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YZ-Biochimie > Chapitre 10 > Flashcards

Chapitre 10 Flashcards

1
Q

De quoi sont composés les acides nucléiques ?

A

De nucléotides

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Q

De quoi sont composés les nucléotides

A

Nucléosides et PO4 2-

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3
Q

De quoi sont composés les nucléosides

A

Base azotée et pentose

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4
Q

Comment le pentose est lié au phosphate

A

Liaison phosphoester

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Q

Comment le pentose est lié aux bases azotées

A

Lien glycosidique

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6
Q

Qui sont les purines

A

A et G

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7
Q

Qui sont les pyrimidines

A

U T C

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8
Q

Quelles bases azotées forment l’ADN

A

A C T G

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9
Q

Quelles bases azotées forment l’ARN

A

A C U G

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10
Q

Ribose vs 2-Deoxyribose

A

b-D-Ribofuranose (OH sur le carbone 2’ (b) )
2-Déoxy-b-D-Ribofuranose (n’a pas de O sur le carbone 2’)

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11
Q

Le phosphate est un résidu de quelle molécule

A

H3PO4

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12
Q

Combien de charges apportent le HPO4 2- au pH de la cellule

A

2 charges négatives

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13
Q

Que forme le phosphate des acides nucléiques.

A

Forme des esters avec fonctions OH

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14
Q

De quoi est composé un nucléoside

A

D’une base azotée liée à un pentose

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15
Q

Quelle est la liaison entre la base azotée et le pentose

A

Liaison covalente b-N-glycosidique entre C-1’ de ose et N-1 de la pyrimidine ou N-9 de la purine

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16
Q

Ou peut être placé le groupement hydroxyde dans Le ribose vs le déoxyribose

A

Ribose : 2’, 3’ et 5’
Déoxyribose : 3’ et 5’

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17
Q

Comment sont formés les groupements hydroxydes sur les pentoses

A

Esterification par PO4 2-

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18
Q

Quelle est la nomenclature des bases azotées

A

Purine = osine
Pyrimidine = idine

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19
Q

C’est quoi liaison osidique

A

OH covalent avec H+ d’une autre molécule

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20
Q

Que produit liaison osidique

A

Produit de l’eau

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21
Q

De quoi sont composés la majorité des nucléotides

A

Ribonucléotides phosphorylés en 5’

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22
Q

Dans quelle carbone du pentose, le groupement phosphate peut-il être

A

3’ et 5’

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23
Q

Quelles sont les différentes nomenclature des nucléotides

A

Ribo:
Nucléoside-3(ou 5)-(mono)phosphate
Adénylate, Guanylate, Citidylate, uridylate (AMP,GMP,CMP,UMP)
Désoxy :
dCMP, dAMP, dGMP, dUMP

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24
Q

Comment s’appelle la liaison entre le 2ème et le 3ème phosphate

A

Liaison phosphoanhydre

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25
Q

À quoi sert les nucléotides

A

-Transfert d’un groupe P ou PP à différents substrats
-Transfert d’un groupe adénilyl, guanidilyl, cytidilyl, uridilyl, thimidilyl pour synthétiser acides nucléiques, adénylation de substrats

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26
Q

Y’a-t-il un groupement phosphate chez les nucléosides

A

Non

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27
Q

Quelles sont les nucléosides triphosphates

A

ATP, GTP, CTP et UTP

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28
Q

Quelles sont les deoxynucleoside mono-, di-, and triphosphates

A

dAMP, dTMP, dCMP, et dGMP

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29
Q

L’ADN et l’ARN sont des monomères ?

A

Non, ce sont des polymères linéaire reliés par liens 3’-5’ phosphodiesters

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30
Q

De quoi est composé l’extrémité 5’

A

Phosphoryle libre

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31
Q

De quoi est composé l’extrémité 3’

A

OH libre

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32
Q

Combien y’a-t-il de charge négative par nucléotide

A

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33
Q

Combien y’a-t-il de charge négative l’extrémité 5’

A

2

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34
Q

Est-il possible de faire une chaine circulaire dans la structure en polynucléotide ?

