BIOCHEMISTRY 3 Flashcards
קאטאבוליזם?
פירוק
אנאבוליזם
בנייה דורש השקעת אנרגיה
איזה הורמון הוא הורמון אנאבולי ואיזה הורמון הוא הורמון קטאבולי?
הורמון אנאבולי- אינסולין
הורמון- קאטאבולי- גלוקגון
counter regulators
הורמונים שמבצעים פעילות הפוכב לאינסולין (פעילות קאטאבולית) כמו נור אדרנלין
מי זאת הפירמידיה המטאבולית?
לבלב- מנטר את רמות הסוכר בגוף
כבד- מקבל את ההחלטות של הלבלב לפי שני הורמונים עיקריים גלוקגון ואינסולין
אינסולין
הורמון אנאבולי המעודד בניה של מאקרומולקולות, משוחרר מתאי בטא בלבלב במצב שובע בהתאם לרמת הסוכר.
גלוקגון
ואילו עוד הורמונים פועלים כמוהו?
הורמון קטבולי המעודד פירוק של מאקרומולקולות במטרה להשיג אנרגיה בעתות מחסור. הוא מופרש מתאי אלפא בלבל כאשר רמת הסוכר היא נמוכה. ישנם הורמונים (בעיקר קטבוליים) מרכזיים – כמו אדרנלין (=אפינפרין) המשוחרר מבולטת יותרת הכליה ומתפקד באופן דומה (אך לא זהה) לגלוקגון.
על מה משפיע אינסולין?
על הכבד ועל השריר
איפה זהה שרשרת A באינסולין ואיפה זהה שרשרת B באינסולין?
שרשרת איי: בני אדם, כלבים, חזירים, לוויתנים
שרשרת בי: חזירים, פרות, כלבים, כבשים וסוסים
מכמה גנים נוצר האינסולין?
גן 1
כמה שרשראות יש לאינסולין ומה מחבר בין השרשראות?
יש לאינסולין 2 שרשאות, מה שמחבר ביניהם זה שלושה קשרים די סולפידים
כמה שרשאות יש לאינסולין בהתחלה ומה משתנה בו?
לאינסולין בהתחלה יש שרשרת אחת ועם הזמן הופך לשתי שרשאות עי ביקוע
מה החלק שמחבר את שלד הפפטיד בין השרשראות?
סי פפטיד
גלוקגון?
הורמון הקטבולי העיקרי, אחראי על פירוק חומרי תשמורת וגלוקונאוגנזה בכבד בזמן רעב.
לאילו שני תהליכים קאטאבוליזם מתחלק?
תהליך אירובי ותהליך אנ אירובי
מה יאפשר הפקה מקסימאלית של אנרגה קאטאבוליזם אירובי או אנאירובי?
קאטאבולזים אירובי
היכן התרחשו תהליכים אירוביים?
במיטוכודנריה
איך נסיים תהליך קאטאבולי אנאירובי?
בתסיסה
מה בעח אוגרים?
שומן
איפה הלבלב נמצא ?
ליד הסטרנום
אם היחס של של האינסולין גלוקגון הוא לטובת האינסולין מה זה אומר על הגוף? הגוף במצב אנאבולי או במצב קאטאבולי?
אנאבולי
מה הלבלב יותר אקסוקריני או אנדוקריני?
אקסוקריני
איך קוראים לתאים שמפרישים אנדוקריני ללבלב?
איי לאנגאהרד
מה זה אומר שהלבלב אקסוקריני? לאן הוא מפריש?
למערכת העיכול
איפ נמצא הכבד?
הכד נמצא בצי ימין
כאשר אנחנו במצב רעב את מי הכבד יתעדף ?
את המוח
מה מוח צורך?
גלוקוז וגופיפי קטו
מה השריר צורך בעיקר?
שומנים
במצב רעב כיצד הכבד יפיק גלוקוז?
גלוקוליזה
גליקוניאוגנזה
על מה משפיע האינסולין?
שריר שומן ולב
על מה משפיע גלוקגון?
רק על הכבד
איפה מיוצר קשר S-S שבאינסולין?
ב-er
ובגולגי
איפה מתרחשת הגליקוליזה?
בציטוזול
האם משתחרר פדח בגליקוליזה?
לא
למה משמש גלוקוז?
ייצור גליקוגן/עמילן כחומר תשמורת (גם סוכרוז בצמחים משמש כחומר תשמורת).
חמצון – הפקת אנרגיה על ידי גליקוליזה.
ביוסינתזה של פולימרים סוכריים המשמשים לתפקידים מבניים, הגנתיים, תקשורתיים.
חמצון במסלול הפנטוזות אשר בהמשך יניב יצירה של ריבוז הדרוש לאבני הבניין של הדנ”א והרנ”א (נוקלאוטידים).
מה הוא השלב הראשון בתהליך החמצון של גלוקוז?
גליקוליזה
האם הגליקוליזה היא תהליך אירובי?
לא
כמה אינזימים מעורבים בגליקוליזה?
10 אינזים
5 בשלב ההכנה ו-5 בשלב ההבשלה
מה מתקבל בגליקוליזה?
2 מולקולות ATP נטו
2 מולקולות NADH
2 מולקולות פירובאט
מה הם נשאי אלקטרונים?
נשאי אלקטרונים משמשים כקואנזימים הכולאים בתוכם 2 אלקטרונים במטרה לשחרר אותם בשלב מאוחר יותר.
מה הוא שלב ההכנה?
שלב ההכנה הוא כינו ל-5 שלבים בו מושקעת אנרגיה והגלוקוז מתפרק ל-2 תלת פחמניים
מי הוא האינזים הראשון בגליקוליזה ומה תפקידו?
מזרז את הזרחון של פחמן מס’ 6 של הגלוקוז. הוא נעזר ב-ATP כמקור פוספאט. בדומה לשאר הקינאזות הוא אנזים מסוג טראנספראז.
מה 6 הקסוקינאז דורש לצורך הפעלתו? ולמה?
האם זו ריאקציה הפיכה?
מה הוא התוצר מה הוא יכול לעשות?
מה המטרה המרכזית של האינזים?
מגנזיום המגנזיום ממסך על קבוצת הפוספוריל שמצויה בקצה (גמא) ובכך הופך אותה למטרה קלה יותר להתקפה הנוקלאופילית שקבוצת ההידרוקסיל של פחמן 6 בגלוקוז מבצעת.
לא זו לא ריאקציה הפיכה
התוצר גלוקוז 6 פוספאט אינו מחויב להמשיך לגליקוליזה אלא יכול להמשיך למסלולים נוספים כמו מעגל הפנטוזות או בניית גליקוגן.
המטרה המרכזית היא שהטראנספורטר שהכניס את הגלוקוז לא יזהה אותו ובכך תימנע יציאתו של הגלוקוז המזורחן החוצה מהתא.
איזה התאמה עובר האינזים 6 הקסוקינאז עם הסובסטראט
הוא מכיל 2 דמוינים, אשר נעים אחד לכיוון השני כ 8 אנגסטרם עם הקישור של גלוקוז לאתר הפעיל. התנועה הזו מביאה את
ה ATP
קרוב יותר לגלוקוז וחוסם את הכניסה של מולקולות מים מהסביבה לאתר הפעיל ובכך נמנעת התקפה נוקלאופילית של מולקולת המים על ה ATP,
מה שהיה גורם להידרוליזה.
איזה איזואינזים של הקסוקינאז ניתן למצוא בכבד?
איזואינזים מספר 4
מה הוא אינזים מספר 2 בגליקוליזה?
מה הוא עושה?
אנזים מסוג איזומראז המזרז את מעבר גלוקוז-6 פוספאט לפרוקטוז 6 פוספאט (מאלדוז לקטוז).
שמו:2- פוספו-הקסוז-איזומראז
מה צריך אינזים פוספוז אקסוז קינאז?
