Inst 3-Restriktionsenzymer Flashcards
Vilka fyra egenskaper ska en plasmid ha för att kunna användas för överföring av främmande DNA?
Replikationsursprung, selektionsmarkör, restriktionsenzymsnitt, liten storlek.
Vad är ett restriktionsenzym, och vilken funktion har det?
Enzym som klipper DNA vid specifika sekvenser.
Vad menas med ett palindrom när man talar om DNA-sekvenser?
En sekvens som är samma både framifrån och bakifrån.
Varför producerar bakterier restriktionsenzymer?
För att skydda sig mot virus genom att klyva främmande DNA.
Restriktionsenzymer har specifika klyvningsställen. Här är ett exempel på ett sådant klyvningsställe: 5’-G^GATCC-3’ 3’-CCTAG^G-5’ Identifiera vilket restriktionsenzym som kan klyva denna sekvens.
BamHI – klyver vid denna palindromiska sekvens.
Hur namnges restriktionsenzymer?
Namnges efter bakterieart, t.ex., EcoRI (Escherichia coli).
Vad är en rekombinant plasmid? Förklara processen.
Plasmid med främmande DNA införlivat via restriktionsenzymer.
Hur tillverkas cDNA, och vad används det till?
cDNA skapas från mRNA med omvänd transkriptas, används för att studera genuttryck.
BamHI
BamHI är ett restriktionsenzym som klyver DNA vid sekvensen 5’-GGATCC-3’, vilket genererar överhängande 5’-änden. Det används ofta i kloningsarbete.
EcoRI
EcoRI är ett restriktionsenzym som klyver DNA vid sekvensen 5’-GAATTC-3’, och skapar överhängande 5’-änden. Det är ett av de mest använda enzymerna i molekylärbiologi.
HindIII
HindIII klyver DNA vid sekvensen 5’-AAGCTT-3’, vilket skapar överhängande 5’-änden. Det används för att skapa specifika DNA-fragment vid kloning och analys.
NotI
NotI är ett restriktionsenzym som klyver DNA vid sekvensen 5’-GC^GGCCGC-3’, där “ ^ “ markerar skärningspunkten. Det genererar stora överhängande 3’-ände.
XhoI
XhoI klyver DNA vid sekvensen 5’-CTCGAG-3’ och skapar överhängande 5’-ända. Det används för att generera specifika fragment i genetiska experiment.
SalI
SalI klyver DNA vid sekvensen 5’-GTCGAC-3’, och skapar överhängande 3’-ända. Det används ofta för att klippa DNA vid specifika ställen i kloningsprocedurer.
Klyvningssajt
Klyvningssajten är den specifika DNA-sekvens som ett restriktionsenzym känner igen och klyver. Exempelvis känner BamHI igen sekvensen 5’-GGATCC-3’.
Trubbiga ändar
Trubbiga ändar bildas när restriktionsenzymet klyver DNA rakt igenom, utan att skapa överhängande baspar. Detta resulterar i en mer “rak” klippning.
Klistriga ändar
Klistriga ändar uppstår när restriktionsenzymet klyver DNA på ett sätt som lämnar överhängande baspar, vilket gör det möjligt att fästa dessa ändar till komplementära sekvenser. Detta är användbart vid ligering av DNA.
Ligas
DNA-ligas är ett enzym som används för att sammanfoga två DNA-strängar genom att bilda en fosfodiesterbindning mellan dem, ofta efter att DNA har klyvts med ett restriktionsenzym.
Ligering
Ligering är processen där DNA-strängar sammanfogas med hjälp av DNA-ligas. Detta är en kritisk del i rekombinant DNA-teknik, där främmande DNA sätts in i vektorer eller andra DNA-molekyler.
Vektor
En vektor är en DNA-molekyl, som t.ex. en plasmid eller virus, som används för att transportera genetiskt material in i en cell. Vektorn används ofta för att överföra genetik som ska uttryckas i en cell.
Rekombinant DNA
Rekombinant DNA är resultatet av att sammanfoga DNA från olika källor. Vanligtvis görs detta genom att använda restriktionsenzym för att klippa DNA och sedan sammanfoga det med hjälp av ligas.
Palindromisk sekvens
En palindromisk sekvens är en DNA-sekvens som kan läsas likadant från båda riktningarna. Många restriktionsenzymer känner igen sådana sekvenser och klyver dem på specifika platser.
Enzymer med överhängande ändar
Enzymer som klyver DNA och skapar överhängande baspar är användbara för ligering av DNA eftersom de tillåter specifika och riktade anslutningar mellan fragment.
Förenlighetsreaktion
När DNA-fragment har kompatibla ändar, antingen klistriga eller trubbiga, kan de sammanfogas genom ligering i en förenlighetsreaktion, vilket är viktigt vid rekombinant DNA-teknik.
Hur fungerar gelelektrofores?
Prover laddas in i en gel och separeras genom att elektrisk ström får de laddade molekylerna att röra sig, där mindre fragment rör sig snabbare.
Vad används gelelektrofores till?
Används för att analysera, jämföra och identifiera genetiska sekvenser eller proteiner, ofta vid DNA-analyser och genetikforskning.
Vad används som markörer i gelelektrofores?
DNA-markörer (stegar) används för att jämföra storleken på prover med kända längder av DNA-sekvenser.
Vad är ett restriktionsenzym?
Ett restriktionsenzym är ett protein som klipper DNA vid specifika sekvenser, vilket används i molekylärbiologi för att manipulera DNA.
Vad gör restriktionsenzymer i bakterier?
De skyddar bakterier från virus (bakteriofager) genom att klippa upp främmande DNA som infekterar bakterien.
Hur fungerar restriktionsenzymer?
De identifierar och klipper DNA vid specifika korta sekvenser av baser, ofta palindromiska sekvenser.
Vad är en restriktionssite?
En restriktionssite är den specifika DNA-sekvens som ett restriktionsenzym känner igen och där det sker ett klipp.
Vad är ett överhäng?
Ett överhäng är en kort DNA-sekvens som lämnas efter att restriktionsenzymet har klippt på ett specifikt sätt, vilket kan vara användbart vid ligering.
Vad är exempel på vanliga restriktionsenzymer?
BamHI, EcoRI och HindIII är exempel på vanliga restriktionsenzymer som används i molekylärbiologisk forskning.
Vad används restriktionsenzymer till?
De används för att klippa och analysera DNA i tekniker som kloning, PCR och restriktionsfragmentlängdspolymorfism (RFLP).
