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BCM 2531 - Intra Flashcards

1
Q

Quel gène étudions-nous en BCM2531?

A

TAS2R38

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Q

Quelles sont les 4 étapes que nous devons accomplir pour identifier les variations du gène à l’étude?

A
  1. Amplification
  2. Transformation
  3. Plasmides et Séquençage
  4. Génotypage
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3
Q

En quoi consiste l’amplification d’un gène?

A
  1. Isolé l’ADN
  2. Amplifier (cloner) le gène par PCR
  3. Vérifier le phénotype
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4
Q

En quoi consiste la transformation d’un gène?

A
  1. Cloner une gène dans un vecteur.
  2. Transformer des bactéries avec le vecteur portant le gène.
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5
Q

En quoi consiste l’étape à la suite de la transformation d’un gène?

A
  1. Isolation des plasmides en solution
  2. Séquençage du gène
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6
Q

En quoi consiste le génotypage?

A

IDFK mais TaqMan le fait pour nous.
Thank you TaqMan.

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7
Q

Qu’est-ce qu’un vecteur?

A

de l’ADN agissant comme vaisseau pour un ou des gènes à l’étude.

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8
Q

Qu’est-ce qu’un ADN recombinant?

A

Il s’agit de l’addition du vecteur et de l’ADN de l’organisme donneur (gène (s) à l’étude).

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9
Q

Qu’est-ce qu’une cellule modifié?
Quelles sont les modifications?

A

Il s’agit d’une cellule qui a intégré un ADN recombinant.
Son génome est modifié et on parfois observer une ou des protéines recombianante ou une protéine modifiée (mutée, fusionnée, étiquetée, etc.)

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10
Q

Nomme 5 applications de la technologie d’ADN recombinant.

A
  1. Étudier la fonction, la signalisation
  2. Étudier les interactions protéine-protéine
  3. Déterminer la structure des protéines
  4. Produire des anitgènes pour générer des anticorps
  5. Générer des vaccins et médicaments recombianants
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11
Q

Quel médicament à pu être produit en masse par génie génétique?

A

Insuline

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12
Q

Une fois que nous avons une culture bactérienne modifiée, donne moi deux manière de génétiquement modifier une plante.

A
  1. On extrait les plasmides et on enrobe des microbilles de tungstène de ces derniers. On bombarde ensuite le tissu végétal de ces microbilles grâce à un canon à particule, distribuant le patrimoine génétique.
  2. On transfert les plasmides modifiés des bactéries à une bactérie Agrobactérium tumefaciens (A. tumefaciens) capable d’introduire des fragments d’ADN au génome des plantes.
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13
Q

Quels sont les 3 principes de base de l’ADN recombinant?

A
  1. L’enzymologie des acides nucléiques
  2. La complémentarité des bases
  3. La possibilité d’introduire de l’ADN dans des organismes
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14
Q

Quels sont les 4 outils du clonage?

A
  1. Les vecteurs de clonage
  2. Les cellules hôtes
  3. Les enzymes pour manipuler l’ADN
  4. Les techniques reliées aux clonage et à l’analyse
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15
Q

Comment appel-t-on l’ADN attaché au vecteur qui est à l’étude?

A
  • Insert
  • ADN étranger
  • ADN exogène
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16
Q

Vrai ou Faux: Le vecteur doit être composé d’ADN venant de la cellule hôte.

A

Faux
L’ADN peut venir de n’importe quoi en autant que la cellule hôte est capable d’introduire et de se faire introduire la matériel génétique.

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17
Q

Vrai ou Faux: Les vecteurs sont toujours des plasmide facile à inséré dans une cellule hôte.

A

Faux
Les bactériophage sont une alternative aux plasmides

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18
Q

Nomme moi 3 choses qu’un vecteur doit être capable de faire sur une séquence d’ADN isolée.

A
  1. Propagation
  2. Sélection
  3. Modification
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19
Q

Définit moi un plasmide.

A

Court fragment d’ADN circulaire que l’on retrouve dans des cellules bactériennes et qui est indépendant du génome bactérien.
Ils sont capables de se répliquer de façon autonome.