דורש יון מגנזיום לצורך פעילותו.
האם ריאקציה 2 של הגליקוליזה היא ריקציה הפיכה?
ריאקציה הפיכה ולא מועדפת בתנאים פיסיולוגיים
איזו חומצה אמינית חשובה בפוספו-הקסוז קינאז?
היסטדין
מה הוא אינזים מספר 3 בגליקוליזה?
ומה תפקידו?
3- פוספו-פרוקטו-קינאז-1 – מזרחן פרוקטוז-6-פוספאט על פחמן מס’ 1 על ידי שימוש ב ATP
מה דורש אינזים מספר 3 בגליקוליזה?
האם הריאקציה היא הפיכה?
מה התוצר?
מה הקבוצה התורמת כאן, ומה קורה בצמחים ?
איזה סוג אינזים זה ?ובחיידקים?
יון מגנזים
ריאקציה בחתי הפיכה
1,6 פרוקטוז ביס פוספאט
ATP
פירופוספאט
אלוסטרי ובחיידים הומוטרימר
מהו אינזים מספר 4 בגליקוליזה?
אלדולאז – אנזים המבצע ריאקציה של דחיסה אלדולית הפיכה במהלך מתפרק פרוקטוז 6 פוספאט לשני תוצרים תלת-פחמניים – קטון (די-הידרוקסי-אצטון-פוספאט) ואלדהיד (גליצר-אלדהיד-3-פוספאט).
אילו שני סוגים יש לאלדולאזות?
סוג 1 – קיים ביונקים וצמחים מבצע מנגנון בסיס שיף עליו נרחיב במצגת ביוכימיה ד’.
סוג 2- קיים בפטריות ובחיידקים, נעזר ביון אבץ לצורך מנגנון בסיס שיף עליו נרחיב במצגת ביוכימיה ד’.
האם ריאקציה מספר 4 בגליקוליזה היא ריאקציה הפיכה?
כן היא אכן ריאקציה הפיכה
מהי ריאקציה מספר 5 בגליקוליזה ומי מבצע אותה
טריוז-פוספאט-איזומראז – אנזים מסוג איזומראז שתפקידו בגליקוליזה להמיר די-הידרוקסי-אצטון פוספאט לגליצר-אלדהיד-3-פוספאט.
האם ריאקציה מספר 5 הפיכה? במה היא משתמשת?
היא הפיכה במגנזיום
כמה איי טי פי הלכו לאיבוד ב-5 שלבים הראשונים של הגליקוליזה?
ומה נותר לנו בסוף של שלב 5 בגליקוליזה?
שתי מולקולות גליצראלדהיד 3 פוספאט
מה שלב 6 בתהליך הגליקוליזה?
אנזים המזרז חמצון של גליצראלדהיד ליצירת החומצה גליצראט בשלב אחד, בשלב השני האנרגיה המתקבל מתהליך החמצון מנוצלת. לחיבור של קבוצת פוספאט חופשי מהתמיסה - לפחמן הקרבוקסילי החדש שזה עתה נוצר.
גליצר-אלדהיד-3-פוספאט-דה-הידרוגנאז
איך קוראים לקבוצת הקרבוקסיל שמחוברת לקבוצת הפוספוריל בגליצראט 1,3 פוספאט
ומה יש בה?
אציל-פוספאט
- מצב מאוד אנרגטי שהידרוליזה פשוטה שלו מניבה המון אנרגיה
מי המחמצן בשלב 6 של הגליקוליזה
ולמה הוא הופך
NAD+
NADH
מה היא ריאקציה מספר 7 בתהליך הגליקוליזה?
מה הוא דורש?
האם זו ריאקציה הפיכה?
7- פוספו-גליצראט-קינאז – זהו הקינאז השלישי שאנחנו נתקלים בו. הוא מזרז מעבר של קבוצת פוספאט מפחמן 1 (הקרבוקסילי) של 1,3 ביס-פוספו-גליצראט ל איידי פי לאיי טי פי
מגנזיום
כן זו ריאקציה הפיכה בתנאים פיסיולוגיים
איך נקרא תהליך שבו איי די פי הופך לאיי טי פי עי ניתוק של קשר אחר עתיר אנרגיה
זרחון ברמת הסובסטראט
מה הוא התוצר של ריאקציה מספר 7
3 פוספוגליראט
מי הו אינזים מספר 8 בריאקציית הגליקוליזה ומה תפקידו? ומאיזה משפחה הוא?
8- פוספו-גליצראט-מוטאז – מוטאזות הן סוג של איזומראזות. הוא מעביר קבוצת פוספאט מפחמן 3 לפחמן 2 במולקולת הגליצראט.
האם ריאקציה מספר 8 בגליקוליזה היא ריאקציה הפיכה ?
במה אינזים מספר 8 משתמש?
ומה הם שלבי הריאקציה?
הפיכה
מגנזיום
נקשר פוספאט חופשי מהתמיסה להיסטדין (באינזים) ומהשייר של ההיסטדין באינזים לגליצראט ואז עובר לעמדה מספר 2 בגליצראט
ככה נוצר:
2,3 bpg
לאחר מכן פוספאט מספר 3 יוצא מהגליצראט
מה הוא אינזים מספר 9 בגליקוליזה ומה הוא עושה?
אנלואז – אנזים המזרז ריאקציה של דה-הידרציה ליצירת קשר כפול בין פחמן 2 ל- 3 בגליצראט – ליצירת:
PEP-phospho-enol-pyruvat
במה אינזים מספר 9 בגליקוליזה משתמש ?
האפ התגובה היא הפיכה?
מה הוא התוצר?
שתמש ביון מגנזיום עבור פעילותו.
הריאקציה היא הפיכה ואיננה מועדפות תרמודינמית בתנאים פיזיולוגיים.
התוצר PEP הוא מולקולה עתירת אנרגיה מאחר ומדובר בטאוטומר לא יציב של פירובאט
(פירובאט הוא מצב הקטו, PEP הוא מצב האנול).
מי הוא אינזים מספר 10 בריאקציה של גליקוליזה?
ובמה הוא משתמש?
– מזרז את הריאקציה האחרונה שגם היא מניבה
ATP
במנגנון של זרחון ישיר של
ADP (=זרחון ברמת הסובסטראט).
האנזים משתמש ביון אשלגן במהלך הריאקציה.
האנזים משתמש ביון מגנזיום או יון מנגן לצורך פעילותו.
מה הם שלבי הגליקוליזה

מה תפקיד התוצרים המזורחנים בתהליך הגליקוליזה?
שמירת הסוכרים המזורחנים בתוך התא לאור היעדר טראנספורטרים לסוכרים מזורחנים על גבי הממברנה.
הפוספאט על חלק מתוצרי הביניים יוצר קשר אנהידרידי עתיר אנרגיה המאפשר להעביר את קבוצת הפוספאט ל
ADP ליצירת
ATP
הנוכחות של מגנזיום באתר הפעיל של לא מעט אנזימים גליקוליטים מגדיל את
ה binding energy
ובכך מגדיל את הכוח הקטליטי של האנזימים
מאיפה ניתן להתחיל גליקוליזה?
גליקוגן/עמילן – מפורק ליחידות של גלוקוז או גלוקוז מזורחן כפי שנראה בהמשך (נכנס לשלב 1 או שלב 2).
פרוקטוז – מתקבל מפירוק של סוכרוז – נכנס לשלב 1 ועובר זרחון על ידי אנזים מס’ 1 שיכול לזרחון כמעט כל סוגר בעל 6 פחמנים.
מאנוז – גם הוא מזורחן על ידי אנזים מס’ 1.
גלקטוז – יאוקטב תחילה.
מי הוא האינזים שמפרק לקטוז לגלאקטוז וגלוקוז
למה לאנשים מבוגרים יש אי סבילות ללקטוז?
למה הוא גורם לשלשולים?
