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YZ-Biochimie > Chapitre 11 > Flashcards

Chapitre 11 Flashcards

1
Q

Comment classifie-t-on les types d’ARN

A

Selon leur relation avec les protéines

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Q

ARN codant vs non codant

A

codant : détermine la séquence d’une protéine
non codant : fonction directement accompli par l’ARN

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3
Q

Quelles sont les ARN non-codants les plus importants dans la traduction

A

ARNr et ARNt jouent un rôle dans la traduction

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4
Q

En terme de masse (%) quelle ARN est le plus abondant

A

ARNr

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5
Q

En terme de quantité (%) quelle ARN est + nombreux

A

ARNt

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6
Q

ARN vs ADN caractéristiques

A

-Ribose (2’-OH) vs Deoxyribose
U vs T
-Ribopolynucléotides MONOcaténaires
-Appariements de bases intramoléculaire
-Structures 3D variés
-Régions appariées + courte
-Plusieurs bases modifiées

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7
Q

Nucléotides modifiés des molécules d’ARNt

A

-1-Méthyladenosine (m1A)
-N6-Isopentenyladénosine (i6A)
-3-Méthylcytidine (m3C)
-N2,N2-Diméthylguanosine(m22G)
-Ribose Dihydrouridine
-Uridine
-Pseudouridine (liaison glycosidique C-C)

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8
Q

Quelle est le dogme central de la biologie établi dans années 60

A

L’ARN fait des structures 3D complexes qui vont se former en protéine, ce qui tenait à faire croire que les premiers organismes étaient à l’origine des ARN

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9
Q

Qu’est-ce qu’un ribozyme

A

ARN doué d’avitité enzymatique

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10
Q

Quelles sont les caractéristiques des ribozymes

A

-Spécificité de substrat
-Non modifiés par la réaction
-Accélèrent les réactions, comme auto-épissage des introns, ARN de ribon, ribosome

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11
Q

Qui ont découvert les ribozymes

A

Cech et Altman

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12
Q

Que permet RNase P

A

Switch extrémité 3’OH avec une coiffe 5’

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13
Q

De quelles ARN a-t-on besoin pour la transcription

A

-ARNt (apporte acides aminés à la machinerie de trad)
-ARNr : occupe + grande partie du ribosome
-ARNm : séquence complémentaire à un des brins d’ADN qui est traduit au niveau des ribosomes en protéines

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14
Q

En quoi consiste l’initiation de la transcription

A

Assemblage du complexe transcripteur au site d’initiation

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15
Q

L’ARN nouvellement synthétisé est libéré sous quelle forme

A

Molécule simple brin

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16
Q

Combien de sous-unités ont les procaryotes dans leur ARN pol

A

5

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17
Q

À quoi correspondent les RPB

A

RPB1 = b’
RPB2 = b
RPB3 = a

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18
Q

Quelles sont les étapes de la synthèse de l’ARN

A
  1. 3’OH attaque le P(a) d’un NTP
  2. Formation de liaison phophodiester
    3.Libération de PPi
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19
Q

Quelle est la différence entre ADN pol et ARN pol

A

ARN pol n’a pas besoin d’amorce

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20
Q

C’est quoi un promoteur

A

Région de l’ADN ou s’amorce la transcription

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21
Q

Que permet sigma et chez qui

A

Permet reconnaissance du promoteur chez les procaryotes

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22
Q

Qu’est-ce qu’un opéron

A

L’ensemble des gènes qui sont transcrits quand le promoteur commence la transcription

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23
Q

Comment se fait la reconnaissance du promoteur chez les eucaryotes

A

Par des facteurs généraux de transcription

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24
Q

Y’a-t-il des opérons chez les eucaryotes ?

A

Non, car chaque gène possède en général son propre promoteur

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25
Q

Quelle séquence promotrice se trouve à -35

A

TTGACA

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26
Q

Quelle séquence promotrice se trouve à -10

A

TATAAT

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27
Q

À quelle nucléotide se trouve le début du site de transcription

A

+1

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28
Q

Quelles sont les promoteurs de E. coli (procaryote)

A

TTGACA et TATAAT

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29
Q

Que fait sigma

A

Lie les séquences -35 et -10

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30
Q

Comment les cellules bactériennes regulent les différents patrons d’expression des gènes

A

En utilisant différents facteurs sigma, chacun spécifique d’une séquence promotrice différente

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31
Q

Pourquoi l’initiation de la transcription chez les eucaryotes ne peut pas commencer avec l’ARN pol et ses facteurs accessoires qui lient les séquences du promoteur

A

1) Pcq le génome non-codant deivient de plus en plus important compte tenu du fait que sa taille augmente selon le nombre de types cellulaires encore plus que le génome codant
2)La chromatine est une barrière pour l’ARN polymérase car elle enroule le noyau d’une manière extrêmement épaisse

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32
Q

Qu’a-t-on besoin pour le remodelage de la chromatine

A

-De facteurs de transcription spécifiques pour qu’ils ne lient pas le promoteur
-De complexe de remodelage pour qu’ils ouvrent la chromatine

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33
Q

Quelles sont les étapes de l’initiation de la transcription chez les eucaryotes

A
  1. Remodelage de la chromatine
  2. Recrutement médiateur
  3. Recrutement de facteurs généraux de la transcription et de l’ARN polymérase
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34
Q

À quoi sert le remodelage de la chromatine

A

À rendre les séquences d’ADN plus accessibles à la machinerie de transcription

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35
Q

À quoi servent les facteurs spécifiques

A

Ils sont des pionniers, ils vont recruter les complexes qui vont ouvrir la chromatine et exposer la région du promoteur

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36
Q

Que contiennent les complexe de remodelage de la chromatine

A

ATPase de la SNF2

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37
Q

Que font les complexes de remodelage

A

Catalysent le glissement ou le déroulement des nucléosomes, éviction des histones ou l’échange d’histones

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38
Q

Que possède les histones dans leur queue

A

N-terminale avec lysines

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39
Q

La queue terminale des histones peuvent être modifiés par quoi

A

Acétylation/Méthylation

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40
Q

Combien y’a-t-il d’histones et cb de types différents

A

8 histones 4 types

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41
Q

Quelles modifications ferment la chromatine/repression des gènes

A

Méthylation des lys 9 et 27 de H3

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42
Q

Quelles modifications servent à l’activation de la chromatine

A

Méthylation de la lys 4 H3
Acétylation des lys 9 H3
Acétylation lys 16 H4

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43
Q

Pk l’acétylation aide à décompresser l’ADN

A

Pcq histones acétyltransferases aident à decondenser l’ADN et est une marque d’activation

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44
Q

Que fait HDAC

A

Annule les modification de l’acétylation

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45
Q

Que permet le médiateur de la transcription

A

ARN pol 2 va le recruter en présence des facteurs de transcription et s’attacher conjointement avec FGT

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46
Q

Quelle est l’équivalent des facteurs sigma chez les eucaryotes

A

Les FTG (TF2B)

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47
Q

Qu’est-ce qu’un activateur

A

Facteurs de transcription ou facteurs de transcription spécifique

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48
Q

Qui sont les FG

A

TF2A à TF2I

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49
Q

Quelles FTG sont les mieux étudiés

A

TF2D et TF2H

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50
Q

À quoi sert TF2B et tf2d

A

Lient plusieurs éléments en promoteurs

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51
Q

De quoi est formé TF2D

A

TBP (TATA Binding protein)
TAF1,2,7

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52
Q

Pk TF2D a besoin d’autant d’éléments pour reconnaitre un promoteur

A

Pcq un gène peut contenir plusieurs éléments mais pas tous, ce qui fait en sorte que TF2D n’est pas composé des mêmes éléments selon le type cellulaire

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53
Q

Que fait TBP

A

Lie la boite TATA

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54
Q

Qui recrutent TAF1

A

Activateurs (fts)

