BCM 2505 - Intra 2.1

Question 1

Où coupe une endopeptidase

Answer 1

À des sites dans le peptide

Question 2

Où coupe une exopeptidate

Answer 2

À l’extrémité C et, ou N-terminal

Question 3

Quelles sont les 6 familles de protéases?

Answer 3

1. Sérine
2. Thréonine
3. Cystéine
4. Acide aspartique
5. Acide glutamique
6. métalloprotéases

Question 4

P1 et S1 se trouve sur quel coté du peptide?

Answer 4

N-Terminal, donc coupe au C du site

Question 5

P1’ et S1’ se trouve sur quel coté du peptide?

Answer 5

C-Terminal, donc coupe au N du site

Question 6

La chymotrypsine a une spécificité pour quels acides aminés?

Answer 6

Phe, Tyr, Trp et Met

Question 7

Quel substrat à été utilisé pour étudier l’activité de la chymotrypsine?

Answer 7

PNPA p-nitrophényl acétate

Question 8

Quels sont les produits de la chymotrypsine avec sont substrat utilisé à l’étude?

Answer 8

p-nitrophénolate + acétate

Question 9

Dans l’étude cinétique de la chymotrypsine, quels étaient les résultats dans la phase pré-stationnaire?

Answer 9

p-nitrophénolate était formé très rapidement, tant-dis-que l’acétate était plus lent.

Question 10

Qu’est sont les 3 phases qui expliquent les résultats de l’étude cinétique de la chymotrypsine?

Answer 10

Un mécanisme à 3 phases:
1. phase rapide (nitrophénolate)
2. intermédiaire acyl-enzyme
3. phase lente (acétate)

Question 11

Que représente kcat?

Answer 11

la vitesse de renouvellement de l’enzyme lorsque substrat est saturé

Question 12

Que représente KM

Answer 12

affinité apparente (Michaelis-Menten)

Question 13

Que représente kcat/KM?

Answer 13

constante de spécificité et efficacité catalytique lorsque la concentration de substrat est minimale.

Question 14

Sur quelles enzymes agit la DFP?

Answer 14

protéases à serine

Question 15

Comment agit la DFP?

Answer 15

attaque Nu sur le P de DFP causant un lien covalent “permanent”. Enzyme suicide

Question 16

Nomme 2 autres alternatives au DFP et dit si elle est toxique ou non.

Answer 16

• PMSF (toxique)
• AEBSF (moins toxique)

Question 17

Nomme un inhibiteur qui lie un résidu d’His.

Answer 17

TPCK

Question 18

Quels sont les 3 acides aminés formant la triade catalytique dans la protéase à serine?

Answer 18

His, Ser et Asp-

Question 19

Qu’est-ce qu’un LBHB?

Answer 19

Low-Barrier Hydrogen-Bond. Une proton partagé entre deux hétéroatomes.

Question 20

Entre qui et qui sont partagés les LBHB dans la triade catalytique?

Answer 20

Ser et His et et His et Asp

Question 21

Qu’arrive-t-il si on mute Asp en Asn dans la triade catalytique?

Answer 21

On garde l’affinité apparente de l’enzyme, mais la stabilité de la triade catalytique est compromise, donc so is la nucléophilie de la Ser. Cela réduit Kcat.

Question 22

Énumère les 7 étapes de la catalyse par la chymotrypsine?

Answer 22

1. Arrivée du substrat
2. La Ser attaque le carbonyl formant un oxonium
3. La reformation du carbonyl brise le lien peptidique, relachant une amine.
4. Arrivée d’une molécule d’eau
5. molécule d’eau attaque le carbonyl formant un oxonium
6. La reformation de la cétone brise le lien ester entre la serine et le carbonyl
7. Départ de l’acide carboxylique

Question 23

Qu’est-ce qu’un zymogène?

Answer 23

Un précurseur protéique inactif d’une enzyme.

Question 24

Pourquoi la chymotrypsinogène est inactive par rapport à la chymotrypsine?

Answer 24

Une hélice alpha bloque l’accès du substrat au site catalytique.

Question 25

Quelle sont les résidus de la poche anionique permettant la stabilisation?

Answer 25

Gly et Ser

Question 26

Qu'est-ce que la l'évolution convergente et comment cela s'applique aux protéases?

Answer 26

Différentes enzymes n'ayant pas d'ancêtre évolutif ont évoluer de sorte à avoir un même trait. Dans notre cas, la triade catalytique.

Question 27

Qu'est-ce que la l'évolution divergente et comment cela s'applique aux protéases?

Answer 27

Différente enzymes ont évoluée de sorte à garder certains traits, comme la triade catalytique, mais en changeant certain. Comme les divers protéases à serine qui ont différentes spécificités.

Question 28

Quelle est la spécificité d'une Trypsine?

Answer 28

Lys, Arg

Question 29

Quelle est la spécificité d'une Élastase?

Answer 29

Gly, Ala

Question 30

Comment fonctionne la détection par fluorescence réduite?

Answer 30

En plaçant un chromophore et un quencheur sur le peptide, le clivage causera une augmentation dans la distance ce qui augmente la fluorescence.

Question 31

Qu'est-ce qu'une mutagenèse dirigée?

Answer 31

Une mutation volontaire et précise d'une protéine pour en étudier l'effet.

Question 32

Comment évalue-t-on la variation d'efficacité de l'enzyme?

Answer 32

avec le paramètre kcat/KM en relation avec l'énergie libre pour déterminer la stabilité de l'état de transition

Question 33

Comment évalue-t-on la variation de la spécificité de l'enzyme?

Answer 33

avec le paramètre kcat/KM en relation avec l'énergie libre pour déterminer la stabilité du lien enzyme-substrat.