתוק ליצירת בועית שעתוק ראשונית, בתהליך הדורש הידרוליזה של ATP.

Answer 20

רנ"א פולימראז 2 כאמור הוא קומפלקס גדול מאוד. אחת מתתי היחידות שלו (המקבילה לתת היחידה בטא טאג החיידקית) מכיל זנב קרבוקסילי הקרוי CTD – Carboxy-Terminal-Domain . בבני אדם זנב ה- סי טי די מכיל 52 חזרות של רצף קבוע טאנדם של 7 חומצות אמינו אשר בולטות החוצה מתוך הליבה בגלובולארית של הפולימראז. בעמדה 5 של אותן 7 חומצות אמינו ניתן למצוא סרין החיונית לצורך המעבר מאיניציאציה לאלונגציה. עם פתיחת בועית השעתוק הפקטור tf2h מגלה גם פעילות של קינאז ומזרחן את סרין 5 על גבי זנב ה CTD של פולימראז 2, זרחון החיוני לשחרור של הפולימראז מהפרומוטר. ו.

Answer 21

25 נוקליאוטידים במעלה הזרם

Answer 22

TBP הוא חלבון מונומרי בעל סימטריה דו צדדית הנקשר לרצף ה TATA דרך התעלה הקטנה ולא דרך התעלה הגדולה כפי שעושים חלבונים מזהי רצף בדרך כלל

Answer 23

לפאקטור סיגמא

Answer 24

הפקטור TFIIH הוא המורכב ביותר מבין הפקטורים ומכיל 9 תת יחידות, כך שגודלו מגיע כמעט לגודל של הפולימראז עצמו.

Answer 25

מאחר והדנ"א היוקריוטי ארוז ככרומטין ולכן השעתוק הוא מורכב יותר

Answer 26

אקטיבטורים של שעתוק הנקשרים לרצפי דנ"א המכונים Enhancers - על חלבונים ורצפים אלו נרחיב במצגת הבאה. מדיאטורים – קומפלקסים חלבוניים גדולים המאפשרים לאקטיבטורים שונים "לתקשר" עם פולימראז 2 ועם פקטורי השעתוק הכלליים. שימוש באנזימים המבצעים מודיפיקציות על הכרומטין, כולל שימוש ב Chromatin Remodeling Complex ואנזימים המבצעים מודיפיקציות על היסטונים.

Answer 27

פיתולי על

Answer 28

צירת פיתולי העל היא מועדפת אנרגטית מאחר והיא מאפשרת החזרה/שמירה של זיווגי הבסיסים באזורים של הותכו, אחרת אזורים אלו יצטרכו לעבור "פיתול יתר" ולהסתלסל אחד על השני יותר מאשר 10 בסיסים למחזור פיתול אחד

Answer 29

חיוביים - לפניו שליליים- אחריו

Answer 30

הם מקלים בהורדת הנוקליאוזומים

Answer 31

חיוביים - נוצרו כי פתחנו לולאה/ הפחתנו פיתולים רגילים שליליים- נובעים מפיתול יתר של הגדילים אחד על השני gryase- אינזים פרוקריוטי שתפקידו להשתמש באיי טי פי כדי להעלים פיתולים שליליים בזמן שיעתוק, בעצם כך המתח יוקל ויהיה אפשר לעשות שיעתוק לכן בחיידקים מה שיהיה מועדף זה לעשות את השיעתוק בזמן פיתולי על שליליים

Answer 32

יש לו צד של 5 utr 3 utr ובאמצע orf

Answer 33

לדו גדיל

Answer 34

כיוון שיעתוק מיהתבנית מצביע על תחילת השיעתוק

Answer 35

double strand

Answer 36

גנים המייצרים חלבונים שהכרחיים לחיות בתא ונמצאים בכל אורגניזם אין להם בדרך כלל רצפי tata

Answer 37

המון a ו- u בסופו

Answer 38

האינטרונים

Answer 39

מודיפיקציה קוולנטית בקצה 5 – הצמדה של "כובע" הקרוי 5’Cap. מודיפיקציה קוולנטית בקצה 3 – תוספת של פולי A , כ- 200 אדנוזינים שמוספים ללא תבנית. שחבור/שחבור חליפי – הסרה של אינטרונים וחיבור האקסונים אחד לשני.

Answer 40

זרחון של זנב ctd במהלך האלונגציה

Answer 41

פוליציסורוני -mrna שמכיל כמה חלבונים שונים - כמו הפרוקיוטי מונוציסורני שמכיל רק חלבון אחד - כמו כאיאוקריוטי

Answer 42

הוא ה"כובע" שמונח בקצה 5 ממש סמוך לתחילת השעתוק – לא אחרי שהפולימראז סיים לשעתק כ- 25 נוקלאוטידים לכל היותר. ה"כובע" המדובר הוא לא יותר מאשר נוקלאוטיד של גואניזין המחובר בכיווניות של 5 ל- 5, או פוסאט לפוספאט. הגואניזין גם עובר מתילציה על חנקן 7 של הבסיס החנקתי.

Answer 43

פוספטאז גואניליל טראנספראז מתיל-טראנזפראז

Answer 44

על הזנב של ה- ctd

Answer 45

מסיר את פוספאט גמא של הנוקלאוטיד הראשון של ה- mRNA, ומשאיר את פוספאטים אלפא ובטא.

Answer 46

מזרז העברת GMP (שמקורו ב- GTP) לפוספאט בטא של הנוקלאוטיד הראשון של ה- mRNA. הקשר שנוצר הוא קשר פוספואנהידרידי – פוספאט לפוספאט – 5 ל- 5.

Answer 47

מזרז מתילציה על חנקן 7 של הבסיס.

Answer 48

המשך ה"כובע" יקשור חלבון בשם CBC - cap binding complex שייסיע לו לצאת החוצה מהגרעין. לאחר היציאה מהגרעין ה"כובע" הוא מרכיב חיוני אשר מייעל משמעותית את התרגום.

Answer 49

יכו להתווסף לו - מתיל

Answer 50

כאשר הפולימראז מגיע לקצה הגן, במנגנון דומה למה שהיה ב- Capping ה- CTD "מוודא" שקצה 3 יעבור עיבוד כמו שצריך. קצה 3 של מולקולת ה mRNA מכיל רצפים שמורים "המסמנים" את סוף הגן. רצפים אלו כמובן משועתקים מהתבנית. רצפים אלו מזוהים על ידי חלבונים קושרי רצף של RNA ואנזימים המעורבים בעיבוד. הרצף הראשון הוא רצף AAUAAA, הרצף השני הוא רצף עשיר ב G וב U. אלברטס מוסיף לשניים הנ"ל רצף שלא מוזכר בספרים אחרים וזה הרצף CA.

Answer 51

CStF - קומפלקס רב יחידות הרוכב על זנב ה- CTD ומזהה רצף עשיר ב- G וב- U. CPSF – קומפלקס הרוכב על זנב ה- CTD ומזהה רצף AAUAAA.

Answer 52

כאשר הם מזהים את הרצפים: aauaaa ca gu cpsf חותך במרחק של 10-30 נוקליאוטידים ומשאירים קצה 3 ריק OH של הנוקליאוטיד A מ-ca לאחר מכן pap ומפלמר poly a ללא תבנית 10-12 נוקליאוטידים יהיו באופן איטי 200 לאחר מכן יהיו מהירים על כל 10-12 של אדנוזין ייקשר pab

Answer 53

הגנה מפני נוקליאז

Answer 54

יכול להיתחך עי נוקליאז

Answer 55

כן ל-trna rrna

Answer 56

1. elongation 2. cup5 3. shihbur 4. polya

Answer 57

1. להאריך את זמן מחצית החיים של האר אן איי 2. מייעלת תרגום 3. טובה ליציאה

Answer 58

1. מייעלת תרגום 2. מייצבת rna

Answer 59

80 אחוז rrna

Answer 60

מולקולה תקרא mRNA רק לאחר עיבוד קצה 5, קצה 3 ושחבור

Answer 61

אקסון במעלה הזרם

Answer 62

אקסון במורד הזרם

Answer 63

האתר בין האקסון במעלה הזרם לאינטרון.

Answer 64

האתר בין האינטרון לאקסון במורד הזרם

Answer 65

1. האקסון במעלה הזרם מכיל בקצה 3 שלו את הבסיסים AG. 2. קצה 5 של האינטרון מכיל רצף שמור GURAGU כש- R מסמן פורין כלשהו. 3. במרכז האינטרון (או בשני שליש דרך) קיים רצף המכונה Branch Point המכיל אדנוזין. 4. בקצה האינטרון קיים רצף המכיל מספר פרימידינים ולאחריהם NCAG כש- N מסמן כל נוקלאוטיד. 5. הנוקלאוטיד הראשון של האקסון במורד הזרם הוא G. 6. כל רצפי הספלייסינג הם וריאבילים ונוטים להשתנות בין גן לגן, מלבד ה- GU המצוי בתחילת האינטרון וה- AG המצויים בסוף האינטרון שהם אינם וריאבילים.

Answer 66

על אף שכפי שנראה מיד, ריאקציית השחבור עצמה היא ספונטנית ואינה מצריכה אנרגיה, במרבית התאים היוקריוטים קיים קומפלקס המורכב מחלקיקי RNP בשם ספלייסוזום, המנצל אנרגיית ATP בשביל לבצע את השחבור. האנרגיה וחלקיקי ה RNP נועדו להגביר את הדיוק של השחבור ואת השינוי במבנה המרחבי של הקומפלקס.

Answer 67

לא בגלל : אפשר שיהיה ארגון מחדש של גנים ככה, אקסונים הם בדרך כלל דומיינים של אזורים אז הם יכולים ללכת וליצור גנים חדשים

Answer 68

האדנוזין של ה- Branch Point בדומה לכל נוקלאטיד אחד ב- RNA מכיל הידרוקסיל על פחמן מס' 2. הידרוקסיל זה ישמש כנוקלאופיל ויתקוף את הפוספאט הראשון של האינטרון המחובר לנוקלאוטיד ג'י– זוהי הטראנס-אסטריפיקציה הראשונה. כתוצאה מכך נקבל לולאההקרויה לולאת הלריאט 'במרכז הלולאה ניתן למצוא אדנוזין הקשור לשלושה פוספאטים בקשרים פוספודיאסטרים דרך פחמנים 2,3 ו- 5 של הריבוז שלו. לאחר יצירת הלולאה, האקסון במעלה הזרם מציג קבוצת 3' OH חופשית. קבוצה זו תבצע התקפה נוקלאופילית על הפוספאט הראשון של האקסון במורד הזרם וייצר קשר פוספודיאסטרי חדש בין שני האקסונים על חשבון הקשר הפוספודיאסטרי בין האינטרון לאקסון במורד הזרם – זוהי הטראנס-אסטריפיקציה השניה ובסופה נקבל שני אקסונים מחוברים אחד לשני ואינטרון חופשי המכיל לולאת lariat.

Answer 69

לולאה של האינטרונים

Answer 70

מולוקולות rna שנקראות snrna

Answer 71

u1.2.4.5.6

Answer 72

מולקולות ה- RNA הללו מתחברות לחלבונים וביחד יוצרות חלקיקים הקרויים snRNP. כל RNP כזה מכיל בתוכו מספר חלבונים ומולקולת RNA כאשר תפקידה לזהות רצפים המצויים באתר השחבור 5', אתר השחבור 3' ואתר ההסתעפות ולבצע את הקטליזה של השחבור.

Answer 73

חלשים, מתנתקים ומתחברים In vivo הקומפלקס משנה את המבנה המרחבי שלו

Answer 74

1. הרנ"א של החלקיק U1 מבצע זיווגי בסיסים עם הרצפים באתר השחבור ב-5' , חלבון בשם BBP Branch point binding protein הפקטור u2af מזהים את אתר ההסתעפות ומתיישבים עליו. 2. החלקיק U2 מחליף מחליף את BBP ואת U2AF באתר ההסתעפות ומבצע זיווגי בסיסים עם רצף הקונצנזוס באתר זה. 3. קומפלקס משולש המכיל את U4-U5-U6 נכנס לריאקציה. U4 ו U6 מוחזקים חזק אחד עם השני מאחר וה- snRNA שלהם מבצע זיווגי בסיסים אחד עם השני. 4. עם התקדמות הריאקציה, זיווגי הבסיסים בין 4 ו 6 נשברים ו U6 מחליף את 1 בזיווגי הבסיסים שלו עם אתר ה 5. פעולה זו מייצרת אתר פעיל המזרז את פוספוריל טראנספראז. 5. החלקיקים 1 ו 4 עוזבים מופיעה לולאת לאריאט 6. ארגון מחדש של מרכיבי הספלייסוזום מוביל ליצירת הריאקציה השנייה בה האקסון במעלה הזרם תוקף את האקסון במורד הזרם – טראנס אסטריפיקציה שניה (ריאקציה שניה של פוספוריל טראנספראז). על לולאת ה לאריאט שהיא בעצם האינטרון, יושבים 2,5,6 על הצומת בין שני האקסונים יתיישב קומפלקס חלבוני הקרוי EJC – Exon Junction Complex.

Answer 75

ושקע בתהליך בעיקר על מנת לגרום לשינויים במבנה המרחבי, לרה-ארגון של אינטרקציות RNA עם RNA ולתיאום ותזמון התהליכים.

Answer 76

כאשר 1 מתנתק מ-צד 5 ו-6 מחליף אותו וכאשר מנתקים מלולאת הלאריאט את מרכיבי הספלייסוזום

Answer 77

עד כדי 100,000 בסיסים

Answer 78

בטעות זאת הספלייסוזום "מדלג" על רצפי סיגנאל של שחבור

Answer 79

שבה בעצם נלקח רק חלק מהאקסון במורד הזרם מאחר והספלייסוזום מזהה רצפים שנמצאים בתוך האקסון במקום בקצה שלו.

Answer 80

Exon Skipping Cryptic Splice Site Selection

Answer 81

הדרך היעילה והראשונית למנוע טעויות כאלו היא ההצמדה של השעתוק לשחבור. על זנב ה- CTD של פולימראז 2 רוכבים מרכיבים שחבור חשובים אשר "קופצים" מהפולימראז על מולקולת ה- RNA הנוצרת ובכך מאפשרים למערכת השחבור לעקוב אחר הופעה של אקסונים ואינטרונים מיד עם היווצרותם. כך למשל הרכבת ה- snRNP על האתר ב 5' תופיע רק לאחר סינתזה של האתר ב 3' שישועתק לאחר מכן. בדרך זאת נמנע הסיכוי שהמערכת תתיישב על רצפים שעדיין לא סונתזו במידה ויהיו דומים לרצפי הסיגנאל ובכך למנוע את דילוג האקסון

Answer 82

שיטה שמצמידה בין השיעתוק לשחבור

Answer 83

שיטה זו מסתמכת על העובדה שאקסונים הם בעלי מבנה אחיד יחסית של בערך 150 בסיסים במגוון מאד רחב של גנים ואורגניזמים יוקריוטים שונים. בטכניקה זו נעשה שימוש בחלבונים הקרויים חלבוני SR (מאחר ויש להם דומיין עשיר בסרין וארגינין) והם מתיישבים על רצפים שמורים יחסית המצויים על גבי האקסונים ובעצם מסמנים אותם. תהליך ההתיישבות מתחיל עם אינציאציית השעתוק.

Answer 84

הם מגייסים חלקיקי U1 לאתר השחבור שנמצא במורד הזרם לאתר בו הם התיישבו (להזכירכם הם התיישבו על גבי האקסון במעלה הזרם, ולכן אתר השחבור 5' נמצא במורד הזרם לאן שהם התיישבו). הם מגייסים חלקיקי U2 לאתרי שחבור 3' שנמצאים במעלה הזרם לאתר שבו הם התיישבו (זה קורה כאשר הם מתיישבים על האקסון של מורד הזרם).

Answer 85

ככל הנראה על ידי רצפים שמורים שנקראים ESE

Answer 86

1.קצב השחבור והשעתוק מצומדים, כך שאם הפולימראז נע לאט כי אזור מסויים מכיל נוקלאוזומים, הסיכוי ש"נדלג" על אקסון (תמונה בשקף הקודם) נמוכה יותר, פשוט כי אירוע השחבור יתרחש עוד לפני סינתזה של האקסון הבא. מאחר והאקסון ארוז בנוקלאוזום הגיוני שהפולימראז יתעכב רגע לפני שיסנתז עוד אקסון כי עליו להסיר את הנוקלאוזומים. 2/.מודיפיקציות היסטונים מסויימות מגייסות מרכיבי שחבור אשר יעברו לרנ"א מיד לאחר הופעתו. הפרטים והמנגנון לא לגמרי ידועים. לכן ניתן לומר שמודיפיקציות היסטונים מסויימות ישפיעו על דפוס השחבור.

Answer 87

אשר מתרחשת מוטציה באחד מן האתרים אותם הזכרנו, במקום שהשחבור ייהרס, נקבל דפוס שחבור חדש – למשל דילוג על אקסון [שאתר שחבור "חבוי" המצוי בתוך האקסון במורד הזרם יזוהה על ידי המערכת במקום אתר השחבור הנכון. ככה"נ מערכת השחבור התפתחה בצורה כזו שהיא תמיד בוחרת את האופציה הטובה ביותר לשחבור, ואם זו נפגמה בגלל מוטציות היא פשוט תבחר אופציה אחרת, פחות טובה.

Answer 88

ארבע התמונות בשקף הן דוגמאות לטעויות שחבור עקב מוטציות של בטא גלובין ולהופעת מחלה הקרויה בטא-תלסמיה. מעבר למחלה זו גם ציסטיק פיברוזיס, דמנציה פרונטו-טמפוראלית, פרקינסון, רטיניטיס פיגמנטוזה , SMA, myotonic Dysrophy, הזדקנות מוקדמת וסרטן נמצאו קשורים למוטציות ברצפי שחבור.

Answer 89

1. עיבוד קצה חמש ולשים בקצהו את ה- cap ו-cbc נקשר אליו 2. חלבוני - pab של קצה 3 3. וחלבוני ejc שהתיישבו בצמתים בין שני אקסונים 4. מולקולה שאין עליה נוכחות של חלבונים שקשורים לעיבוד 5. יכול להיות שכאשר מולקולת hnrnp אז זה אומר שהאר אן איי עדיין בתהליך העיבוד

Answer 90

עוזרים לספלייסוזום לזהות את האינטרונים

Answer 91

מולקולות RNA שלא סיימו את תהליך העיבוד כמו שצריך, או שאריות של RNA כמו למשל אינטרונים יעברו פירוק על ידי קומפלקס חלבוני גדול המצוי בגרעין קומפלקס זה עשיר בשלוש ל-חמש אקסונוקלאזות המצויות בחלקו הפנימי ומפרקות את כל השאריות והפסולת של האר אן איי המצוי בגרעין.

Answer 92

מאקרו מולקולות שהן מעל 60 קילו דלתון

Answer 93

אקספורטין

Answer 94

המוסף במרבית הארוגניזמים על אתר הביקוע של קצה 3, לפני תהליך הפולי-אדנילציה. מולקולת הטראנספורט מלווה את מולקולת ה אם אר אן איי החוצה וחוזרת לגרעין במסלול ה- ראן על מנת להוציא מולקולה חדשה.

Answer 95

אלו הם גנים של חרקים המובילים ליצירת mRNA מאוד גדולים המתרכבים עם חלבונים רבים כמו CBC, SR, hnRNP ומרכיבי ספלייסוזום – מה שמצביע על תהליכי עיבוד RNA . מתצפיות אלו למדנו שהמולקולה הולכת ומתבגרת במקביל לתהליכי העיבוד וכשמוכנה יוצאת החוצה, כאשר ה- CBC הוא המוביל ביציאה ולאחר היציאה מהגרעין המולקולה עוברת שורה של שינויים מבניים וקשירת חלבונים ציטוזוליים. דרך מיקרוסקופ אלקטרוני

Answer 96

המולקולה שמוכנה ליציאה

Answer 97

רנ"א פולימראז 1

Answer 98

אשר דומה מאוד במבנה לפולימראז 2, אך חסר זנב CTD ולכן התוצרים שלו לא עוברים CAPPING ולא פולי-אדנילציה.

Answer 99

לבני אדם יש 200 עותקים שנארזים בצברים קטנים בגנום

Answer 100

היחידות 15.8, 28 ו- 18 S מצויות על גבי פרקורסור יחיד בן 13 אלף בסיסים שעובר חיתוך עיבוד (תוספות) ליצירת שלושתם. אלו משועתקים על ידי פולימראז 1 בגרעינון. היחידה 5S מצויה במיקום אחר. זו משועתקת על ידי פולימראז 3 במיקום אחר בגרעין. מולקולה זו אינה עוברת עיבוד או חיתוך.

Answer 101

אורך תוצר השעתוק הראשוני הוא 13,000 בסיסים וגודלו הוא 45 אס. הוא יעבור תהליכי חיתוך ועיבוד, שיכללו 100 מתילציות על פחמן מס' 2 של הריבוז בחלק מהבסיסים (סימון סגול) ו-100 איזומריזציות של יורידין ליצירת פסאודו-יורידין.

Answer 102

snornp ששם ה- rna מכיווין את המודיפיקציות לרצפים ספציפיים

Answer 103

ע"ג האינטרונים rna polymerase 2

Answer 104

על ידי מיקרוסקופ אור

Answer 105

בגרעינון

Answer 106

בבני אדם, כאשר מתבוננים בגנום דיפלואידי, הגנים ל- rRNA מצויים ב-10 צברים המצויים בקצה כרומוזומים.

Answer 107

באינטרפאזה בטלופאזה

Answer 108

1. יצירת ריבוזומים 2. אתר מרכזי לסינתזה וחיבור של עוד מולוקולות של אר אן איי לא מקודדות 3. u6snrnp רנ"א ו7 חלבונים מתרכבת ליצירת חלקיק אחד בגרעינון. מולקולת ה snRNA של החלקיק עוברת שם מודיפיקציות על ידי חלקיקי snoRNP. 4. טלומראז 5. srp 6. trna עוברות עיבוד בגרעינון

Answer 109

מבנים אלו הם אגרגטים של חלבוני וחומצות גרעין ומשמשים לבנייה, הרכבה ואחסון של מאקרומולקולות בתוך הגרעין.

Answer 110

cajal bodies

Answer 111

כן ב- cajal bodies

Answer 112

המשמשות כמחסן של מולקולות החיוניות לעיבוד RNA.

Answer 113

העובדה שתא משעתק באזורים מוגדרים בגרעין

Answer 114

28 5.8 5 תת יחידה גדולה איאוקריוטי 23 5 תת יחידה גדולה פרוקריוטי 18 תת יחידה גדולה איאוקריטי 16 תת יחידה גדולה פרוקריוטי

Answer 115

28 5.8 18 לפני השיעתוק יש מתילציה והפיכה שי יורידין לפסאודויורידין ואז ביקוע של יחידות שנקראות אינטרנל

Answer 116

שלושה

Answer 117

קודון התחלה הוא קודון שמקודד לח"א מתיונין

Answer 118

זהה בין כל האורגניזמים

Answer 119

כמעט תמיד ההבדלים הם במיטוכונדריה כי הגנום שם קטן

Answer 120

הקוד מחולק לשלשות. של נוקלאוטידים, הרי שהיינו אמורים לקבל 64 קודונים המקודדים ל-64 חומצות אמינו שונות . גם אם נוריד את שלושת קודוני הסיום שאינם מקודדים לחומצה אמינית, הרי שיש 61 קודונים המקודדים רק ל- 20 חומצות אמינו. באופן אידיאלי, היינו מצפים שהקוד הגנטי יקודד ל- 61 חומצות אמינו (והרי יש בטבע יותר מ-300 חומצות אמינו שונות), לכן נהוג לומר שהוא מנוון. שימו לב שמספר חומצות אמינו מקבלות מספר רב של קודונים. למשל סרין או לאוצין מקבלות 6 קודונים שונים.

Answer 121

אורגניזמים שונים מעדיפים להשתמש בקודון אחד מתוך מבחר של קודונים לאותה חומצה אמינית. כלומר לא יהיה שימוש זהה בכל הקודונים האפשריים לאותה חומצה אמינית.

Answer 122

דה האחד של המולקולה ניתן למצוא את האנטיקודון המייצר זיווגי בסיסים עם הקודונים על גבי מולקולת ה- mRNA , ומהצד השני – בקצה 3' של המולקולה מצויה החומצה האמינית הנכונה. קצה 3 של כל מולקולות ה- tRNA מסתיים ברצף CCA ולאדנוזין תתחבר החומצה האמינית.

Answer 123

80 בסיסים

Answer 124

מבנה שניוני דמוי תלתן

Answer 125

לולאת האנטי קודון – עליה מצוי האנטי קודון המזדווג עם הקודון של ה mRNA לולאת T-psi-C – לולאה המצויה בקרבת קצה 3 של ה tRNA ומכילה את הבסיס המותמר פסאודויורידין. לולאת D המצויה בקרבת קצה 5' ומכילה את הבסיס המותמר די-הידרו-יורידין

Answer 126

המבנה השלישוני של ה- tRNA הוא מבנה דמוי L הפוכה

Answer 127

היפותזה המסבירה מדוע מרבית הקודונים השונים שיש לחומצה אמינית בודדת נבדלים בעיקר בנוקלאוטיד האחרון ברצף.

Answer 128

כיצד ישנם 20 חומצות אמינו המותאמות ל- 61 קודונים הודות ל- 31 מולקולות של tRNA. ביוקריוטים כמות ה tRNA משתנה מאורגניזם לאורגניזם. כך למשל בבני אדם ישנם 48 סוגים של tRNA.

Answer 129

נוקלאוטיד שנמצא ב- 3' של הקודון ב- mRNA הם הבסיסים שמכונים מזדווג עם נוקליאוטיד בצד 5 של trna

Answer 130

יכול להזווג עם a c u

Answer 131

נוצרים על גבי פרקורסורים שעוברים עיבוד, חיתוך ומודיפיקציות.

Answer 132

כן עי אנדונוקלאז וליגאז

Answer 133

שה-trna יתקפל בצורה של תלתן

Answer 134

rna polymerase 3

Answer 135

1. דה אמינציה של a לקבלת i 2. מתילציה של c לקבלת מתיל ציטוזין

Answer 136

1. להתקפלות 2. לזיהוי הקודון

Answer 137

מה שמחבר בין הקוד הגנטי לח"א

Answer 138

20 סינתטאזות, אחת לכל ח"א

Answer 139

1 לפעמים יותר

Answer 140

כן אבל זה מצב שהוא נדיר וקורה כאשר יש פחות מ-20 סינטתאזות

Answer 141

תהליך החיבור בין ה tRNA לחומצה האמינית מתבצע על קצה 3 ודורש ATP המפורק ל - AMP ( כתוצאה מהחיבור נוצר קשר אסטרי בין החומצה האמיינית ל- tRNA, זהו קשר עתיר אנרגיה אשר ישמש בהמשך ליצירת הקשר הפפטידי בחלבון שיסונתז).

Answer 142

1. הסינתטאז, אשר מתאים את ה- tRNA הנכון לחומצה האמינית הנכונה. 2. מולקולת ה- tRNA בעצמה אשר מבצעת זיווגי בסיסים עם הקודון.

Answer 143

1. לחומצה האמינית הספציפית שאותו tRNA מזהה יש עדיפות לקישור לאתר הפעיל של הסינתטאז. למעשה, חומצות אמינו שהן גדולות יותר מהחומצה האמינית המתאימה פשוט יישארו בחוץ. 2. הבדיקה השנייה נעשית אחרי שהחומצה האמינית התחברה ל- tRNA לאחר יצירת קשר עתיר האנרגיה, הסינתטאז מנסה בכוח לדחוף את החומצה האמינית המחוברת ל- AMP לאתר נוסף שהוא אתר ההידרוליזה. אתר זה קטן יותר מהאתר הפעיל, כך שחומצה אמינית נכונה תהיה גדולה מידי על מנת להיכנס ואילו חומצה אמינית קטנה יותר תיכנס ותעבור הידרוליזה ותנותק מה- AMP או מה- tRNA עצמו אם היא כבר חוברה. הגהה כזו נקראית הגהה הידרוליטית, מאוד דומה ברעיון לפעילות האקסונוקלאז שיש לפולימראזות. כשמחברים את שתי טכניקות ההגהה מקבלים טעות אחת ל- 40,000 ריאקציות כאלו.

Answer 144

1. רבית הסינתטאזות מכילות באתר הפעיל שלושה כיסים המזהים את האנטיקודון באופן ישיר. 2. על פי המבנה והרצף שעל גבי הגבעול המקבל את ה tRNA ואת מודיפיקציות הבסיסים 3. הרוב המכריע של ה tRNA יקראו בסיסים בכל מיני מוקדים על גבי ה tRNA ולא במנגנון אחד.

Answer 145

dihidrouridine שזה יורידין שהוא מחומצן

Answer 146

ישנם שני אתרים- אתר לסינטזה ואתר ל hidrolise - ששם הוא בודק את ההגהה סינטזה- אם זה גדול מדי זה לא נכנס hidrolise - אם זה קטן מדי זה עובר הידרוליזה

Answer 147

התוצר של ה- trna לאחר שיש לה ח"א

Answer 148

לפחמן 2 או לפחמן 3

Answer 149

בקשר האסתרי בין בין ה- trna לח"א

Answer 150

i -cua i-cu

Answer 151

ריבוזומים היוקריוטים גדולים יותר ומכילים 4 מולקולות rRNA ואילו הריבוזומים הפרוקריוטים הם קטנים יותר ומכילים רק 3 מולקולות rRNA

Answer 152

מבצע טעות אחת ל- 10,000 חומצות אמינו

Answer 153

תא יוקריוטי מכיל מילוני עותקים של הריבוזום, אשר יחידותיו מורכבות בנפרד בגרעינון ויוצאות החוצה אל הציטופלזמה. בציטופלזמה הם יתרכבו לריבוזום שלם רק לאחר תחילת התרגום.

Answer 154

כל השלושת הפולימראזות

Answer 155

פולימראז 1 משמש לסינתזה של rRNA בגרעינון, חוץ מה- 5S

Answer 156

פולימראז 2 משמש לשעתוק של ה- mRNA של החלבונים הריבוזומאליים. ה- pre-mRNA עובר שחבור ויוצא לציטוזול כמולקולת mRNA בוגרת, שם עובר תרגום. התוצר החלבוני נכנס לגרעין הודות לסיגנאל NLS ו מגיע לגרעינון ומתחבר למולקולות ה- rRNA ב מקביל לאירועי החיתוך והעיבוד. לאחר שהיחידות מורכבות הן מכילות גם סיגנאל NES ויוצאות החוצה כתת יחידות מוכנות לפעולה.

Answer 157

פולימראז 3 משעתק את ה 5S rRNA

Answer 158

ריבוזומים פרוקריוטים ויוקריוטים עובדים ונראים פחות או יותר אותו דבר. תת היחידה הקטנה בשניהם משמשת כמעין משטח עליו עוברת מולקולת ה -אם אר אן איי ועליה מזוהים הקודונים, ואילו תת היחידה הגדולה משמשת גם ביוקריוטים וגם בפרוקריוטים כאתר הקטליזה ליצירת הקשר הפפטידי.

Answer 159

התחברות תת היחידות לריבוזום שלם, מתבצע רק עם איניציאציית התרגום, המתבצעת בסמוך לקצה 5 של ה- mRNA

Answer 160

חיידקי -20 איאוקריוטי -2

Answer 161

ה- mrna נע על הריבוזום בכיוון שלוש לחמש

Answer 162

אתר A – אתר אליו יגיעו מולקולות Amino-Acyl-tRNA חדשות. אתר P – האתר עליו צומחת השרשרת הפולי-פפטידית . אתר E – האתר ממנו יוצאות מולקולות ה tRNA ה"משומשות" שסיימו את תפקידן.

Answer 163

האחת היא tRNA-Met רגילה והשניה היא tRNAi-Met הייחודית לאיניציאציה ובעלת רצף השונה מה tRNA הרגיל של מתיונין.

Answer 164

מכאן שהחומצה האמינית הראשונה המוכנסת לחלבון היא מתיונין – חומצה אמינית זו לרוב תוסר על ידי פרוטאזה מיוחדת.

Answer 165

גם בחיידקים וגם ביוקריוטים: נכנסת לאתר P בריבוזום ולא לאתר A בריבוזום. עובדת עם פקטורי איניציאצייה ולא פקטורי אלונגציה. רק בחיידקים: מגייסת אנזים אשר מבצע פורמילציה על המתיונין לאחרי החיבור שלה ל- tRNA, לקבל tRNAi-fMet (פורמיל-מתיונין).

Answer 166

1. יוקריוטים מכילים מספר גבוה של פקטורי איניציאצייה. תחילת התהליך בהצמדת tRNAi-Met לתת היחידה הקטנה של הריבוזום בזכות פקטור האיניציאציה eIF2. שימו לב שה- tRNAi הוא ה- tRNA היחיד שיכול להתחבר לתת היחידה הקטנה ללא אינטראקציה עם הגדולה. 2.פקטורי האיניציאצייה היוקריוטים eIF4E ו eIF4G מגייסים את מולקולת ה- mRNA לתת היחידה הקטנה של הריבוזום, בעיקר הודות לאינטראקציה של ל 4E עם ה- 5’cap. הפקטור 4G מתחבר מצד אחד ל PAB המקושרים לפולי A ומצד שני מתחבר ל 4E המחובר ל Cap. 3.פקטורי איניציאצייה נוספים מאפשרים לתת היחידה לנוע על גבי ה- mRNA תוך כדי פעילות של הליקאז המבצע הידרוליזה של ATP.

Answer 167

כאשר הריבוזם פוגש את ה- aug הראשון

Answer 168

לב זה פקטורי האיניציאציה יתנתקו ותת היחידה הגדולה תתחבר לקטנה ליצירת ריבוזום שלם , כך שה- tRNAi מצוי באתר P ואתר A פנוי לקבל tRNA ראשון של שלב האלונגציה.

Answer 169

התהליך בו תת היחידה הקטנה מחפשת קודון AUG

Answer 170

רצף קוזאק ACCAUGG הוא רצף שמור

Answer 171

כאשר הרצף הקוזאק שונה מאד מהרצף הכתוב תת היחידה "תדלג" מעל ה- AUG הראשון ותיעצר בשני או בשלישי תאים משתמשים בשיטה הזו כדי לייצר מספר חלבונים שונים בעלי קצה אמיני שונה מאותה מולקולה של mRNA כך שהם יוכלו להיות מוכוונים למקומות שונים בתא.

Answer 172

רצף שמור המהווה אתר קישור לריבוזום באתר ה 5’UTR שלהם, רצף הקרוי Shin Dalgrano. רצף זה הוא רצף שמור באבולציה ועשיר בפורינים AGGAGGU והקודון AUG הראשון שיתורגם הוא הקודון שנמצא מיד אחרי רצף זה.

Answer 173

לאחר הרכבת הריבוזום השלם, אנו נשארים עם חומצה tRNA המצוי באתר P ומחובר למתיונין/פורמיל-מתיונין.

Answer 174

1. הגעת tRNA מתאים לאתר A, הוא נשאר שם רק אם יש זיווגי בסיסים מספקים. 2. יצירת קשר פפטידי על ידי פפטידיל טראנספראז אשר יושב בתת היחידה הגדולה ומזרז את העברת הפפטיד כולו היושב באתר P לקצה האמיני של החומצה האמינית היושבת באתר A 3. תת היחידה הגדולה עושה טראנסלוקציה וזזה קודון אחד במורד הזרם על גבי ה- mRNA. 4. תת היחידה הקטנה משלימה את התנועה וזזה גם היא. כתוצאה מכך , ה- tRNA היה מחובר לפפטיד באתר A, מגיע לאתר P וזה שהיה באתר P עובר לאתר E ומשם מוזרק החוצה.

Answer 175

Eftu ו- EF-G שהם פקטורי האלונגציה החיידקיים והם הומולוגים ל eEF1 ול eEF2 היוקריוטים שני הפקטורים הם חלבוני G המבצעים תוך כדי תפקידם הידרוליזה של GTP ל- GDP.

Answer 176

כן אבל התהליך יותר איטי

Answer 177

Eftu מוביל את ה- tRNA הקשור לחומצה האמינית לאתר A החופשי. לא רק שהוא מגביר את המהירות ולוקח את הריאקציה קדימה בזכות הידרוליזה של GTP , אלא הוא גם מאפשר לריבוזום לדייק בזיהוי קודון-אנטי קודון.

Answer 178

16s rRNA בודק אם זיווגי הבסיסים בין הקודון והאנטי קודון נכונים תוך כדי שהוא מתקפל מסביב לאתר האינטראקציה. אם ישנה התאמה נכונה הוא מתהדק סביב הקודון והאנטי קודון באופן הדוק ומגורם לשינוי מבני ב- Eftu מה שגורם לו לעשות הידרוליזה של GTP ל GDP . רק לאחר ההידרוליזה יעזוב Eftu את אתר A ואת ה- tRNA בתוכו ורק אז ה- tRNA יוכל לשמש לסינתזת החלבון. לכן כמעט כל ה- tRNA יעזבו את הריבוזום בלי שבוצעה הידרוליזה וזאת כיוון שהם לא מתאימים בצורה מושלמת לקודון באתר A.

Answer 179

1. eftu 2 לאחר שהאף- טו עזב. החומצה האמינית צריה להיות במיקום מדויק בתוך ה- A על מנת לחבר לה את שאר הפפטיד - ככל הנראה אם אין זיווג בסיסים טוב- החומצה האמינית לא תהייה בזיווג בסיסים מדויק ותמא החותצה 3. בקרה נוספת ומעניינת היא שאם ישנם מחזורים חוזרים ונשנים של חיבור שגוי של חומצות אמינו ואי התאמת קודון-אנטי קודון, פקטור שחרור שבדרך כלל אחראי לטרמינציית תרגום לאחר שהחלבון תורגם במלואו, יסייע לבצע טרמינציה לפני שמגיעים לקודון סיום והחלבון שסונתז יישלח לדגרדציה. אמנם זה לא מתקן את הטעות, אבל זה מונע המשך סינתזה של חלבון דפוק.

Answer 180

רנ"א פולימראז שרק וכאשר יש לנו זיווג בסיסים, רנ"א פולימראז נסגר

Answer 181

ניתן למצוא את זה בריבוזום בה לאחר הידרוליזה של GTP נפתח מעין "שעון" שבו ה- tRNA עם החומצה האמינית אמורים להתאים את עצמם ולהגיע למיקום הנכון בריבוזום לצורך פעילות הפפטידיל טראנספראז. בפרק הזמן הזה מוגבר הסיכוי שזיווג לא נכון יגרום לדיסוציאציה של ה- tRNA מאתר A בזכות אינטראקציות חלשות של קודון אנטי קודון ובזכות "עיכוב" בתנועת החומצה האמינית למיקום הנכון שלה. הדיליי הוא זה שגורם לחיידקים לתרגם בקצב של 20 חומצות אמינו בשניה. קיימים מוטנטים בהם קצב התרגום נמוך יותר ורמת הדיוק היא גבוהה יותר.

Answer 182

הידרוליזה של GTP על גבי הפקטור EF-G מזרזת את תנועת הריבוזום בדיוק 3 נוקלאוטידים במורד הזרם.

Answer 183

2 ב tRNA Synthetase הודות לפירוק של ATP ל AMP עוד 2 על ידי פקטורי האלונגציה.

Answer 184

שימו לב שהחנקן האמיני של החומצה האמינית החדשה הנכנסת לאתר A הולכת לשמש כנוקלאופיל התוקפת את הפחמן הקרבוקסילי המחובר בקשר אסטרי ל- tRNA. האנרגיה ליצירת הקשר הפפטידי קיימת בקשר האסטרי.

Answer 185

רנ"א שהוא בעל פעילות קטליטית

Answer 186

לא זה מפתיע בגלל שעל אף שיש רנ"א בעל פעילות קטליטית , רנ"א לא עובר יינון בקלות כמו חלבון. מעבר לכךשבד"כ אנחנו מוצאים ריבוזימים שפעילים עם יונים מתכתיים (לרוב מגנזיום) ואילו במקרה זו לא נמצא יון מתכתי בריבוזום.

Answer 187

23s rRNA של תת היחידה הגדולה מבצע את עבודת הפפטידיל-טראנספראז על ידי הצמדה אידיאלית ומדוייקת בין שני המגיבים ויוצר כיס מושלם המיוצב על ידי קשרי מימן חזקים ויציבים ובכך מאפשר לשני המגיבים להגיב בקלות.

Answer 188

כאשר יהיה קודון סטופ באתר a

Answer 189

UAA, UGA, UAG

Answer 190

חלבונים שקרויים rf שמסגנלים לפפטידיל טרנספראז להוסיפ מולקולת מים במקום ח"א לפפטיד המצוי באתר p ובעצם לזרז הידרוליזה של קשר פפטידי אחרון

Answer 191

1. כאשר יגיע rf 2. כאשר efg יעשה שוב הידרוליזה

Answer 192

במהלך התרגום הפפטיד יוצא החוצה דרך תעלה צרה באורך של 10 נ"מ ובקוטר של 1.5 נ"מ, אשר בנויה כחלק הידרופובי וחלק הידרופילי. אף חומצה אמינית לא באמת יכולה לבצע אינטראקציה עם הקירות של התעלה ולכן היא משמשת כמעט מעטפת טפלון כדי לוודא שאף חתיכת חלבון לא תישאר דבוקה לתעלה. התעלה גם מונעת קיפול למבנים מורכבים כך שהחלבון עוזב במצבו הלא מקופל

Answer 193

פוליזום הוא מבנה המשמש גם תאים יוקריוטים וגם תאים פרוקריוטים ומאפשר מספר התחלות תרגום על גבי מולקולת mRNA אחת. התחלות התרגום נעשות במרחק ממוצע של 80 נוקלאוטידים כך שריבוזום מסויים התיישב, התחיל תרגום, התקדם 80 נוקלאוטידים ואז מגיע עוד ריבוזום וכן הלאה.

Answer 194

כי לחיידרים קצה 5 פתוח, לעומת איאוקריוטים, שאצלם מדי פעם קצה 5 וקצה 3 קשורים אחד לשני- מדי פעם המבנה הזה משתחרר וניתן להשתמש בפוליזום

Answer 195

שאפשר לעשות מספר רב של חלבונים לאותו mrna

Answer 196

וארירציה שקיימת בחיידקים, ארכיאה, ואיאוקריוטים שבה ניתן להכניס ח"א בשם סלנוציסטאין

Answer 197

קודון סיום Uga ה- trna קושר סרין ומבצע עליה מודיפיקציות

Answer 198

תשובה היא שבמורד הזרם לקודון ניתן למצוא סיגנאל ב- mRNA המתקפל למבנה המגייס פקטור תרגום ייחודי קושר GTP הומולוג ל- eftu המבנה הוא לולאה

Answer 199

היא שיטה יוקריוטית שתפקידה למנוע תרגום חלבון ממולקולת mRNA שלא שוחברה כראוי.

Answer 200

הנחת המוצא של השיטה היא ששחבור לא נכון מוביל כמעט תמיד לאינקורפרציה של קודון סטופ מוקדם בתוך מסגרת הקריאה – מה שמכונה nonsense.

Answer 201

הסיכוי שיימצא קודון סיום : 3 מתוך 64

Answer 202

כי יש להם אינטרונים רבים

Answer 203

בין כל אקסון לאקסון יש ejc שהריבוזום מוציא כאשר הריבוזום יגיע לקודון הסיום של ה- mrna לא יהיה יותר ejc אז זה אומר שזה הקודון סיום האמיתי, אם עדיין יש ejc זה אומר שזה לא קודון סיום האמיתי ו- mrna יעבור דגרדציה עי Upf ובנוסף המרחק שעובר מ- ejc לקודום סיום

Answer 204

1. מאפשרת למולקולות mrna חדשות להתבטא רק במידה והם יתנו חלבון אורך מלא 2. חיונית למע חיסון 3. למנוע מחלות גנטיות

Answer 205

חלבוני G הם חלבונים שנעים ממצב פעיל קושר GTP למצב לא פעיל קושר GDP

Answer 206

GEF ו-GAP

Answer 207

קשירה של gtp חדש

Answer 208

חלבוני GAP גורמים להידרוליזה שהיא בד"כ פעילות אינטרינזית בחלבון ה-G

Answer 209

חלבון ras

Answer 210

למבנה הנאטיבי שלהם

Answer 211

גליקוזילציות ופוספורליציות

Answer 212

המידע מצוי ברצף ח"א שלו

Answer 213

דומיין שמתקפל בעצמו יעבור קיפול תוך שניות למבנה שמכיל את המבנים השניוניים שלו מבנה זה, שהוא גמיש, דינמי, ונוצר במהירות, משמש עבור חלבונים רבים , כשלב ביניים המהווה נקודת התחלה לתהליך איטי יותר שכולל שינויים והתאמות המבוצעות באופן איטי יחסית על שרשראות ה-אר המאפשר את קבלת המבנה השלישוני הסופי.

Answer 214

הקצה הקרבוקסילי מסיים את הקיפול רק לאחר שהחלבון עוזב את הריבוזום.

Answer 215

צורת ה- molten globule

Answer 216

למנוע מחלבונים להגיע למצב בו הם ב"כלואים מבחינה קינטית", כלומר נמצאים במצב שהינו יציב למחצה המונע מהם, או מעכב אותם, להגיע למצב היציב ביותר שהינו גם המצב הנאטיבי.

Answer 217

וי של אזורים הידרופוביים חשופים, אשר במצב תקין היו אמורים להיות בחלק הפנימי של החלבון, ומונע מהם לעבור אגרגציה בלתי הפיכה.

Answer 218

מאחר והסינתזה שלהם עצמם עולה באופן דרמטי כאשר משרים את התאים בטמפרטורה גבוהה, למשל 42 מעלות צלזיוס.

Answer 219

ציטוזול מיטוכונדריה ו-er

Answer 220

ב- hsp 40

Answer 221

כאשר חלבני Hsp40 יעזבו, תתאפשר החלפת ADP ישן ב ATP חדש על ידי פקטור NEF מה שיבויל לירידה באפיניות ושחרור חלבון המטרה - בשלב זה יש לחלבון המטרה זמן והזדמנות להתקפל למצבו הנאטיבי.

Answer 222

בכניסה למבנה החבית, החלבון נלכד דרך כניסה הידרופובית. לפעמים הקשירה הראשונית הזו מסייעת לפתוח חלבון לא מקופל. לאחר מכן הוא משתחרר אל תוך החבית הזו, המרופדת במשטחים הידרופיליים. החבית נסגרת בעזרת מכסה, צעד הדורש קשירת atp כעת, החלבון נמצא בסביבה מבודדת והוא יכול לתקפל למבנה הסופי שלו ביחידות, מבלי שחלבונים אחרים בסביבה יפריעו לו. לאחר כ-10 שניות מתבצעת הידרוליזה למולקולת ה- ATP, המכסה נפתח והחלבון יכול לצאת החוצה, בין אם הוא מקופל כראוי או לא. נציין כי רק חצי ממבנה החבית הסימטרית פועל על חלבון בכל פעם.

Answer 223

hsp 60 TCP1 groel

Answer 224

החלבון נשלח לפרוטאיזום

Answer 225

פרוטיאוזום

Answer 226

לא נכון

Answer 227

הקצה הקרבוקסילי של החלבון נקשר לליזין שנמצא בחלבון ויוצר קשר איזופפטידי

Answer 228

בצורה שהיא קוולנטית

Answer 229

לפירוק בפרוטיאוזום הצורה העיקרית של שימוש ביוביקוויטין היא הוספת שרשראות פולייוביקוויטין כך שברגע שיוביקוויטין נקשר לחלבון המטרה, כל מולקולות היוביקוויטין שלאחר מכן נקשרות ל- ליזין 48 שעל היוביקוויטין הקודם בשרשרת. היוביקוויטין הראשון בשרשרת מחובר לשייר ליזין כלשהו על פני החלבון. צורה זו מכוונת את החלבון לפירוק בפרוטאוזום שם חלבון המטרה מתעכל לפפטידים קטנים. בחלק הבא נרחיב על תהליך זה.

Answer 230

לתיקון נזקי די אן איי

Answer 231

לאנדוציטוזה

Answer 232

לבקרת היסטונים

Answer 233

מולקולות E3

Answer 234

לפי ח"א שהם הידרופובים וכל מיני רצפים

Answer 235

1. לחסל חלבונים שלא סודרו היטב 2. לתת לחלבונים נורמלים זמן חיים קצר בהתאם לצרכים של התא

Answer 236

תריאונין פרוטאז

Answer 237

אלו שמצליחים להיות מקופלים אחרי מעט זמן יצילחו לחמוק מהפרוטיאוזום ואילו אלו שלא היו מקופולים לאורך זמן ארוך יסומנו

Answer 238

רוטאוזום הוא קומפלקס חלבוני בהעתקים רבים (1% מהמסה החלבונית של התא) הן בציטוזול והן בגרעין ומשמש כ ATP dependent protease. הפרוטאוזום מעורב גם בבקרת איכות החלבונים ב ER , אך איננו מצוי בתוך ה ER. חלבונים ישלחו החוצה מה ER לדגרדציה בציטוזול בתהליך הקרוי retrotranslocates, אשר מבוצע על ידי חלבונים מיוחדים המזהים שחלבון טרי התקפל לא נכון או שלא התרכב לקומפלקס כפי שהיה אמור לעשות ב ER .

Answer 239

כל פרוטאוזום מורכב מצילינדר חלול מרכזי המכונה 20S core proteasome (בצהוב) ומשני קומפלקסים המכונים 19S cap בקצוות.

Answer 240

מורכב ממספר רב של יחידות המתארגנות למערום של 4 טבעות הפטמריות (=בעלות 7 מונומרים כל אחת). חלק מתת היחידות הללו הן פרוטאזות שהאתרים הפעילים שלהן פונים אל החלק הפנימי של הצילינדר, על מנת להרחיקם מהציטוזול.

Answer 241

Unfoldase - מבנה טבעתי הבנוי מ-6 תת יחידות היוצרות תעלה שדרכה חלבון המטרה מושחל לליבת הפרוטאוזום. אנזים זה שייך למשפחת ה AAA-ATPase המפורסמת, בני דודם של DNA-helicases. רצפטור ליוביקוויטין שאוחז בו בעת שחלבון המטרה מושחל פנימה לליבת הפרוטאוזום, ubiquitin hydrolase שחותך את היוביקוויטין כשחלבון המטרה מוכנס פנימה

Answer 242

ה CAP יאפשר זיהוי של החלבון שמיועד לדגרדציה ויפתח את המבנה המרחבי שלו תוך שימוש ב ATP , ואילו ה -20s יבצע את הדגרדציה.

Answer 243

1.ראשית, לזהות את החלבון המיועד להריסה – פעולה זו נעשית על ידי סימון מקדים של חלבון המטרה המיועד לדגרדציה על ידי פולי-יוביקוויטילציה שלו, כלומר הצמדה של חלבוני יוביקוויטין קטנים, אחד אחרי השני (דרך ליזין 48 בחלבון היוביקווטין) ליצירת שרשרת המזוהה על ידי Ubiquitin receptor המצוי על 19s. סימון חלבון המטרה על ידי שרשרת יוביקוויטין נעשה על ידי סט של שלושה אנזימים מיוחדים E1, E2 ו E3 2. לאחר הזיהוי יש לבצע הידרוליזה של שרשרת היוביקוויטין על ידי Ubiquitin Hydrolase המצוי גם הוא על תת היחידה 19s. 3. פרימת המבנה המרחבי הקלוקל שהחלבון רכש והעברתו לליבת הפרוטאוזום כשרשרת ישרה חסרת מבנה מרחבי על ידי האנזים unfoldase המצוי על גבי תת היחידה 19s.

Answer 244

הקסאמרי

Answer 245

דירוליזה של ATP מאפשר משיכה פנימה של חלבון המטרה הודות לשינוי במבנה המרחבי של חלבון ה AAA.

Answer 246

מאפשר משיכה של הסובסטראט עמוק יותר לכיוון הליבה.

Answer 247

פפטידים קצרים

Answer 248

1.בשלב הראשון יש לאקטב את הקצה הקרבוקסילי של יוביקוויטין. זה נעשה ע"י אנזים 1E הקרוי ubiquitin-activating enzyme . הוא משתמש בהידרוליזת ATP כדי לחבר את יוביקוויטין לציסטאין של עצמו באמצעות קשר קוולנטי תיואסטרי (קשר עתיר אנרגיה). תגובה זו מתבצעת תוך יצירת תוצר ביניים קוולנטי: AMP-ubiquitin. 2. בשלב הבא 1E נקשר לחלבון הקרוי 2E, או ubiquitin-conjugating enzyme . 3. 2E פועל בשיתוף פעולה עם 3E, ubiquitin ligase: 3E אוחז מצד אחד בחלבון המטרה ומצד שני ב-E2 שעליו יושב היוביקוויטין. בתמונה שבשקף – E3 נקשר לרצף ספציפי בחלבוני המטרה המכונה degron וכך עוזר ל-2E ליצור שרשרת יוביקוויטינים על גבי ליזין, מה שיוביל לפירוק בפרוטאוזום. אולם יש יוביקוויטין ליגאזות שמזהות רצפים שונים ובכך מייעדות חלבונים תוך תאיים שונים לפירוק, לרוב בתגובה לאותות ספציפיים.

Answer 249

ישנם בערך 30 אנזימי E2 דומים מבחינה מבנית ביונקים, ומאות חלבוני E3 שונים היוצרים קומפלקסים עם אנזימים E2 ספציפיים.

Answer 250

1. במקרים מסוימים ובאופן דומה ניתן להצמיד גם קבוצות SUMU שהן Small Ubiquitin-realted Modifier , מולקולות חלבוניות קטנות ממשפחת היוביקוויטין הנקשרות באופן קוולנטי אך הפיך לחלבוני מטרה שונים ומסמנים את החלבונים למגוון רחב של מטרות. 2. ברור לגמרי יש מגוון רחב של אנזימים מסוג Ubiquitilating ו Deubiquitilating וכן SUMOlating ו DeSUMolating

Answer 251

דרך ראשונה – הפעלת E3. כל אחד ממאות חלבוני E3 בתא עובר אקטיבציה המושרית על ידי סיגנאלים רבים, שמתנקזים לאחת מהדרכים הבאות: 1. זרחון E3 2. שינוי אלוסטרי כתוצאה מקישור לליגנד 3. שינוי אלוסטרי כתוצאה מקישור לתת יחידה חלבונית למשל- הקומפלקס APC\C הוא ubiquitin ligase. לקראת סוף המיטוזה מתווספת לו עוד תת יחידה, המאפשרת את פירוק הציקלינים וחלבונים אחרים. על מנת שיעבור אינטרקציה עם היחידה הנוספת, הקרויה cdc20 עליו לעבור זרחון. דרך שניה – הפעלת סיגנאל הדגרדציה על חלבון המטרה: - זרחון באתר ספציפי החושף סיגנאל לפירוק - חשיפה של סיגאל דגרדציה ע"י ניתוק מבוקר של יחידה חלבונית - ביקוע של הקצה האמיני חושף אתר שמערכת היוביקוויטין יודעת לזהות ולסמן – דרך עוצמתית ליצירת סיגנאלים לפירוק נוצרת ע"י ביקוע של קשר פפטידי יחיד בתנאי שהוא יוצר קצה N חדש שכאמור E3 מזהה.

Answer 252

עי 3 e בפרוטאיזום 80 אחוז אם אותה האצטילציה נקברת בתוך בחלבון אז אי 3 לא יצליח לזהות אותו

Answer 253

יוביקוויטין ליגאז

Answer 254

הוא קומפלקס חלבוני מסוג E3, הקושר ומבצע פולי-יוביקוויטילציה לחלבוני מטרה שונים בזמינים שונים במחזור התא (וגם מעורב בתפקידים שאינם קשורים למחזור התא). מבנהו בצורת ה- C נוצר הודות לתת יחידות של 5 חלבונים, שהגדולה בהן משמשת כפיגום עליו בנוי שאר הקומפלקס.

Answer 255

בקצה אחד של מבנה ה-C נמצא אנזים E2 מצומד ליוביקוויטין. בקצה השני, הקרוי binding arm במרחק של 5 נ"מ, נמצא אחד מחלבוני ה -F-box protein.

Answer 256

לא, הם יכולים להיות שונים ולהיקשר לאתרים שונים

Answer 257

כאשר הקומפלקס מופעל, ה- F-box נקשר לאתר ספציפי בחלבון מטרה, ומציב את החלבון באופן כזה שחלק משיירי ה-R של הליזינים שלו נוגעים ב-2E

Answer 258

על גבי ליזין בחלבון המטרה

Answer 259

עי זרחון

Answer 260

הוא חלבון מודולארי which means f-box יכול להשתנות ולהשפיע על כמה חלבונים

Answer 261

יון מתכתי כי זה עוזר להם להתגבר על הבעיה בוריאבליות

Answer 262

בדומה לחלבונים, הריבוזימים צריכים להכיר את הסובסטראט וזרז ריאקציה, פעמים רבות חיתוך, לאחר מכן לשחרר את התוצר החוצה

Answer 263

אלו הן מולקולות RNA אינפקטיביות המדביקות בעיקר צמחים ומגלות פעילות קטליטית וגם יכולת קידוד גנומית.

Answer 264

חוקרים הצליחו לעשות ריבוזימים שונים כמו קינאז

Answer 265

1.החוקרים לקחו מולקולות DNA דו גדיליות עם רצפים אקראיים. 2. שעתוק על ידי רנ"א פולימראז הוביל ליציר מולקולות RNA חד גדיליות שהתקפלו למבנים מרחביים. 3. הוסיפו חוקרים ATP אשר פוספאט גמא שלו מכיל קבוצת סולפור רדיואקטיבית שתאפשר להם לעקוב אחרי תהליכי זרחון. 4.רק מעטים ממולקולות ה RNA גילו פעילות של אוטו-פוספורילציה. כעת החוקרים השתמשו בקולונה היודעת להפריד מולקולות מזורחנות מלא מוזרחנות. כך בעצם הצליחו לבודד רק את מולקולות ה- RNA בעלי הפעילות האוטו-קטליטית, ומהשאר נפטרו. 5.לאחר שביצעו אלוציה והוציאו את ה- RNA שעבר אוטופוספורילציה, הם ניתקו את קבוצת הפוספאט על ידי הידרוליזה. לאחר שקיבלנו מולקולת RNA בעלת פעילות אוטוקטליטית הם ביצעו רוורס טרנסקריפציה (תהליך שמכניס מוטציות) ויצרו מולקולת DNA דו גדילית. בהמשך מולקולות אלו עברו שעתוק (בדרך שמכניסה מוטציות גם כן) ובעצם חזרו על התהליך כשבכל מחזור הם הרחיבו את הסלקציה.

Answer 266

1. לריבוזימים יותר קשה לקשור סובסטראטים הידרופוביים 2. צריכים לזכור שיש רק ארבעה rna לעומת הרבה מאוד חלבונים

Answer 267

הסוכר – ריבוז הוא סוכר פשוט שניתן ליצרו מפורמל-דהיד בעוד שדה-אוקסי ריבוז הוא סוכר הרבה יותר מורכב. עדויות על הימצאו RNA קיימות עוד לפני הימצאות DNA. הבסיס טימין – הוא גרסה מסובכת שעבר מודיפיקציות של U. המבנה הדו גדילי של DNA הוא הרבה יותר מורכב מהמבנים החד גדיליים של RNA.