BCM 2502 - Intra Flashcards
Qu’est ce que le dogme de la biologie moléculaire?
ADN -> ARN -> protéine
A part pour les petites bitches de rétro virus mais. 🤫
Vrai ou Faux: L’ARN peut avoir des propriétés catalytiques?
Vrai
Vrai ou Faux: L’ARN peut avoir des propriétés enzymatiques.
Vrai
Vrai ou Faux: L’ARN peut crée des structures double brin avec de l’ADN.
Vrai
Quelles sont les paires de bases dans le modèle Watson-Crick dans l’ADN et l’ARN?
ADN: C-G et A-T
ARN: C-G et A-U
Quelles sont les paires de bases atypiques dans le modèle Watson-Crick dans l’ARN?
G-U
I-U
I-A
I-C
Sous quelle forme retrouve-t-on le matériel génétique chez les procaryotes et les eucaryotes?
Procaryotes: nucléoïde
Eucaryotes: chromatine
Quelle est la différence majeur entre les procaryotes et les eucaryotes concernant l’utilisation du matériel génétique?
Chez le procaryotes la le matériel génétique se trouve dans le cytosol. La transcription et la traduction d’un gène peut se dérouler en même temps. Chez les eucaryotes il y a le noyau créant une barrière entre la transcription et la traduction.
Qu’est-ce qu’un ADN polycistronique?
Un seul brin d”ARN qui code pour plus qu’une seule protéine.
Sous quel forme sont souvent organisés les ARNm polycistroniques?
Sous forme opéron.
Vrai ou Faux: les ARNm polycistroniques codent généralement pour plusieurs protéines de différentes voies métaboliques.
Faux, les protéines participent souvent au sein de voies métaboliques communes.
Chez les eucaryotes, quel rôle occupe un gène codant?
Le gène sera transcrit en ARNm pour ensuite être traduit en protéine.
Chez les eucaryotes, quel rôle occupe les gènes non-codant?
Formation d’ARN autre que messager comme des ARNt, r, etc.
Vrai ou Faux : Chez les eucaryotes, les gènes sont généralement organisés en opérons.
Faux, ça arrive mais c’est rare.
Est-ce l’exon ou l’intron qui est codant?
L’exon
Quel proportion eu génome humain est composé de transposons?
≈50%
Quel proportion du génome humain code pour des protéines?
1,5%
Chez les eucaryotes, quel est le rôle principal des régions non-codantes du génome humain?
Rôle de régulation génique majeur.
Quel était le but du projet “ENCODE”?
Déchiffrer les secrets de la régulation du génome.
Quelle est la première étape de la méthode de séquençage de Maxam-Gilbert?
Marquage radioactif de la séquence à l’aide de 32P.
Quel autre nom donne-t-on à la technique de Maxam-Gilbert?
La méthode chimique.
Quelle est l‘étape chimique de la méthode Maxam-Gilbert?
Destruction chimique d’une ou des bases créant des courtes séquences répétées.
Dans la technique Maxam-Gilbert, à quoi sert le DMS?
Il attaque les guanines.
Dans la technique Maxam-Gilbert, à quoi sert l’acide formique?
Elle attaque les purines (A et G)
Dans la technique Maxam-Gilbert, à quoi sert l’hydrazine?
Elle attaque les pyrimidines (T et C)
Dans la technique Maxam-Gilbert, à quoi sert le NaCl quand on l’ajoute à l’hydrazine?
Elle limite l’attaque sur les cystéine.
Quel technique de gel la méthode chimique utilise?
L’autoradiographie puisque l’on retrouve un phosphore radioactif comme label.
Comment est-ce qu’i, faut lire le gel de la méthode chimique?
Reconstruire base par base le brin d’ADN en commençant au label et au bas du gel, donc des fragments courts aux fragments long.
Sur quel technique se base la technique Sanger?
La PCR
Où se trouve le label dans la technique Sanger?