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20
Q

Définit moi un phage.

A

Virus qui infectent des bactéries.
Ils sont capable de synthétisé leur brin complémentaire qui se comporte comme un plasmide et la bactérie le manipule comme tel.

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21
Q

Donne moi un exemple d’un phage utilisé comme vecteur.

A

Une exemple s’agit du bactériophage M13 qui fut modifié pour devenir un vecteur. Il a la particularité de posséder un génome à ADN.

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22
Q

Définit moi un cosmide.

A

Un vecteur artificiel constitué d’un plasmide hybride contenant la séquence cos du phage lambda.

23
Q

Quel avantage amène le cosmide comparé au plasmide traditionnel?

A

Ils augmentent la taille d’insertion possible dans les phages lambda jusqu’à 40K pb.

24
Q

Nomme moi 3 autres types de vecteurs. (full name)

A
  1. BAC bacterial artificial chromosome / chromosome bactérien artificiel
  2. YAC yeast artificial chromosome / chromosome de levure artificiel
  3. HAC human artificial chromosome / chromosome humain artificiel
25
Q

Que contient l’ADN du vecteur?

A

L’ADN nécéssaire aux fonctions de réplication, réparation et de stabilité nécéssaire.
Tous les éléments non-essentiels sont éliminés.

26
Q

Qu’est-ce qui prendra la place de l’ADN non-essentiel du vecteur?

A

L’ADN exogène

27
Q

Dans un cosmide quel est le rôle du Polylinker?

A

Il s’agit du site de clivage des enzyme de restrictions où l’ADN exogène sera ajouté.

28
Q

Dans un cosmide quel est le rôle d’ORI?

A

Il s’agit du site d’origine de réplication. Il est essentiel dans la fonction de réplication autonome du cosmide.

29
Q

Dans un cosmide quel est le rôle du site de sélectivité (ampr)?

A

Il s’agit d’un site qui va permettre aux bactéries possédant le plasmide de se démarquer pour qu’elles puissent ensuite être cultivées.
Souvent, ce site donne une résistance à antibiotique à la bactérie.

30
Q

Dans un cosmide quel est le rôle du COS site?

A

Il s’agit du site de reconnaissance qui permettra l’insertion du matériel génétique dans le phage.

31
Q

Décrit moi les étapes du fonctionnement d’un cosmide de la mise en contact avec l’ADN exogène jusqu’à l’étape de sélection.

A
  1. Des enzymes de restrictions vont couper dans le polylinker pour religuer l’ADN cosmidique avec les fragments d’ADN exogène.
  2. On mélange l’ADN recombiné avec les phages lambda. Le matériel génétique compris entre deux sites COS entrera dans la tête du phage.
  3. Les phages recombinés seront mis en contact avec les cellules hôtes créant des cellules recombinés.
  4. La sélection de clones possédant un site de sélectivité comme AmpR permettra ensuite une cultivation de l’ADN à l’étude.
32
Q

Quelles sont les étapes du fonctionnement d’un BAC (bacterial artifical chromosome)?

A
  1. On insère l’ADN à l’étude au site de clonage grâce aux enzymes de restrictions et la ligase.
  2. On intègre le BAC recombiné au génome de la bactérie hôte par électroporation.
  3. Les cellules vont transférer leur matériel génétique à d’autres par conjugaison.
  4. Sélection des colonies possédant le facteur de sélectivité.
33
Q

Quelle est le bon ordre croissant de la capacité à intégré un volume de pb par vecteur, parmi les suivants?
1: Plasmide
2: Cosmide
3: BAC

A: 1, 2, 3
B: 3, 2, 1
C: 2, 1, 3

A

A

34
Q

Quels sont les désavantages d’utiliser des bactéries comme hôte?
Donne moi un exemple de bactérie.

A

Elles sécrètent mal les bactéries: éclatement des bactéries, pas de modification post-traductionnelles.
E. coli

35
Q

Quels sont les désavantages d’utiliser des levures comme hôte?
Donne moi un exemple de levure.

