Bijkomende dingetjes Flashcards
Voor welke drie DNA schade herstelmechanismen wordt de complementaire streng als template gebruikt?
- MMR
- Intrastrengs crosslinks
- ssDNA breuken
Voor herstel van schade waarbij een van de 2 DNA strengen schade heeft
Bij wie doen we een allogene SCT?
Herstel van het beenmerg na totale lichaamsbestraling en chemo bij ziekte van het hematopoietische systeem (leukemie, lymfoom, imuundeficienties, apalstische anemie)
Want hele hoge recidief kans hierbij
Bij wie doen we een autologe SCT?
- Solide tumoren na zware chemo
- Auto-immuun ziektes (exp)
- Gentherapie (Exp)
Waardoor gaan stamcellen in het bloed weer naar het beenmerg?
Door chemoattractie: signalen die worden uitgescheiden uit de niche
Wat is de rol van osteoblasten voor stamcellen?
creëren een micro-omgeving voor de regulatie van de stamcelaanmaak
Wat is het verschil tussen chronische en acute leukemie?
chronisch: stoornis in de groeiregulatie = proliferatie
Acuut: stoornis in de proliferatie en differentiatie
Hoe noemen we ALL? En CLL?
Acute lymfoblastaire leukemie
Chronische lymfocytaire leukemie
Wat is de stamcelhypothese?
leukemie ontstaan door genetische defecten in bloedcelvormende stamcellen
Dus HSC kan twee kanten op:
1. normale progenitor
2. leukemische Progenitor door leukemische events
Wat zijn leukemische events?
- radio-actieve straling –> defect in regelgenen
- Mutagene stoffen
- Erfelijke factoren
Waarvoor kan moleculaire diagnostiek bij leukemie gebruikt worden?
- Gendefecten
- residuele ziekte na behandeling
- prognose indicatie
Wat voor mutaties hebben oudere mensen in de HSC?
10% van > 70 jaar heeft ≥1 mutaties in HSC (hoe ouder hoe meer mutaties)–> kunnen driver mutaties zijn –> alleen deze zijn niet voldoende voor ontwikkelen van leukemie
Wat is het gevolg van de mutaties bij ouderen in de HSC?
Wat Clonale hematopoiese: aanwezigheid van een gemuteerde bloedcel –> verhoogd risico op leukemie
Waarmee zijn mutaties in de HSC geassocieerd?
11x hogere kans op hematologische ziekte
2x hogere kans op CVD
Wat zijn de Hallmarks of cancer?
Kenmerken die de meeste tumorcellen wel hebben en een combinatie hiervan maakt een tumorcel
Het zijn GEEN criteria: tumorcel hoeft niet allemaal te hebben (dus GEEN complete beschrijving)
Wat is het stroma?
Niet neoplastische bindweefsel rond de tumor
Vanaf welke grootte hebben tumoren bloedvaten nodig?
Va 2 mm
Welke twee groeifactoren voor endotheel zijn er?
VEGF: wordt geremd als geneesmiddel in colonkanker
HIF1-alfa: wordt geactiveerd als reactie op hypoxie
afgebroken door VHL –> tumor verstoort de afbraak hiervan
Wat is de effect van immuuncellen op de tumor?
- remmend
- stimulerend
afhankelijk van:
- immuuncel type
- fase van de tumor
Hoeveel % van de kankers komt door genetische factoren?
5-10%
De rest door leefstijl
Wat is een groot nadeel van NHEJ?
Nucleases eten een stukje DNA op –> deleties mogelijk (effect afhankelijk van intron of exon)
Wat is nog meer (naast borstkanker) geassocieerd met BRCA-deficientie?
Er is een verhoogde frequentie zichtbaar van chromosomale afwijkingen in het algemeen (translocaties, deleties, etc)
Het is dus erg belangrijk voor de genetische stabiliteit
Waartoe lijdt een defect in HR? En in NHEJ?
HR: LOH
NHEJ: deleties (LOH), translocaties
Welke twee reparatie mechanismen zijn er voor replicatiefouten en wat is het verschil hiertussen?
Translesie synthese: onnauwkeurig
Proofreading: heel nauwkeurig 99,9%
Wat zien we bij een MMR-defect?
Geen MSH6 expressie
Wat is het life time risico op endometrium kanker bij lynch? Wat voor screening doen we bij deze mensen?
55%
40-60 jaar jaarlijks transvaginale echo + afname sample voor PA (micro curettage)
Als dit doen kan ook meteen naar ovaria kijken (niet alleen hiervoor doen)
Zijn mannen bij lynch hetzelfde als vrouwen?
Nee
Wat kunnen we geven bij gemetastaseerd MSI CRC? Waar heeft dit invloed op?
Pembrolizumab = anti-PD1
Verhoogd de progressie vrije overleving
Waarvoor is topoisomerase belangrijk?
Replicatie
Waarvoor is HR essentieel?
Herstel replicatie geassocieerde eenzijdige dubbelstrengsbreuk (DAAROM OOK ALLEEN WERKEN IN S EN G2-FASE)
Waarbij spelen parp remmers een rol?
BER
In hoeveel gevallen is mammacarcinoome erfelijk?
5-10%
Op welk deel van het ziekte proces ontstaan meestal klachten?
3/4 deel
Wat is het verschil tussen amplicon en hybridization enrichtment?
Amplicon: efficient, maar 1 fragment
hybridization: minder efficient, meerdere fragmenten (uit een bepaald gebied)
Hoe bereken je de VAF bij NGS?
Variant coverage / totale coverage (normale + mutant SNP)
Wat is het verschil in coverage tussen targeted en WGS?
TS: 500-1000en keren
WGS: < 100x
Welke onderzoeken gaan we doen bij een verdenking op leukemie?
- lab: trombo’s, ery’s, leuko’s
- Morfologie van bloedcellen (al 95% zekerheid)
- Cytogenetisch onderzoek op beenmerg
- Moleculair onderzoek
Wat is de voorloper van de granulocyten?
Myeloblast
Wat is het gevolg van imatinib niet meer werkt?
Acceleratie en blastenfase = acute fase van CML (moeilijk behandelen) –> alleen nog SCT mogelijk
Vanuit welke cellen kunnen we makkelijk een karyogram maken?
Bloedcelen want laten zich makkelijk delen
Hoe worden OG geactiveerd en TSG geïnactiveerd?
Oncogenen
1. translocatie
2. verdubbeling chromosoom (verhoging expressie)
3. Gen amplificatie
Tumor supressor gen
1. Deletie
2. verlies van chromosoom (LOH)
Wat is double minute chromosome?
Kleine fragmentjes extra-chromosomaal DNA die in veel kankers te vinden zijn
Wat zegt een prominente nucleolus over een cel?
Veel RNA transcriptie
Wat betekent een toenemende nucleus-cytoplasma ratio?
Toenemen is slecht
Wat zijn we bij desmoplasie bij borstkanker?
Abnormale reactie van stroma door tumorweefsel waardoor bindweefsel donkerder wordt en een vastere structuur krijgt
Wanneer spreken we van een adenocarcinoom?
- ontstaan uit klierepihteel
- differentieert in klierstructuren (buizen, slijm)
Wanneer spreken we een pre-maligne laesie?
- dysplasie
- carcinoma in situ
Wat is kenmerkend voor een invasief vulva plaveiselcelcarcinoom?
veldjes plaveiselcellen liggen los in stroma
Wat is de functie van de CCG’s?
klok gestuurde output genen: koppelen de moleculaire klok aan gedrag, fysiologie en metabolisme
Waarvoor geven we tamoxifen?
Hormonale thérapie bij borstkanker
Wat is het verschil in de kloktijd tussen een delende cel en een rustende cel?
Delende cel: ca 20 uur
Rustende cel: ca 25 uur
Welke ziektes worden beïnvloed door de klok (duidelijk) en welk medicijn?
astma, myocardinfarct
DM, RA, verhoogde bloeddruk
Tamoxifen
Waarom is het menselijke genoom veel complexer?
Omdat we door splicing meerdere eiwitten per gen kunnen maken
Hoe kunnen we met sequencing de genexpressie bekijken?
mRNA sequencing: alleen exonen –> tegen genoom aanhouden zodat we de genexpressie kunnen bekijken
Wat is een veel voorkomende mutatie in Hairy cell leukemie?
BRAF
Wat zijn de effecten van 5-azacytidine?
- betere overleving
- Progressie omlaag
- transfusie onafhankelijker
Geven bij MDS
Wat is het gevolg van hypermethylering?
Dysplasie (want genen worden uitgezet)
Welk eiwit is naast DNMT nodig voor methylnatie?
CG binding protein
Welke mutatie kan een gunstig effect hebben op AML? Hoeveel procent van de patienten heeft deze mutatie?
NMP1 geeft vooral een betere ziektevrije overleving (niet per se algemene overleving)
Wat is de NPM1 mutatie?
Bij AML
Insertie van 4 basen waardoor er een frameshift optreedt
NPM1 zorgt voor ribosoom synthese, genoomstabiliteit, cellulaire groei en stress respons
Wat is de uitwerking van de combinatie van FLT3 en NMP1 mutatie?
Betere prognose want NPM1 lijkt beschermend te werken
Wat zijn de effecten van senescence?
+ embryogenese
+ Beperken weefselschade
+ beschermen tegen ontstaan kanker
- Weefselveroudering
- Tumorprogressie