Sur l’amorce (primer)
Où se trouve le label dans la technique Sanger?
Sur l’amorce (primer)
Quelle est la particularité de la PCR de la technique de Sanger?
Elle utilise un dideoxy nucléotïdes spécifiques (A, T, C, G) à la fois ce qui bloquera la polymérisation créant des petites séquences spécifiques avec le même primer.
Quelles sont les deux méthodes de séquençage de la technique de Sanger?
- Gel acrylamide
- Électrophorèse Capillaire
Comment fonctionne la technique de l’électrophorèse capillaire dans la méthode Sanger?
- Les ddN sont labeled avec une molécule fluorescente. Chaque ddN différent vont avoir une couleur et une molécule différente.
- Suite à l’électrophorèse un laser excite les molécules fluorescente et un capteur quantifie la fluorescence.
Vrai ou Faux: La couleur de la fluorescence ne correspond pas nécéssaire aux couleurs de bandes ou des labels.
Vrai, don’t ask me why it is what it is.
D’où vient le “pyro” du nom de la méthode “pyro-séqéuençage”?
Pyro-phosphate qui est nécéssaire dans une étape de la méthode.
Quelle est la première étape de la méthode pyro-séquençage?
Fragmentation et immobilisation de l’ADN matrice et amplification par PCR à émulsion. L’ADN sera attaché à une micelle recouverte brin complémentaire à l’ADN à amplifier.
Quelle est la deuxième étape du pyro-séquençage? (sans détails)
Les micelles sont placer sur une plaque avec des chambres contenant des micelles individuelles. La chambre fluidique au dessus des chambre possède en circulation des échantillons d’une sorte de nuclétoide à la fois. quand l’ADN incorpore ce nuclétoide (s’il est le nuclétoide à incorporer) il y a un dégagement de pyro-phosphate qui déclenchera un réaction chimique faisant de la lumière. Cette lumière est mesuré et quantifié dans un “flowgram”.
Quelle est la réaction chimique permettant la luminescence dans le pyro-séquençage?. Décrit la.
- Le pyrophosphate relaché par la polymérisation va réagir avec de l’APS grâce à la sulfurylase (enzyme) pour faire de l’ATP.
- De la luciferin se fait ensuite transformé par la luciferase qui a besoin de l’ATP précédemment produit pour faire de la lumière t de l’oxyluciferin.
Décirt la première étape de la méthode de séquençage Illumina.
On fragmente l’ADN et on ligue des adaptateurs à chaque extrémité des fragments de séquences.
Les fragments sont ensuite immobilisés sur une puce micro-fluidique où ils seront amplifiés en cluster.
Quelle est la deuxième étape de la méthode séquençage Illumina?
On expose la puce micro-fluidique d’un seul type de nucléotide à la fois. Ces nucléotide possèdent une terminaison O-azidométhyl en 3’ ce qui empêche une polymérisation additionnelle. Ils possèdent aussi une molécule fluorescente attachée en 1’. La molécule fluorescente est répétée dans le cluster on on peut l’apercevoir en photo.
Quelle est la troisième et dernière étape de la méthode de séquençage Illumina?
On fait un lavement pour se débarrasser des molécules fluorescentes et de la terminaison artificielle en 3’ pour ensuite ajouter le prochain nucléotide et continuer le séquençage.
Quelle est la première étape de la méthode de séquençage des nanopores?
Une ADN double brin se fait dézipé par une protéine attaché à la protéine membranaire membranaire qui acceptera une des deux brins.
Quelle est la deuxième étape de la méthode de séquençage des nanopores?
Une protéine membranaire permet une courent ioniques. Cette protéine contient aussi une molécule complémentaire à base azotées.
Quelle est la troisième étape de la méthode de séquençage des nanopores?
Les bases azotés vont une par une se lier temporairement à l’adaptateur ce qui bloquera partiellement le courant ionique ce qui sera mesurable.
Chaque bases azotés bloque une quantité caractéristique d’ions.