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55
Q

Que fait le bromodomaine

A

Lie les histones acétyles

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56
Q

Que permettent les motifs de TAF1

A

-Lier TBP
-Activité HAT H3
-Activité kinase
-Activité ubiquitine ligase sur H1
-Bromodomaine peut lier lysines acétylées

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57
Q

Quelle rôles jouent la TF2H

A

Hélicase et kinase

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58
Q

Le domaine CTD de mammifères contiennent quoi

A

52 pseudorépétitions de la séquence YSPTSPS

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59
Q

Quelles sérines peuvent-elles être phosphorylées

A

2, 5 et 7

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60
Q

Comment le promoteur est dégagé dans la transcription

A

ARN pol fait transcription abortive (2-3 nt), reste collé au promoteur avec FGT
TF2H permet à ARN pol de dégager le promoteur et perd contact avec la plupart des FGT

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61
Q

Que permet TF2H

A

-Formation de la bulle de transcription
-Dégagement de promoteur
-Mode élongation

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62
Q

En quoi consiste la formation de la bulle de transcription

A

Hélicases XPB, XPD = Déroulement de l’ADN = permet formation de la bulle de transcription = activation de l’ARN pol
cdk7 + Sérine 5 CTD de la s-u RBP1 génère forme active de la pol 2.

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63
Q

Quelle est le problème de la forme active de l’ARN pol 2

A

Elle fait transcriptions abortives

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64
Q

Comment la bulle de transcription avance

A

ARN pol dégage le promoteur, hybride ARN-ADN atteint longueur max (10nt) et bulle de transcription avance 5’ vers 3’ par rapport au brin codant (juste 5’ vers 3’)

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65
Q

En quoi consiste le mode élongation

A

Recrutement de la kinase CDK9 pour phosphoryler le CTD en sérine 2

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66
Q

Initiation de la transcription chez les eubactéries

A

-facteur sigma aide ARN pol à lier promoteur
-élément enhancer généralement proximal au moteur de base et est occupé par un ou quelques activateurs

67
Q

Initiation de la transcription chez les archea

A

-FGT substituent facteurs sigma
-Plusieurs enhancers en amont du promoteur pour recruter ARN polymérase et FGT

68
Q

Initiation de la transcription chez les eucaryotes

A

-FGT augmentent
-Activateurs lient enhancers qui peuvent être éloignés du promoteur de base
-Médiateur aide activateurs à recruter ARN pol et FGT

69
Q

C’est quoi Archea

A

3ème domaine du vivant
Unicellulaires sans noyau très différents des eucaryotes et procaryotes

70
Q

En quoi consiste l’élongation de la transcription

A

-2 brins d’ADN se séparent en avant du site de polymérisation et réhybrident en arrière du site de la sortie de l’ARN
-Durant la transcription, la pince se referme sur l’ADN matriciel en bleu (haute processivité)
-Taille de la bulle de transcription (24 nt) et ARN-ADN (9nt) demeurent constants

71
Q

Qu’est-ce qui sépare l’hybride ARN-ADN

A

Une partie conservée de la pol 2, le gouvernail

72
Q

Comment la correction sur épreuve se fait

A

-ARN mésapparié ressort du site actif à travers le canal par lequel rentre les nucléotides
-TF2S situmule ARN pol à raboter ARN
-Transcription reprend 3’ de l’ARN tronqué

73
Q

Est-ce que l’octamère d’histones peut se dissocier au complet de l’ADN transcrit ?

A

Jamais

74
Q

Comment se passe la terminaison de la transcription chez les procaryotes

A

But : déstabiliser l’hybride ADN-ARN qui est dans le site active de l’ARN polymérase à l’aide de 2 mécanismes

75
Q

Qui a découvert la transcription

A

Francois Jacob et Jacques Monod

76
Q

Comment le lactose peut-il être utilisé comme source d’énergie

A

À l’aide de la B-galactosidase

77
Q

Que fait le B-galactosidase

A

-convertit le lactose en glucose et galactose (50%)
-Convertit lactose en allolactose (50%) par isomérisation

78
Q

La B-galactosidase est quelle genre d’enzyme

A

Enzyme inductible

79
Q

Qu’est-ce qu’une enzyme inductible

A

Se présente seulement en grande quantité quand il y a présence de lactose

80
Q

Que veulent dire les couleurs dans le Test de coloration de Agar sur X-gal

A

Bleu : présence de galactosidase
Blanches : absence de galactosidase

81
Q

Les colibacilles peuvent être étudié comme les ?

A

Éléphants

82
Q

L’activité du repreneur lac est ajusté par quoi ?

A

allolactose (isomère B-(1-6) du lactose)

83
Q

Qu’est-ce qu’induit l’activité du represseur

A

Induit transformation qui entraine dissociation du represseur de son site de liaison sur l’opérateur

84
Q

Que permet l’inactivation du represseur

A

Permet à ARN pol de commencer à transcrire l’opérons et d’induire l’expression des gènes

85
Q

Lac 1 c’est quoi

A

Le represseur

86
Q

Que fait lac 1 concrètement

A

Lie l’ADN de manière spécifique, ce qui crée une boucle

87
Q

Que veut dire palindrome

A

séquence d’ADN identique lorsque lu dans le sens 5’-3’ de chaque brin

88
Q

Comment se fait la boucle dans l’ADN par lac 1

A

Vu qu’il s’agit d’un ADN palindrome, il peut y avoir des séquences qui se lient et cela crée une boucle dans l’ADN, ce qui rend le promoteur innacessible

89
Q

Grâce à quoi l’opéron Lac peut être régulé de manière positive

A

Par une prot qui l’ADN de manière spécifique : CRP

90
Q

Que permet CRP-AMPc

A

De permettre à l’ARN pol de transcrire plus efficacement

91
Q

Quelle molécule inhibe l’AMP cyclique chez les bactéries

A

Glucose

92
Q

Qu’arrive-t-il si CRP n’a pas d’AMPc

A

Il ne peut pas activer la transcription

93
Q

Quelles sont les modes d’action de l’ARN polymérase

A

-Empêche la fixation de l’ARN pol
-Inhibent réactions d’initiations ou empêche enzyme de quitter le promoteur

94
Q

Quelles sont les 2 principaux facteurs de transcription

A

-Constitutifs
-Régulateurs

95
Q

Par quoi sont régulés les facteurs régulateurs

A

-Développement
-Signaux spécifiques

96
Q

Que font les facteurs signaux spécifiques

A

-Récepteurs nuclaires
-Signaux de stress
-Voies de signalisation

97
Q

Que permettent les facteurs de signaux spécifiques

A

-Liaison de l’ADN de façon spécifique
-Création de 2 domaines fonctionnelles

98
Q

Quelles sont les 2 domaines fonctionnelles des facteurs signaux spécifiques

A

1- Domaine de liaison de l’ADN
2- Domaine de régulation de la transcription

99
Q

Qu’arrive-t-il avec p53 quand il y a un stress sur l’ADN

A

Lie l’ADN avec les séquences palindromiques, ce qui va lier en forme de tetramère

100
Q

Cb y’a-t-il de FT chez l’homme

A

1052

101
Q

Cb y’a-t-il de FT vérifiés expérimentalement

A

62

102
Q

Quelle est le régulateur des muscles

A

MyoD

103
Q

Quelle est le régulateur des cellules rouges

A

GATA1

104
Q

Quelles sont les régulateur des cellules souches

A

Oct4, Sox2, Klf4, Myc

105
Q

Quelle est le régulateur des macrophages

A

C/EBPa

106
Q

Quelle est le régulateur des T Cells, macrophage

A

Pax 5 ablation

107
Q

Quelle est le régulateur de Islet B-cells

A

Pdx1
Ngn3
Mafa

108
Q

Que permettent les FT spécifiques

A

Contrôlent l’expression des gènes du développement

109
Q

Que font les homéodomaines

A

Reconnaissent la boite homeotique

110
Q

Quelle est la structure du domaine qui lie l’ADN avec les homeodomaines

A

3d appelée hélice-tour-hélice

111
Q

Qui a découvert la dédifférenciation

A

Shinya Yamanaka

112
Q

C’est quoi un amplificateur (enhancer)

A

Séquence d’ADN riches en éléments de réponse qui augmentent la transcription et peuvent agir à distance du promoteur en amont et en aval

113
Q

Quelles sont les propriétés des amplificateurs

A

-Plusieurs centaine de bps
-Lient plusieurs FT
-Liaison est coopérative

114
Q

Qu’a besoin l’ARN avant d’être traduit

A

3 remaniements :
1-soustraction de nt aux transcrits primaires d’ARN
2. +séquences nucléotidiques non codées par le gène correspondant
3. modification covalente de certaines bases

115
Q

Concrètement que font les 3 remaniements

A

Maturation de l’ARN

116
Q

Quelle est la maturation d’ARNm chez les procaryotes

A

Y’en a pas, elle est traduit avant que la transcription s’achève

117
Q

Ou se passe la traduction et la transcription chez les eucaryotes

A

Transcription : Dans le noyau
Traduction : Dans le cytosol

118
Q

Par ou passe les ARNm chez les eucaryotes

A

Par les pores nucléaires (120 nm de diamètre)

119
Q

Comment fonctionne la modification de l’extrémité 5’

A

Extrémité 5’ + phosphohydrolase = -groupe phosphate c
groupe 5’-diphosphate + GTP + quanylyltransferase = 5’triphosphate = la coiffe
Coiffe + méthylation de guanine + méthyltransférases = 7-Méthyl G

120
Q

Quelles méthylation peut avoir lieu pdt la maturation de l’ARNm

A

7-Guanine
2’OH des 2 derniers nucléotides

121
Q

Quand est-ce que commence la formation de la coiffe

A

Dès que l’ARN sort de la pol 2

122
Q

À quoi sert la coiffe dans l’ARNm définitif

A

-À ancrer les ribosomes en vue de la synthèse protéique

123
Q

À quoi sert la coiffe dans le noyau

A

À empêcher l’action des 5’-exonucléases

124
Q

Que fait la coiffe 5’ avec les précurseurs de l’ARNm

A

Les transforme en substrat pour d’autres enzymes nucléaires de maturation, comme celles qui font l’excision-épissage

125
Q

Les ARN peuvent avoir quelle autre type de coiffe

A

Une coiffe NAD des fois

126
Q

Les modifications 3’

A
  1. Transcription du signal de polyadénylation (AAUAAA)
  2. Ajout d’adénosines sur 10-20 nucléotides
    3.Clivage/Coupure
    4.Ajout de 250 A avec la poly(A) pol qui utilise de l’ATP (Cette queue s’appelle PolyA) sans matrice
127
Q

Comment se fait la terminaison

A
  1. Après le clivage, exonucléasse 5’-3’ dégrade ARN naissante
  2. Transcription finit quand Rat1 rentre en collision avec l’ARN pol 2
  3. Queues Poly A + ARN matures + prot PABP = Complexe qui stabilise l’ARNm ce qui l’empêche d’être dégradé par l’extrémité 3’
128
Q

Existe-t-il des ARNm eucaryotes dépourvus de queues PolyA

A

Oui

129
Q

Les procaryotes ont-ils une séquence discontinue

A

Non

130
Q

Ou se trouve l’épissage des exons

A

Chez les eucaryotes seulement

131
Q

Ou est situé le site d’embranchement sur l’intron

A

20-50 nt de l’extrémité 3’ de l’intron (5’ de l’exon)

132
Q

À quoi sert le site d’embranchement

A

Quand l’extrémité 3’ de l’exon est libéré, l’extrémité 5’ (5’OH) va être lié par réaction phosphodiester avec le 2’OH de l’adénosine du site d’embranchement