A

Sécrétion des protéines difficile et rendement moins bon qu’un bactérie
S. cerevisiae

36
Q

Quels sont les désavantages d’utiliser des cellules de mammifères comme hôte?
Donne moi un exemple de cellule de mammifère.

A

Cher et rendement moins bon qu’une bactérie
CHO (Chinese hamster ovary)

37
Q

Quels sont 2 enzymes responsables de copier de l’ADN 5’ -> 3’?

A
  1. ADN polymérase
  2. ARN polymérase
38
Q

Quels sont 5 enzymes responsables de couper de l’ADN?

A
  1. 5’ -> 3’ exonucléase
  2. 3’ -> 5’ exonucléase
  3. endonucléase
  4. topoisomérase
  5. recombinase
39
Q

Quels sont les 4 enzymes responsables de “coller” de l’ADN?

A
  1. ADN ligase
  2. ARN ligase
  3. topoisomérase
  4. recombinase
40
Q

Quels sont les 3 enzymes responsables de chimiquement modifier l’ADN?

A
  1. phosphatase
  2. phosphokinase
  3. transférase terminale
41
Q

Quelles sont les enzymes possédant plusieurs rôles et quels sont ces rôles?

A

La topoisomérase et la recombinase couper et colle de l’ADN.

42
Q

Dans quels phénomènes fondamentaux du “cycle de vie” de l’ADN observons nous des enzymes responsable de copier, couper, coller et modifier de l’ADN?

A

Dans la réplication et la réparation de l’ADN.

43
Q

Nomme 4 méthodes d’obtention d’ADN exogène.

A
  1. À partir d’ADN génomique (cellules, tissus)
  2. À partir d’un autre vecteur
  3. Par PCR si on est en quantité limité ou si l’on veut une séquence spécifique
  4. Par synthèse in silico de la séquence connue
44
Q

Nomme moi les 3 activités enzymatiques de l’ADN polymérase.

A
  1. Polymérase 5’ à 3’
  2. Exonucléase 3’ à 5’
  3. Exonucléase 5’ à 3’
45
Q

Comment appelle-t-on le brin d’ADN qui se fait lire par l’ADN polymérase?

A

Le brin matrice

46
Q

Quelle réaction chimique permet la polymérisation du nouveau brin?

A

L’attaque nucléophile du 3’-OH du nouveau dNTP sur l’alpha-phosphate du squelette du nouveau brin.

47
Q

De quel sens se fait la synthèse d’un brin d’ADN?

A

5’ à 3’

48
Q

Quels éléments catalytiques sont nécessaires dans l”ADN polymérase?
Quel est leur rôle?

A

Deux atones de magnésium.
Mg #1:
- établit le pont entre le groupement hydroxy et le groupement phosphage.
- active le groupement hydroxy
Mg #2:
- orienter le dNTP
- protège les charges négatives
- stabilise l’état de transition

49
Q

Quelle réaction chimique fait l’exonucléase 3’ à 5’?

A

Hydrolyse la liaison O-P pour former une extrémité OH en 3’.

50
Q

Quelle réaction chimique fait l’exonucléase 5’ à 3’?

A

Hydrolyse la liaison O-P pour former une extrémité OH en 3’.

51
Q

Quel est le rôle de l’exonucléase 3’ à 5’?

A

Son rôle est de réviser et corriger les erreurs de l’ADN polymérase.

52
Q

Quelle est la limite de l’exonucléase 5’ à 3’ ?

A

Elle supprime un nucléotide à la fois à l’extrémité 5’.

53
Q

Quelles sont les 3 rôles de l’exonucléase 5’ à 3’?

A
  1. Déplacement d’un site de coupure
  2. Synthèse du brin retardé de l’ADN
  3. Réparation de l’ADN
54
Q

Quelles sont les 3 rôles de l’exonucléase 5’ à 3’?

A
  1. Déplacement d’un site de coupure
  2. Synthèse du brin retardé de l’ADN
  3. Réparation de l’ADN

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