A

Oui

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35
Q

Conventionnellement, c’est 3’ à 5’ ou 5’ à 3’ et pourquoi

A

5’ à 3’ pcq c’est de cette manière dont ils sont synthétisés

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36
Q

Combien de types de monomères sont possibles ?

A

4 types (4n possibilités)

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37
Q

Les brins de l’ADN sont parallèles ou antiparallèles

A

Antiparallèles

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38
Q

De quoi est composé le squelette de l’ADN

A

Sucre-Phosphate

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39
Q

Quelle est la règle de Chargaff

A
  1. Ratio Purine/Pyrimidine = 1
  2. A=T et G = C
    Donc, A + G = T + C
    (A+T)/(G+C) varie
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40
Q

Quelles types de liaisons entre les bases azotées

A

A=U
A=T
G=-C

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41
Q

Le diamètre entre les bases azotés est différents pour chaque paire de base azoté

A

Non, même diamètre

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42
Q

Qui a découvert les règles d’appariement des paires de bases

A

Watson et Crick

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43
Q

De quoi est composé la double hélice de l’ADN

A

Bases empilées dans le plan perpendiculaire
Sucre-P-sucre hydrophile sur le bord de l’hélice
Centre de l’hélice hydrophobe
Hélice droite
Sillon majeur et mineur

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44
Q

Quelle type d’ADN correspond à la majorité de l’ADN

A

l’ADN-B et se retrouve plus dans les milieux aqueux

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45
Q

Quelle est la forme déshydratée de l’ADN

A

L’ADN-A

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46
Q

Quelles sont les caractéristiques de l’ADN-B

A

10 bases/tour
0,34 nm entre les paires de bases

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47
Q

Quelles sont les caractéristiques de l’ADN-A

A

11 bases/tour
- d’espace entre les bases
+ compacte
Sillon égaux

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48
Q

Quelle est la particularité de l’ADN-Z

A

Riches en GC
Hélice gauche
Pas de sillon

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49
Q

Quelles forces stabilisent l’ADN-B

A

Effet hydrophobe
F. de Van der Waals
Ponts H
Ponts salins
Température de fusion
Température de fusion Tm (50% double brin 50% simple brin)

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50
Q

Quelle est la structure de la chromatine

A

Structure quaternaire de l’ADN

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51
Q

De quoi est constitué le 1er niveau d’enroulement du nucléosome

A

H1, H2A, H2B, H3, H4 (riches en Lys et Arg)
Enroulement de l’ADN autour des histones (146pb/1.75 tour et 54 pb entre chaque octamère)

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52
Q

Quelle est le facteur de condensation du 1er niveau d’enroulement

A

10x

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53
Q

Quand est-ce qu’a lieu le 1er niveau de condensation

A

Quand la chromatine est en milieu de faible force ionique, elle forme un collier de perles

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54
Q

De quoi est constitué chaque perle

A

D’un nucléosome (ADN-Histones)

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55
Q

Qu’est-ce qui lie les nucléosomes entre eux

A

L’ADN double brin

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56
Q

De combien de pb est constitué une perle

A

146 enroulés + 54 de liaisons

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57
Q

De quoi est constitué le 2ème niveau de condensation

A

6 nucléosomes par tour (1200 pb par tour)

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58
Q

Comment est stabilisé le 2ème niveau de condensation

A

Par l’histone H1

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59
Q

Quelle est le facteur de condensation du 2ème niveau

A

4x (total 40x)

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60
Q

De quoi est formé le 3ème niveau de condensation

A

Boucles et mini-bandes (60k à 150k de pb ancrées à une charpente de prot non histone)

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61
Q

Combien de loupes sont formées après passage de boucles en mini-bandes

A

18

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62
Q

Quelle est le facteur de condensation du niveau 3

A

200X (total : 10 x 4 x 200 = 8000)

63
Q

Quelle est la définition d’un chromosome

A

Empilement de mini-bandes stabilisés par des complexes de protéines et d’ARN

64
Q

Combien de chromosome chez l’humain

A

23 paires de chromosome = 46 molécules d’ADN double brin

65
Q

1 chromosome humain a cb de pb

A

2,4 x 10^8 pb

66
Q

De quoi est formé le chromosome

A

D’ADN et protéines

67
Q

Quelles types de prot sont dans le chromosome

A

Des histones et des non-histones

68
Q

Cb de cellules chez l’humain

A

3,2 x 10^13

69
Q

De quoi nécessite la division des cellules

A

Une copie intacte et parfaite du génome

70
Q

Combien de nucléotides composent notre génome ?