133
Q

Qu’arrive-t-il au 3’OH après qu’il soit libéré pat l’épissage

A

Il attaque le phosphate de la jonction intron-exon en aval = Jonctions exon-exon ensemble + l’intron cyclisé/lasso
L’intron est dégradé

134
Q

De quoi est composé le spliceosome

A

U1, U2, U4, U5, U6

135
Q

Qu’est-ce qu’un RNP

A

ARN + prots

136
Q

À quoi sert U1

A

S’associe au site 5’ de l’épissage

137
Q

À quoi sert U2

A

S’associe à la boite de branchement

138
Q

À quoi sert U4

A

S’associe à U6 et U5, ce qui rapproche la jonction 5’ de la boite d’embranchement

139
Q

après avoir lié l’extrimité 5’ de l’intron et la boite d’embranchement, que se passe-t-il

A

U4 et U1 quittent le complexe

140
Q

En quoi consiste l’épissage alternatif

A

À sélectionner des exons dans le précurseur de l’ARNm mature

141
Q

Quelle % de gènes composent le génome humain

A

70%

142
Q

Un gène donne cb de variants

A

4 variants

143
Q

Cb de protéines peuvent donner les variants

A

100k différentes

144
Q

L’ARN pol 1 synthèse quoi ?

A

ARNr

145
Q

Ou se trouve l’ADN ribosomique

A

Nucléoles

146
Q

Cb y’a-t-il de copies des gènes de combien de kb de l’ARNr dans les nucléoles

A

400 copies des gènes
32kb

147
Q

Qu’est-ce qu’une copie contient

A

séquence d’environ 13,3 kb

148
Q

Qu’est-ce que code les séquences de 13,3 kb

A

ARNr 18S,
ARNr 5,8S
ARNr 28S

149
Q

Comment fonctionne l’initiation de l’ARN pol 1

A

UBF s’attache à UCE
SL1 lie UBF-ADN grâce à sa TBP
UBF recrute pol 1

150
Q

L’ARN pol 3 synthétise quoi

A

petits ARN : ARNt et ARNr 5S

151
Q

Comment fonctionne l’initiation de l’ARN pol 3

A

TF3C lie boite A et boite B
Recrute ensuite TF3B + pol 3 + TBP

152
Q

Quelles sont les caractéristiques des petits ARN nucléaires

A

1000 bases contenants bcp de U
Fortements appariés et bcp dans le noyau (100k)
Font partie de snRNP à multiples fonctions
Sm = site de liaison aux prot

153
Q

Que font les prot Sm

A

Ceux sont des antigènes ciblés par les anticorps anti-sm chez les gens avec LED (Lupus e. dissiminé = maladie auto-immune)

154
Q

Pk elle s’appelle Sm ?

A

Stéphanie Smith

155
Q

Les introns du groupe 1 se trouve chez qui ?

A

Protozoaires

156
Q

Les introns du groupe 2 se trouve chez qui ?

A

Mitochondries

157
Q

Qu’est-ce que l’autoépissage

A

L’ARN catalyse toutes les réactions d’épissage

158
Q

Le spliceosome ressemble à quoi ?

A

Introns groupe 2

159
Q

Quelles sont les autres ribozymes à part le spliceosome

A

Hammerhead, hairpin, ribosome

160
Q

Quelles sont les types d’ARN interférentes

A

siRNA
miRNA
piRNA

161
Q

Rôles des ARN interferentes

A

Reconnaitre ARN spécifique
Reconnaitre ARN aberrantes et toxiques produites par les transposons et les séquences répétées

En résumé : Fonctionne comme guide pour cibler ARN spécifiques

162
Q

Qui a remporté le prix Nobel 2006

A

Craig Mellow
Andrew Fire

163
Q

Quelles sont les tailles des ARN interférantes

A

20-30nt

164
Q

Quelles sont les fonctions de siRNA

A

Voie d’interférence à l’ARN commence par un ARN double brin

YZ-Biochimie (29 decks)

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