F8

Question 1

hvad er primær struktur

Answer 1

• Aminosyre er bundet sammen via peptidbindinger – kæder kaldet polypeptider
• Amid bindinger (peptidbindinger)
• Binding mellem carboxylgruppen af én aminosyre til et aminogruppe på den næste aminosyre – kaldet peptidbinding
• Peptidbinding giver kinetisk stabilitet
• Beskrives som: sekvenser af aminosyre

Question 2

hvad er strukturen for primær struktur

Answer 2

struktur
- Lineær polymer
- Starter ved amino terminus
- Slutter ved carboxyl terminus
- Typisk 50-200 aminosyre

Den primær struktur (aminosyre sekvensen) bestemmer den tertiære struktur og proteinets funktion, da den tertiære struktur bestemmer funktion af protein.

Question 3

hvad er disulfid binding

Answer 3

• Binding mellem 2 cystein aminosyre
• Cross link
• Man oxidere begge aminosyres sidekæde
• Kan ske på samme peptid eller mellem 2 forskellige peptidkæder.

Question 4

hvad er en peptidbinding?

Answer 4

Binding mellem carboxylgruppen af én aminosyre til et aminogruppe på den næste aminosyre

er i primær struktur

• Er resistens overfor hydrolyse
• Giver stabilitet til proteiner (kinetisk stabilitet)
• Hver peptidbinding har en hydrogen bindingsdonor (NH2) og en hydrogenbindingsacceptor (CO gruppe)

Struktur:
- Plan struktur
- Næsten altid trans

Har karakter af dobbelbinding pga. delokalisering af elektroner og resonansstabilitet

Question 5

hvor findes peptidbindinger?

Answer 5

i primær struktur

Question 6

hvad er sekundær struktur

Answer 6

• Kæderne af aminosyre med peptidbindinger foldet til enten helix eller foldeblad

Strukture
- Alfahelix
- Beta folde blade
- Turns
- Loops

Disse strukture er dannet ved regulært mønster med hydrogenbindinger mellem peptid NH og CO grupper fra aminosyre, som er i nærheden af hinanden i primær struktur.

Question 7

hvad er en alfa helix

Answer 7

Polypeptidkæderne er drejet, så CO gruppen for hver aminosyre er bundet til NH gruppen for alle aminosyre (4 pladser længere ned ad kæden) med hydrogenbinding

Struktur
- Kan være højre-håndet (mest favorabelt)
Pga. mindst sterisk clashes mellem aminosyrenes sidekæder etc.
- Kan være venstre-håndet (mindst …)

Ca. 75% af alle proteiner indeholder helixer
Mange membranproteiner indeholder helxier

Question 8

hvad er et beta foldeblad

Answer 8

Polypeptidkæden er næsten udstrakt.
2 eller flere polypeptidkæder er sat overfor hinanden og NH grupperne er bundet til CO grupperne via hydrogenbindinger.
De kan være parallelle, antiparalelle eller mix.

Struktur
- Består af 2 eller flere udstrakte peptidkæder (beta strands)
- Hver sidekæder peger i modsatte retning af hinanden.

Question 9

hvad er et beta strand?

Answer 9

udstrakte polypeptidkæder, som bruges til at danne beta foldeblade

Question 10

tertiær struktur, hvor bruges det?

Answer 10

• Er asymmetrisk struktur og kompakt
• Består af både alfa-helixer og beta-foldeblade

Er interaktioner mellem aminosyre residues, som ligger langt væk fra hinanden
Og disulfid binding

Myoglobin er en globulær protein
Globulære proteiner har kompakt 3D struktur
Er foldet ved hjælp af hydrofob interaktioner (indre er upolært, ydre er polært)

Question 11

hvordan har hydrofobe interaktioner noget at gøre med den tertiære struktur?

Answer 11

Vandopløselige (Hydrofile) proteiner:
- Har et indre af aminosyre, som har hydrofobiske sidekæder
- Ydre aminosyre på proteinet har hydrofile sidekæder. Disse aminosyres sidekæder interagerer med det vandige miljø
- Et er de hydrofobiske interaktioner mellem de aminosyrenes hydrofobiske sidekæder, som driver denne struktur

Proteiner i membraner har den modsatte struktur af de vandopløselige proteiner. Her er det indersiden, hvor de hydrofile aminosyrekæder interagerer med hinanden, mens de ydre aminosyres sidekæder er hydrofobe og interagerer med de hydrofobiske miljø.

Question 12

hvad er kvartnær struktur

Answer 12

• Gælder kun proteiner, som består af flere end én polypeptid kæde
• Hvor enkel polypeptidkæde kaldes en subunit.
• Kan være simple som at består af 2 subunit.
• Kan være komplekse og bestå af flere subunits
• Oftest holdes disse subunit sammen via ikke-kovalente bindinger.
  Ion bindinger, van der Waal og hydrogen bindinger

Question 13

hvad er en dimer?

Answer 13

Den simpleste struktur som kvartnær struktur
Består af
- 2 identiske subunits

Question 14

hvor vigtig er aminosyre sekvensen for proteiner?

Answer 14

Det er aminosyresekvensen som bestemmer de 3D struktur og derved bestemmer også alle proteinet egenskaber.

Aminosyre sekvensen bestemmes af sekvenser af DNA molekyle.

Question 15

hvad betyder L-aminosyre?

Answer 15

L-aminosyre er de naturlig forekommende aminosyre

Alle L-aminosyre er S i forhold til chiralitet undtaget glycin (intet chiralt center) og cystein (R )

Der finder 20 aminosyre

Proteiner er ca. 50-2000 amionsyre lange

Question 16

hvad er en saltbro?

Answer 16

En form for ionbinding.
Er en intermolekylær binding mellem positiv ladet og negativ ladet ion

f.eks. en negativ og positiv ladet aminosyre kan danne saltbro

Question 17

hvad har phi og psi vinkler at gøre med struktur

Answer 17

er dihedrale vinkler

phi: Vinklen til venstre

Bestemmer sammen med phi retningen af polypeptidkæden

psi: Vinklen til højre

Bestemmer sammen med phi retningen af polypeptidkæden

kan bruges til at finde ud af mulige konformationer ved brug af ramachandran plot

Question 18

Hvad er et ramachandran plot?

Answer 18

Et 2D plot
Viser phi pg psi værdierne for mulige konformationer

¾ af mulige phi og psi værdier er exkluderede pga sterisk hindring.

Bruges til at organiserer, da sterisk hindring mindsker mængden af mulige konformationer med ¾.

Question 19

hvad er et motif

Answer 19

Er specifikke kombinationer af sekundære strukture.

f.eks. helix-turn-helix-turn (finds I mange proteiner bundet til DNA)

Question 20

hvad kan motif også kaldes?

Answer 20

supersekundær struktur

Question 21

hvad er et domæne i proteiner?

Answer 21

Er kompakte glublære units
Består af polypeptikæder foldet til 2 eller flere kompakte regioner, som er forbundet via flexibel semgnet af polypeptidkæde (ligesom perler på snor)