Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Oncologie week 7 > VO.3 Laboratorium technieken > Flashcards

VO.3 Laboratorium technieken Flashcards

1
Q

Wat is te zien in de tumorvorming?

A

Het verloopt stapsgewijs waarbij steeds nieuwe afwijkingen ontstaan onder andere in celgroei regulerende genen
- Directe groei-activerende genen (oncogenen)
- Bevorderen de groei door het wegvallen van groei remmende invloeden (tumorsupressorgenen)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Waar vinden constant afwijkingen plaats in de tumorvorming?

A

In het DNA waardoor genen niet meer of afwijkend functioneren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat kunnen moleculair genetische lab technieken bijdragen?

A
  • Beeld van het mechanisme van ongeremde groei
  • Gedetailleerdere diagnostiek
  • nieuwe therapeutische mogelijkheden
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat is een veel voorkomende afwijking bij CML?

A

BCR-ABL gen
Waardoor het Philadelphia chromosoom abnormaal klein is = chr 22
Chromosoom 9 wordt langer en 22 wordt kleiner

9+ en 22- –> BCR-ABL ligt op 22

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hoe kan worden aangetoond hoe de translocatie heeft plaatsgevonden?

A

Met een FISH van CML metafasen (!!!!)
probe voor ABL, 5’-BCR en 3’-BCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hoe vindt de t(9;22) plaats?

A

Een deel van het chr 9 met het (volledige) ABL-gen is verplaats naar chr 22, vast aan 5’-BCR
Het chromosoom van 22 met 3’-BCR is naar chr 9 gegaan

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Waaruit bestaat het fusiegen bij CML?

A

ABL-gen en 5’-BCR

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Op welke fase kan de FISH voor het Philadelphia chromosoom uitgevoerd worden?

A
  1. Metafase
  2. Interfase
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat zie je naast de translocatie bij CML patienten?

A

Een normaal chr 9 en normaal chr 22 (normale BCR en ABL positie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hoe tonen we het BCR-gen aan met een FISH?

A

Probe voor 3’-BCR en eentje voor de 5’-BCR kant -> niet het hele gen, maar een gedeelte

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat kunnen we aantonen met de 5’-BCR probe en de 3’-BCR probe?

A

De 5’-BCR probe wordt gebuikt om het fusie-gen aan te tonen
De 3’-BCR probe wordt gebuikt om het verplaatste stukje BCR op chr 9 aan te tonen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hoe kunnen we bekijken of de mutaties consequenties hebben voor het mRNA?

A

RNA blot

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Wat kunnen we zien op een RNA Blot?

A

De gevolgen van de mutatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Wat is er te zien bij CML patienten op een RNA-blot?

A

Een dunne band die niet zichtbaar is bij gezonde mensen
De band ligt hoger dan de normale RNA-moleculen = groter = fusiegen van ABL en 5’-BCR

De patienten hebben ook nog 1 normaal chromosoom (normale kopie van gen op normale positie) –> band op zelfde plek is gezonde mensen, maar wel dunner omdat dit RNA-product minder dan normaal tot expressie wordt gebracht

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Wat wordt aangetoond met de 3’-probe in het RNA Blot?

A

Kleiner RNA product dan normale RNA van BCR –> kleiner doordat het gen kleiner is dan het oorspronkelijke BCR-gen
Dit is het stuk 3’ sta van het oorspronkelijke BCR is afgesplitst en naar chr 9 is gegaan –> GEEN deel van fusie-gen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe kunnen we het eiwit van BCR-ABL onderzoeken?

A

VIa anti-ABL en anti-BCR in een immunoblot

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat laat het immunoblot zien bij een CML patient?

A

Zowel via de anti-BCR en de anti-ABL laten eenzelfde eiwit zien (= bewijs van fusie-gen) die veel groter is dan de normale eiwitten
Daarnaast is er ook een normaal ABL en een normaal BCR eiwit zichtbaar door de niet aangedane chromosomen –> verminderd aanwezig (door 1 chromosoom tot expressie gebracht ipv 2)W

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Wat is belangrijk bij de diagnostiek?

A

De gevoeligheid van de detectiemethode is van cruciaal belang: hoeveel CML-tumorcellen kan met nog detecteren te midden van een overmaat aan normale cellen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Wat zijn de 5 mogelijkheden om de t(9;22) vast te stellen?

A
  1. Klassieke cytogenetica (chromosoom bandering)
  2. FISH met BCR/ABL probes op metafase chromosomen
  3. FISH met BCR/ABL probes op interfase kernen
  4. RNA-blotting met BCR-ABL probes
  5. Immunoblotting met anti-ABL en anti-BCR
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Welke van de 5 mogelijkheden om de translocatie vast te stellen is het meest gevoelig? Waarom? Wat zie je?

A

FISH met BCR-ABL probes op interfase kernen
- In 1x naar heel veel cellen kijken
- Weinig genetische materiaal nodig
Groen en rood bolletje heel dicht bij elkaar

21
Q

Wat is een nadeel aan de methode van FISH op interfase kernen?

A

Chromosomen liggen door elkaar heen –> kan per toeval het groene en rode bolletje bij elkaar komen te liggen –> heel zeldzaam

22
Q

Hoe kan er onderscheid gemaakt worden tussen co-locatie of een fusiegen?

A

Als dit in 1 cel plaatsvindt is het zeer waarschijnlijk toeval
Als het een meerdere cellen zijn duidt dit op de specifieke translocatie

23
Q

Waarom is een FISH in de metafase minder handig?

A

Omdat er procentueel maar weinig cellen in de metafase zitten
–> Zou kunnen zijn dat tumorcellen alleen in de interfase zitten waardoor missen
Als tumorcellen in de metafase zitten dan wel meteen zichtbaar

24
Q

Welke methode is het allergevoeligst?

A

PCR methoden

25
Q

Wat zijn de stappen van RT-PCR?

A

Reversed transcribed PCR
1. mRNA wordt geïsoleerd uit het beenmerg van een CML patient
2. cDNA wordt gemaakt mbv een T primer en reverse transcriptase
3. cDNA wordt onderworpen aan PCR met primers specifiek voor ABL- en BCR-gebieden
4. De DNA-fragmenten worden op gelelectroforese gescheiden en gekleurd op DNA

26
Q

Welke primers worden gebruikt bij PCR voor de CML translocatie?

A
  1. Voorwaartse primer voor 5’-coderend gebied van BCR
  2. Terugwaartse primer voor 3’-coderend gebied van BCR
  3. Terugwaartse primer van een coderend gebied in ABL
27
Q

Hoe kan men een gebied aantonen met PCR?

A

ALTIJD met twee primers: een voorwaartse en een terugwaartse primer

28
Q

Wat zijn de mogelijkheden bij de PCR voor BCR en ABL met de juiste gegeven primers?

A
  1. Gezond: alleen BCR gen omdat een voorwaartse en terugwaartse primer voor dit gen
    ABL niet omdat hier geen voorwaartse primer voor is
  2. CML: BCR-gen en fusie-gen met de voorwaartse BCR primer en de terugwaartse ABL primer
29
Q

Welke twee banden worden gevonden bij patienten met CML met PCR?

A

1 van het fusiegen met de voorwaartse 5’-BCR primer en de terugwaartse 3’-ABL primer
1 normaal gen met de voorwaartse 5’-BCR primer en de terugwaartse 3’-BCR primer

30
Q

Wat is het verschil tussen de verschillende CML’s?

A
  • Translocatie punten van chr 9 en 22 zijn bij alle patienten verschillend
31
Q

Wat zijn de overeenkomsten tussen verschillende CML’s?

A

Met de RT-PCR zie je wel vrijwel altijd dezelfde band –> breekpunt van BCR-gen bijna altijd in een intron –> zal niet uitmaken voor het eiwitproduct (waar dan ook in het intron een breukpunt komt) –> we bekijken eigenlijk het cDNA dat is opgesteld uit het mRNA waar alle introns al zijn verwijderd

32
Q

Soms is er een korter fusie-gen waarneembaar. Hoe vaak komt dit voor? Hoe ontstaat dit?

A

Minder vaak voorkomend
- BCR-gen kan breken bij twee (van de vier) introns
- hierdoor zullen er twee of drie EXONS naar chr 9 verhuizen

33
Q

Wat is aannemelijk bij een korter fusie-gen?

