Virologisk Molekylär Diagnostik

Question 1

Vad används i Traditionell virusdiagnostik?

Answer 1

Question 2

Vad ingår i Polymerase Chain Reaction (PCR)

Answer 2

•Template DNA / (RNA)

• Termostabilt DNA- polymeras
• Primrar
• dATP, dTTP, dCTP, dGTP
• Buffert (MgCl2, KCl)

Question 3

Herpes simplexvirus (HSV) 1&2 samt Varicella-zostervirus (VZV) kan orsaka?

Answer 3

Question 4

Cytomegalovirus (CMV)

• Orsakar?
• kvantifiering?
• Någon specifik grupp som kan drabbas hårt?

Answer 4

Question 5

Epstein-Barrvirus (EBV)

• Orsakar?
• vad kan de orsaka hos immunsuppremerade
• Kvantifiering?

Answer 5

Question 6

Hepatit C-virus (HCV)

• Orsakar?
• Före en behandling?
• Hur kontrolleras behandlingseffekt?

Answer 6

Question 7

Hepatit B-virus (HBV)

• Orsakar?
• Kvantifiering?
• Inför behandling?
• Sekvensering görs för?

Answer 7

Question 8

HIV

• När används kvantifiering
• När används PCR

Answer 8

Question 9

Nämn några luftvägsvirus, varför är de bra med diagnostik i dessa fall?

Answer 9

Question 10

Gastroenterit

• Virus?
• Bakterier?
• Protozoer?
• Paneler?
• vård?

Answer 10

Question 11

Ge exempel på snabbtester och patientnära analyser inom den virologiska diagnostiken

Answer 11

Question 12

HPV (humant papillomvirus)

• Subtyper?
• Screening
• Cancer koppling?

Answer 12

Question 13

Tradi,onell PCR – svagheter?

Answer 13

Question 14

Fördelar med realtids-PCR?

Answer 14

Question 15

Taqman-probe (hydrolysprobe)?

• När är fluorescensen låg?
• probe binder till?
• Bryts ned av? -> genererar

Answer 15

Question 16

berätta om kvantifiering vid PCR

Vad relaterar CT-värdet till?

Answer 16

Question 17

Typing

• När blir fluorescensen dålig?
• När blir amplifieringen dålig?
• När används typing?

Answer 17

Question 18

hur fungerar Digital PCR?

• när är de rekomenderat att använda?

Answer 18

Question 19

när används sekvensering?

Answer 19

Question 20

Vad för genetiska skillnader kan ses vid virologisk molekylär diagnostik med PCR

Answer 20

• Muta,oner, mutanter

• Genotyper, subtyper
• Varianter
• Kvasispecies

• Rekombina,on

Question 21

berätta om Kedjestoppssekvensering (Sangersekvensering)

Answer 21

Question 22

Sangersekvensering?

Answer 22

ddNTP

Question 23

Arbetsflöde i virusserologisk diagnostik?

Answer 23

Question 24

vad för begränsningar i virusserologisk diagnostik?

• svagt/inget band alls i diagram?
• Brus i diagram?

Answer 24

Question 25

Resistensmutationer vad gäller läkemedel: * HIV * HBV * HCV * CMV

Answer 25

Question 26

Selektion påverkas av ? i virusserologisk diagnostik ?

Answer 26

Question 27

Fylogeni används för att? * rotat träd * orotat träd

Answer 27

Question 28

MPS/NGS? Hur ser förloppet ut? Hur kan position i reads bedömas?

Answer 28