Quelle est la faiblesse de la méthode de séquençage des nanopores.
Elle fait plus d’erreurs que les autres et est moins précise.
Quelle méthode permet de lire les molécules d’ADN entières?
la méthode nanopore
Quelle méthode ne permet pas d’observer les différents isoformes?
La méthode Illumina.
Vrai ou Faux: Dans la méthode de Sanger on remplace tous les dNTP d’un des 4 type de nucléotïdes par des ddNTP.
Faux, on remplace ≈ 1/300 de se nucléotïde spécifique pour permettre différentes fragmentation et différentes longueurs de brins.
Quels sont les deux enzymes nécessaires à la méthode de pyro-séquençage pour faire la lumière?
- Sulphurylase
- Luciférase
Quelle est la réaction chimique permettant la polymérisation de l’ARN dans la transcription?
L’attaque nucléophile du groupement hydroxy en 3’ sur le lien phosphodiester relâchant un pyrophophate (2P)
Quelles sont les 3 premières étapes de l’initiation à la transcription?
- L’ARN polymérase s’attache à l’ADN double brin.
- Séparation des deux brins d’ADN
- Synthèse de 2 à 9 pb.
Quelles sont les 3 étapes de l’élongation?
- Synthèse du brin d’ARN par complémentarité.
- La section dénaturée de l’ADN va se déplacé su long de l’ADN avec l’ARN polymérase.
- L’ARN polymérase atteint la fin du gène a transcrire.
Quels sont les noms des 4 sous-unités de l’ARN polymérase chez les procaryotes et combien en retrouve-t-on dans un complexe?
- ⍺ (2)
- β (1)
- β’ (1)
- σ (1)
Quel rôle principale possède l’ARN polymérase I?
Synthétiser les grand précurseur d’ARNr.
Quels rôles principaux possède l’ARN polymérase II?
Synthétiser l’ARNm, l’ARNsn (small) et l’ARNmi (micro)
Quels rôles principaux possède l’ARN polumérase III?
Synthétiser des petits précurseurs à l’ARNr et synthétise l’ARNté
Place en ordre croissant les ARN polymérase en fonction de la longueur des ARN synthétisés.
III, II, I
Quelle remarque que l’on peut faire concernant l’évolution des gènes codant pour les sous-unités des ARN polymérase?
Elle sont hautement conservé dans l’évolution ce qui démontre sa pertinence et sa nécessité fondamentale.
Quel est le rôle de la sous-unité σ dans l’ARN polymérase?
lie l’enzyme à l’ADN sur deux sites promoteurs spécifiques.
À quelles positions se lie la sous-unités σ par rapport au site de transcription?
-35 et -10
À quelle position par rapport au site de transcription début la transcription?
+1
Vrai ou Faux: Les sous-unités sigmas sont généralement semblables et se lie aux mêmes genre de promoteurs.
Faux, les sous-unités sigmas se lie à des séquences qui varient énormément donc doivent structurellement varier.
Vrai ou Faux: La base se trouvant en +1 sera la première base transcrite.
Vrai
Qu’est-ce qu’un élément cis-régulateur?
Il s’agit d’une séquence d’ADN non-codante capable de moduler l’expression d’un gène présent sur le même chromosome.
Qu’est-ce qu’un élément trans-réugulateur?
Il s’agit d’une protéine d’origine cytoplasmique qui va se lié à une élément cis-régulateur pour moduler l’expression d’un gène.
Résume le fonctionnement de la technique empreinte à l’ADNase I.
On utilise une ADNase pour cliver à des sites aléatoires un gène marqué.
Ensuite on refait la même chose, mais sur le gène maintenant avec sa ou ses protéines régulatrices. La portéines régulatrices va empêcher l’ADNase de se cliver l’ADN recouvert.
Finalement par électrophones on peut voir quelles sections d’ADN n’ont pas été clivé par absence de bandes sur cette même séquence sur le gel.
à noter que cette technique fonctionne aussi pour trouver le site de transcription de l’ADN où il y aura absence de bande aux deux site promoteurs et de transcription.
Résume le fonctionnement de la technique empreinte au DMS.
- On marque une séquence d’ADN et on y attache une protéine. Très souvent cette protéine va dénaturé une petite section de l’ADN.
- On ajoute du DMS ce qui méthylera l’ADN. On y met une faible concentration pour que seulement une seul base par segment soit méthylé.
- On ajoute de la pipéridine ce qui détruira les purines et clivera l’ADN. La protéine ajoutée va protéger les purines recouvertes sauf pour la section dénaturée. Cette section sera hyper sensible à la méthylation et se caractérisera expérimentalement par une bande plus large sur le gel.
Quelles sont les 6 principales composantes du complexe Pol II-ADN-ARN?
- Attache (clamp)
- Entonnoir (funnel)
- ion catalytique Mg2+
- gouvernail (rudder)
- pont (bridge)
- mur (wall)
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle de l’attache?
Elle piège l’ADN dans le sillon pour forcer son passage dans le complexe.
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle de l’entonnoir?
C’est l’ouverture où rentre les NTPs.
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle de l’ion catalytique?
Joue un rôle sur le site actif et lie le phosphate qui joint les derniers NTPs ajouté à l’ARN.
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle du gouvernail?
C’est une section de l’attache qui dissocie l’hybride ADN-ARN pour que l’ADN puisse redevenir double brin.
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle du pont?
Élément mobile impliqué dans la translocation en bougeant l’ADN et l’ARN base par base durant la synthèse.
Dans la Pol II-ADN-ARN, quel est le rôle du mur?
Dirige l’ADN et L’ARN en dehors du complexe avec un angle de 90º.
Quel est le facteur d’arrêt de la transcription chez les bactéries?
On observe des séquences symétriques riches en G-C et ensuite de A-T ou vice-versa ce qui forme une structure secondaire de boucle arrêtant la transcription.
Qu’est-ce que le facteur Rho (ρ)?
Une protéine hélicase hexamère chez les bactéries qui va reconnaitre les site des terminaisons de la transcription et va dérouler l’hybride ARN-ADN sur le site de transcription.
Comment fonctionne le concept d’opéron chez les procaryotes?
Certains gènes codent pour des ARN ayant une fonction de répresseur. Cet ARN peut soit se lier à un opéron d’un autre gène pour réguler sa transcription ou se lier à un ARNm transcrit d’un gène opérateur pour réguler la traduction.
Sous quelle forme retrouve-t-on le répresseur du gène lac?
tétramère
Quel est l’inducteur du gène lac et comment fonctionne-t-il?
Il s’agit de l’Allolactose et il va se lier au répresseur ce qui l’empêche de rester lié à l’opérateur.
Est-ce que les gènes P et O de du gène lac sont des élément cis ou trans?
Cis, car c’est de l’ADN qui régule directement un gène sur le même chromosme.
Qu’est-ce qu’une mutation récessive?
Une mutation où une allèle qui va, par exemple, être incapable de permettre la synthèse d’un répresseur, mais que dans une cellule diploïde le deuxième gène, lui, sera capable, donc le gène sera quand même régulé.
(gène non muté est capable de compenser)
Qu’est-ce qu’une mutation cis-dominate?
Une mutation où une allèle, par exemple, va avoir un opérateur incapable de se lier au répresseur. Se gène ne pourra jamais être régulé et produira toujours de la lactase.
(gène muté sera toujours dysfonctionnel)
Nomme deux mutation possible du répresseur qui empêche totalement le fonctionnement des gènes.
- Formation de sous-unités mutés empêchant le tétramères de se lier à l’ADN. Les gènes seront constamment exprimé.
- Formation de sous-unités mutés empêchant le tétramères de se lier à l’allolactose. Les gènes ne seront jamais exprimé.