A

Dat het breekpunt van het chromosoom bij de patient in het eerste intron lag waardoor er een groter stuk van het BCR-gen is verhuisd naar chr 9 en een kleiner deel van het 5’-BCR achterbleef bij chr 22 om het fusie-gen te vormen
5’-kant van het gen is de “beginkant”

34
Q

Wat is een belangrijk enzym voor het herstel van dubbelstrengs DNA breuken via kruisverbindingen tussen strengen?

A

Via homologe recombinatie het recombinatie enzym RAD51 –> RAD51 foci hoopt zich op, op de plaats van de dubbelstrengs breuk

35
Q

Een groeiende celkweek van huidfibroblasten wordt betraald met röntgenstraling en een paar uur Laer worden ze gefixeerd en gekleurd met anti-RAD51 antilichamen. Wat is er te zien?

A

In de kern zullen foci zichtbaar worden omdat het RAD51 zicht ophoopt bij het DNA met dubbelstrengsbreueken in de kern

36
Q

Zullen bij alle soorten bestraalde cellen (röntgenstraling) RAD51 foci zichtbaar worden?

A

Nee omdat niet in alle cellen gelijk dubbelstrengs DNA breuken optreden en er dus niet overal RAD51 bij het DNA nodig is

37
Q

Laten tumorcellen en normale cellen RAD51 foci zien na bestraling bij borstkanker?

A

Ja beiden

38
Q

RAD51 is niet altijd zichtbaar. Waar heeft dit mee te maken?

A

Homologe recombinatie gebeurt alleen in delende cellen omdat de zusterchromatide nodig is –> alleen in de S-fase en de G2-fase zullen er RAD51 foci aanwezig zijn

39
Q

RAD51 foci worden aangetoond in bepaalde cellen. Wat zegt dit over de fase waarin de cellen zitten?

A

Dat ze in de S-fase of de G2-fase zitten

40
Q

In een tumor zijn nauwelijks RAD51 foci zichtbaar. Wat zijn twee mogelijke verklaringen hiervoor?

A
  • Homologe recombinatie is niet meer mogelijk door BRCA deficiëntie
  • Alle cellen bevinden zich in de G1- of M-fase waardoor geen homologe recombinatie
41
Q

Hoe kunnen we bepalen of er in de tumorcellen waar geen RAD51 foci te zien zijn, sprake is van BRCA deficiëntie of dat de cellen in de G1 of M-fase zitten?

A

Tumorbiopten kleuren op cycline A
Met de kleuring kan bepaald worden in welke fasen de cel zich wel of niet kan bevinden
Want cycline A vaak in S-fase of G2-fase

42
Q

Wat is kenmerkend aan cycline A?

A

Komt veel voor in cellen in de G2 of S-fase

43
Q

Wat is er te zien als de HR werkt bij tumorcellen na bestraling en die aangekleurd zijn voor cycline A?

A

Cellen worden aangekleurd met cycline A en RAD51 foci

44
Q

Wat is er te zien als de HR niet werkt bij tumorcellen na bestraling en die aangekleurd zijn voor cycline A? Wat betekent dit?

A

Geen RAD51 foci –> wat is reden hiervoor?
Wel cycline A kleuring dus zitten wel in de goede fase voor HR –> BRCA deficiëntie in tumor

45
Q

Waarom is het belangrijk om in borstkanker patienten te screenen voor BRCA-deficientie?

A

Dit is van belang voor de Therapeutische mogelijkheden

46
Q

Wat kan worden gebruikt bij BRCA-deficiente cellen?

A

PARP-remmer

47
Q

Wat kan worden gebruikt bij BRCA-proficiente borstkanker?

A

PARP-remmer met hyperthermie
Door verwarming wordt het BRCA afgebroken/deficient

48
Q

Wat kan er, naast een RAD51 bepaling, nog meer worden gedaan om een BRCA-deficientie aan te tonen?

A

NGS voor een mutatie

49
Q

Wat is het verschil in het soort kweek tussen de RAD51 bepaling en de NGS?

A

Voor de RAD51 bepaling moeten de cellen in kweek en voor NGS kan ook het ingevroren materiaal gebruikt worden

NGS is veel duurder

Oncologie week 7 (15 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions