Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BMA041 > Intro PCR och qPCR > Flashcards

Intro PCR och qPCR Flashcards

1
Q

PCR-principen?

A
  • Dela upp DNA-sträng
  • Inbindning av primers
  • DNA-syntes
  • Exponentiell amplifiering
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Komponenter i PCR-reaktionen

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Extraktionsmetoder DNA/RNA?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hur går extrationen till och vad får du ut?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

• Dela upp DNA-sträng
• Inbindning av primers ?

  • Byggstenar
  • Att tänka på vid tillverkning
  • Annealingtempraturen
  • DNA-syntes
  • Exponentiell amplifiering
A

Oligonukleotider som är ca 18-24 baser (max 30)

• Byggstenar
Deoxyribose nucleoside triphosphate (dNTP)

dATP, dTTP, dCTP, dGTP

Att tänka på vid tillverkning:

  • GC innehållet (max 60%)
  • Undvik långa sträckor av en enda nukleotid
  • Tm-värdet (likvärdigt för FP och RP)
  • Undvik att primrarna är komplementära med sig själva eller med varandra

Tumregel för annealingtemperaturen:​

Starta med en temperatur som är 5 grader lägre än primrarnas smälttemperatur.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

• Dela upp DNA-sträng
• Inbindning av primers
• DNA-syntes?

  • buffert
  • Reverst transcriptas
  • DNA-polymeras

• Exponentiell amplifiering

A

DNA polymeras: Påskyndar sammanfogningen av dNTP

Buffert:

• MgCl2

  • Koncentrationen kan varieras (2-4 mM)
  • Co-faktor till DNA polymeras

RT (Reverse transcriptase) -PCR

RNA omvandlas til lcDNA med hjälp av enzymet reverse transcriptase

Specifikaprimers, oligo(dT)s, random primers

DNA-RNA hybrid

RNA bryts ned enzymatiskt

ssDNA komplementärt till det ursprungliga RNAt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

• Dela upp DNA-sträng
• Inbindning av primers
• DNA-syntes?
• Exponentiell amplifiering

Kan göras med?

Vad är de?

A

Detektion av det amplifierade materialet

Amplifiering= kopiering av målsekvens

  • Gelelektrofores, agaros
  • Infärgning av DNA:

Etidium Bromid

Gel Red

Sybr green

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Nestad PCR?

  • Vad hamnar primers?
  • Fördel och risk?
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Realtids-PCR (qPCR)?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

SYBR Green?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Probe?

A

En probe är en nukleotidsekvens märkt med en fluorofor som binder till målsekvensen mellan primrarna.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

vad är överstruket?

*Förklara de 2 översta faserna

A

Exponentiell amplifiering: Vid varje cykel fördubblas mängden produkt

Platå: Ingen produkt ackumuleras längre på grund av förbrukning av reagens och enzym.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Multiplex qPCR / RT-qPCR?

  • Vad används?
  • förhållandet mellan primer/probe?
A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad står q för i qPCR?

A
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Problem vid qPCR kan bero på?

A
  • Primer design
  • Primerkoncentration
  • Annealingtemperatur
  • MgCl2 koncentration
  • Sekundärstrukturer
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Fördelar qPCR?

A
  • Högre specificitet (probe)
  • Mindre risk för kontamination
  • Möjlighet att kvantifiera
  • ”Synlig” reaktion
  • Tidseffektiv
17
Q

när kan du tillämpa PCR ?

A
18
Q

Digital droplet PCR (ddPCR)?

  • Kvantifiering?
  • vad genereras?
  • Hur sker mätning
A
19
Q

hur avläser du detta diagram?

  • Ct värde
  • Högst lägst ct värde?
A
20
Q

Skillnad på kvalitativ och kvantitativ analys vid realtids pcr?

A

Kvantitativ: Antal virus

Kvalitativ: Finns de virus eller ej

21
Q

vad innehåller mastermix

A

Enzymer

MgCl2

dNTP

22
Q

Vanligtvis består en PCR av en serie av 40 upprepade temperaturförändringar, så kallade cykler, där varje cykel normalt omfattar 3 tydligt avgränsade temperatursteg.

Vilka är dem?

*egen fråga ej från pp

A

Denatureringssteg: upphettning av reaktionsblandningen -> DNA-strängarna i templatet separerar (vätebindningarna mellan komplementära baser bryts) -> enkelsträngade DNA-molekyler.

Hybridiseringssteg (annealing): Reaktionstemperaturen sänks ->primrarna hybridiserar de enkelsträngade DNA-templaten.

Förlängningssteg (Elongering): DNA-polymeraset syntetiserar en ny DNA-sträng som är komplementär till templatet genom att tillsätta nukleotider som är komplementära till templatet i riktning från 5’-änden till 3’-änden.

Detta leder till en exponentiell amplifiering av det specifika DNA-fragmentet.

23
Q

vad är DNA- sekvensering?

DNA sekvensen utgör?

När är sekvensering viktigt?

*egen fråga ej från pp

A

DNA-sekvensering är den process som används för att med biokemiska metoder bestämma ordningen av nukleotiderna (adenin, guanin, cytosin och tymin) i DNA.

DNA-sekvensen utgör den ärvda genetiska informationen i celler.

Viktigt för att identifiera ärftliga sjukdomar och, i förlängningen, hur man skall bota dem.

24
Q

vad menas med kvantifiering?

A

metod för noggrann bestämning av mängden av en mål-DNA-sekvens

BMA041 (18 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions