BCM 2505 - Intra 2.1 Flashcards
Où coupe une endopeptidase
À des sites dans le peptide
Où coupe une exopeptidate
À l’extrémité C et, ou N-terminal
Quelles sont les 6 familles de protéases?
- Sérine
- Thréonine
- Cystéine
- Acide aspartique
- Acide glutamique
- métalloprotéases
P1 et S1 se trouve sur quel coté du peptide?
N-Terminal, donc coupe au C du site
P1’ et S1’ se trouve sur quel coté du peptide?
C-Terminal, donc coupe au N du site
La chymotrypsine a une spécificité pour quels acides aminés?
Phe, Tyr, Trp et Met
Quel substrat à été utilisé pour étudier l’activité de la chymotrypsine?
PNPA p-nitrophényl acétate
Quels sont les produits de la chymotrypsine avec sont substrat utilisé à l’étude?
p-nitrophénolate + acétate
Dans l’étude cinétique de la chymotrypsine, quels étaient les résultats dans la phase pré-stationnaire?
p-nitrophénolate était formé très rapidement, tant-dis-que l’acétate était plus lent.
Qu’est sont les 3 phases qui expliquent les résultats de l’étude cinétique de la chymotrypsine?
Un mécanisme à 3 phases:
1. phase rapide (nitrophénolate)
2. intermédiaire acyl-enzyme
3. phase lente (acétate)
Que représente kcat?
la vitesse de renouvellement de l’enzyme lorsque substrat est saturé
Que représente KM
affinité apparente (Michaelis-Menten)
Que représente kcat/KM?
constante de spécificité et efficacité catalytique lorsque la concentration de substrat est minimale.
Sur quelles enzymes agit la DFP?
protéases à serine
Comment agit la DFP?
attaque Nu sur le P de DFP causant un lien covalent “permanent”. Enzyme suicide
Nomme 2 autres alternatives au DFP et dit si elle est toxique ou non.
- PMSF (toxique)
- AEBSF (moins toxique)
Nomme un inhibiteur qui lie un résidu d’His.
TPCK
Quels sont les 3 acides aminés formant la triade catalytique dans la protéase à serine?
His, Ser et Asp-
Qu’est-ce qu’un LBHB?
Low-Barrier Hydrogen-Bond. Une proton partagé entre deux hétéroatomes.
Entre qui et qui sont partagés les LBHB dans la triade catalytique?
Ser et His et et His et Asp
Qu’arrive-t-il si on mute Asp en Asn dans la triade catalytique?
On garde l’affinité apparente de l’enzyme, mais la stabilité de la triade catalytique est compromise, donc so is la nucléophilie de la Ser. Cela réduit Kcat.
Énumère les 7 étapes de la catalyse par la chymotrypsine?
- Arrivée du substrat
- La Ser attaque le carbonyl formant un oxonium
- La reformation du carbonyl brise le lien peptidique, relachant une amine.
- Arrivée d’une molécule d’eau
- molécule d’eau attaque le carbonyl formant un oxonium
- La reformation de la cétone brise le lien ester entre la serine et le carbonyl
- Départ de l’acide carboxylique
Qu’est-ce qu’un zymogène?
Un précurseur protéique inactif d’une enzyme.
Pourquoi la chymotrypsinogène est inactive par rapport à la chymotrypsine?
Une hélice alpha bloque l’accès du substrat au site catalytique.
Quelle sont les résidus de la poche anionique permettant la stabilisation?
Gly et Ser
Qu’est-ce que la l’évolution convergente et comment cela s’applique aux protéases?
Différentes enzymes n’ayant pas d’ancêtre évolutif ont évoluer de sorte à avoir un même trait. Dans notre cas, la triade catalytique.
Qu’est-ce que la l’évolution divergente et comment cela s’applique aux protéases?
Différente enzymes ont évoluée de sorte à garder certains traits, comme la triade catalytique, mais en changeant certain. Comme les divers protéases à serine qui ont différentes spécificités.
Quelle est la spécificité d’une Trypsine?
Lys, Arg
Quelle est la spécificité d’une Élastase?
Gly, Ala
Comment fonctionne la détection par fluorescence réduite?
En plaçant un chromophore et un quencheur sur le peptide, le clivage causera une augmentation dans la distance ce qui augmente la fluorescence.
Qu’est-ce qu’une mutagenèse dirigée?
Une mutation volontaire et précise d’une protéine pour en étudier l’effet.
Comment évalue-t-on la variation d’efficacité de l’enzyme?
avec le paramètre kcat/KM en relation avec l’énergie libre pour déterminer la stabilité de l’état de transition
Comment évalue-t-on la variation de la spécificité de l’enzyme?
avec le paramètre kcat/KM en relation avec l’énergie libre pour déterminer la stabilité du lien enzyme-substrat.
