BCM 1503 Intra 2 Cours 2 Flashcards
Comment appelle-t-on la température à laquelle 50% de l’ADN est dénaturée?
Température de fusion (Tm)
Quel est l’effet de la dénaturation de l’ADN en spectroscopie?
l’ADN mono caténaire sera plus “exposée” aux rayons ultra-violet permettant à la solution d’avoir une plus grande absorption de la lumière qu’un double brin.
Quels sont les facteurs qui influencent la température de fusion de l’ADN et pourquoi? (3)
- Quantité de paires G:C, car elle font 3 ponts H comparé à A:T qui n’en fait que 2.
- La force ionique de la solution, car plus il y a des ions qui masquent les charges négatives des phosphates, moins il y a de répulsion entre les brins d’ADN et plus la température requise pour dénaturer est élevée.
- La longueur des brins d’ADN, car plus le brin est long, plus d’énergie sera nécéssaire pour séparer l’entièretée des bases azotées.
Par quelle technique liée à la température de fusion de l’ADN peut-on déterminer quelles parties d’une séquence génétique sont des introns ou des exons?
Par renaturation et hybridation. Si l’on met de l’ARNm avec l’ADN dénaturer, nous verrons apparaitre des boucles dans l’ADN qui correspond au introns (ce qui a été épissé) et les exons seront appareillés à l’ARNm.
Comment peut-on utiliser le calcul de la température de fusion pour purifier de l’ARN?
La température de fusion étant très spécifique à la séquence génétique des segments d’ADN/ARN ont peut contrôler quels segments vont se renaturer et lesquels non. Avec des sondes possédant des séquences complémentaire à l’ARN que l’on veut purifier et en connaissant sa Tm ont peut donc la purifier.
Si la température de fusion d’une sonde est de 60ºC, a quelle température il y aura majoritairement de l’hybridation et de la dénatruation?
- > 60ºC dénaturation
- < 60ºC hybridation
- = 60ºC 50/50
Comment un solvant peu polaire, mais portant un groupement hydroxy va affecter l’ADN? Ex: éthanol
Les ponts H que forme le solvant avec les bases compétitionne avec l’appareillement des bases ce qui favorise la dénaturation et abaisse la température de fusion.
Comment un solvant non polaire, va affecter l’ADN? Ex: pentane
L’entassement des régions hydrophobes de l’ADN sera favorisé et stabilisé.
En solution aqueuse les bases s’empilent.
Comment la force ionique d’un solvant affecte l’ADN?
Des cations masquent les charges négatives de l’ADN réduisant les répulsion des charges électrostatiques, stabilisant et favorisant l’hybridation.
Quelle est la formule du sur-enroulement de l’ADN?
L = T + W
- L: Le nombre d’enlacement (nombre de tours de l’ADN)
- T: Le nombre de trous d’hélice d’ADN B. (nombre de paires de bases/10,4)
- W: Le nombre de sur-torsion. (nombre de tours que la double hélice fait sur elle même)
Quelle force intermoléculaire sera la plus stabilisante pour l’ADN?
Interactions hydrophobes
Qu’est-ce que le corps doit faire pour changer le nombre de tours dans la molécule d’ADN?
Cliver un des brins à quelque pars.
Quelles sont les deux manières dont l’ADN peut se séparer pour la réplication?
- Si l’ADN double brin est libre elle peut simplement de désenrouler.
- Si l’ADN double brin est liée de manière circulaire ou à ses deux embouts, le nombre d’enlacement ne peut être changé. Cela veut dire que les sections qui doivent être séparer causera une surtorsion de l’ADN dans le reste du double brin.
Utilise l’équation “L = T + W” pour expliquer de l’ADN circulaire en forme de 8. (Admettons que L=24)
L = T + W
24 = 25 - 1 ou 24 = 23 + 1
pk? Jsp. Deal with it.
A quoi sert le surenroulement?
Étant moins stable cela favorise le désenroulement et que ce dernier arrive il y a des paires de bases dénaturées momentanément.
Qu’est-ce que la topoisomérase de type I?
Il s’agit de changer la valeur de L de 1 pour favoriser un relâchement des supertours (négatif ou positif). Case qu’un brin d’ADN. Ne requiert pas d’ATP.
Qu’est-ce que la topoisomérase de type II?
Il s’agit de changer la valeur de L de 2 pour favoriser un relâchement des supertours (négatif ou positif). Case deux brins d’ADN. Ne requiert pas d’ATP pour le clivage, mais en requiert pour la reformation de la configuration de l’enzyme.
Que fait la topoisomérase de type IA?
Augmente le tour de L de 1 en enlacent deux boucles.
Que fait la topoisomérase de type IB?
Catalyse le relâchement des super-tours négatifs et positifs en passant un brin d’ADN au travers de l’hélice deux deuxième brin.
Comment fonctionne la topoisomérase?
Une tyrosine viendra substituer une liaison phospho-ribose temporairement.
Quels sont les types de topoisomérase que l’on retrouve chez les procaryotes?
La gyrase et la topoisomérase IV.
Quel est le lien entre la topoisomérase et les nucléosomes?
La topoisomérase permet le surenroulement de l’ADN dans les nucléosomes en relâchant l’ADN non incorporé dans les nucléosomes.
Est-ce que les chromosomes sont répartis aléatoirement dans le noyau où occupent-ils des territoires spécifiques?
Ils occupent des territoires spécifiques.
Quels sont les deux états de la chromatine?
- Euchromatine: peu condensée et active
- Hétérochromatine: condensée et inactive
Quels-sont les trois niveaux d’empaquetage de l’ADN en ordre croissant de condensation?
- Nucléosomes
- Filaments de 300A
- Boucles radiales
Décrit le polymères qui forme les nucléosomes.
- octomère (2X 4 sous unités)
1. H2A
2. H2B
3. H3
4. H4 - Histone H1, qui n’est pas une sous unité, mais s’enroule et stabilise l’octomère et sa forme quaternaire
Qu’est-ce que le filament de 300A?
Il s’agit de la condensation des nucléosomes ensembles (contact physique direct) qui est stabilisé par l’histone I.
Quelle forme prends les filaments de 300A?
Solénoïde de d’environ 6 nucléosomes par tours.
Qu’est-ce que des chromosomes polytènes?
Des chromosomes qui sont répliqués plusieurs fois dans un même noyau, sans de division cellulaire. Cela crée des chromosomes géants.
Comment la chromatine active est observée dans les chromosomes polytènes?
On observe des renflements dans des régions spécifiques des chromosomes, rendant la chromatine accessible.
Fait-toi une image mentale de comment est formé l’octomère Histone.
Face
H2B1
H41 - H2A1 - H4 2
H31 - H3 2
Quels sont les modifications post-traductionnelles porter à l’histone pour moduler les interactions avec l’ADN. (3)
- Méthylation
- Acéthylation
- Phosphorylation
Quelles sont les modifications des histones dans la régulation épigénétique? (2)
- changent la charge de la molécule et donc son interaction avec l’ADN
- Permettent l’association de protéines spécifiques qui jouent un rôle dans la structure et la fonction de la chromatine
Quelles ramifications cause l’ADN d’être moins fortement liée aux nucléosomes? (2)
- Acétylation
- Phosphorylation
Quelles ramifications cause l’ADN d’être plus fortement liée aux nucléosomes? (2)
- Absence de ramification
- Méthylation
Que permet les ramifications des queues des histones? (3)
La fixation d’enzymes modifiants la chromatine.
1. Enzymes qui modifient les nucléosomes adjacents
2. Complexes qui remodèlent les nucléosomes
3. Facteurs de transcriptions
Quelles sont les 3 étapes de l’assemblage d’un nucléosome?
- Assemblage des tétramères (H32-H42)
- Le tétramère se lie à l’ADN double brin
- 2 copies du dimère (H2A-H2B) vont être recrutés par le tétramère pour finir l’assemblage de l’octomère
Quelles sont les protéines venant jouer une rôle dans la maturation de l’assemblage de la chromatine? (2)
- ACF: protéine moteur ATP dépendante
- NAP1: chaperonne s’assurant de la configuration approprié des octomères
Qu’est-ce que les nucléoplasmines?
Une protéine chaperonne acide qui empêche la précipitation des histones et favorise un rapprochement contrôlé de l’ADN et des histones.
