2.1 Genes codificantes de proteínas Flashcards
Transcribe RNAm
RNA pol II
Sirve de molde para la transcripción del RNA
La hebra antisentido o cebador
-> Por lo que RNA es una copia exacta de la hebra sentido de DNA (-) Uracilo
Formas del ADN
B = 10pb (giro a la derecha) >común
A = 11pb (giro a la derecha)
Z = 12pb (giro a la izquierda )
¿En qué sentido va la transcripción?
5’ – 3’ -> polimerización/adición de bases en este sentido
¿Cómo es el primer nt de la hebra RNA?
Es trifosfatado y a partir de ahí se pierden pirofosfatos y quedan monofosfatados
¿Qué característica tienen los sitios de inicio de transcripción?
no se pueden transcribir, llaman a la polimerasa
Modificaciones postranscripcionales del ARNm
1- splicing (Remover intrones y unir regiones codificantes, los exones)
2- se pone cola de poli A
3- se pone caperuza (antes del primer exon)
Función de la adición de 5’cap
1- Protege ARN de degradación
2- Transporta ARN al citoplasma
3- Sitio de unión de factor proteico (ribosoma) requerido para la traducción en citoplasma
Función de la adición de cola de poli A
1- 100-250 A
2- Protege de degradación
3- Facilita la traducción en ribosomas
Define gen
Secuencia de ácidos nucleicos necesarios para la síntesis de un producto génico funcional (proteína o RNA)
Regiones promotoras/reguladoras
qué regulan
- Van a regular si se transcribe o no el gen llamando a los FT para que se unan
primer exon +1
antes de la caperuza -1
localizadas río arriba
¿Qué es río arriba y río abajo?
- arriba o upstream: en la dirección del -1 (regiones reguladoras/regiones promotoras)
- abajo o downstream: en la dirección del +1 (donde inicia transcripción “1er exón”)
Es la dirección del templado en la cual es transcrito el DNA o RNAm en traducción
Downstream o río abajo (+)
Caja TATA qué es
Secuencia reguladora de T, A repetidas 25-35pb río arriba
-> con el cambio de una base, debido a mutación baja la tasa de transcripción de la Pol II
secuencia de DNA encontrada en región promotora
¿Qué es la caja GC?
- Secuencia promotora con GGGCGG
- Ubicados en genes que no tienen la caja TATA (genes constitutivos = misma función en todas las cel)
- Pueden estar en dirección 5’ – 3’ o viceversa (palindrómica)
- Se unen a FT como SP1, SP3 y SP4
genes constitutivos = house keeping
Que son genes constitutivos
También llamados “house keeping” -> se transcriben todo el tiempo y en todos los tejidos
Islas CpG
P = enlace fosfodiéster
- Regiones con muchas C y G (sitios de metilación) 100pb rio arriba
- Hipermetiladas → inhibe transcripción.
- Desmetiladas → promueve transcripción
-> primero se desmetila y después se une caja TATA (Indica entonces, el inicio de la transcripción)
Cómo estaría la heterocromatina (sus niveles de metilación)
Al ser una región densamente empaquetada e inactiva tiene altos niveles de metilación
Caja CAAT
están río arriba (en posición -80)
secuencia reguladora
puede ir en cualquier dirección (5’ – 3 o 3’ – 5’)
¿A qué se refiere los potenciadores distantes?
Algunos sitios de control se encuentran muy lejos del sitio de transcripción (regulan a largas distancias)
¿Qué son los potenciadores (enhancers)?
- Reguladores tipo CIS (regiones contiguas al gen)
- 50Kb rio arriba
- Rio abajo en algún intrón o en último exón
- Específicos según el tipo celular
-> Primer enhancer descubierto fue el genoma del virus de simio (SV40)
¿Qué es una burbuja de transcripción?
Estructura que se forma cuando se desenrolla una parte de la doble hélice del ADN durante la transcripción
Iniciación de la transcripción
1- La polimerasa se une a la secuencia promotora en un «complejo cerrado» de ADN dúplex
2- La polimerasa funde el ADN dúplex cerca del sitio de inicio de la transcripción, formando una burbuja de transcripción «complejo abierto»
3- La polimerasa cataliza la unión fosfodiéster de dos rNTPs iniciales
Elongación y terminación de la transcripción
4- La polimerasa avanza 3´-> 5´por la cadena molde, fundiendo el ADN dúplex y añadiendo rNTPs al ARN en crecimiento.
5- En el lugar de parada de la transcripción, la polimerasa libera el ARN completado y se disocia del ADN
El primer RNA sintetizado se le conoce como:
importante
transcrito primario
RNA heterogéneo (hnRNA)
RNA precursor o RNA inmaduro
Conformación del RNA inmaduro (5)
UTR
M7Gppp Cap o 5’cap
intrones
exones
cola de poli A
Si el ARN solo tiene cola de poli A y 5’cap se le llama ________
RNA inmaduro
¿Qué pasa si hay una mutación en exones e intrones?
exon → mutación que más afecta función debido a que codifican el producto (proteína)
intron → no afecta pero
1. en región promotora → no se daría el proceso
2. en región de terminación → no se daría señal de fin
Enzimas que cortan y ponen la cola de poli A en el ARN primario
Endonucleasa corta PoliA y la PAP (PolyA polimerase) pone cola
¿Cómo se lee la posición para cortar en splicing?
Hay binucleótidos (gt y ag) me dicen la posición de los intrones y el sitio de corte
Splice junctions
Secuencias nucleotídicas específicas en las uniones de exones e intrones
Los límites que separan los intrones de los exones se denominan
uniones de empalme “splice junctions”
Splice junctions (secuencias consenso union intrones-exones)
determina donde inicia y termina el splicing, 3 sitios
sitio donador: 5´splice site
sitio aceptor: 3´splice site
sitio ramificado: dentro del intrón, cerca del sitio 3’ aceptor.
Sitio donador (5’ splice site)
- Secuencias específicas de nucleótidos ubicadas al inicio de un intrón
- Contiene GU
- Señalan al complejo de splicing dónde comienza el intrón que debe ser eliminado.
Sitio aceptor (3’ splice site):
- Secuencias específicas de nucleótidos ubicadas al final de un intrón.
- Contienen una secuencia consenso AG (adenina-guanina).
- Señalan al complejo de splicing dónde termina el intrón.
Sitio de ramificación
- Se encuentra dentro del intrón, cerca del sitio 3’ aceptor.
- El sitio de ramificación se une covalentemente al extremo 5’ del intrón, formando el lazo de lazo, que luego es eliminado.
Función del splicing
Proceso mediante el cual se eliminan los intrones dejando solo a los exones -> para que esté listo el RNAm para transportarse fuera del núcleo
Proceso splicing brevemente
- Ataque nucleofílico de la G (GU5’)
- Comienza con un ataque nucleofílico de la adenina presente en el sitio ramificado contra la G del extremo 5’ (forma de lazo)
provoca rompimiento de la unión intron-exon
Explica a fondo el ataque nucleofílico
- La adenina del sitio de ramificación ataca nucleofílicamente al grupo 2’-hidroxilo de la guanina (G) en el extremo 5’ del intrón.
- Este ataque rompe el enlace fosfodiéster entre el exón y el intrón, creando un nuevo enlace entre la adenina y la guanina.
- La estructura resultante se asemeja a un lazo, donde el intrón forma una especie de bucle unido al exón a través de la adenina.
Es una estructura característica del splicing y es esencial para la eliminación del intrón.
El lazo denominado “lazo de lazo” o “lariat”
-> esencial para la eliminación del intrón.
El lazo de lazo es inestable y se elimina posteriormente del pre-ARNm
¿Qué es el splicing alternativo?
“Mecanismo de producción de diferentes isoformas de proteínas transcritas por un solo gen”
-> exones con splicing alternativo muy comunes en SN
Obtener diferentes proteínas de un mismo gen
Splicing alternativo
-> mismo gen traduce dif proteínas según el tejido.
Transporte del ARNm al citoplasma
1- RNAm se mantiene asociado a prot. heterogéneas nucleares (hnRNP) -> formando el complejo proteico mensajero nuclear (mRNP)
núcleo separado del citoplasma por dos membranas
2- El transporte a través de poros nucleares de membrana
3- Cada poro formado por un complejo de poro nuclear (NCP)
nucleoporinas -> proteínas
Una vez que se ha producido el ARNm, se une a un conjunto de proteínas llamadas heterogéneas nucleares (hnRNP), cuál es su función
proteger al ARNm de la degradación y facilitar su transporte -> El complejo formado por el ARNm y las hnRNP se denomina mRNP -> esencial para el transporte del ARNm a través del poro nuclear.
permiten el transporte selectivo de moléculas entre el núcleo y el citoplasma.
Poro nuclear -> Cada poro formado por un complejo proteico macromolecular llamado (NCP). El NCP está compuesto por numerosas proteínas llamadas nucleoporinas.
Función de las nucleoporinas en el transporte
Algunas nucleoporinas forman canales acuosos que permiten el paso de pequeñas moléculas, mientras que otras reconocen y transportan activamente macromoléculas como el mRNP.