לאקטאז
כי האנזים הזה נעלם עם השנים ומי שמפרק את הלקטוז אלו חיידקים
כי הוא אסימוליט פעיל
מי הוא הפולי-הסכריד העיקרי בזמן דיאטה וכיצד הגוף מפרק אותו?
מילן הוא הפוליסכריד העיקרי בדיאטה. פירוק של רב סוכר כמו עמילן מתחיל על עוד ברוק - ישנו אנזים בשם אלפא-עמילאז אשר מצוי ברוק ומתחיל לפרק את קשרי האלפא 1-4 שקיימים בעמילן כך שנוצרים פוליסכרידים קטנים, הוא יסיים את עבודתו בקיבה הודות ל ל-פי אייץ’ הנמוך אשר עושה לו אינאקטיבציה.
איך קוראים לאינזימים במעי אשר מפרקים עמילן ?
ואיך קוראים לתוצרים
בהמשך במעי ניתן למצוא סוג נוסף של אלפא-עמילאז, אשר מופרש מהלבלב, וממשיך את הפירוק שתוצריו הם לרוב מאלטוז ומאלטוטריוז (די סכריד וטרי סכריד בהתאמה), וכן אוליגוסכרידים הקרויים דקסטרינים מוגבלים אשר אשר מיכלים פרגמנטים של עמילופקטין (המכיל בתוכו גם קשרי אלפא 1-6).
איך התוצרים של עמילן נספגים בגוף?
דקסטרינים ומאלטוז עוברים דגדרדציה לגלוקוז במעי הדק סמוך לתאי האפיתל הסופג במקום הקרוי brush border ומשם נספגים דרך מיקרו-ווילי לתאי המעי
האם בני האדם יכולים לפרק תאית/צלולוז?
מי כן ואיך?
מרבית בעלי החיים אינם מסוגלים לפרק תאית, צלולוז, בשל חוסר באנזים המפרק קשרי בטא 1-4.
ם זאת, בעלי חיים מסוימים (למשל בהמות) מכילים אבר המשך של המעי שבתוכו קיימים מיקרואורגניזמים אשר מפרקים תאית על ידי אנזים בשם Cellulase
ליצירת גלוקוז אשר בהמשך עובר תהליך תסיסה המסתיים ביצירה של propionate
שמשמש כפרוקסור ליצירת גלוקוז בגלוקונאוגנזה - כך למשל נוצר לקטוז של החלב.
מה יקרה אילו היה גליקוליזה ללא הפסקה?
מה אפשר לעשות בנידון?
האם זה גם כך במחזור האירובי?
- מלאי ה-
nad+ יגמר
- יש למחזר את nad כדי שיוכל לעבוד בשלב 6 של הגליקוליזה
- לא במחזור אירובי מה שקורה זה שגם ככה כל הנשאים של האלקטרונים מביאים את האלקטרונים לחמצן
אילו שני סוגים של תסיסה ישנם?
תסיסה לקטית
תסיסה כהלית
מה היא תסיסה לקטית ?
כאשר מקבל האלקטרונים הסופי הוא פירוואט
האינזים הוא פירוואט דה הידרוגנאז
והתוצר הוא לקטט
הקארבוניל של הפירוואט הופך לכהל
באילו סוג תאים תסיסה היא תהליך מחייב?
אריתרוציטים כי אין להם מיטוכונדריה
באיזה סוג תאים מתבצעת הרבה תסיסה?
תאי שריר
מה קורה כאשר לקטט זורם בדם?
- הוא יכול להגיע לכבד ולשמש כחומר מוצא נהדר לגלוקוז
- מחמיץ דם
איפה התסיסה הכהלית מבוצעת ?
בשמרים ובמיקרואוגנזימים
מה התוצרים הסופיים של תסיסה לקטית?
אתאנול ופדח
מה האינזים הראשון שמשתתף בתסיסה ?
במה הוא נעזר?
פירוואט דה קרבוקסילאז
TPP
ויון מגנזיום
מה התוצרים של התסיסה הכהלית?
אתנול (=אלכוהול לשתייה) ופחמן דו חמצני
מה התוצר הראשון של התסיסה הכהלית?
אצאטאל אלדהיד
מי הוא האינזים השני בתסיסה הכהלית?
ומה הוא עושה?
אלכוהול דה הידרוגנאז
הוא מזרז את המחזור של NADH
NADH הופך NAD+
כתותאה מכך הפחמן הקארבנילי הופך לכהלי
וזה הופך לאלכוהול
האם אלכוהול דה הידרוגנאז נמצא גם אצל חולייתנים ואם כן מה הוא עושה אצל חולייתנים?
אלכוהול דה הידרוגנאז נמצא אצל חולייתנים ותפקידו הוא לקחת אתאנול שנצרך אצלנו ולהפוך אותו לאצאטאל אלדהיד ליצירת ח.ש
איזה סובסטארט נוסף יכול לקבל האינסים אלכוהול דה הידרוגנאז ומה יכולים להיות ההשלכות של זה?
מתאנול , הוא יכול להפוך למתאנאל מה שעלול לגרום לעיוורון
איך תסיסה קשור ליוגורט?
החיידק לקטובצילוס מבצע תסיסה- דבר המוריד את
ה-ph
ולכן חלבוני החלב שוקעים
בגבינה שוויצרית איך יש חורים בגבינה?
בזכות הפחמן הדו חמצני שמשתחרר בזמן תהליך התסיסה
איך יש בשימור מזון PH נמוך?
בזכות התסיסה
מי יודע להתסיס עמילן ?
ולמה?
קלאסטריודום
לבוטאנול ולאצטון
חיים ויצמן גילה זאת
היכן ישנו קצב גליקוליזה גבוהה יותר?
בגידולים סרטניים או בתאים רגילים?
מדוע?
בגידולים סרטניים
כי הם חיים בסביבה היפוקסית
בגלל שהם גדלים מהר יותר מיצירת כלי דם שיזינו את הגידול
ובגלל זה לרוב יש שם נמק כי התאים סביבם מתים
אילו שני שינויים עוברים גידולים סרטניים?
התלות בגליקוליזה ליצירת
ATP.
התפתחות עמידות ל-
pH
חומצי בסביבה החוץ תאית (הוא חייב להצליח להתמודד עם כמויות גדולות של לקטאט).
איזה פקטור הוא מוטנטי בגידולים סרנטיים ומה קורה בו בגידול?
p53
הוא פקטור שקשור למיטוכונדריה מכיוון שבגידול המיטוכונדריה לא עובדת זה כי יש את המוטנט הזה
כיצד מושגת הגברת הגליקוליזה בתאים סרטניים?
HIF-1 – hypoxia-induced transcription facto
זהו פקטור אשר אחראי להגברת שעתוק של לפחות 8 אנזימים גליקוליטים ושל גלוקוז טראנספורטרים
חלבון נוסף המוגבר על ידי
HIF
הוא
VEGF
– אשר גורם ליצירת כלי דם מסביב לגידול.
מה הגישה הטיפולית של טיפול בסרטן אם ידוע לנו כי התאים הסרטניים משתמשים בעיקר בגליקוליזה
מסיבה זו הוצעו מעכבים של הקסוקינאז כטיפול כימי לסרטן, כך שלא רק שהגידולים לא יצליחו לייצר ATP,
הם גם לא יצליחו לשלוח סוכרים למעגל הפנטוזות ולסנתז לעצמם חומצות גרעין.
איך ניתן לאבחן סרטן לפי הידע שתאים סרטניים צורכים יותק גלוקוז ?
הנטייה של גידולים לצרוך כמות מוגברת של גלוקוז משמשת לא רק לטיפול אלא גם לאבחון.
אם מזריקים למטופלים גלוקוז המסומן בפלואור רדיואקטיבי (=FDG),
הוא ייקלט ברקמות ובאזורים בהם יש צריכה מוגברת של גלוקוז – כמו מוח וכליות.