A

3,3 milliards

71
Q

Comment est classé notre caryotype

A

En fonction de la taille

72
Q

Quelles sont les rôles de l’ADN

A

Stabilité de l’information
Transmission de l’information

73
Q

Le virus peut transcrire d’un sens ?

A

Non, il peut rétro-transcrire

74
Q

Pk l’ADN est un bon gardien de l’info génétique

A

-Réplication fidèle
-Mecanismes de réparation efficaces
-Transfert de l’information à l’ARN

75
Q

Comment se fait la réplication de l’ADN

A

De manière semi-conservative (1 brin parental et 1 brin fille pour chaque nouveau ADN)

76
Q

De quoi est constitué l’ADN conservative

A

2 brins parentaux/2 brins filles

77
Q

De quoi est constitué l’ADN dispersive

A

2 brins parentaux a x moment
Le reste des 2 brins parentaux à y moment dans une autre molécule

78
Q

Quand est-ce que les théories de réplication semi-conservative de Watson et Crick ont commencé

A

1953

79
Q

Quelle expérience permet de confirmer la réplication de la synthèse semi-conservative de l’ADN et quand a-t-elle eu lieu

A

L’expérience de Meselson-Stahl en 1958

80
Q

Par quoi est catalysée la synthèse de l’ADN

A

Par des ADN polymérases

81
Q

Que faut-il pour faire la synthèse de l’ADN

A

dNTP, amorce, ADN polymérases

82
Q

Comment est synthétiser l’ADN

A

5’ à 3’

83
Q

Grâce à quoi l’ADN double-brin est séparé en deux brins matrices

A

Aux hélicases

84
Q

Par quoi est initié le déroulement de l’ADN dans la réplication

A

par les Origines de réplication (riches en AT)

85
Q

Comment se déroule l’initiation de la réplication de l’ADN chez E. coli

A

la prot dnaA s’attache à l’ORC et produit dénaturation localisée. Les réalisateurs s’attachent à ce site et comment à répliquer dans les deux sens

86
Q

Quelles sont les différences dans les origines de réplication chez les procaryotes et les eucaryotes

A

Levure : + longues que les séquences procaryotes
Euxaryotes supérieurs : Séquences variables, dépend de la structure de la chromatine (correspond aux régions dépourvus de nucléosomes)

87
Q

Cb d’OriC ches les procaryotes

A

1 OriC

88
Q

De quoi est composé un ORC

A

6 s-u

89
Q

Que fait un ORC

A

Lie les origines de réplication

90
Q

Comment fait l’ORC pour recruter l’hélicase

A

S’associe à d’autres protéines (MCM)

91
Q

Cb de pb un procaryote a

A

5x10^6

92
Q

Eucaryote a cb de pb par chromosome

A

1,5 x 10^6 par chromosome

93
Q

Pk utilise-t-on plusieurs origines de réplication

A

Pour dupliquer une molécule d’ADN en un temps raisonnable, même si plus lent que chez les bactéries

94
Q

Comment se fait la réplication chez les eucaryotes

A

Réplication bi-directionnelle et origines de réplication multiple

95
Q

Ou est-ce que les hélicases sont initiées ?

A

Aux origines de réplication (riches en A-T)

96
Q

À quoi sert la topoisomérase

A

Au relâchement du surenroulement de l’ADN

97
Q

Quelles sont les étapes effectuées par la topoisomérase

A
  1. Force de torsion
  2. Coupure
  3. Désenroulement
  4. Réparation
98
Q

Quand est-ce que la réplication se termine chez les procaryotes

A

Lorsque les 2 réalisateurs se rencontrent au site de terminaison, et les 2 chromosomes se séparent

99
Q

Que fait la primase

A

Elle ajoute une amorce d’ARN requise pour la synthèse du brin avancé

100
Q

Quelles sont les avantages de l’utilisation d’amorce d’ARN

A

-Pas de contrôle-qualité
-ARN peut être facilement dégradé car elle va être reconnu comme non-ADN
-On va juste conserver l’ADN

101
Q

Que fait l’ADN pol

A

Catalyse la réaction de polymérisation complémentaire au brin-matrice à partir de l’amorce

102
Q

Quelle ADN pol commence et laquelle poursuit

A

ADN pol a commence et ADN pol d continue

103
Q

Quelles sont les ADN pol des procaryotes

A

ADN pol 1, 2 et 3

104
Q

À quoi sert ADN pol 1

A

Répare ADN et prend part à la synthèse de l’un des brin au cours de la réplication

105
Q

À quoi sert ADN pol 2

A

Collabore à la réplication de l’ADN

106
Q

À quoi sert ADN pol 3

A

Composant-clé du réalisateur et enzyme principale de la réplication de l’ADN, assure élongation de la chaine au cours de sa réplication

107
Q

Combien y’a t-il d”ADN polymérases chez les humains et à quoi elles servent

A

14 et elles ont toutes une fonction différente

108
Q

À quoi sert l’ADN pol b

A

Elle sert d’enzyme de réparation présente dans le noyau

109
Q

À quoi sert l’ADN pol y

A

À répliquer l’ADN mitochondrial

110
Q

Cb de groupements phosphoryle sont consommés pour être lié à l’ADN

A

2 PPi

111
Q

Qu’est-ce que l’IMP

A

C’est la liaison phosphodiester entre le carbone 3’ et 5’ des deux riboses

112
Q

Comment se fait la synthèse du brin opposée ?

A

Elle se fait dans le sens inverse

113
Q

Quelle est la vitesse de catalysation de l’holoenzye d’ADN pol 3

A

1000 nucléotides/secondes à 37 degrés Celsius

114
Q

La synthèse du brin retardé se fait-elle de manière continu ?

A

Non, elle se fait de manière discontinu

115
Q

Que se passe-t-il après la synthèse du brin retardé

A

Les fragments d’Okazaki sont réunis après réaction en une longue molécule

116
Q

cb de nucléotides ont les fragments d’Okazaki

A

Eucaryotes :100-200
Procaryotes : 1000-2000

117
Q

Par quoi l’amorce d’ARN est digérée dans les fragments d’Okazaki

A

La Rnase H

118
Q

Qui remplace l’amorce d’ARN par de l’ADN

A

ADN pol 1 (procaryote) et delta (eucaryote)

119
Q

Qui relie les fragments d’Okazaki

A

ADN ligase

120
Q

Comment la ribonucléase H dégrade l’amorce d’ARN

A

Libère les extrémités 3’OH et 5’-phosphate

121
Q

Que veut dire HBD

A

Hybrid biding domain

122
Q

Que veut dire H-domain

A

Catalytic ribonucleiase

123
Q

Quelle est l’autre caractéristique de l’ADN polymérase

A

3’-5’ exonucléase

124
Q

Comme la polymérase corrige une erreur dans la réplication

A

Elle recule enlève le nucléotide et reprend la synthèse

125
Q

Quelle est le taux d’erreur dans la synthèse de l’ARN

A

1 erreur/10^4

126
Q

Quelle est le taux d’erreur de la synthèse de l’ADN

A

1 erreur/10^9

127
Q

Comment se déroule la terminaison de la réplication chez les procaryotes

A

Il y a un site de terminaison ou s’attache la protéine tus qui inhibe l’activité des hélicases. Le site de terminaison a aussi une séquence qui permet de séparer les chromosomes fils

128
Q

Qui modifie le surenroulement de l’ADN

A

La topoisomérase

129
Q

Niveaux de structures de la chromatine eucaryote

A

Double hélice 2nm
Histone
Nucléosome 10 nm
Fibre 30nm
Chromosome condensé 1 um

130
Q

Quelle est la différence entre la différence au niveau des chromosome dans la réplication entre les procaryotes et les eucaryotes

A

Eucaryote = Tassé en chromatine

131
Q

À quoi attribue-t-on la lenteur relative du glissement de La Fourche de réplication chez les eucaryotes

A

La fixation d’histones à l’ADN et à son empaquetage en nucléosome

132
Q

Ou les histones néoformées se placent sur l’ADN

A

En arrière de la fourche de réplication

133
Q

Quelle est la seule macromolécule que la cellule peut réparer

A

L’ADN

134
Q

Entre le surcroit des dépenses énergétique investi dans la réparation de l’ADN et les lésions de l’ADN, laquelle des deux menace le plus l’intégrité de la cellule

A

Les lésions de l’ADN

135
Q

Pk la cellule ne répare pas ses autres macromolécules

A

Pcq elle en tirerait aucun avantage

136
Q

Pk l’ADN endommagé menace l’organisme

A

Si ca touche un gène codant pour une protéine essentielle = incapacité de produire cette protéine = mort de la cellule

137
Q

Que cause une accumulation des dommages à l’ADN

A

Perte progressive des fonctions cellulaires
Croissance archaïque des cellules (cancer)

138
Q

Quelles sont les étapes du cancer

A

Mutation 1 : cellules paraissent normales, mais predisposées à une prolifération excessive
Mutation 2 : Trop de prolifération mais normales
Mutation 3 : prolifération + rapide, et changements structuraux
Mutation 4 : Cellules poussent de manière incontrôlable et apparence anormale évidente

139
Q

Comment l’ADN peut être altéré

A

-ADN pol commet erreur
-Métabolisme cellulaire expose ADN aux effets dommageables des espèces réactives à l’oxygène
-UV, rayons ionisants + certains agents chimiques peuvent endommager physiquement ADN

140
Q

Quelles sont les voies de réparation de l’ADN

A

-Réparation simple avec une seule enzyme (dymères de thymines et méthylation de guanine)
-Réparation par excision de base (BER)
-Réparation par excision de nucléotide (NER)
-Cassure double-brin puis réparation par jonction d’extrémités (NHEJ)
-Recombinaison homologue

141
Q

Comment fonctionne le mécanisme de photoréactivation

A

Photolyase va se fixer sur l’ADN en face du dimère de thymine. La lumière va activer le complexe ADN-enzyme et la réaction de dimérisation s’inverse

142
Q

Qui n’a pas le mécanisme de réactivation

A

Les mammifères

143
Q

Comment se fait la BER

A

1-ADN glycosylases catalysent l’élimination des bases altérées en hydrolysant la liaison N-glycosidique (entre la base azotée et le ribose).
2- Endonucléase coupe le ribose
3- ADN polymérase et ligase ajoute le nucléotide et lie l’ADN

144
Q

Quand est-ce qu’est utilisé la BER

A

Quand il y ajout de U à la place de T

145
Q

Comment fonctionne le NER

A
  1. Hélicase
  2. Endonucléase des 30 voisins
  3. ADN polymérase + ADN ligase
146
Q

Quand est-ce qu’est utilisé le NER

A

UV et oxydation

147
Q

ADN pol utilise quelle matrice dans le NER

A

Brin complémentaire intact comme matrice

148
Q

Comment fonctionne le NHEJ

A
  1. Radiations, radicaux libres cassent l’ADN
  2. Ku se fixe à chaque bord de l’ADN
  3. Ku recrute exonucléases et des polymérases qui rognent et allongent les brins
  4. ADN ligase finit réparation
149
Q

Quelle est le désavantage de NHEJ

A

Propice aux erreurs

150
Q

Quelle est la grande différence entre NHEJ et les autres

A

Il y a une altération du contenu en nucléotides

151
Q

Comment fonctionne la recombinaison homologue

A
  1. A besoin d’une autre molécule d’ADN homologue
  2. Exonucléase taille l’extrémité 5’ à la cassure
  3. Les extrémités 3’ libre envahissent une partie de la séquence homologue compatible de l’autre ADN double-brin
  4. Les polymérases allongent les extrémités 3’
  5. La terminaison crée 2 molécules d’ADN sans cassure
152
Q

Peut-on être sur de développer un cancer après une mutation après une dégradation de l’ADN ?

A

Non, cela augmente les chances de cancer mais ne les augmentent pas à 100%

153
Q

Énumerer les protéines/enzymes impliqués dans la réplication de l’ADN

A

YZ-Biochimie (29 decks)

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