Haplotipos y Proyecto HapMap Flashcards
Observación de Morgan: Thomas Morgan observó ____________
la mutante White (ligada al cromosoma X) en Drosophila y posteriormente la mutación rudimentary (también ligada al cromosoma X). Estudió la segregación simultánea de ambas, concluyendo que se heredaban juntas.
Morgan concluyó que la cercanía física de los genes en el cromosoma es lo que determina ___
si se heredan juntas (ligamiento). Si los genes están más alejados entre sí, es más probable que ocurra la recombinación genética durante la meiosis, lo que rompe el ligamiento.
Cuanto mayor es la distancia entre dos genes en un cromosoma, __________
más probable es que ocurra recombinación entre ellos, separando los alelos en los gametos.
Y mayor probabilidad de que se forme un quiasma entre ellos durante la recombinación
Si dos genes están cerca uno del otro en el mismo cromosoma, es menos probable que ___
un quiasma se forme entre ellos, por lo que tenderán a heredarse juntos. Esto se llama ligamiento.
Los segmentos cromosómicos que se heredan contienen ___________
fragmentos de ADN que provienen de un ancestro común. A medida que pasan las generaciones, estos fragmentos pueden ser más pequeños debido a la recombinación.
Los genes o segmentos que se heredan juntos lo hacen debido _______
a su cercanía física en el cromosoma. Los segmentos cercanos tienen menos probabilidad de ser separados por recombinación.
¿Qué son los haplotipos?
Conjunto de variaciones de ADN o polimorfismos (como SNPs) a lo largo de un cromosoma que se heredan de manera conjunta.
Región génica que se hereda de manera continua
Haplotipos -> son bloques de variantes (como combinaciones de SNPs) que se mantienen en un mismo bloque porque están físicamente cercanos en el cromosoma.
-> debido a su cercanía física NO hay recombinación ni entrecruzamiento
Los haplotipos ¿Qué pueden presentar?
pueden representar combinaciones específicas de alelos dentro de un solo gen o a lo largo de diferentes SNPs que, debido a su proximidad, se transmiten juntos a lo largo de las generaciones.
¿Qué son los polimorfismos y cómo se usan en genética?
Los polimorfismos, como los SNPs, son variaciones en el ADN que sirven como marcadores de genes en estudios genéticos.
¿Cuál es la frecuencia de los SNPs en el genoma humano?
Hay un SNP aprox cada 300 pares de bases en el genoma humano, lo que los hace ideales para estudios de asociación caso-control
¿De qué está formado el genoma humano?
está formado por bloques haplotípicos, que son regiones de ADN con poca probabilidad de recombinación, lo que significa que esos bloques se heredan juntos a lo largo de las generaciones.
¿Qué es un estudio GWAS y cómo usa los SNPs?
Los GWAS (Genome-Wide Association Studies) comparan polimorfismos entre personas para identificar variantes genéticas asociadas a características o enfermedades, utilizando SNPs como marcadores.
¿Qué son los TagSNPs? y qué permiten?
- Son SNPs específicos dentro de un bloque de haplotipos que se seleccionan para representar la variación genética de todo el bloque.
- Esto permite reducir el número de SNPs necesarios para estudiar en estudios de asociación.
Cantidad de TagSNPs:
Se estima que hay entre 300,000 y 600,000 TagSNPs en el genoma humano, lo que es una fracción pequeña comparado con los 11 millones de SNPs totales.
Los bloques de haplotipos se mantienen igual en todas las poblaciones. V o F
FALSO: Los bloques de haplotipos varían entre poblaciones, lo que implica que diferentes grupos étnicos o geográficos pueden tener bloques diferentes debido a su historia genética.
La población africana tiende a tener bloques de haplotipos más __________ (de q tamaño)
pequeños debido a que ha tenido más tiempo para que ocurra recombinación, ya que es la población humana más antigua.
Caract. del Proyecto HapMap (2)
- Proyecto internacional que creó un mapa de haplotipos, identificando patrones comunes de variación genética entre personas.
- Se realizó entre 2003 y 2006
¿Qué permitió determinar el proyecto HapMap?
- Permitió la determinación de la variación del genoma humano y cómo se organizan en bloques haplotípicos
- Estos bloques pueden tener tamaños desde 100,000 bases hasta 1 millón en la primera etapa del proyecto.
El proyecto HapMap que nos ayudó entender?
El proyecto ayudó a entender el desequilibrio de ligamiento, lo cual nos permite identificar si una variante genética se hereda de manera conjunta con otra.
Participantes en el estudio del Proyecto HapMap son:
- 269 individuos de dif poblaciones
- Se seleccionaron tríos familiares (padre, madre e hijo adulto) en dos de las poblaciones:
- 30 tríos de Ibadan, Nigeria (Yoruba - YRI).
- 30 tríos de EU de origen europeo de Utah (CEU).
- 45 individuos sin relación genética de Japón, Tokio (JPT)
- 45 individuos sin parentesco de Beijing, China (CHB)
Método de recolección en HapMap
Se recolectaron muestras de sangre y se establecieron líneas celulares para la posterior extracción y análisis del ADN.
Fase I de HapMap
- Se estudiaron 1,007,329 SNPs en 269 muestras de 4 poblaciones (Europa, China, Japón y Nigeria).
- Se enfocó en 11,500 SNPs no sinónimos, que son aquellos que cambian el A.A codificado.
- La genotipificación de 1 SNP cada 5Kb
Fase II de HapMap
Se incrementó el número de SNPs estudiados a 2.2 millones, continuando con los SNPs no sinónimos para obtener una cobertura más extensa del genoma.
Fase III de HapMap
- Se amplió el estudio a 1,184 personas adicionales, manteniendo la genotipificación de las mismas variantes que en las fases anteriores.
- Se realizaron controles de calidad, como asegurar que las variantes genéticas estudiadas estuvieran en equilibrio de Hardy-Weinberg, lo cual garantiza que las frecuencias de los alelos son estables en las poblaciones.
En HapMap se encontraron bloques de haplotipos que varían _______.
Y en dónde se encontraron?
entre 5 y 15 kilobases (kb)
Los bloques más grandes se encontraron en los centrómeros, que son regiones del cromosoma con una menor tasa de recombinación
Aplicación del HapMap
El proyecto tiene aplicaciones clave en los estudios de asociación para enfermedades comunes
bloques de haplotipos de diferentes tamaños, donde los bloques más grandes _______ mientras que los bloques más pequeños indican _____
son aquellos que tienen menos recombinación / una mayor tasa de recombinación.
La población africana (Yorubas), que presenta bloques _________
más pequeños debido a la mayor recombinación a lo largo de su historia evolutiva
-> En comparación, otras poblaciones como CEU, CHB y JPT pueden mostrar bloques más grandes.
Distancia física vs. distancia genética
- La distancia física se refiere al número de pares de bases que separan a dos genes en el genoma.
- La distancia genética se mide en centimorgans (cM) y refleja la probabilidad de recombinación entre dos genes.
Un centimorgan (cM) corresponde a la distancia entre _______
dos genes que muestran un 1% de probabilidad de recombinación en una generación.
-> sig que si la distancia genética es de 1 cM, hay un 1% de probabilidad de que ocurra un entrecruzamiento entre esos dos genes durante la meiosis
Aproximadamente 1 cM equivale a ______
1 Mb (un millón de bases)
La distancia genética es crucial para hacer ____
estudios de ligamiento, que permiten identificar la herencia conjunta de variantes genéticas relacionadas con enfermedades.