ואם נראה במקומות אחרים כמו בעצמות נראה שיש שם גרורה
זה נקרא pet ct
ה-fdg
מצטבר בסוף כ-fdgמזורחן
היכן גלוט 4 נמצא ?
תאי שריר או או שומן-> אנדוזום ממחזר-> ואסיקולות
מה קורה כאשר האינסולין נקשר גלוט 4
יעבור אקסוציטוזה בתהליך המערב את האנזים PKB (בביולוגיה של התא נקרא לו Akt)
מה קורה בסכרת מסוג 1?
תאי בטא נהרסים->אין אינסולין-> רמת הגלוקוז עולה בדם->היפרגליקמיה->השרירים לא מרגישים גלוקוז מתחילים לפרק שומן -> הכבד מתחיל לפרק שומן-> נוצרים גופיפי קטו-> הראשי זה בטא הידרוקסי בוטאטאט-> קטואציטוזיסיס
מה ההבדלים בין NADH
ל-FADH2
NAD
יכול לקבל 2 אלקטרונים ופרוטון
FAD יכול לקבל שני אלקטרוני ו-2 פרוטואנים
בנוסף FAD הוא חייב להיות חלק מאינזים הוא אף פעם יהיה בתוצרים
מה זה גליצר
כאשר יש לי סוכר שמורכב מ-3 פחממנים ול=2 מהם יש הודורקסיה והשלישי הוא לפי השם
מה זה הטאוטמריזציה בגליקוליזה ומה היא גורמת?
הטאוטמריזציה בגליקוליזה גורמת לכך שפירווראט יהיה או אנול או קטון.
עדיף קטון - זאתי הצורה היציבה יותר שגורמת להוספות הפוספאט על ADP
מדוע כששותים אלכוהול הגוף בהיפוגליקמיה?
בגלל שאלכוהול דה הידרוגנאז משתמש ב-nadh
כדי להפוך את האלכוהול לאצאטאלאלדהיד
ולכן יש לנו רק
Nad+
בגליקוניאוגנזה זה בלתי אפשרי שיהיה לנו רק Nad+
כי צריך את ה-nadh
מה זה הומיאוסטזיס הרמה המולקולרית
הקצב בו הסובסטרט מסופק לתגובה, או השטף של הסובסטרט, יכול אמנם להשתנות, אבל ריכוז הסובסטרט ישאר קבוע בזכות הגברת או האטת הקצב של שאר התגובות.
כמה אחוז מהגנים באדםהם לצרכי בקרה?
12 אחוז
ממה יכול להיגרם שינווים בבקרה אלוסטרית?
נגרמים לרוב עקב שינוי מקומי בריכוז של מולקולה קטנה שיכולה להיות סובסטרט של התהליך, תוצר שלו, או אפילו קופקטור של אחד האנזימים
האם אינזים יכול להיות מבוקר עי מספר מנגנונים?
יכול להיות
האם שליחונים שניוניים יכולים להיות חלק מבקרה ואם כן אילו שליחים שניוניים ישנם?
camp
סידן
באילו דרכים ניתן לבקר פעילות של אינזים?
- עי מולקולות סיגנאל חוץ תאיות שנקשרות לרצפטורים בממברנה
- הפעלה של פקטורי שיעתוק
- פירוק מולקולת Mrna
- עיכוב תרגום בריבוזום
- ביקוע של חלבון
- סיקסווטרינג
- הפחתה או הגברה של הסובסטראט
- מולקולה אלוסטרית שיכולה להגביר או לעכב את פעילות האינזים
- מודיפיציות קוולנטיות
- חיבור או התנתקות מתת יחידה רגולטורית
איך עוזרת הפעלה של מנגנוני שיעתוק לבקרת החלבון?
דרך זו התא יכול להגביר או להנמיך את קצב השעתוק וכך לווסת הכמות שיש לו מאנזים מסוים. הפעלה כזו יכולה להיות תלוית נוכחות של ליגנד, או הפעלה ע”י פוספורילציה/דה-פוספורילציה. לכל גן יכולים להיות מספר פקטורי שעתוק שמפעילים אותו, וכל פקטור שעתוק יכול להפעיל מספר גנים שונים. למשל אנזימי הגליקוליזה לרוב ישועתקו ביחד, ולכן הבקרה על הגנים שלהם תבוצע ע”י אותם פקטורים.
האם שינוי בריכוז
mrna יגרום לאותו השינוי שיש בריבוזום?
לא כי יכולים להיות עוד rna
איך היוביקוויטים עוזרת בבקרת חלבון?
ביקוע דגרדציה של החלבון על ידי מערכת היוביקוויטין בפרוטאוזום (וגם לכיוון ההפוך, מניעת הדגרדציה, אם נרצה להעלות את ריכוז האנזים). חשוב להבין שזמן חיים קצר של חלבון הוא יקר אנרגטית, אבל הוא מאפשר לתא גמישות רבה יותר ומעבר ממצב יציב אחד לאחר במהירות גדולה יותר.
איך מולקולה אלוסטרית יכולה לבקר אינזים?
אנזים עם מקדם היל של 4 שינוי שהוא פי 3 יכול לגרום להעלאת המהירות
מה ההבדל בין רגולציה מטאבולית לבין בקרה מטאבולית
רגולציה מטאבוליתהיא שמירה על מצב יציב וקבוע של ריכוז מטבוליט מסוים.
בקרה מבטולית לעומת זאת מתייחסת לשינוי בתוצר של מסלול מטבולי כלשהו בתגובה לסיגנל חיצוני.
האם בכל הרקמות זמן המחצית חיים של האינזימים הוא אותו דבר?
מדוע?
ברקמות שונות זמן מחצית החיים של אנזימים שונים וחלבונים שונים הוא שונה. הן בשל כך שברקמות שונות קיימים איזואנזימים שונים, והן בשל כך שברקמות שונות ישנן בקרות שונות.
איך אפשר לבדוק על הרמת השינוי של האינזימים?
הטרנסקריפטום
פרוטיאום
מה יכול להוביל שינוי בפרוטיאום?
לשינוי במטאבולום
מה זה אומר אם התגובה קרובה לשיווי משקל?
עלייה בתוצרים עלולה להפוך את כיוון התגובה
מדוע q ו-k
חשובים לגליקוליזה?
כי יש תגובות שצריכות להיות רחוקות שנות אור משיווי משקל על מנת שיוכלו להתקיים
איזה אינזים ניתן לראות שה-q
מאוד רחוק מה-k
?
ומה יקרה אם אני אעלה את הריכז וזה יגיע למצב של ש”מ?
pfk 1
אם אני אעלה את הריכוז זה יגרום ל-הרס בתא
מה ה-Km הממוצע לאינזימים מטיפוס atp?
ומה הוא הריכוז בתא?
km
0.1-1
mMOL
בתא
5-10
mMOL
מה יכולה לגרום ירידה ב-ATP?
היה פחות סובסטרט לאנזימים תלויי
ATP
(ויש מאות אנזימים כאלה) וקצב התגובות שהאנזימים האלו מזרזים ידעך משמעותית.
זה בעיה קינטית
רידה בריכוז ה-ATP תביא לירידה ביחס
ATP/ADP.
כתוצאה מכך נקבל ירידה באנרגיה החופשית של כל התגובות שדורשות פירוק ATP לקיומן
זה בעיה תירמודינאמית
מה קורה כאשר יש מחסור ב-ATP?
- שימוש באדנליט ציקלאז שיזרז תגובת
2ADP->AMP+ATP
הסיבה שהתגובה הזאת תתרחש טוב זה מאחר ויש מעט
AMP
בתא
מה הם 4 הגורמים המרכזיים שיוצרים לחץ ליצירת בקרות?
הגעה ליעילות מקסימלית בניצול מטבוליטים למסלולים הפוכים (כמו גליקוליזה וגלוקונאוגנזה).
חלוקה יעילה של מטבוליטים בין מסלולים שונים בהתאם לצרכי התא (למשל גליקוליזה ומסלול הפנטוזות).
שימוש בחומר הדלק היעיל ביותר לצרכים המיידיים של התא (גלוקוז, חומצות שומן, חומצות אמינו וכו’).
עיכוב מסלולים ביוסנתטיים אם יש הצטברות של התוצרים שלהם.
מה קורה בתא במצב יציב ומ קורה לתא כאשר מוציאים אותו מהמצב היציב?
תא שנמצא במצב יציב, מטבוליטים נוצרים ונצרכים בקצב קבוע. כשיש הפרעה למצב היציב יתרחשו שינויים בפעילות האנזימטית שיחזירו את התא לאותו מצב.
מה יכולים לעשות פאקטורי שיעתוק
שינוי בטרנקרופטום-> שינוי בפרוטיאטום-> שינוי במטאבולום
על מה יש תהליכי בקרה הדוקים?
יש תהליכי בקרה הדוקים על הריכוזים של
ATP ו-NADH
בתא, וגלוקוז בדם, ששומרים אותם כמעט קבועים.
האם יש במסלולים המטאבולים רק אינזים אחד שעושה בקרה?
לא
ישנן מספר אינזים שועשים בקרות אלו
אילו אינזימים משפיעים על השטף מגלוקוז ל-1,6 ביספוספאא?

6 הקסוקינאז
PKF1
ומה שלא השפיע בכלל
פוספוהקסוקינאז
אילו שלושה פרמטרים יש כאשר מנסים לנתח שטף מטאבולי?
מקדם בקרת שטף-C
מקדם האלסטיות-Σ
מקדם התגובתיותו-R
מהו מקדם בקרת השטף
איך קובעים כמה כל אינזים מקבל?
מה הסכום של כל האינזימים בכל התהליך?
מבט כמה כל אינזים משפיע על המסלול
אנזים שכל המסלול תלוי בו- 1
אינזים שהמסלול כלל לא תלוי בו יקבל 0
אינזים חיצוני ששואב תוצרי ביניים יקבל מספר שלילי
מקדם בקרת השטף הוא לא קבוע
הסכום של כל מקדמי בקרת השטף בתהליך הוא 1
מהו מקדם האלסטיות?
מה הוא מקדם האלסטיות כאשר יש מעט סובסטראט?
ומה הוא מקדם האלסטיות שכאשר יש הרבה סבובסטראט?
ומה קורה באינזים אלוסטרי?
השיפוע של הגרף של מיכאליס מנטן
מעט- מקדם האלסטיות שווה ל-1 כי עלייה גורמת לו לעלות
0
יכול להיות בין 1-4
מקדם התגובתיות
מדד המבטא את ההשפעה של גורמים חיצוניים (למשל הורמונים שונים) על השטף במסלול. ניסוי לדוגמא שיכול למדוד זאת הוא הוספה של אינסולין לתרבית תאים ומדידת השטף דרך הגליקוליזה כפי שמוצג בשקף הקודם. מידת התגובתיות של המסלול להשפעה של גורם חיצוני תלויה במידת הרגישות של המסלול לשינויים בפעילות של האנזים הנבדק (כלומר סי)ובמידת הרגישות של האנזים לשינויים חיצוניים (כלומר אפסילון).
ובסה”כ - R=C*ε.
שטף
הקצב בו משהו מסופק לתגובה
מה משפיע על השטף?
ריכוז האינזים
מה חשבו על
PFK1 ?
ומה חושבים עליו היום ולמה ?
חשבו על PFK 1
שהוא השלב הקובעמהירות
אך כאשר הגדילו אותו שמו לב שהשטף לא עולה יחד איתו
לכן הסיקו שהוא רגלוטור לגליקוליזה- לשמור על הומיאוסטאזיס של מטאבוליטים
האם גליקוגן סינטאז הוא השלב הקובע מהירות בבניית גליקוגן?
לא
כי גילו שבקר השטף שלו קטן יותר
הוא חלבון רגולטור
כאשר אינסולין מגיע לתאי שריר אילו שלוש פעולות הוא עושה ?
ואילו פעולות מגבירות את השטף?
- מגביר היווצרות של גלוט 4
- מגביר הקסוקינאז
- מגביר גילקוגן סינטז
ה-2 הראשונות מגבירות השטף
מה הן הרמות בהן הרמה ההורמונאלית מבקרת
מודיפיקציות קוולנטיות על אנזימים
בקרת שעתוק
השפעה על טראנספורטרים וויסות רמת הסובסטרט בתא
אילו מודיפיקציות קוולנטיות ישנם?
למשל גלוקגון משפעל רצפטור מסוג
GPCR
– רצפטור זה גורם לשפעול של אנזים מפתח הקרוי
PKA
אשר יודע לזרחן מטרות רבות, ביניהן אנזימים מטבוליים. זרחון שכזה יכול להגביר או להנמיך את פעילותו של האנזים. בקרה זו היא בקרה מהירה.
אילו בקרות שיעתוק ישנם שההורמונים עושים?
משל אינסולין משפעל רצפטור מסוג טירוזין קינאז
RTK
רצפטור זה משפעל קסקאדות שונות שמסתיימות בהפעלת פקטורי שעתוק. חלק מפקטורי השעתוק הללו אחראים להגברת ביטוי של אנזימים מטבוליים.
איך ההורמונים משפיעים ברמת הוויסות?
כפי שנראה מיד, אינסולין יכול לשפעל תהליך של טראנספורט של וזיקולות ואקסוציטוזה של טראנספורטרים.
איך אינסולין משפיע על טרנספורטרים?
אינסולין-> מגיע לשריר שומן או לב-> נקשר ל-אר טי קיי ->גורם לאקסוציטוזה של ואזיקולולות שמכילות glut 4
יותר גלוקוז נכנס לתא
glut 1
מצוי כמעט בכל הרקמות ואחראי לשמירה על רמת גלוקוז בזאלית בתא.
Glut2
מצוי בכבד, בלבלב באיי לנגרהאנס ובמעי הדק .
תפקידו בכבד – סילוק עודפי גלוקוז מהדם והכנסתם לכבד.
בלבלב בעל תפקיד חשוב בבקרה על רמת האינסולין המופרשת (אנחנו נראה בהמשך את המנגנון).
במעי הוא אחראי על ספיגה של גלוקוז ומצוי בממברנה הבזאלית של תאי האפיתל הסופג.
GLUT 3
בנוירונים של המוח
Glut4
היחיד שמגיב לאינסולין במנגנון של אקסוציטוזה ומצוי בשריר, שומן ולב.
מה משותף לכל הטרנספורטרים של הגלוקוז
הם יוניפורט
מה התפקיד של אדנוזין בבקרות ?
atp- מסמל שיש הרבה אנרגיה
amp מסמל שיש מעט אנרגיה ומשפעל ampk
איפה האינזים ampk קיים?
וא דוגמא לאנזים הקיים כמעט בכל הרקמות ומשופעל על ידי עלייה ב- AMP (כתוצאה מפעילות גופנית ממושכת או מרעב ממושך)
לאילו שתי בקרות מתחלקות הבקרות בגליקוליזה?
אלוסטריות וקוולנטיות
אילו שתי סממני אנרגיה יש לי באינזימים האלוסטרים ומה מייצג כל סמן אנרגיה
אנרגיה גבוהה:
atp
nadh
אצטיל coa
ח”ש ארוכות וציטראט
אנרגיה נמוכה :
amp
adp
nad+
coa-sh
מה קורה בזמן רעב
רעב -> לבלב מפריש גלוקגון-> רצפטור ג’י פי סי אר->ציקליק איי אם פי-> Pka
מזרחן הכל
מה קורה בזמן שובע?
שובע->אינסולין->RTK->
ppp
מה זה יוני פורט?
כאשר רק משהו אחד עולה נמצא בטרנספורטר
מה ההבדל בין פוספואטז לקינאז?
קינאז-מזרחן - טרנספוטאז
פופסטאז- -הידרולאז
אילו איזו אינזימים מכיל אקסו קינאז ומה ההבדל ביניהם ?
הקסוקינאז 1 – מצוי בשריר ומעוכב באופן אלוסטרי על ידי התוצר שלו (גלוקוז 6 פוספאט)
הקסוקינאז 4 – קרוי גם גלוקוקינאז ומצוי בכבד (וגם בלבלב) – איננו מעוכב על ידי התוצר, אך הוא בעל Km גבוה משל הקסוקינאז 1 ולכן בזמן רעב, כאשר ריכוז הגלוקוז נמוך, פעילותו תהיה נמוכה בהרבה.
איך גלוקולקינאז מבוקר
גלוקוקינאז מבוקר היטב גם ברמת השעתוק, כך שבריכוז נמוך של ATP
וריכוז גבוה של AMP
, או בזמן צריכה מוגברת של מזון, ברמה גבוהה של גלוקוז בדם ובזמן כיווץ שריר (כן, זו לא טעות) – מתבצעת הגברת שעתוק של האנזים.
בקרה נוספת היא סקווסטרינג – בזמן גלוקונאוגנזה מצטבר פרוקטוז 6 פוספאט אשר גורם להפעלה של חלבון רגולטורי המבצע סיקווסטרינג של גלוקוקינאז בגרעין. בזמן שובע, ריכוז גבוה של גלוקוז חופשי מעכב את החלבון הרגולטורי ומאפשר לגלוקוקינאז לחזור לציטוזול שם הוא פעיל.
איך האינזים PFK 1 מבוקר?
אלוסטרית בלבד על ידי מעכבים ואקטיבטורים
מעכבים :
ATP
CITRATE
מאקטבים
AMP,ADP
fructose 2,6 bisphospte
איך האינזים
PFK1 בנוי
ואיזה מנגנון פעילות יש לו?
הוא הומוטרימר
יש לו מנגנון פעילו קואפרטיבית
מי הוא האקטיבטור המרכזי של הגליקוליזה
fructose 2,6 bisphosphate
מי הוא אינזים טאנדם ?
אינזים שיכול לעשות שתי פעולות לעשות קינאז או פוספאטזה תלוי בפעילות הורמונאלית שקורית רק בכבד
האם בשריר יש את האינזים טאנדם?
כן אבל הוא פועל כל הזמן - כל הזמן הוא ברקינאזה ומזאחן את האקטיבטור
ל-PFK1
F26BP
איך הבקרה של האינזים
F26BP
מתרחשת?
גלוקגון->מפעיל את PKA -> מפעיל את הפוספאטזה של טאנדם-> מפרק אקטיבטור:
2,6 bp
אילו איזו אינזימים קיימים קיימים לפירוואט קינאז
l
M
מה היא הבקרה האלוסטרית על פירוואט קינאז?
מעכבים אלוסטרים:
ATP
Alanine - נתייחס אליה כמו אל אנלוג של פירובאט שכן בכל הרקמות ח”א אלנין מומרת לפירובאט בריאקציה חד שלבית.
ח”ש ארוכות
אצטיל coA
אקטיבטורים אלוסטריים:
Fructose 1,6 biphosphate – במנגנון של משוב חיובי Feedforward – תוצר של שלב מוקדם (במקרה זה שלב 3) מגביר את הפעילות של שלב מאוחר (במקרה זה 10).
בקרה הורמונאלית:
רק בכבד אפשר לעשות זרחון על ידי פי קיי אי ולעכב את פירוואט קינאז
ועי פי פי פי (שיוצא כאשר יש אינסולין אפשר לעשות פוספאטזה)
למי יש Km גבוה יותר
להקסוקינאז מספר 1
או להקסיקנאז מספר 4
הקסוקינאז מספר 4 יש לו km גבוה יותר מהקסיקינאז מספר 1
feed inhibiton
ואיפה הוא מתרחש בגליקוליזה?
מתרחש בהקסוקינאז מספר 1 כאשר גלוקוז 6 פוספאט הוא מעכב של הקסוקינאז 1
מה מזרחן או עושה פוספסרילציה החלבון טאנדם?
ל-pfk2
איזה סוג אינזים זה PFK?
הומוטטרמר
איפה קיים המיטוכנדריון?
בכל התאים האיאוקריוטים
איך בנוי המיטוכונדריון?
מי מבין הממברנות של היא החדירה ביותר?
למה זהה ה-ph וריכוז המלחים של הציטוזול?
מה מכיל המטריקס במיטוכונדריה?
ומה היא המיטוכונדריה בכללי?
ממברנה חיצונית – מאוד חדירה למולקולות אודות לטראנספורטרים רבים ולתעלות לא סלקטיביות.
פנימית לממברנה החיצונית נמצא התווך הבין ממברנאלי שהוא כמעט וזהה בתכונותיו (pH, ריכוז מלחים וכו’) לסביבת הציטוזול.
ממברנה פנימית – מאוד בררנית. רוב היונים, המולקולות הקטנות וגם פרוטונים אינם עוברים דרכה.
פנימית לממברנה הפנימית נמצא המטריקס של המיטוכונדריה. מרבית האנזימים שנדבר עליהם יושבים במטריקס. המטריקס מכיל גם דנ”א מעגלי וריבוזומים מאחר והמיטוכונדריה היא שריד של פרוקריוט קדום שעבר תהליך של אנדוסימביוזה.
אם התהליך הוא תהליך אירובי לאן הפירוואט הולכת לאחר הגליקוליזה בציטוזול ומה קורה לה שם?
הפירוואט הולכת למיטוכונדריה שם היא חוצה את שתי הממברנות
ונפגשת עם אינזים פירוואט דה הידרוגנאז
ושם היא תעבור תהליך שנקרא דה קרבוקסילציה אוקסידטיבית
כיצד קוראים לתוצרים של דה קרבוקסילציה אוקסידטיבית?
אצטיל קו-A (גרסה מאוקטבת של אצטאט).
פחמן דו חמצני.
מי הם הקואינזימים שמעורבים בדה קרסוקסילציה אוקסידטיבית?
מי נושא קבוצות אצטיל?
מי הוא נשא האלקטרוני?
מי מקבל את האלקטרונים בתהליך החמצון?
מי האינזים שמשתתף לרוב בתהליכי קרבוקסילציה?
ואיזה קבוצה פרסטטית קשורה לאינזים?
קו-אנזים A – נגזרת של ויטמין בי 5 (פוספו-פנטואט) – נושא קבוצת אצטיל (ובמקרים אחרים בהם ניתקל בו – קבוצת אציל).
NA D+- משמש כמקבל אלקטרונים (נגזרת של ויטמין בי 3ניאצין) .
TPP – נגזרת של ויטמין בי – משמש לתהליכי דה-קרבוקסילציה.
ליפואט – זוהי קבוצה פרוסטטית הקשור קוולנטית לאנזים.
FAD – נשא אלקטרונים – נגזרת של ויטמין בי 2 (ריבו-פלאבין).
ממה מורכב הקומפלקס
PDH?
משלושה חלבונים
E1
E2
E3
שנעזרים ב-TPP
FAD
וליפואט
יש הרבה עותקים מחלבון לחלבון וזה משתנה בגודלו בין אורגניזם לאורגניזם
כמה אתרים פעילים יש ב-E2 ביונקים וכמה בחיידקים? ובאיזה מרחקים האתרים הללו נפרדים?
ביונקים לו 2
הם מורחקים במרחקים של 20-30 ח”א באלנין ופרולין
בחייקים שלושה
מי קשור לליפואט בפירוואט דה הידרוגנאז?
האם זו קבוצה פרוסטית?
מה קורה במצבה המחומצן לליפואט?
ומה קורה במצבה המחוזר?
האם זה חלק מאינזים?
E2
והיא מחוהברת בקשר קוולנטי לליזין עם האסילון אמין שלה לכן זו קבוצה פרוסטטית
במצב מחומצה יש קשר די סולפידי
במצב מחוזר יש
SH או שהסולפיד קשור לאצטיל
קו אינזים איי
נגזרת של איזה ויטמין היא?
ממה היא מורכבת?
איזה קבוצה היא חשובה ולמה?
בי 5
בטא מרקפטו אתאנול+ חומצה פנטונאית
סולפאט כי היא יכולה ליצור קשר תיו אתרי עם האצטיל
TPP
מאיזה ויטמין היא נגזרת?
איזה מחלה יכולה להיגרם בעקבות חוסר האינזים זה?
מה קורה במחלה זה?
מי בדרך כלל חולה במחלה זו?
בי 1
ברי ברי
כי פירוואט לא יכול לשמש כמקור אנרגיה
המוח לא מקבל
אלכוהולסיטים או אוכלי אורזל לבן
איך הולך התהליך של פירוואט דה הידרוגנאז?
איזה שלב הוא הקובע מהירות?
איך קוראים לתוצרים בכל אחד מהשלבים?
איפה יש טראנס אסתריפיקציה?
- פירוואט נכנס נתקל בחלבון הראשון שם יש את הטי פי פי. הטי פי פי עושה קרבוסליצה ומחזר את הפירוואט, הוא מתחבר לפירוואט והתוצר: הידרוקסי אתיל זה שלב קובע המהירות
- האיניזים אי 2 מגיע מחמצן את ההידורסי אתיל עי הקשר הדי סולפידי בליפואט
האנרגיה שהשתחררה מהקשר גרמה לחיבור תיו אסתרי בין האצטיל שנוצר לסולפאט
- הקו -איי מגיע ויוצר טראנס אסתריפיקציה עם האצטיך הוא מחליף את הליפואט
- אי 3- אף איי די מחמצן את הליפואט (אבל בגלל שאף איי די קשור לאינזים צריך שמישהו יחמצן אותו) וזה יהיה את אן איי די
Substrate channeling
זה מה שקורה בפירוואט שה הידרוגנאז ששם כל אחד מהאינזים מעביר את הקבוצה אחד לשני בלי הוצאה של תוצר הביניים מהקומפלקס
מה הם הבקרות על פירוואט דה הידרוגנאז?
איזה סוג בקרות?
קרות על PDH הן גם אלוסטריות וגם קוולנטיות. המודיפיקציה הקוולנטית מתחלקת ל-2 אפשרויות:
האנזים PDH-K
שהוא חלק אינטגראלי מהמגה-קומפלקס ומשופעל בריכוז גבוה של
ATP acetyl coa nadh
long fat
איקטוב: nad+ amp s-coa
(מצב אנרגטי גבוה) – הוא מזרחן את היחידות של E1 ובעצם מנטרל את פעילותן (להזכירכם – זה השלב קובע המהירות).
בכבד למשל, גם האנזים
PKA
יכול לזרחן את הקומפלקס בזמן רעב ולמנוע את פעילותו על מנת שפירובאט תשמש לגלוקוניאוגנזה ולא תפורק כליל.
איך מתרחש השלב הראשון של מעגל קרבס?
האם זו ריאקציה הפיכה?
אצטיל קו איי נפגע עם ציטראט סינטאט שהוא עושה-דחיסת קלייזן האנרגיה לריאקציה מגיע מפירוק הקשר התי אסתרי ונוצר לנו ציטראט
זו ריאקציה בלתי הפיכה
מה השלב השני במעגל קרבס?
מה האינזים מכיל?
אקוניטאז בה ציטראט הופך לאיזו ציטראט וישנו תוצר ביניים שנקרא ציס אקוניטאז
האינזים מכיל קבוצת ברזל-גופרית המשמשת גם לקישור הסובסטרט לאתר הפעיל וגם ויש לה גם תפקיד חשוב בהומאוסטאזיס של משק הברזל בתא
מה השלב השלישי במעגל קרבס?
מה הוא דורש לצורך פעולתו?
ואילו איזו אינזים יש לו
איזוציטראט דה הידרוגנאז מזרז דה קרבוקסילציה אוקסידטיבית ומסלק פחמן דו חמצני מהמולקולה ליצירת אלפא-קטו-גלוטראט. זוהי ריאקציה בלתי הפיכה.
האנזים מנצל יון מנגן לצורך פעילותו.
ישנם שני איזו-אנזימים:
איזואנזים הדורש
NAD+
שמומר ל-
NADH .
איזואנזים המשתמש ב-
NADP+
המומר ל-
NADPH –
איזואנזים זה מצוי גם במטריקס של המיטוכונדריה וגם בציטוזול ותפקידו המרכזי הוא לייצר NADPH המשמש ככוח מחזר כפי שנלמד בהמשך.
מה השלב הרביעי במעגל קרבס?
ולמי הוא דומה ?
לפא קטו גלוטראט דה הידרוגנאז -
מגה-קומפלקס המזרז המרה של אלפא-קטו-גלוטראט לסוקסיניל קו-איי תוך יצירה של אן איי די אייץ.
היחידה איי 3 שלו זהה לחלוטין ליחידה אי 3 של פירוואט דה הידרוגנאז
גם הוא עובד בדיוק עם אותם חמת הקו-אנזימים עליהם דיברנו בהקשר של פירוואט דה הידרוגנאז
מה השלב החמישי במעגל קרבס?
מזרז ריאקציה בה נשבר הקשר התיו-אסתרי עם קו איי ומקבלים סוקסינאט
ו-GTP או
ATP
(ביונקים יש שני איזו-אנזימים שונים, אחד לכל סוג של נוקלאוטיד).
יצירת ה- –
GTP היא דוגמא נוספת לזרחון ברמת הסובסטראט.
האנרגיה ליצירת
ה- GTP
משבירת הקשר התיו-אסתרי, שהיא כשלעצמה הגיעה מהדה-קרבוקסילציה המחמצנת בריאקציה המזורזת על ידי אלפא-קטו-גלוטראט דה הידרוגנאז.
מה השלב השישי במעגל קרבס?
איפה האינזים יושב באירוקיווטים ובפרוקריוטים?
עי מי האינזים מעוכב?
סוקסינאט דה הידרוגנאז הוא האנזים היחיד מבין האנזימים של מעגל החומצה הציטרית שאיננו יושב במטריקס של המיטוכונדריה אלא על גבי הממברנה הפנימית. האנזים מזרז חמצון של סוקסינאט והאלקטרונים נאגרים לשבריר שניה בתוך הקו-אנזים אף איי די שמומר ל- אף איי די 2
מיד מוסר את האלקטרונים לשרשרת מעבר האלקטרונים (ליוביקווינון – עליו נדבר בהמשך). התוצר הוא פומראט.
אנזים זה זוכה גם לכינוי “קומפלקס 2 של שרשרת הנשימה” מאחר והוא מהווה דרך אלטרנטיבית למסירת אלקטרונים לחמצן.
בחיידקים האנזים יושב על גבי הממברנה הפלסמטית.
גם אנזים זה מכיל צברי ברזל גופרית המשמשים בין היתר לקבלה ולהעברה של אלקטרונים.
האנזים מעוכב על ידי מולקולה בשם מלונאט – הדומה לסוקסינאט אך מכילה 3 פחמנים במקום 4 פחמנים.
מה השלב השביעי במעגל קרבס ?
איזה סוג אינזים הוא ?
מה מיוחד בו?
פומראז – מזרז הידרציה לסוקסינאט ובעצם הופך את פומראט למלאט. שימו לב למולקולת המים הנכנסת לתוך הקשר הכפול.
זהו אנזים מסוג ליאז (רה-ארגון לקשרים כפולים).