Comment expérimentalement avons-nous déterminer si les histones sont liés à des endroits spécifiques de l’ADN?
La chromatine à été mise en contact avec de l’ADNase. L’enzyme n’est capable de cliver que de l’ADN protégée. L’ADN est isolée et purifiée par enzyme de restriction et on découvre que l’ADN est toujours clivée aux mêmes sites.
Cela a put être déterminer avec une technique sur gel avec sonde et par analyse bioinformatique.
Qu’en est-il du nombre de paires de bases et de nucléotides par nucléosomes?
Le nombre de paires de bases et de nucléotides tant vers un chiffre, mais est variable.
En moyenne il y a 200 nuclétoides par nucléosomes, mais on peut observer 100 nuclétoides dans un nucléosome est espacé et 300 nucléotides dans un nucléosome serré.
Comment est-ce que les nucléosomes “savent” où se placer?
Des barrières physiques sur l’ADN détermine leur position.
Comment est-ce que l’ADN est décondensée durant la synthèse de l’ARN?
Le facteur FACT.
Pour décondenser l’ADN SSRP1 et Spt16 vont démonter les nucléossomes. Spt16 va enlever un dimère (H2A-H2B).
Comment est-ce que l’ADN est recondensée durant la synthèse de l’ARN?
Le facteur FACT verra l’arrivé de SPT6 qui rejoindra l’hétérodimère déjà composé de SSRP1 et Spt16. Ils reformeront le nucléosome.
Comment sont réparties les vieilles et nouvelles sous-unités des nucléosomes lors de la duplication de l’ADN?
Premièrement les sous unités H3-H4 ne se séparent pas et forment la base du nucléosome. Ce tétramère est répartie aléatoirement (≈50/50) sur les deux doubles brins.
Deuxièmement les dimères (H2A-H2B) sont aussi répartie aléatoirement.
Quelles sont les chaperonnes impliquées dans l’assemblage de nucléosomes? (3)
NAP-I: pour les dimères (H2A-H2B)
CAF-I: pour les tétramères (H3-H4)
- Les anneaux PCNA recrute CAF-I. Il se trouves autour de l’ADN sortant de la machinerie de réplication.
Que permet la distribution aléatoire des histones en ce qui concerne l’état de la chromatine?
Les histones étant distribuées aléatoirement (donc relativement de parts égales) permet une modification des nouvelles histones plus simples par reconnaissance et transmission d’état plus rapide.
Comment contrôle-t-on l’expression de gènes de manière permanente?
Modification covalente des nuclésomes avec méthylation.
Comment forme-t-on la configuration euchromatine et quelles protéines sont impliquées?
Par acétylation de l’histone 3 (H3).
- L’histone acétyle-transférase (HAT) fait l’acétylation de H3.
- H3 acétylé recrute des protéines à bromo-domaines qui stimule l’activité transcriptionnelle
Comment forme ton la configuration hétérochromatine et quelle protéines sont impliquées?
Par méthylation de l’histone 3 (H3).
- L’histone lysine méthyle-transférase (KMT) méthyle H3.
- H3 méthylé recrute des protéines chromo-domaine qui vont réduire l’accessibilité de la chromatine et causer la répression génique.
Suite à l’acétylation est-ce que le fibre de chromatine sera plus fin ou plus épais?
Plus fin, car étant moins compactée, l’ADN sera plus “linéraisé” et plus propice à la transcription ou réplication.
Qu’est-ce qu’un activateur et a quoi servent-ils?
Ce sont des petites molécules qui vont s’attaché à l’ADN condensée. Une promoteur pourra ensuite s’attaché à l’activateur en amont. Ces promoteurs vont soit recruter des modificateurs covalents de nucléosomes ou recruter des complexes de remodelage.
Comment un gène peut être modifié et inactivé de manière permanente?
La méthylation de l’ADN.
Une ADN méthyle-transéfrase va méthyler les cytosines ce qui peut interférer avec la transcription. La méthylation peut ou va aussi permettre le recrutement de protéines qui elle vont recruter des protéines modifiantes ou remodelante des nucléosomes.
A quoi sert l’IncARN?
Guider les protéines méthylantes d’ADN ou de nucléosomes.
Que causes des maladies ou des cancers qui affecte les histones?
Des dérèglements épigénétiques.