זהו אנזים מאד סטראו-ספציפי – הוא יעבוד על מולקולת סוקסינאט שבמצב טראנס אך לא כזו שבמצב ציס.
הוא מיצר רק
L-malate
וגם לכיוון ההפוך הוא לא יודע לעבוד עם D-malate.
מה השלב ה-8 במעגל קרבס?
מלאט דה הידרוגנאז מחמצן את מלאט (אלקטרון ומימן מהפחמן הכהלי, ועוד אלקטרון ומימן מהחמצן ההידרוקסילי) מייצר את המולקולה אוקסלואצטאט אשר יכולה להגיב
עם אצטיל-קו-A למחזור נוסף.
אם מוספים פחמן דו חמצני רדיואקטיבל לאצטיל coa תוך כמה זמן נראה את שני הפחמנים פדח רדיואקטיבי במעגל קרבס?
תוך שני מחזורים
מדוע מולקולה סימטרית כמו ציטראט בוחרת בצורה שהיא כל כך אסימטרית איזה פחחמנים להוציא לתוך התמיסה?
Substrate channeling
הסובסטרטים והתוצרים מועברים מאנזים אחד לאחר בדיוק כפי שהאנזים הקודם תפס אותם.
מה בעבר המודל התיאורטי קבע לגבי גנים?
המודל התיאורטי קבע כי גן אחד – מקודד לאנזים אחד – שיש לו פעילות אחת.
איך קוראים לאינזים בעל מספר תפקידים?
moonlighting
מהו שמם של שני האיזו אינזימים של אקוניטאז?
ומה תפקידם?
מיטוכונדריאלי – משתתף במעגל החומצה הציטרית.
ציטוזולי – אחראי ליצר איזו-ציטראט ולספק את הגרסה הציטוזולית של איזוציטראט-דה-הידרוגנאז
(שכבר אמרנו שהוא בעל תפקיד חשוב ביצירת NADPH
ככוח מחזר החיוני לתהליכים אנאבוליים), אך יש לו תפקיד נוסף בוויסות משק הברזל.
איפה נאגר ברזל בציוטוזול ומה עלינו לעשות אם אנו רוצים להשתמש באותו הברזל?
בציטוזול, עודפי ברזל נאגרים בתוך חלבון בשם פריטין – חלבון ציטוזולי קושר ברזל - זו בעצם הרזרבה של התא למחסור בברזל. כאשר נרצה להשתמש ברזרבה הזו, יהיה עלינו להפחית את כמותו של פריטין.
איך משונע הברזל בדם?
עי טראנספרין
איך התא קולט את הברזל?
עי הטראנספרין רצפטורים שיש על הממברנות של התא
מה שולט על ההומיאוסטאזיס של הברזל בתא?
הטרנספרין רצפטור
ופריוטין
כאשר רמות הברזל בתא יורדת אילו שתי פעולות אנחנו רוצים שתקרנה?
עלייה בביטוי של הרצפטור לטראנספרין.
ירידה בכמות הפריטין ושחרור ברזל מהמאגרים
איך אקוניטאז קשור למשק הברזל?
אין ברזל -> הברזל והגופרית משתחררים מאקוניטאז -> נותר אפואינזים->לאפו אינזים הזה קוראים:
irp 1
יש גם
irp 2
אך הוא שונה ממנו- הוא חלבון רגולטורים-> הוא מזהה מבנים שניוניים שנקראים
ire
שנמצאים בקצה או בקצה 3 של מולקולת אר אן איי ->
כאשר הוא מזהה אותם הוא נקשר אליהם, הם נמצאים בפריטים ובטרנספורטרים לטראנפרין
עי קשירה של האפו אינזים אליהם הוא יכול לגרום להעלאה בשיעתוק במקרה של רצפטורים לטראספרין או הורדה בשיעתוק במקרה של פריטין
באיזה אינזימים ישנם
moonlighting?
פירובאט קינאז – משמש גם כפקטור שעתוק המגיב לנוכחות של הורמון הטיירואיד.
גליצר-אלדהיד-3-פוספאט דה הידרוגנאז – משמש גם
כ DNA-uracyl glycosylase
ויש לו חשיבות רבה בתיקון נזקי דנ”א במנגנון
BER עליו נדבר בביולוגיה מולקולרית, הוא מבקר גם שעתוק של היסטון
H2b.
פוספוגליצראט קינאז, טריוז-פוספאט-איזומראז ולקטאט דה-הידרוגנאז – הם חלק מהחלבונים המרכיבים את הקומפלקס קריסטלין שנמצא בעדשת העין.
מה הן הריאקציות הבלתי הפיכות ועי אילו אינזימים הן מזורזות
- אצטיל קו איי-> ציטראט : ציטראט סינטז
- איזוציטראט לאלפא קטו גלוטראט: איזוציטראט דה הידרוגנאז
- אלפא קטו גלוטאראט לסוקסיני קו איי: אל קטו גלוטראט דה הידרוגנאז
האם יש השפעה של זרחון על איזוציטראט דה הידרוגנאז?
כן ישנה השפעה של זרחון:
אם מזרחנים את המולקולה אז מתקיימת דחיה חשמלית שגורמת לדחייתה של איזוציטראט
מה מעכב את ציטראט סינטז ומה מאקטב?
מעכב:
Nadh
succinyl coa
citrtate
atp
מאקטב:
ADP
מה מעכב ומה מאקטב איזו ציטראט דה הידורגנאז?
מעכב:
ATP
מאקטב:
CA2+
ADP
מה מעכב ומה מאקטב אלפא קטו גלוטראט?
מעכב:
סוקסיניל קו איי
NADH
מאקטב:
CA2ּ+
למה סידן הוא מאקטב גם בפירוואט דה הידרוגנאז גם על איזוציטראט דה הידרוגנאז וגם על אלפאקטוגלוטראט?
סידן משמע- שריר שעבד קשה וצריך אנרגיה
אילו שתי מוטציות באינזימי המעגל ניתן לראות בסרטן?
- מוטציה בסוקסינאט דה-הידרוגנאז ו/או באנזים פומראז
- מוטציה באיזוציטראט-דה-הידרוגנאז
מה קורה בפאכרומהציטומה?
פאוכרומהציטומה (גידולה בבלוטת האדנל)->יש פסאודה פיפקסיה-> או סוקסינאט או פומאראט מצטברים להם -> ההצברות גורמת ל
ל-
HIF
לפעול
מה קורה בגליומה
גליומה-> מוטציה באיזוציטראט דה הידרוגנאז באיזו אינזימים של
nadp
לכן אין אלפא קטגלוטאראט-> ויש הידרוקסיגלוטראט 2.
תפקיד של אלפא קטו גלוראטא:יחד עם ברזל-> שפעול היסדטין דה מתילאזות->מסיר מתיל משיירי ליזין והיסדטין בהיסטונים
אין מי שיסיר את המתיל עכשיו
מה הן ריאקציות אנאפלורטיות?
אלו הן ריאקציות המייצרות את תוצרי הבינים של מעגל החומצה הציטרית ומשמשות גם לתהליכים קטבוליים וגם לתהליכים אנאבוליים. כך למשל האנזים פירובאט קרבוקסילאז מזרז ריאקציה שכזו שכן הוא ממיר פירובאט לאוקסאלו-אצטאט. על פירובאט קרבוקסילאז נרחיב כאשר נדבר על גלוקונאוגנזה.
ריאקציות אמפיבוליות
משמשות גם לתהליכים אנאבולים וגם לתהליכים קטבוליים. אוקסאלו-אצטאט למשל היא פרקורסור ליצירת חומצה אמינית אספרטאט. אלפא-קטו-גלוטראט – פרקורסור ליצירת גלוטמאט.
לתאר את מעגל קרבס

מה ההבדל בין סינטאז לסינטטז?
סינטז לא משתמש ב-atp
סיננטטז משתמש